DreINT0163180 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000078430 | tiam1a
Description
T-cell lymphoma invasion and metastasis 1a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-080325-1]
Coordinates
chr10:25623382-25639036:-
Coord C1 exon
chr10:25638909-25639036
Coord A exon
chr10:25623610-25638908
Coord C2 exon
chr10:25623382-25623609
Length
15299 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTTAGA
5' ss Score
6.12
3' ss Seq
CGATCTGTTTCCCTCCACAGAGT
3' ss Score
11.51
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
AGTACAGAGCAGGTGACCGCCTTCTGCCGCAACCTTCATGATATGAATTCCAACGAGGGTCCCGTCTCCTGTTCCTCATCTTCCTCCACTTCTTCCTCATCTTCATCCTGCATGCCCAGCCCAATCTCTCCACTGCCTGGTCTTTTCACCCCTCGCCAGCTCTCTGACGCAGATAAACTCCGCAAGGTCATCAGTGAGCTGGTGGACACTGAGAGGACCTACGTTAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000078430:ENSDART00000143978:13
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.767 A=NA C2=0.342
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0391712=GSH_synth_ATP=FE(58.6=100),PF0062115=RhoGEF=PU(7.4=17.1)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]