MmuINT0160093 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000002489 | Tiam1
Description
T cell lymphoma invasion and metastasis 1 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:103306]
Coordinates
chr16:89813193-89822226:-
Coord C1 exon
chr16:89822123-89822226
Coord A exon
chr16:89813373-89822122
Coord C2 exon
chr16:89813193-89813372
Length
8750 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGA
5' ss Score
8.68
3' ss Seq
CTATCTGCTGTGCCCCACAGAGC
3' ss Score
9.84
Exon sequences
Seq C1 exon
GGCACAGCCTCTCCAGTGAGCAGGGCAGCAGTGCTGAGACAGCTCCAGAAGAGGGCGAAGGACCGGACTTGGAGTCTTCTGATGAGACAGATCACAGCAGCAAG
Seq A exon
GTGAGAGATTTTCATTTTCACATCCCATGTCCTGCAGGATCACAGCTGACAGGCCACCCCGACAGCTGTGTGTGCTCAGGCGGGCTCTCCGTGGGATCCAGTGTTTTTACTTCTGAGATGTTACTAAATAGCTGGATATGAAATCTAAATTACAGTCTCCGTAACAAACCCATGTGGGAGAATATAGGGCAGAAATTACTTGTAATGAATTGAAGGCCTCTTTCTTTAATTTCTGCCGCGGCTGGAGCTCCCTGTTAATGCCGTAATTTCACCCCATTTCCTTCTTCTGTCTTCATTTGTGGAGGATGAAGCATCGTCCTATGTGTGCATAATTGAGTCGGCAGTGCCTTCTGCCACTTAGGGGCTCTGTAATGAGCTGCATTTGAGCAATCTGCTCTCAGCTCTTGTCCAAGGTGCACTCTTCTACGTTAAAGGGAAAGGAAACGGTTTTTATTAAGCCAGTTATAGTGTTCTAAAGTCGAATATGGTGAGCAAAAACTTTCTTTTTCTGCTCTGGTGTAAAACAGTGTGATTGTTGCCCGGGACTCTGCATGGCTCTGTGCTCTTTTACCAAGTGCTGTGTGCACAGCAGCCCCTTTGCTCCTCAATCCCCATGGCCAGAAGACAAGTTCTCAGACGGAGTCACTGTCTTGGTTCCTTCTCTGGTGCTGTGATAAAACACCCTGACCATGATCTACTTAAGGGAAGAGAAAGGTTTGTTTCATCCTATGCTTTTCAGGTCACGTCTGATAGAAGTTAAGGCTGGATCCTGAAGCAGAAACACGGAAGAGGTGTTTGCTCGAGGGCTCCTGCATAACTAGTTTGCTTCCCTCCCCATCTCTCCCTTGAGTATTCAGACCTAGTTGGCCTCGAATTCATAGAAATCCCTTTGCCTCTACCTCTTTAGTGCTAGGATTAAAAGCTCCACTACCATGTTTGACTTACTAACTTATTTATAGAGAGTCCAGGACAATCTGCCTAGGGATTGGTGCCACCCACGGTGGGCTAAACCTTCCCACCTCAGTCACCAATCAAGACAGTGCCTCACAGACTTGCCCAAAGGCCATTCTGATCTGGCAGTCCCTTCTCTCCCATGACTCTGGTCTTGAGTATGGTTAAGACTTAGGCTAATAAGGACAATCACCTTGTAAGACTCTGTTGGTCTCTCCAACTGCTTAGTCTGTTCCTTGACACTTAACAAGTCACTTAACAAATTAAACAAATAAACAAATATCAGAGGCCAGAGAGGGAGTTGGATTTCCTGGTGATATAGGTTGTTGTAAGGGGACTCTTGGGCAGTGGGAACTGATCTCTCTGGTCCTCTGCAAGAGCAGGTGCTGGTTGGTTTTTGTTTGTTTGTTTTTGGTCAGGTTGACATAGGTTTGAGTCATCTTGGAAGTAACTTCAATTAAAAAAAAATGCTCCTATCAGATTGGCCTGTAGGCAAGCCTTTGTGCCATTTTCTTGGTTATGACTAACGCAGACCCAACTCACTGTTGGTCCTGCATATACATGCAGGGGTCCTCCATGGTATAAGAAAGCAGGCTGAGGAAGCCGTGGGGAATAAATACCACCAGACGCTTCCTCAGTGGCCTCTGCTTCAGCTCCTGACTTCCCTCAGTGATGGACTGTGTGACTAAAAGATACAAGGCAAATAAACCCTTTCATCTCCAAGTTGCTTTGCATGGTGTTTATTACAGCAAGGAAGTCCTAAGACCAGTGCTTTGCGCCACTGAGCTCCTGTTAGCCAGCACCTGTGGGGAGGTTAAGTTTCTCATTTAAGAGGTTTGAAAGCAGAAATTTCAAATTGTACTGGCAGATCTTGGTGGCTGGGCTCCACTGTATATTAATCAATTAAAGCCACACTAATTTTATCTTTTGGATATATCGGGTACCATTTCATTTAATCTTGACAACACTCCTGGAAGAGATGCCACGGAGTTCTACTTTACAGAGGAGAGAGACACCATACAGTCCTGTGGTAATGAGAGGAAAAGAAAAAAGAGAAAAAGAAAACAGTCTTGTTCCAGGCCTTGTGTTATTGGTGCCCCCTCCATTTAAATCACCTGAGACCAGGTTGTTTTGTGCTGGCATTGAATACCAGGCTTCATGAAAGAGGGAACTCATTTATCAGTGGAGCTAGAGGCCAATTAGATACACAGCCACGAACCATTTAACCGGCTTCCTAACGCTTAATCTTCTTAAAGTGCCTCTTGATTAAGGTTAACCGCTTTGGTTGCATCTACTGTCTTGGTGTGTGAATTCATTCATTTTGAAGTGTATGCTGCTGTAACCTGGAAGAGAATATTAAGCCTCATCAGAATGCACACACACTCATCAAGCAGAGAGAGCCGTACCTAGTAAATAAATAGAAACTGGGTGGCGACGTGGCTCAGCAGGTTAAGGAACCCGACCCCTAACTTGACCACCTGATTTCCATCCCTGGGACCCACATGATAGAAGAGGCCGACTGCTGCAAATTGTCTTCTAACCTCCACACATGGACCGTAACATGCCCTGCACCCAATCACGCCTGCCCCCAACAGAATAATGAAATAAATTATTTTTCCTCCTTGCTTCGATTTTTTAAAAGACAGGGTCTTACTGGCCCGCATAGAGCTAACTATGTTGACCTGACCCCACTGGCCTCAAACTCATAGAGATCAGCCAGTCTTCTGGGATTAAAGGTGTGCGCCACCATGGCCCGCTGTGTTATCAGTTTTTATTCTGCTGGGAAACGTGAGGCCGGAGACCCCGTGATTGTCTTCTTCCTATTTTTTTATTTTCTTTTTTGTTTATTATTATTATTTTGCTGTTTCCTTCCAAATGAGCTGGATGGAGGGTAAAAGCTGTGGCTGTGCTCTGTCTTTTAAATGCGGTTTAGCCATGCCTGGCCGTTTGGAGCTGAGCAAGTGGGTAATGGTGAGCTTGTTCTCTGGAGATGATTCAGGAATGTCGCACTGATGGGTGGGGTTGTCACAAGGCAGGGGAATGTAGTCACCTCTCCCTTTGTCACTGCCTCCTTCCTCTGGTGGCATGGTGACAGCCTCAGGTCTCCTCATCCACTGGGTAACTTACTCCCCTTTACAACTTCTTGAAAACTCTTGCTTGTGGAATGAAATGCTAATTAACCTAGGTCAGAGGAGCCCAGCGTCCTGTCCTGTGTTCCAGGCTCTCTGGTGGCTCTGGCTTTTCTGAGTTTTCCAGTTAGAAAATGTATTAGAATAATTTTTTTTCTGGCTTTTTCATTCACTACCACGTACCCTTTTCACACATGTTGTAATCACCTGGGAAGTATCAGTTTTCGTAATTAAGCATCTGTAAAATGCTGCAGGGCGCGCCCAGTTGAAAGACCTGGTCTGTGTGGTGGGGAGCCTCGAAGTTGCGCTATCTGGGCACTTTTAATATTCCTGTGCCATTCGAGACGCTAGCCAATCAGCTGATCCCACTGGCTGCAGGGCAGAGCCACCCGCATCTGGGGAGGCGTGCTGGGCTTTGTTTTCTAGCCTGCTTTGCCTCTCTCTGGAACTTTTGTTGTTGAGCCAGGTAAAATCAAAGCATGAGTTCTTGTCCAAGATGTAGCCGCCTTTGACAGCCTCCCGGGCTGGAGTCGGGAAGCGGGTGCCGCTCTGGGGGGGTTGCGGCCACCGCATTGAGATGTGGTCCCAGGTCTGCTCGGGAGAGCCAGCATGGGATATCCTGGTGAGAGAGCGCTCTCAGAAAGCTGGGAAGCGGCTGGGGCTTTCTGAGTATTTTAAGAAACTTCGGCTTCCTTTCTGAACGCGCGCGCACGAGGTGCTAGGAGGAATTACCATGAGACTCTATCTCTGAGGATGTCTTCGCTGTGGAAGATCAAGCGCAAGCCCAGGGTCGAGAGCGACAGGGCTGGCGACTCTCTCTACCGCACACTTCACCTGGTGAGCGAGCGCCTTGCTGTCTCTTTCCTCCGCCCGCCCCGTGCACTGCTTTGGGGGAAGACTTGCTTCCAGGCTCTATTAATGACGCTTCAGGGCACCCTTGTTAACGAAGAGCATAGATCGCAGTGGATGGGGTCCAGTCAATAGTTTGCATGACGTTGAATTTGTATTGGGTCTTTATATTTATTTATTTATTTTCTTTAGATTTATGTGGTAGACACCTGTGGCTTTTTTATTTCATTTTTTAAAATCTTCCTAACTGTTACTGATGTTTTCCCCCTTTCCTTTTGTCTATTGAGATTTGGAACGTATTTTGTGACTGATCCACTATGCCCTTTCCCCCCCACCTCCCACCTCCCACCTCCGACCTGGGCCGGGGAAAGCAGTGTTCAGCCTGCAGCTGGGACTGCGCTTGCCCCTTTGGGTCTTCTGTATGCTGACTTGCAGTGGGTAAGGACAGTTTAACATTAGCTGACCTACTTCAGTAGATCCAGCTCTGGCAGTAAACGGCAATGCTCCGCAAAGAAATGCAGAGCGGGCTCCTGGCAAGGAACAGCTCCACAAAAGCAGCCTTCTGATACCAGTGCTGACATCCCAGCCTGTCATTTAGCGAAACAAACTTTGACAGTCCCGGGCCTAGCTGTTCCTTGTTTGAAATTTGTTAGAAGCCACCCAAAAGCAGGTAAAGAATTATAGGAGCTGTGAATGACTGTAATGCCCTCGAAAATTGTGAATTTTTTTTAGCTTCACTATTCTCCCCCCCCCAAAAAAAAACCTTAAATAAAGGCTGTAAGATTTGAGGCCACTCTTCCCTCCTTTCTTTTAAATCCGTGGGCAGTGTTAAATCGGTCAGAGTCAGAACAGTTTCAGAAGTTGCTCATCTGCAGGCGGACGGTGCCTTTTGTGGTTGCATAACAGGAAGGCTTAAGCAGCTGGGTGGCTCCAGTTGATAGAGCTTTCTCAGGAGTCTGTCGCCTCCTCTGTTGTCCTTTCTTTTCATCTTGAATGAACAGGGTGGGGGGAGAGGATGTTATAAACACCAGGCCTCCCTCACGCAGGCCTTGGGAAAGTGGCCTGGCTCCT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Seq C2 exon
AGCACAGAACAGGTTGCAGCGTTTTGCCGGAGTCTGCACGAGATGAGCCCCTCTGACTCAAGCCCGTCCCCTCAGGATGCCACAAGCCCTCAGCTGGCAACCACACGACAGCTGTCGGATGCGGATAAGCTGCGCAAGGTGATCTGTGAACTGCTGGAGACTGAACGCACCTATGTGAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000002489-Tiam1:NM_009384:16
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=0.550
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0062115=RhoGEF=PU(6.8=21.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: