RnoINT0150910 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000021569 | Tiam1
Description
T-cell lymphoma invasion and metastasis 1 [Source:RGD Symbol;Acc:1307455]
Coordinates
chr11:29958550-29967696:-
Coord C1 exon
chr11:29967593-29967696
Coord A exon
chr11:29958730-29967592
Coord C2 exon
chr11:29958550-29958729
Length
8863 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGA
5' ss Score
8.68
3' ss Seq
CTGTCTGCTGTACTCCACAGAGC
3' ss Score
10.08
Exon sequences
Seq C1 exon
GGCACAGCCTCTCCAGCGAGCAGGGCAGCAGTGCTGAGACAGCTCCGGAAGAGGGCGAAGGACCGGACTTGGAGTCTTCCGATGAGACAGATCACAGCAGCAAG
Seq A exon
GTGAGAGATTTTCATTTTCACATCCCATGTCCTGCCGGATCACAGCTGACAAGCCGCCCGGACAGCTGTGTATGCTCAGGCGCCTCTCCGTGGGATACAGTGTGTTTTTACTTCTGAGATGTTACTAAGTAGCTAGATATGAAATCTAAATTACAGTCTCCGTAACAAACCCATGTGGGAGAATATAGGGCAGAAATCACTTGTAATGAATTGAAGGCCTCTTTCTTTAATTTCTGCCACGGCTGGAGCTCCACGTTAATGCCATAATTTCACCCCATTTCCTTCCTCAGTCTTCATTTGTGGAGGATGAAGCATCATCCTAAATGTGCATAATGGAGTCGGCAGTGCCTTCTGCCACTTAGGGGTTCTGTAATGAGCCGCACTTGAGCGATCTGCTCTCAGCTCTTGTTCAAGGTGCACTCTTTTACATTAAAGGGAAAGGAAACGATTTTTATATTAAGCCAATTATACTGTTCTTCAGCTGAATACAGTGAGCAAAAACTTCCTTTTGATGCTTTGGTGTAAACCGGTATGATTGTTGCCCGTGACTCTGTGTGCTTTTTGGCTACTTCGTCGAGTGTGTGTATACAGTAGCCCCTTTGCTCCTCAGTTTCCACGTCCAGAAGACAGGTTTTCAGACAGAGTCACTGTATTAGTTCCTTCTCTGTTGCTGTGATGAGACACTCTGCCCATTATCTTCTTAAGGGGAAGGTGGTTTCATCTCATGCTTCGGGTCATAGTTGATAGACGTTAGGGCGGGAACCTGAAGCAGAAACCACGGAAGAAGACTGCTGTTTGCCCACGGGCTCATGCTTAACTAGTTTGCTTCCTTCCCCGTCTCTCCCTTGGGTTTTCAAGACAGTGTCTTTCTCTTTATTCAGACCTGGCTGGCCTTGAATTCATAGAAATCCCTTTGCCTCTACCTCTTAGAGTGCTAGGATTAAAGGCTATACTGCCATGCTTGACTTACTGGCTTATTTATACAGTCCAGGACAATCTGCCTAGGGATGGTGCCACCCACAGTGGGCTAAACCTTCCCACATCAATTAACAATCAAGACAGTGGCTCACAGACTTGCCCAAAGGTCAGTCCACCTGGGCAGTCCCTTCTCTCCCAGGACTCCAGTCTTGAGTATGGTTAAGAATTAGGACTAATAAGGAAAATCACCTTGTCTGTCACTGTTGATCTCTCCAAATGCCCATTCTGTTCCTTAAGTCCTTAACAAATTAAACAAATAAACAAATATTAGAGGCCAGAGAGGGTATTGGATCTCCTGGAGTTACAGGTTGTTGTGAGCTGTTAAACCTGGGCAGTGGGAGCTAATCTCTCTGGTCCTCTGCTAGTTGGGTTTTTTGGTTGGTTGGTTGGTTGGTTGGTTTTTGGTTTGTCAGTTTGACATAGGTTCAGGTCGTCTGAAAAGTAACCTAAGTTTTAAAAAATGCCGCCATCAGATCAGCCTGTAGGCAAGCATTTATGCCATCTTCTTGGTTAATGATTAAGGCAGGCCCAGCTCACTGGGGCGGGTGCTTCCAGCCCTCTGCCGGTCCTAGATTGTATAGGAAGGCAAGTTGAGGACTCCGTGGGGAATACCAATAAGAAGCTTCCTCCATTTCCTCTGCCTCAGCCCCTGACTTCCCTCAGTGACTCAAACATACCAGACAAATAAACCCTTTCATCTCCAAGTTGCTTTGCATGGTGTTTACCACAGCAGGAAAATCCTGACAAGTGCTTTTCCCCCACTGAGCTCCTGTTAGTACCCTTCCAGAGGTTAAGTTTCTCATTTAAGAGGTTCGAAAGCAGGAATTTCAAATGGTCCTGGCAGATCTTGGCGACTGAGTTCCACTGTCTATTAATAATAAAGTCACACCTGTGTTACCTTTTGCATAAATGGTGCGCCGTCTCATTTAAGCCCATCTTCCCAACACTCCTGGCAGAGATGCCGTCCAACTCTATTTTACAGAAGAGAGAAACATGCAGAAAAAGAGAAAAGTCTTTCTCCAGGCCTTGTGTAATTGATGCCGCCATTTAAATTACCTGCAGCCAGATTGTTTTGCGCTGGCACTGAACGCCAGGCTTCAGGAAAGAGGGAACTAATTTATTAGTAGTGCTAGAGGCCAATTAGATACACAGCCACGAACCATTTAGCCGTTTTCCGAATGCTTAATCTTCTTAAAGTGCCTCTTGATTAAGGTTAAACGCATTGGTCGACTGTGTTGGTGTGCGAGTTCATTTGTTTTGAAGCTGCTAAACCAGGCGGTTGAGCCTCCTCTGAATGCACACATTTACCAAGTGGAGAGACGTGCCTAATCAATAAATAGAAACCCGTTGACATGGCTCGGCAGGTGAAGGAGCCCCTCCCCTAACCTGACTACCTGGTCTCCATTCCTGGGACCGTGTGGCATGTGGAAGAGGCTGTCTGACTCCTCCTGTCCGCTAACCCCCACATGTGCGCCACAGCATGCCCTGCATCCAAATATGCCTGCCCCCAACAGAATAAGGAAATAAATCATTTTTTTCTTCCTTGTTTTGTTTTTAAAAGACGGGGTCTTTTAGCCCTGGCTGACCTGGAGCTCGCCATGTTGATATGACCACACCGACCTCACACTCATAGAGGTCAGCCAGCCATCTGGGATTAAAGGCGTGGGCCACCACAGCCTGCCCTGGTGCCAGTCTTTATCCTGGTGAGACACATGAAGCCGGAGACCCTGAGATTGACTTCTTATGTTTTATTTCATTTTTGCGTTCCTCCCAAATGAGCTGGATGGAGGGGGAAGCCCTTGGTGTTCTCTGTCTTTGAAATGCAGTGTAGCTAGCGGTGCATGGCCTTTGGGGGCTGAGCATGTGGGTAGTCCAGAGCTCTTTCTCTGGAGATGATTCAGGAATGTCACCGCGATGGGTCGGGTTGTCACGAGTCAGAGGAATCTAGTCACCTCTCCCATTGTCACTGCCTCCTTCCTCTGGTAGCTTAGTGGCAGCCTCAGGTCTCCTCACCCGGTGACTGACTTCCCTTTGCAGCTTCTCCTTAAACTCATGCTCGTGGGATGAAATACTGATTAACTGAGGTCAGAGGAGTCCAGCGTCCTGCATTCCAGGTTCCCTGGTGGCTCTGACTTTGTTTTCCAGTTAGAACCGGTCTCTCTGACTTTCCATTACAACCAGTTCCCTTCCCCTTTTCAGGACGTTGTGATCATCTGGGAAGCACCTGCTTTTGTAACTAAGCATTAGTGTAAAAGGCAGCAGGGTGGGTGGGCACGGGTGAAAGACCTCTTTTGTGTGGTGGGGAGCTGCGAAGTTGTCCTAGCTGGGCACTTTTAATACCCCGTGCCATTCGAGATGCTGGCCAATCAGCTGATCCCACTGGCTGCAGGGCAGAGCCTCCCGCATCTGGGGAGGTTCTCTGGGCTTTGTTTTGCCTGCTTTGCTCCTCTCCTCTCTGGAACTTTTGTTATTGAGCCAGGTGAAATCAAAGCATGAGTTCTTACCCAAGATGTAGCCTTTGACTGCTTCCCGGAGCTCGGATGGAAAAGCAGGCGCCGCTCTGGGGCTCCGCCCCGTTGAGATGTGGTCCCAGGTCCGCTCAGGAGAGCCAGCATGGGACACCCTGGTGAGAGTGTCCTCTCTGAGAGCTAGAAAGTGGCTGGGGCTTTCGGAGTATTTTAAGAAACTTCGGCTTCCTTTCTGAACGCACGAGGCACTGGGAGGAATTACCATGAGACTACATCCCTGAGGATGTCTTCACTGTGGAAGATGAAGCGCAAGCCCAGGGTCCAGAACGACAGGGCTGGCGATTCTTTCCACCGCACACTTCATCTGGTGAGCGCCTCACTGTTTCCGTCTGCCCCGTGCGCCGCTTTGGGGGAGACTAATGACGCTTATGCTTGTCCCAAACCTCCGAATTCCATCTCCTTTCCCCTCCGGACACCCTCGTTAACAAAGAACATATATCGCGGTGGGTTTTGTAGCCCGGGGTACAAATCAGTAGTTTGCATGCAGTTGAATTTGTATTGGGTCTTTATATTTATTGGTAGAGGGTAGATTTAGGTAGTAGAGGGCTGTGGCTTTTTAATTTCATTCTTTAATCCTCCTATTGCTGATGTTTGCTTCTTTTGGCTATTGAGATTCTGAACGTATTTTGTGACCGATACGTTACACCTCTGGCTGAGGACTGGGGAAGCTCAAACAGCTTGGGCTGTGCTTTGTCCCTCCGGGTGCTTTGGGTCTTCTTTATGCTGACTCGCAGTGGGCGAGGACAGTTTAACATTAGCTGACCTACTTCAGTAGATCAGCTCCCCGGCAGTAAATGGTAACGCAATGCTCGGGAAAGAAATGCACAGCCAGCTGCCGGCCAGAAACCGCTTAACAAAAGCAACCAAGCCCCTCTGATACCAGTGCTGGCATCCGAGCCTGTCATTTAATGAAACAAACTTTGACGGTCCAGTGCCTAACTGCTGTTCCCTGTTTGAAATTTGTTAGAAGCCACCCCCAAAGCAGGTAAAGAATTAGAGGAACTGTGAATGACTGGAATGCCCTCTAAAATTGTGAAACGCCCTCTAAAATTGTGGATTTTTTTTTTTTTTGCCTCACCATTCCTCCAAAAAAAAAAAAAAAAAACTTAAATAAAGGCTGTGAGATTTGAGGCCACTCTCGCTCCTTTTAAATCTGTGGGAAGTGTTAAATCGGTCAGAGTCAGAACAGTTTCAGAAGTTGCTCCTCTGGAGGCAGCCGGTGCCTTTGGCGGTTGTGTAACAGGAAGACTTAAGCGGCCCGGTGGCTTCAGTGTGTCCCTAGGAGTCTGTCGCCTCCTGTGTTGTTCTTTCTTTTCATCTTGGACAGGGGGGAGGATGTTGTAAACGCCTCACCTCACCTCACGCCTCATGCCAGCCTTGGTAAAGTGGCCCAACTCCTCCTTCGTTGGCTCAGTCTCAGTTTTGGCTGGGAGGAGGCACCTCTGCCCCCTTCAACAGTTTAAACTCTGCAGTGTCTGCACTTTGGTCTCTAGG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Seq C2 exon
AGCACAGAACAGGTCACAGCGTTTTGCCGGAGTCTGCACGAGATGAGCCCCTCTGACTCGAGCCCGTCCCCTCAGGATGCCACGAGCCCTCAGCTGGCAACCACACGACAGCTATCGGACGCAGATAAACTGCGCAAGGTGATCTGTGAGCTCCTAGAGACCGAACGCACCTATGTGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000021569:ENSRNOT00000046486:20
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=0.617
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0062115=RhoGEF=PU(6.8=21.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]