GgaINT0116819 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000015842 | TIAM1
Description
T-cell lymphoma invasion and metastasis 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:11805]
Coordinates
chr1:103805354-103813505:-
Coord C1 exon
chr1:103813402-103813505
Coord A exon
chr1:103805534-103813401
Coord C2 exon
chr1:103805354-103805533
Length
7868 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGA
5' ss Score
8.68
3' ss Seq
CCTCTTTCTTGTTTTTAAAGAGT
3' ss Score
7.18
Exon sequences
Seq C1 exon
GGCATTCGCTTTGTGGCGACCCGGACAGCTCTGTTGAGACAGCACCAGAAGAGGCAGAAGCGCAAGACTTGGAGTCATCCGATGAGGCCGATAAGATGAGCAAG
Seq A exon
GTGAGAAGTTTTCATTTTCACATGCCTAAGAGCGAAAGCACAGCGTGCTCACGGCTGATGTGCTGACTTCCCAGCTACACACGATGAGAAAGTCTCTCCTGGGAAAACGTTAATCTTACTTTTAGGGTCTTTCCAGATGATACCGAATGTAACGGATCACTGCTTTCATGGTGGCACCTGGCCATCTCTTGAACAAGACTTGTACCCTTTTCCTGGGGGTGGATCATTACTGTCTTGTGTTTTTAAAAGAGCTGGTTTATCATCTTCACCAGAGCTAAACCAGAAGATCAGGTGGACTATTATGATTTCTTATTCTTTCTTGATTTCTAGGCAGGGGAGGATTGTAAGTTAAACAGTAGTTCCTTAAATCAGTAGCATAGTGCACGTGCTAGTTTTTAAATGCAAACTAATTATAGCCAATCTACCTTCAATTGAAGCATAACTCTCCAATTACAGCTAAGAGGTTGTGCAAATGGATTGCTAATTGCTGTATATTAGGGGGTGGGTTTCACAGCAGTTGGTAGTTTGCTTTAGGTTGGTGTTGGGGAGCTTCACACAACATGGTCTGTGATGCTAAGTGGTTTTTGAGGCAGAATCAAGTGAGATTCTTTTAAAGGCACAGATTGTTTTTAGGTATTTCATGAGTAAGTGATGGTGAGATTTTATAGCTAATTTTCCTGAGAACTCCTGATCTAATGAGATCTTGCTCAGTCTGTACTTACGTGCGGATGATTATTCTTAGCTCTTGTTTTATCTACAGTGTATTACACAGAGTCCTAAATTGGTCCCTGTTCTATGCTACTGGCTTACTGTAGGAAAAGGGAAAGACCCTGGCCTCTGGTTTCCTGTTCTCTTATGTCACTCCAGCCTGTAGTTCTGGCTTTGATAGCCAGACAGTGGAAGTCAGATAACAGAAAACATTCTTCTGCATGAAGTATATGTAGAGCTTGCAGGCAGAGGAGGAGGTTATTCTTAACATTCTGCTTCCAGGTTTTGCTGCACAACTTTTTCTTGTAAGTACAAAGAATTTCTTCTCAAGTAAGTGAAGTGCTTGGTGATACTTCTCTATTTTTAACTGTAAGTGTGTGGGAATTTCACGTGCTCTGTGAAGAGCCTCTTCTGTTTAGCACTGAAGCTGTGGAAGAGAGCCGAACGTAGCACACAGCTACTTAGGGAATAAGCGTTCTTGCTGTGTTTTGTGTAGCTTTCTGTTTCTGAGCTGGGCCAGGCTGTGGGACTCCATTTTGCATTTTGCTTTCTGGATCTTCGAAGCTGTAATTGCCTGAAGGGAGACGTAGGGATTACATGATTAGCTCTGTGGCTCAGCAGATTTAGTTAAACTGAGAAATGTGTGCTAGCAGCTCTAATACTTAATATCCATATAATGGAAGAGTAACTCGTGACTAACAAGCCTTAGCTTCCAATGAGAGGGAAATGCATCCTTCTGTAAATGAAGTGTTAACTTCAGTGCATGTTTTCTTTTAAAAATCAGAAATATGTCTTGTGTTGTTTACATGCTGCAGGTGGGAGGAAATAAAAAACTAATACCCAACCAAAAAAAGCTAAATCTACGGGTGGGTTTTCCTAATCCTTTTGCTTTCCGTGTGCTTGGAAAAGCTGATCTGCGTGGGCTGGGAGGAATCTGCAGTGTTTTCCTTCATGGAAAATCAGCACCTGGCTGGTACCGTGAGGGGAGCAGCAAAGGTGTTTTCCTTTCTGTACACTGCTGATCGTTCCCGTGCTCATAGGATTACGGAGCAGAAGATTAAGCTGGTGTCCTCAGTGCTGTTTTATGCAGGTTATTTTTGTACGTGGGAAGTGAAACGCTGCATTCCTGCCACCGGGAGGGGCACGCTCCTTCTATCACCTTTGCCACCACGGCTTCTAGGCTCCCTCAGATGGTGGAGAGGCAGAGAGACTTTGTGATCCTTTATTTACTGCCCATCTTGGCAAAAGCAGGGCAGGAGCGCTCTTATCCATTCACCCCTTGGCGGTAGAGGAAATCCAGTTGAGCTACGCTGGAGCCTCCCAGCTAAATGCTAAGTTCCCCATCCTTCAGCACAGATGCAGCATTAGCAACCGAAGATCCTAAAATAGTGCTTGGGTTGCTTCGTGCCTTGTGATAGCACGATTCTGAGGCAAGGCTTAATCCTGCAAACATCCGCGCTCCACGGTGGTCTGCTGGTGCCTGCAGAGCGCTGCTGAGGAGGATCGCTGCCGGCTCCTCCAAGGAAATTTCCCAGCTTTCCAGCCAGCAGAGCGATTCTAGATGGGAGTTAATAATTCATGGGAAAAGGAGAGGAACGCAGTGCTGCGGCTGTCCTTCATGTGTTCTTGTAGCACATGCTAGGTAGGCTTTCTATGAAGGTAAGCGGTGTGAAATCCTACCAAAAGCTGTGCTTGGATCCCTCCTGCCTTACTATTTGCTTTGCCGTGTAGATGATACATGGATGAATTACACAGGAGGTACCTGAATGTGGCTCATCTCCTCCTCCTCCTCCCTTCCAGCTGTCTCTTTCCCTTCCCCCAGCCTGGCATGTGTGCACGTGGGTGTGTGTTTGCTCCGTACAGGTGTATTTGTTTCATAATCTGCAAAAGCCTCCAAGCTGTTGGTGGCGGTGGACTGGGAGAGTGTACCCATAGCTTTAAGGATTCCTCCCATTACTGAAAATCCCGTTCCCTCTGTATCCTACAAACCCAATAACACAGAATTTACTTCTCTCGTTATCCTCAAATGAGCTATTATAAACAAAAGTAAGATGACTGTAAAGCTGTTTCTGATAACGTACCTTGGAAATAGGTTTGTATATTTTAAGGCATTTACAGTGCAGTGGTATGGGATAGCCATTGTTCTCCGAGCTTGCTGCCTATCCGATTTCATGATGCCTTCTCTTTATCAACCTGCCCTCTTGGGTTTTAATCTCTGTAAACACTAGCAAGCATCCCTTTAAGGGATGCAGCCAACAGTGACCTGAATTGTGCTCCCGGTTGCTTCTTCCTTAGGGTGTACTCCTTACTTTCCCACTCTCTCAGTTTTGTGTGGGAGCCAGCGCTGGAGAGGAGAGAGCAGGGAAGGAATAGCAAGGGGAGGAAAGCGTACTCTCTGCCACCTCTTCGGACTTGTTTTCATCCACCATGGGAACTGAAGTTTCAGGCTTTGTGTGGAAACTAACTGATTCTTCTCTATCAGTCAGCACAATACTGGAAACCTTTCAGAGCAGAGTAATTAAGTCTTAAACATTTACTTGCCTTTGTGGTGGCCTACTTTGGCCTTTTAAATATTGTAGAATGAATGAAGGTTTTAAGGAGGTGCCCTGAAAAATGGGTATGTGTGTTAAGCACTCAGTGCTGCAGGTCGCCAAAAGACACGCCAAAACAACACGCTAAGACGCGTGTTGTGGTACATCACAAGATGAGTCTTCGTGTGTATTTTTTCCCTATAACGGTCCTCTGAAATTGATGGGGGTGGTTGAAAAACAAAACCAAACAAACTGGTAATCAGTTGTAATATTGCAGGACATCCGTTTCCCCTTGTTTTTAATTTAAGGCATCTGCCTCTTGAAACTGGAGCTAATTACCCTGCAGCACTCGTGCTTTGGGGAGTGTGCTGTAATGTCTGTGCGTGTGTACGTGTTCATACGACTTAGAGATATTTTTCCAAAGAAAATAGGTCGTCGTCTCTGTGCAACGCTGCTGAAGACCAGAATTATTAAGTCTCGTAACCTTCGGTGTGCTGCAATAGATGTGAAAGGATTAAAATGGGGATTTGAGGGGTAGGTTTGCCAGCAGCATAACCGGCTTTTTAAAGTTCCTTTAATTCTCTGCCTCTGTCCCTTCAGATGTTTAATATTCTTAGGCAGTGCAGTTCATAGCCAATTGGCTCGTGCTCCGCCACAGGCAAGAGACATTTATATTCCAGGGCTGCCTTCACCTCCCCTTTGCTGCATTTCAGCCTTTCTGCTGAAATTATCATCTGCATGTTTCCATGAAGAGCAGCGTTACATCTTCAGCTGCGACTCCTGGCCAGCCCTTAATTCCAGCTGATGTGGTGAGTGAATGAGGCCCACGGCAAACGACACACGAGGAGAGGCTCTGCCTGGATAAATACGGTCACTGCCCCTTCTTGTTAAAGCGTGGCCATCTTCTGCATGTCTCAAAGTGAGGAATATCTCTCCGGAGTGGGGGAGCGTTTCGGATCAGCTGAATATGTGGAGAGCCGGGGTTTTTCTCACAGCTGAGGCTGGAAGCACGGAGTGACAGCGCTGCCAGCACTGCCTTCCTGGCGATGTCGGCTCTGCGGAGGGTTAACCGTAAGCTCAAGAATGAAAGTGCTGTGGGATCCGGCGACTCTCTGTACCGTATGCTGTATTTGGTGAGCAAATCTACTGCTAGTCTTAAGGAATTAGCAGCTAAGCAAATTTCTGTGCCGTTTTAAATTGTGAGGTTATAGATTTGAGGCTGAGCTGTTACGCGTATACCCTGCAGAGGTGTTTTGTTATTGTGCAATGTCATTAACTGTTCTGCCAGTGCGTGAGAGAGTGCGGTTTGCCTGAGTTTTGTTTGGGAGATCGGTACTGCTTCAAGTTTGCTGTGTGGTGCAGAGCAGAGGTGTTGCACGCAGTCTGGGAAGGCATTCTGTTTGATGCCCCTGCACCTGTGTCTTTCTATAAGGGGAGCACAAGAGGAGATCGCAGTCCACTTCCACAACTGTAGGGCAGGCAGCCAAACCTCCCATCTGTGGGCATTGTTAACATGCTCAGTGAGTTAAGGACTTGCCCCTCCTGCATCAGAAGGATGTGAGCTTAGCTCCTCTGCCGAGTCCCCTGCAGAGGAGGGGTTAATGCACTGGCAAAGCAAGCCTTGCCTCGCAGCCCTGTTGTGCAAGAAGTCCAGCTCATGTCAAGGTTGCTGGATGGGACTGCTGGCAGGACTGTGCCTAAAGTAATTGCACTAATTCTGGAGAAATCGCTGTTCAGTAGCAGCTGGCAAACAGAGCTGGT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Seq C2 exon
AGTACAGAGCAGGTCGCCGCTTTCTGTCGCAGTCTTCATGAGATGAACCCTTCTGACTCAAGTGCACATCCTCAGGAATTCACAGGACCCCAACTGGCCACCATGAGACAGCTCACAGATGCAGATAAACTGCGAAAGGTCATCTGCGAACTTCTCGAAACAGAGCGCACCTACGTCAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000015842:ENSGALT00000025542:16
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.914 A=NA C2=0.439
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0062115=RhoGEF=PU(13.3=21.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]