DreINT0163671 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000042467 | tlk1a
Description
tousled-like kinase 1a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-071008-2]
Coordinates
chr9:3625582-3627341:+
Coord C1 exon
chr9:3625582-3625679
Coord A exon
chr9:3625680-3627259
Coord C2 exon
chr9:3627260-3627341
Length
1580 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACAGTATGT
5' ss Score
6.05
3' ss Seq
TTGTTGTTCTAAAATGTCAGATT
3' ss Score
5.29
Exon sequences
Seq C1 exon
GAGGAGGCAGAGATTCAGGCCGAGCTGGAGAGGTTGGAGAGGGTGCGAAATCTCCACATCCGGGAGTTGAAAAGAATAAACAATGAAGACAGCTCACA
Seq A exon
GTATGTACTCAGACTCTGACCACATCTGCCTCTGATCTTTATTTATCTCTTCTTTTATCATGCATCACATGTACTGGACATTGAGTACTTTTACATGGACCACCTCAATGTCATTATAATGGGGTTTTGGCAATATGATGATTCAACTTTACCTCATGTAAATGCAATAATTTGATATAAATAATGCGAGTAAGCTCATAATTGTATTAACGTAGGTGTCTTATGCTGATTTAAATGGAATTATTGATTTTGGCAATATAGTGATTTAAAATTGACCTAATGTAAACACAATTTACTATAAATAATGCGAGTAAGCTTATAATCATATTGACATAAGTGCCGTTCGTTGATTTTAATCTAAATATTCATTTTGGCAATATAGCAATTTAAACTACCTCATGAAAACGCAACAGTTTGATATAAATAGTGCGAGTAAGCGCATTATCGCACTAAGCAAAACTATTGTAACAGGTGTCTTATGCTGATTTTAATTGAAATAATCAATTTGGCAATAAAGCGATTAAATTACCTCATGTAAACACAATAATTTGGTTCAAATAATGCGATTTAAGCTTATAATCGAAATAACATAGGTGGTGTTTATTGATTTTAAGCTAAGTATTCATTTCGGGATAATAGTTTAACTTATGTAAATGCAATAATTTGATATAAATAATACGATTAAGCTCATAATTGGATTAACAACGGTGTCTTATGCAGATATATATTGAAGTATTTATTTGGCGATATAGCGATTAAACTTTACCTCATGTAAACACAATAATTTGATATAAATAATGCGAGTAAGCTTATAATCGTATTAACATAGATGTTGTTCGTTGATTTTAATCTAAAAATTCATTTTGGAAATATAGCAATTTAAACTACCTTATAAAAACGCAATAGTTTGATATATAAATGCTAGTAAGCTCACAATCGCAGTAAGGACAACTATAGTAACATAGGTGTCTTATGCTGATTTTTCTCAAAGGATACATTTTGGCAATATGTTGATTAAACTTTAACGCATGTAAACGCAATAATTTGATATAAATAATGCGATTTAAGCTTATAATCTTATTATCATAGGTGTTGTTCGTTAATTTTAAGCTCAAACGTAACTTATGTAAACGCAATAATTTGATAATAATGCAATTTAAGCTTATAATCGTATTAACGTAAGCGTTGTTTGTTGATTTTTTTTTATTTTTTATTTTTTAAGCCAAGTATTCATTTTGGGATTATAGCGATTAAACGTAACGTATGTAAAGGTAATAATGTTATATAAACATTGTGATTAAACTCATAATCGTATTAACAGGTGTCGTTCGCTGATTTTTTTTATGGCATGCATTGTTCACCACAAAACTAGTAATGTGAGCTAACAAAATCATATGGTTAGTTTTGATTTCATGTGCACTTTAAAGGGCCCGTATTATACACATTTATATTCTTTTCTGTGATGTTGTCTGCTTGTGTGTTTGTTTCGTTCACCTAAAACATAATTTAGTTTTACATTACTTTCCACCCACCTTTCTTTTTTCCTCTTTCTCCTTTGTTTTGTTGTTCTAAAATGTCAG
Seq C2 exon
ATTCAAGGACCATCCCACCCTGAATGAACGCTATCTGCTGTTACATCTGCTGGGCAGGGGTGGATTCAGTGAAGTCTACAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000042467:ENSDART00000123074:15
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.121 A=NA C2=0.071
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0006920=Pkinase=PU(5.7=57.1)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]