DreINT0169403 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000060374 | ttll11
Description
tubulin tyrosine ligase-like family, member 11 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-061013-747]
Coordinates
chr5:33011798-33026719:+
Coord C1 exon
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Coord A exon
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Length
14218 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAAGA
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000060374:ENSDART00000085684:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.876 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0313310=TTL=PU(4.8=44.1)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]