HsaINT0174683 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000175764 | TTLL11
Description
tubulin tyrosine ligase like 11 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:18113]
Coordinates
chr9:122039272-122092808:-
Coord C1 exon
chr9:122092687-122092808
Coord A exon
chr9:122039369-122092686
Coord C2 exon
chr9:122039272-122039368
Length
53318 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTGAGG
5' ss Score
8.41
3' ss Seq
TCACATTTTTTCTCTTCTAGTTC
3' ss Score
10.53
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.643 A=NA C2=0.048
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0313310=TTL=PU(4.6=42.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains