MmuINT0167538 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000026885 | Ttll11
Description
tubulin tyrosine ligase-like family, member 11 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1921660]
Coordinates
chr2:35800383-35835144:-
Coord C1 exon
chr2:35834692-35835144
Coord A exon
chr2:35800480-35834691
Coord C2 exon
chr2:35800383-35800479
Length
34212 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTGAGG
5' ss Score
8.41
3' ss Seq
ATTTCCCCCTCTTTTTCTAGTTC
3' ss Score
10.77
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Secondary ID
ENSMUSG00000026885-Ttll11:NM_028921:1
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.800 A=NA C2=0.071
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0313310=TTL=PU(4.6=42.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: