Special

HsaINT0174683 @ hg19

Intron Retention

Gene
ENSG00000175764 | TTLL11
Description
tubulin tyrosine ligase-like family, member 11 [Source:HGNC Symbol;Acc:18113]
Coordinates
chr9:124801551-124855885:-
Coord C1 exon
chr9:124854966-124855885
Coord A exon
chr9:124801648-124854965
Coord C2 exon
chr9:124801551-124801647
Length
53318 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTGAGG
5' ss Score
8.41
3' ss Seq
TCACATTTTTTCTCTTCTAGTTC
3' ss Score
10.53
Exon sequences
Seq C1 exon
CGAGTGTTGGCGGGGACTGAGCCTCCTGCTTGAGGTAGTTGTTTTTACTCCCAGTCCCCAGGCTCACGAGCCCCACGCGCGCTCAATCTGCCCTCCCGCTTCTCCTCGCCACTCCGAGTTCTGCGCCCTCGAGATCCAGCGCATCCGCGGGGTGGGCGGGTCCTGGCGGCTCTTTGCCCTCTTCCAACATGGCCGCCGCTGCCTCTGTGACAGGCAGGGTCACGTGGGCAGCCTCGCCTATGAGGTCGCTGGGGCTCGGCCGGCGATTGTCCCTTCCCGGACCCCGTCTCGATGCGGTGACTGCCGCTGTCAACCCGAGCCTGAGCGATCATGGCAACGGGCTCGGGCGGGGAACGCGTGGCAGCGGCTGCAGCGGCGGCAGTTTGGTGGCGGACTGGGGCGGCGGAGCGGCGGCGGCGGCGGCGGTGGCACTGGCACTGGCCCCGGCCCTGAGCACCATGCGGCGGGGCAGCTCCGAGAGCGAGCTGGCGGCCCGGTGGGAGGCGGAGGCGGTGGCTGCGGCCAAAGCGGCGGCCAAAGCTGAGGCCGAGGCCACAGCGGAGACGGTGGCGGAACAGGTCCGCGTGGACGCGGGCGCGGCCGGGGAACCGGAGTGCAAGGCAGGGGAGGAGCAGCCCAAGGTCCTGGCCCCGGCCCCGGCGCAGCCCAGTGCGGCTGAGGAGGGGAACACCCAGGTCCTTCAGCGGCCGCCGCCCACGCTGCCCCCGTCCAAGCCGAAGCCGGTGCAGGGCCTCTGCCCGCACGGGAAGCCCCGGGACAAGGGCCGAAGCTGCAAGCGGAGCTCGGGCCACGGTTCCGGCGAGAACGGCTCCCAGCGGCCGGTCACCGTGGACAGCTCCAAGGCCAGGACCTCCCTGGATGCCCTGAAGATCAGCATCCGCCAGCTCAAGTGGAAGGAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
TTCCCATTTGGCCGGCGCTTGCCTTGTGACATCTACTGGCATGGAGTTTCATTTCACGACAATGACATATTCTCCGGTCAAGTGAACAAGTTTCCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000175764-TTLL11:NM_194252:1
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=0.654 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):

C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0313310=TTL=PU(4.6=42.4)


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:


Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
LOW PSI
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]


SPECIAL DATASETS

  • Autistic and control brains