DreINT0170292 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000037559 | uba1
Description
ubiquitin-like modifier activating enzyme 1 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-040426-2009]
Coordinates
chr23:20714141-20722169:+
Coord C1 exon
chr23:20714141-20714292
Coord A exon
chr23:20714293-20722052
Coord C2 exon
chr23:20722053-20722169
Length
7760 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACGGTTTGA
5' ss Score
2.58
3' ss Seq
TATTTCTTCTTGTTTTCCAGATG
3' ss Score
11.11
Exon sequences
Seq C1 exon
CTGCACATGTTGGTTCTACGCTCATGAACTGAAGAATACTTGCCGAACTGTTAACGGTACAGGGAATAGCCGGTCAGGCAACCGTCCAGCCTCCCCTCACACTGGAAAGTCACGGAGCTCCCGCCACTTCCAGGGATAAAGTTACAGAAACG
Seq A exon
GTTTGATTTGACCTTTTTGTTGTTTATCTTTTGCCCGCGAGGTATTTCTGTATTCAGTACCGTGGAGAGGCCAAGTAATATCGGATGTGGTGAGTTCTGCATACTTATGTACCTAGCTAATGCTAACTAGCTAACGTGTCCACAAGAACAGTGTCACTGTTAGCTAAAGTCAAGTTTTTACCGCTCAAGTCAGATAGCCAGGCGCAACAATTTGCCTGTAAATATCATCTGGCCACTTTAGGAAGAGCCAGCTAACGGCATGCGCGAGACAATGCGCTCCATGCGCGCATCACGAGCCGGGGATAAAAGAAACCAACTCATCCTTGCGGAAAAGTTGGCCACTTCTCCCGTCATATGGTTTGGGTTATTTTTCATCCTTCCTTCATGATTTGCACGAAGGTTGCGCTAAGCTAACAAGCTTCGTTTTTGGCAAGCTAACATAACGTACTCCTAGAACGCTAGCCTAGATAGATAGCAAGATAATCTGAGTGCCCGCATATCTGCACAAATCCCAGTCTTAAAACTATCTCAAGATTCACGCTAGGAAAAAATGCATCAAATGCCGAATCCAACTCGTGGGGGTGTGAGGTACCCGGTTATTGTTTTGCCTCTCCGGTTAGATCACTGATCACTCAACCTGTTTATGTAACCCTCTCCATTGTTAGCATCGATTTGCTATACTGCGAACTCCAGCGTTTTAAAATCCCACGATTGCCTCTATAGTAAGCGTGCAATTGCTGTCTATAACTCATCTTATGAATGTGTTTTGCAGCGAGCTAAGTGGCTCACGCGGTTTTTGACTCTCAAGTGCAGGTGCGCGAGCGGCAGAATGATGCGATGCGTTGGGGGTTGTTGACAGGATTTGTACCTGCTGTACAGGTAACTCTGACAAGGTACATTTGCTTCTTATGTGCACCATATGCGAGAATAAGCGGCCCACTTGGGCCTTTGTCACAAGTACCACCCCATCCCCCAACGCTTATTGCTCTCAATTCCAAGAAAGCCCATGCCTAACCCCTCATTTTAGCGGTCATTGCTTTGAAAAGGCACTGTTTCCTATGGGTTGTGGGTTTAGAGGAGGTAAACTGCTCTTTGCAAAACAATAAGGGATATTCTTTTGAGTTTATGAATGTATAATTACATTAAGGTGCATTTAAACTTCGCAGAGATGTGTGTATTCGGGCTATTTTGCAGGGTATTATTCTATGGTTATTTCTTATGGCTTAATATTGTGCTCTTATTATCCCCATCCGTGTGGGTGAAATATTTTGCCCACGTGGTTTGTCAGTTATGTCTGCTCCTTGGTAAAATATTTGTGACCTACTTAATAGAGCCAGCTGTCAACAGGCAGGTTGCATGTCTTTGTTTATGTAAGATGGAGTGAATAATGCAAGATTTTCTTCACTGTTTGGGTACTTGACTAGTAAAACAGTTTAGGTTATCAAGTAGGCATTTTTTGGATCATGCGTCAGCCATTAATAAATTATCCTGCACATTTTCATTATTTATAATTGCAAAAAGGTTTTTGCATCATATAACACACCATAATAATCACCAAAATGTTGCTGTTAAAAATGGCTGGAATGTAGTTTGCATTAGCATGCAGAATAATTTAGACTTTTTTATTATTTTAAAAAATATATAAGTATTTTCCTGAAGGATAAAGTATGTTTACATGGACACCAGTAATCCGATTTTAATGCGATTAAGACAATACTCCGATTAAAAGTCTACCTTGTAAACAGTGATTTTTGATTAGTATAATCTGACTAAAGTCATAATCGAACTAAACCTAATTCAAATTAAGACCTGTGGAGTATGCCAATTTTAGTCGAATTATTGAAGTGCAGTACACACATGTAAACACTGTAATCAAGCTATTACCGACATGTAGGACTTTGCTGCATTTTAAAACAGGATAGTCTACATACACACAGCTGTTTGACAGTATTCTCTGCACCTGCCAAGTCAGTGGAGGACCACAGACACACTGCGAAATGCAGAGGCTTTTTTCCTCATACGGCACGCTGTATCAAATTTCAATAAAAAACACTTTTGGCAGTTCATACTTGCACCCAATATCTTGTATATCACAGGGGGCATGCATGAAATGTTCCCAAGTGAAAGTGCCAAAATGCAGGTAAAGTTGAGAAATTAAAAATGAAACACCTGAAATTACATGAAACTCTAGATAAAGTGTTTACAGGGTGGTGACGCTGTGACGTTAATCGAATTATGTGCTACAACATCTAAAACAGGATGAAAGGAGCATTTAAAAAGCAACTCATGTAAACACCCTAATCATATTATTGTCTTATTCAGATTAAGGCAAATGATTTGATTATGTCCATGTAACGTAGTCATTGATACTCACTGGGAGACATATATGACAATACCCTTAATATACAAAACAAGTTTTTCAGTATGTGTTAAAAAAAAGTCCATCCACAATCAGATTATAAATGCACTGATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAGCATAATACCTGCTTAGCTCTGCGGATTGGCAAAGACATTAACTCTTAAAGAATTTATTTCTCAGCAAAACCACTCAAACTGTTCATTCTATGTATTTTTTTCTGAACATTTCATTAACCTTTCTGTAAAATCTTGAAATGAATAAACTCTTCTCAATGGATACTTTACTCAGATTAAAATGTCATCACCATCTTATCGTTATCGTTGTTCCAAAACCAAATAAAATCATTCCAAGAATGTAAATGGACCCTTTTCACAACACTGTTATGACGGGTTTAACGGTCATCAGCATCCTAAATACTTGAATACTTTTTCAAGTATTAAATAAATAAATATTTATTTAAATACTTTTTTAATATTTCAATTTTCTTTTTTTAAAACATATGAACATTTAGATGTATTTATGTATGTATTATATCATCTTTGCTTCAAACTACAAACTGTTCATACTATATATTTTTTTCAGAACATTACATTTCATGTATTTTTCTGTAAATCTTAAAATATATAAACTTCTCATTGGATTCTTTACTCACATTAAAATGTTATCACCATCTTGTCATTTATTGTTGTTTCAAAATCGTTTTAAGATTGTTAATGGACCCTTTTCACAAGCATGTTGACGTATGTATTATTTATCATCTTTGCTTTAAATTACAAAAAAACTAATTACCGCTTGCATGAGGCGTTTCTAATGCAGTGTCTATGGGACAGGACAGTAAATTTTATGTTATTTTCCCCTCATCGGTCTTAAATTTTTTCCTATATCTGAAAGTTTTTATAACACCATTGTTTTTCTTTTATTATTTAAGCAAATAAGATTGCAAAAAAATCATTTGTTGTATTCTCCCAATCACTGCACAAGTTGTCCCAACTATGACGACTTCCGCTTCTGAGAAACCCAGAAATGTGAAGAGGGTCTATAACCAAACATTTTTGGTCAGCTTTAAATTTATGTGAACAAAAAGTTCAATGTAACTTCTGTTTTAGTTCAGTCTTGCAGTTTTTGCATGGAGTAAATGATGCAAATTTTAATTATAACTCTCCTTAAACAAAATGGGTTTGATCAGTTCTATACAAACAGTCTCTTGACAATGAATAACGTGGTTCACTTCTTTATGCACATCTCAATATCAATTACAGAGCCCTGAAGTCTCGAGTTATGTAGTGCGCTTACTTGAAAGTGGGCGGGTTTTCCGTAAAGTCACAGACAGGGCAGCCAATGGGTGAGCGCAGAGGATTGCAGCACTCTCTGCGTACCACCCTTTCCTGTTCCTCTTTATCCCACAGCTCCGCCCTTGTGCCTCAGCTGCCATTTTGGTTTTGTTCCGTTCGCTGAAACAAAACCAGAAACGCGATACAGCAGGCAGCAGACTGAACGACAGTGACTCGGCAGGATAGTGAAGGGGGCTTTCTCACAGCATCTCGCCCAGCGCTGTTCGTGCTGTTGCTGTTCGTTTTCTCCTCGCATCTTCACCCACCCGCAATCCGCACCATCCAAGTTAGTTTCACACGAGGAGCGGTTTGCTGACACTGAGAGTGGACTGAGAAGGATTATTGGTAAGAGGGAACCCATTGCACTCTGCGCAAGCAGCTGTCTGGTTAAATACATATTTTTAGCGGGTATTTCTCCGGCAATAGTCACATGGAGTCGTATAATTACTTGCAGTTTGACCGGCATGAATCAGATCGTTGTGTTAGTTCAGGCGCGGAGTTCTTTCATTCACTGGTTAGCATGCGAACTTGTGACTAACGTTAGTGAGCTAGGCCTCAAGCTCGATACACTGCCTGCACCAACTATTACAAAGCATGTAGCAAGCTAGCAAGCTAACGTTTAGTGTCTACGAATCCTCTCGTTTTACGTTAGCCTGCTAAGTGACGGTTAAATTGTTCAAATCTGATTAGCGGGACCTGCTTGGATTTTTACCTGTTTCACGTATTATTTGACATCTGGACGTACCATACTGCAAATTTTATATTCTCGTCGATACGGAAGTGACTATCCGCAGGTGTAGCCACTAGTCATAAGGAAATAATCAAGTGTATTTGCTTATGTCACGCACGGATTTATTCATGTCTCCATTTCGCTAAATCAGAGGGTGGGCACCACAGTCTGTTCTTGGTGTGCGTGATTGCGTAAATGTTTTAAAGTTCACTTATTCGTGCGATAATGCAATTTTAAAGGAGAAACCGCTTTATTTAAAGGACAATTGTTAATATTCGGTCATTTATTTAACGTCGTGTTGTTGTTCTAAACCTGACATACTTTCTTCCGTGTGTAGAAAAAAGCCGTTGTCAGGCAGAATGACCGCCTCAGTCATTGCGTGGAAAGAATGAAAGTGCATATTGCTGTCGTTTTCAATTGTTTAAATGTTTCACAGAAGACGTCAAACTGGTTTAGAAAGACATGAAGCCCAGTAAATGATGAGAATGTTGTTGTTTTTTTAGTGATATTTGTACTGTTAAGAGCAATTCGGTTGTATTATGCGGAATTTCCGCTCGAGCGCTGCTCTTTATTTTGTAGTCCTTCTGGAATCTACGGTCTGTGTCGAAGTCTGTCAGGGAAACAAAACTCATCCATTTCACCCACATCATGTCTAAATCAACGCTATAAATCTAAATTCAGCCTCATACCTGTTTACTCTGTTGTATTTTAACCTGGTGATTATAAATGTAGTCAATGATCATCTGTGATGTCATAGTCTGTCTGTGGAAGCGCAGCACTGGTTTTGTTTGTGGCATTCACTGCAGGTTTGTTTTAATGAATCAGCGTTTTTGTCAAGGCAGAATGGGTGAGCCAGTAGTTGCACGAGCCTTTCACCATAAACACAACGCTTAAAAAGCTATTTATAGCCAGAGAGCTTCATCTTGCGGCAGAAATCAGGCTCTCTTTGTGCTGTGGGAAGACAAGGCTTATTGTTGTAAATCCTAAGTGATCTTAATGTGGTTTGGTGCTTTCATATGTACTTTTTAGTTTTTATTGTACAAACATTTTTCAATTCCGTTATTTGAGAAATATAAATAGTTTTATTATAATAACTAGCCTTGGTTTTATTAGATGATTAGAGTTTTCTGTGCCCCTCTCAATGACACTGGCTCCACTGCGTTGCTGGCACAATTGATTTGATTCTCTTAAAGGAACTGTCCAGTGCTGAAATATCCATTTATGCATATAAGGGCATAATTCAGCATGATCATTTCTGCTCTCTTCTTGAAATCGCATGCTGAAATTGTACTTTTGCACCAATTTGGCTACATATCAAGATTGAAAACATTTTTGCTGATAAATGTACAATTAGCACAGCTCTTTTTGTGCATGTGCTTAATTATTTCTTCAAATCATCTGTATATTGCTATTGTTGTTTGTTTGCACCTTGTGCCATGTTTCCATCCAAAACTTCAAATTAAATTTGTGCGCAAAACTGGAATATCGCATAGAAGTGCGAATAAAGCAGCATTTCTATCCAACTAGTCAAAGAAAACAAAATAGTCCTTTCCTGATTAACTGGCATCAAATATCAACAGTAAAAACGAATATTGCTGCGTAAATCTTTTCCTTATTAAGTGACTTGCGCCTCAGAAGACAATGTCAGCACGTAACGAAAACGTGGTGGAGTTTGAAGGCATGAGATGCAGAGCACACATGCTCTTGAAAGTTCTGGAGGTAATTAATAACATAATAACACTAATACTGAAAAGCTTAGGGTTGTTTAGAATGACCAAAGTAGCATTTCAGATGCTTTACGATGTGGTCAGCTTGCTGGTTTGTTCGTTCACACACGTTTAACCATCACATGATCTCTTTTAACAAAATAACAACCTTTTTTTTCTGGAATCTTTTCTTGTCAAATAAAATTGATTCTACTCGGTTATGTGCATACATTTTTTATGCGCATTTTCAAAATTGATGGCCATCATGGCGTTTCCGGCAGCTGATTTTTTTTTATTTTGATGCCCATATTCAAAATAGTTTGGATGGAAATGTAGCTACTGGTTTAATTTGTTAGTGAGAGAAACATATGCTTTTGCCAGGCGCCAAAACAATTATGATGAAAAGGATATGAAACCTCTAATAAGATGTTAATTTGATTCTCATTTTTGAAAACAGACTTGTGGTTTTGCCAAATTTAAGGGCCTGTTTACATCTGGTGTTAAGATGCACTTTTGTTGATCCAGCTTCAAGTGGACAATGATAAATAGCAGTGCAAAGTAAGTTCTGAAAGGTTTTAAGCTTGTCCACTTGTAGTTGAATGTGCTCAATCAGGCCACCTATTCTCTGACTACTGCCGTAATTCTTAAACAATATAGGACATGTTGCTGAAGCTCACTAACCATATAAGAATTAAACTTTGCTCTCTGAAATCGGACGTTTGATTTGAAGGTGAAATAAAATGTAAAAAGCATAATGTTTTACAGAATTAGATTATTTTTTACCAGCAAAATTTTGTAGCTGTTAGAGATCTGAAAACCCCATACATACTAGGCATGGGCCAGTATAAGTTCCTGACGTTATGATAACCTTCACGGTATTGTAATTACTGCTCTAAAATAAGTTGTTTTAATTATTTTTTTAAATATCTGGGTATAAAACTAAATCTTTTACCCATTGAAAATTTTATTTTATTTAAGAAACATTTATAATATTTTGGAAACATGTCAGGCTAAATAATTAAAATTATCATTGACTTCTCTCTTCATTTGTTTCATAAGCACAGATTTCTTTACAACACATTTAAAAAAATACTTTATAAAAACCTTAGATATACTTTAGGAATGGTAAAACAGAAAATATTTGCAGTTTTAAATCTTTGACTTTTGCAAACTGCAGGAAACCTTGAAAGCGTTTTTTGTCCCAGGCCCAATACGTACACCTGTTTTAGGAATGGAAAGGAAAGACGGATAAATGTGTTGGCTGTAATTTCTACATTTGTAGACTTGAAACAATTCAATAAAACACATTTTGATGCCAGATGTAAAAGTTTATCTGGAACATTATTATTTTTTTACTGTACAGAGACATTTTGCTTTTAATGACTGTACTTTTTGTTATGAAGTAAACTCGCTTTCAACTCGCATGATGAAATTCATGAAAATTGCTGTTAAAGTAACAGTATTTAGGCACTACTACTCGCACTTTCCTGCGAAAAATATATTTCTTCTTGTTTTCCAG
Seq C2 exon
ATGTCCAGCTCGCCGCTGTCCAAGAAGCGTCGCGTGTCAGGATCAGAGACGAAGACGGGATCCCATTGCTCCTCCTCTAACTCTGTCAGAACTGAACTGTCACACACACCAGCTAAC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000037559:ENSDART00000054691:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]