DreINT0172705 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000016163 | usp33
Description
ubiquitin specific peptidase 33 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-040426-2323]
Coordinates
chr2:8973321-8979491:+
Coord C1 exon
chr2:8973321-8973389
Coord A exon
chr2:8973390-8978361
Coord C2 exon
chr2:8978362-8979491
Length
4972 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAATC
5' ss Score
6.99
3' ss Seq
TTTTTGTTTTGGTCACCCAGGTG
3' ss Score
7.81
Exon sequences
Seq C1 exon
ACCCACCGGGGCCAATTGATAACTCCAAGATTGCTGTAAATAAAAATGGACACATCACATTGAAGCCAG
Seq A exon
GTAATCCAGATTTGTTTTCCTTTGAAGTCAACAAGAAGTAGCATTCATAACCCATGTTATTTCCTCAAAGTAATTGATTTCTGAGTAAAAATGAAAAACCAATTATATTATCATTTATTTACAGTCAAATGGTTCCAAAGCCGTCCTGTCTTCTGTTCGATTTAAACCTTAACAATCTTATGTTTAGTTACCTGCTGAAGGATAGTCATTTTTGAGCAATTTTAATCAAGTAAATAAACTGAATGTTAGCTTTAGGTTTTGATTAGTACTTCATTAAAATAGTTAAATATCTTAGGAATGTACATTTCATCAGAATTTCTGTTGATGAATTAATCTAAGCCAAAATCGAGTGAATGAAAGGATGATTTATTTTACAATATCTACATTTTTTTTTATTTGTGGTATGCATTCTACATTGCGAAACCTTATCTTAAGAAGCTTCTCAAATGCTAAAACTGCACAATTCCCCTTATTTTTCTATGAAAATACACACTGAATAAAATAACCTGTCATTTTGGCAGAAAAATAATAGTAAGTTCTTTTGTCAGACAGGCTTTCAGCAAACACAATCACTAGTGACTTTATGCAGTAAAGCAGGCTGTATTGCAGTACCGCAGTAGGGATCTCCAGCTTTAGTGTCAGAGTTTTCAGATCATCAGCACTTTTTTGCTGCGCAGAGAGAGTGTATGTATAACAGAGCAAGTGTTGGAAGAGAAATGTATCACATTTACCTAAGTCACATCTAGTAATTTCCTTAGGAATTCACATGTTGGAGAGTTTTGCATGAAGCCAACAATTTCCACTTGCCGATTTTATATTCAAAGTTATGTGACCAACACACTGACCAACAGAAAGCTTTAAGACCAATTGATTGTATTTATGTATATTTGATGAAGACTATACACTACCTGACAAAAGTCTTGTTGTTGATCCCAGTTGTAAAAGTGGCATACGGTAGATTTTTCTGATGAATCATCTGTTGAACTGCATCCCAATCATCACAAATACTGCAGAAGATCTATTTGAGCCTGCATGGACCCAAGATTTTCACAGAAGTTTGTTGAAGGAAAAGTGATGGTTTGGGTTTACATTCAGTAGGGGGGTGTGTGAGAGATCCGCAGAGTGGATGTCAACATCAACAGCCTGAGGTATCAAGACATTTGTGCTGCCCATTACATTACAAACCACAGGAGAGGACAAATTCTTTAGCAGGGTAGCTTCTCATACTTCAGCCTCCACATCACAGTTCCTGAAAGCAAAGAAGGTCAAGGTGCTCCAGGATTGGCCAACCCAGTCACCAGACATGAACATTTTTTAGCATGTCTGGGGTAAGATGGAGGAGAAGGCATTGAAGATCAATCCAAAGGATCTTGATGAACTCTGGGAGTCCTTCAAGAACGCTTTCTTTGCCATTCCAGATGACTATTATTAAGTTGAGTCATTGCAAAGATGTATGGACGCAGTCCTTCAAGCTCATAGGAGTTATACAGAATATTAATTCTGTTTTCACTGCACCATGATTTCATATTCTATACTGCACATTTCTGTTAAGTGACAAGACATTTAAGCAGTCAGACCTTACTGTCCTAATTAAATAATTAAAGATCAAGACATGATCATATTTTATTTTGGTAAAATAAGCATAATCTAGAGGCCTTTGCCTTTCATTTAAGCCACTTCTGATACCAAATGATCAACTAGAAGTCAAGTTATTATTTGTTGTTCCTAAAACTTGGATAGGCAACAAGACTTTTGTGAGATAGTGTACATGCTATTTTACATTTGATTATTCAGTTTGTGTACCTGAATACTCCTTGAAAACCAGAAAACCCATGTCTTTGCTCTACAGTTTTTTTCAATGCTTGTCATTGGTTTAGTATGTTTTATGCAGTAGTGAAATTCTAATCAAAATCCTGATGTGTATCCCAGAAAAATAAAATATCACAATGTCAGTTTTTTTCCCAAATATTGTGCAGCTCTAATTTACATATGAACACATTTTTGTTCAAATCAGTTCACAACAAATACTTTAAACTTAACAGCAGACAATACAATGTTGTGCATGTATGTGACATTATCTCCTTTTCAAAGATCATCCAATGGCTGTTTAACAGATTTTTTAATAGTTTCAACATTCATGTAATAATTAATTGATTTTGTCTTTGCCATGATGACAGTGCGTAATGTTTTAGTAGTTACTTTGAAACTCTTATTCAACTGCAATTTGAAGGCTTAAAGGTGCAGTATGTAAGTTTGACAACCAGTGGTTGAATTACGTATTGCACTCCCACTTTAAAACACATGCAAGAGCCGGTTGCCAGATTGACGACACCAACAAAGGCTGATTTAAACCATGTTCTAAGTAAAAGCAGCGGCACGCGATAAAAGGAATATTTTCCATATTAAAAAGAGTTTTTGTCCTAACAAACACCTGACATTTGTATTGTACAAACGGCTTTTTTGCACCTGAACAATAGAAAACTGACAGTGATCACCTCGGGTACACCTTATGTGCTTTATTCAGTGATAAATGCTATTTATGTGAGTATGAATGCTATTTTATATGACATTTATTGCCATACTACTGAAAGCAGCAGTGGATAGTTTACCTCAAATCTTGAAAATAAAATAAACCGTTTGAAATTTAACTTTAGGACTGTGACTCCGTGCAAGCCAGCACATATCAGGGATTCAGTATCTACATGTAATTTTCTTAAAGAGGTTTAATTTTAATTGATTTGATTATAAACCTTTCCATTTCACTGGAGTGCAGTAAGTGCACTATTCTGTGCTTCTAAATGGCTGTATTTACATTTCTGTCATGTTCCATCTGGTGTATACAGCCCAATTGCTTATCACTGCAAATCTAGTCACATAGTGTGTTGTTAGGACACAGGGTTACAATTTAACCTGCTCACCTAATGTTTACATTCGTAATATATTTATATTATTTGCTAATTAATAACACCTCATGTGGAACTCTGAATCTGCGTCTCATTTCGAAGGCTGCTACTGTCCACTGGAGGTCACATTTTGGTCAAGGGTGCATGCTTTGAGAGCCTTTCTGACTGAACGAATCAAATACACTGTTTGATACGAATCAAACCCGGAGTGCTGAAATATAATCGGCTACACTGGCGAGTAAAAATGACCAAAACAATGACAGATGTTCCGGCATGAAACGCAGAATATCTAGCTTCAGCATTGTTTTTCAGATAAACAAGAATGTTCAATTAGCATGTTTCTGAAATATCTGCAAGCATATGATGTTTTTTTTTTTTTTTGCTTTAGAAGAGTCAAAAACTTTCAGAAAGCACCTTTAACTAAGTTTATTAGGTTAACCAGGCAAGTCATTAGACAACATCAGTGTTTTGTTCTACAAAATATTTACAAAATACAAAATAGTTTTGTTCTACAAAATATGTTCTACAAAATATATAAGGGCCATGAAACCCCCTCGTTTTAGCAGGGTGTTTTCACACCTCTACTTTGGAAAAAGTCAGAAAAGTGGGCGTGTCCAACTTTGTTTAGGGGGGAGTGTCGGAGGAAGAAAAGAGGCATGGTGTGGGAGTGTCTATTTGCACGCGCTGAGTTTCAGAGTCAAAATACACACACACAGGGGACAAAGTGACTGTGTTTGCATGGACATCTGTAGTCTAATTATTTGCCAAATTATTTAATGGTGGACTTTAACTGCAGTTTGGCTCTTTCATTCAGGGAATTCATTCATGTCCCTCGCGACAAACGAGATATTTGATTTGAGGAACTGCTGTAAGCGTGTATTTTCATGCAATGTTTGATACCGCATGGCGAATGAGAGAAAAAAAACCTCAGCATTTCCCAGAAACTTAGATGCACTCGACAGGTAGCGTCAGAAAACCGCGTGTGTTATTCCGGTCACAAAATCCAGTGAAAATCCTACACAAGGTTAAAGTTTGGTTGTGATGCTAACATGTTTACACTCAGTGCAATAGTTTGTTCGATACGAACAAACTGAATAAACAAAGAGCACTGGGTGCTCACTTACCAAATCTGTATACAGGACAATCACCAGCAACTAGAGCTGCGTCTTTATTAAGAGGAGACTACAAGCGTATCCGGATCTTAGTGTTTGCAGATGAGAACAGCTCTCAGGTAAACAATAATCCTCCTTAGACGCAAGTTATTGTTGTCGAGTGTCGCGTACACTGTTAATCCACGCGTGACTCCAGCTGCGCTCTCACAGAGAGAAAATGAAAACAAAACTTAACTGCAGCAAACTATAAAAGCAACACTTCACGCTTGTTTTGCCAACACAACGTGGCGTCTCTGTCGTCTAAACACAGTGACAGTAATGAATATTAATGAAGTTACACAATAGAGCGTGCTGATTGGTTTGAACCAAGCTTTACTCATGCATTAATGCATCACACTGTAAGACGTAATAAGACTCACTCAGGCACAGACGTCCAGTCTGCACGCTGGAATACACGCTATTATCTCATGACCATGACGCAGTTTCAAAAATTTGTTTCAAACAGGAAGTACGAATTTGCTTGAAATAACGCAAAAACAACTAATTTACACTTTTTAGTGAAATATAGGTGTCCTAATTGTGTTTTTAGCAGTGTGGGACACATATACGACTGACAACAGCTCAAAAAATGTGTTTTGGTGTTTCGTGACCCTTTAAAGGGGGCTAAAAATATCGAATAAAAAATTACTTTTAAAACTGTTTTTACTCCAGCAAAACTAAAAGAAATGAAATTTTCTCCAGGAAAAAAAAGTAAATACTGTGAAATGTACCTTACTCTGTTAAACATAACCTGAGAAAATATTTGAAAAAGAATTAATATCACAACAGGGCTAATAATTTAGCATACAATATAGTAATTAAAAGAAGCAGAAACTGATTAAAATACATATAGTCATTATTAACTGCGTCAAGTAACTCTCAAAACTGTTTTCTTCTTTTTTTGTTTTGGTCACCCAG
Seq C2 exon
GTGCTGATTCAGGTCAAATATCCGAAGAGACCTGGAACTTCCTCCATAACATTCACGGAGGAGGGCCTGTAGTGACCGTGCGGCCCAGCGTCAGCCATCAAGAGTCCGAGACTTCACAGTCAGAGGAGAAGATCGAAGTGGAGACGCGCACAGTGTAGTGTACCGAGAAGCTGCTGGACCGCCAAGGGGACCGACAAACACTTATCTAGCACTTCACTTTTGTTTTCCAACAGTCAAGCAAAAGGACCTTACAGCTTCACTCAACATACGCACTCTTCACCCTTTATGACTGTTCTTTATTAGCAGATGGATGGATGAAAGCTCCTCCATTGTGCTTGACGCTTGTACATATTGTGCATATCCACTGAACGATTAGAAATAAGATCGGTTTTCAGTCTATTAATGAATTGAATTTGGGTCTTCAGCTGTGTTCTTGATGAATTTAGCTTCCGATTCAAATAGCTCATGATTTTTTTGGTGAACCACAAATGAATTCCACCGCATCTGTACATATTTCGCTGTCTCGATGAAGAACGTAGTGGATGAGAACGTCATGTTTTGCTTACGAAGGGATGCTAAATGCTGCGTAGTCTCAGGAAAGAACTTTTGTTTTGCACCGTACTGTAGATTCAAAGCGTGCATGCTTCAGCGCTGATGTTCGATGTGTATTTGAATGTACTAGTACTTAAACAACACCATGTTTCTGCACTAAATGTTATTTATTCCAGAGGGGTATGATTATTCTGGCATTCGTGGACGTCGTCTTTGTTCGTAATAACGATTTTGACAAGCTAAATCGAAGCCGAATGCACGCTAATAGGAATGACGTGGCACATTATGCTGGCAAGAAAATCGATTTCTCATTTTTTATTTGTGCAGAATAGCTGTGCGACTGGAGATGCAAACAATGAGGCTCACAATTGAACCCTTCAAAGGCTGTCTTGTTCGAAAATGAGATGTGAAAGAGGGAAAAAAACGGATCAATTCAATCCTGCTGCCTCATGTGTATACATTCAAGGCATTATTTAATGTATAGAAAGATGTGATGTCGTTTTTCAATATTAATTGTCCACCGAGAAGAAAGCTGTATCTGAGTGGTTTAAGATTAAACTCCAAATTGATGCTGTCAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000016163:ENSDART00000018114:23
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.625 A=NA C2=0.615
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF063377=DUSP=FE(30.7=100)
A:
NA
C2:
PF063377=DUSP=PD(37.3=52.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]