DreINT0177806 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000013207 | zeb1b
Description
zinc finger E-box binding homeobox 1b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-010621-1]
Coordinates
chr12:26658914-26666729:-
Coord C1 exon
chr12:26666549-26666729
Coord A exon
chr12:26661624-26666548
Coord C2 exon
chr12:26658914-26661623
Length
4925 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGGGA
5' ss Score
6.71
3' ss Seq
TGCAATTTGATCTTCTGCAGGAA
3' ss Score
9.06
Exon sequences
Seq C1 exon
GAGGAAAAACAGGAGATGGGGTCAGAGGCCACCTCTATATTGGAAGAACAGACAGACTCAGACTCAGGGCCGACCAAGAAGAAGATGAAAAGGACGGAGAGTGGGCTGTATGCCTGTGACCTGTGTGACAAAATCTTCCAGAAGAGCAGCTCGTTGCTCCGCCATAAATATGAACACACAG
Seq A exon
GTGGGATTCTCATATAGAGATAGATGATAAAGAAAGCAGTTAAGCCTGAAATTATACACAGGTTTCTTCATACACGCTGAGATTTCATAAAAATATGATTTGAAGTGATATTGAAGGGGAATTTATGACAGAGTACATTGTATTGCAGTAATTTTACCTATTACACAGGGAGCAGAACTGAATTTTAGGTTCCAACCGCTGTTAAATTACACGTGCTGGAGGGTGCGGTGACTTATTTTCCCCTCATCTGCTAGCCAAATACATTACCTTCTCGCACCGAACCCAGGCTGTTGCATCAGTTCTCTGTTAGTAATTTACACTCCTCCTCCCTTTTTTGCTCTAAAACATGAAAAAGTTTGCACAGCCAAGAGCAGGTCACCTCTCGCTGTTAAGATACCTGGCCAAAAATCCAGCAGCACTCATCCAAATGACATCACAGCGTCTTAAACCACAACTTCTGCTGTCTTTTCTCTCTCTCTTTTTCATTTGAAGCCACAGTTTATAAACTTCTAGGCCTTAGTGGAACTGGCCTGTCTTGTGCACTACAGCTTGTTTTGATTCATTGTTTGGTCTTATTGTCCATGGCTACATAAAAACATGTAATGCAGTCCTTAATGCCTTAAAGATCCAGGGTTGAAAGCTGGGTGTAGAGGGGTTTTTAGTGCTTTGTGTAGAAATTACAATAATCTTTTGTGGCTGGGACCATTTATAAAGTTCAGCTGTGTGACAGTTGTGTTTTAAGCATGCATATAATTGATCAAATTATATAAATTATCAACTCCAATTTCAAACTGTGGAACATCTTTGTCAGCCAGGTTAAAAAAAAAAAGTATATTTTAAATAAGTGGATGTGACAGATTTAACTAATTAAAGATGCATTCACATAAGCATAATTAGTACTGCATACAAAATTAAAACAAAGCAGGATTCTATTGGTCCACAAAATAAATCGCATGACCAGTTTTTCTTTCAAAATTGTTAGAATTGAGAGGTCTGCAATTTGCAAATATGAGGGATATATTAAGTTTGTGAATGTAACCTAAAATAAGACATAAATGAATAAAGCTATAACCTATAAGTATGATGACGGGAAGTTCAATTCATTTGAATATAGTTAAAATGTTACATATTAATTACCTAGCATAAATTACAAAACACATGCAAAAGATGTCATCTTGAAGACAAAACTATAATGCATCTATGAAATTATCAGAGACCCTGAGGATAAAATCATTGTTTAACTGGGTCTCCAGGCTTTGCAGTTTAAGGATGCGTTCACACCTGTAGATTGTTTTGTTCTGAAACAGGGATTAATATTGTTACAATGTTATTTTTTGTTCCTCATACGATTCGCTTTTACACGGCAAAGTATTTAAACGAAACAAAACAGTTAAAACAAGTCATGTGCGAGTAAACTCTCCTCACAATGTTCAGAGTTTCAGGGTTTATTTTCAGAGTCCCACAGATTCTGCTCAGCTACCTCATTATTTAAATTTATGATGATTAGCAATAAGGCATTATAAGTGAAAAGGTGCACTTTATTTTGACACCCACAGATATTGTCACCAAATATAAATAAGAGAGGTCAGACTTTCTCATTTCAGTCAAGTTTTGCAAAAATCTATTTATTGAATCAATCAGTCTATATCAGTTGTAGGGAACCTATGACTCACGAGCCACAAGTAGCTCTTTGACCAAAATATGCGGCTCTCCAGCTGTCTTCCTTCAATATTATTTTACTGTTTAAAAAACCATAACCATCACTAAAAATCAGTTTCCTATCGAAAATACAGTTACAATCCCCTTTTAAATTGTAATTTTATACAGCAGAATCAATAAGAACTTAGTTAACAGTATAAGGACATTTCGACCAATGTTTGTTTTTGGCAATGTGGATAAACTTGAATTGTGACACCATTAAAGGGCAATCAACTTATGTTTCTATGATAACTTAAATTCAAAGAACATTCATGAGTGGTGATGGTGAAAATAAAAATAATCTAAATTGTTCTTTTTTTCATTCATAGACTTCAGATTTGTTTATTTTTGAGTTGTGCATGGACATAAATTAAGGTTTTGTTAAAACTTGTATTATTTATAGTAATATAATAATAACAATAATAAAAACATAGTATTAGTAGTAATACTATAATATTTTAGTAATTTATAGTAATACAGTAGCAAATGCATTTTTAAAGAGGCATTTTGAGATATACAGTAAAGTCAGAATTATTATACCCCTTTGTAATTTTTTTCTTTTTTAAATATTTCCCAAATGATGTGTAACAGAGCAAGGAAATTTTCACAGTATGTCTGATAATATATATTTTTTTTTTTCTGGAGAAAGTCTTATTTGTTTTATTTTAGCTAGAATAAAAGCAGTTTTAACTTAAAAAAAAAACATTAAGGTCAATATTATTAGCCCCTTTAAGTTAGTTTTTTTCCGATAGTCTACAGAACAAACCATTGTTATACAATAACTTGCCTAATTATCCTAATCTGCCTAGTTAACCTAATTAACCTTGTTAATCATCATGTCATCATGGCAAAGATAAAATCAGTTATCAGAAATGAGTTATTAAAACTATTATGTTTTAAAATGTGCTAGAAAAATCTGCTCTTCGTTAAACAGTAATTGGGGAAAGAATAAACCGGGCTAATATTTCAGGAAGGCTAATAATTCTGACTTCAACTGTACACACATCCAAACGGCTCTTTAAAAAAATGCATTTGCTAAAAAAACAGAAATGGCTTTTTGCTGAAAAAAGGTTCTCGACCCCTGGTCTATATAAAAAAGTGTGTGCTTTAAAATGACACATTATAGGGTTAGATTATAGAGAGAAATAACAGATTAAGACTGCAGTCAGATCATGAAGCAAATCAATGTTGATCTTTCTTTCAAGGTGTCAGTGGAGAAATGAACAAAACAATAGACCTAATACAAAATAATATAATCAATCATTATCATTTCGGTCAATTTTTCTAACACATAAACAGCCCACTGTAATATTTCAGCAAGCTTTCACTTTCATATTTGACATGTAATGCACATTTACCAGTAGGAATAATGGCATCCTAGCCTACTCATCATTCTCTCTTCATTTAGTTTTATGTATGGCAGCTACATAGACACAATACACTGTGATATAGCCTGGATCGTTTTGCTTTCTCACTACAATCAATCTGCTCCAAAGTTCATTTCAGTCAAGCTGGGACTACCTCATTTAGGCGATCTTGGGATTGCTGGATTCACATATGCCAAAAAAAAACACTCCAACTGGACAAATGAGACACGTTCCAAAATGTCTAGGTGTGAAACCACCATAAGATAGCTCATTTCACATGTCCTAGTCCTCAGGTAGTTCACTGGTTATATTGTAACATCACAAGTCACACCTCCTTGAAATACAGTTAAGCAAGCTGTCCTGGTCCAATAACAGACAAGATTATTTAAGTCTCATATCCTCTGGTTTTAAGTCATCTGTTTAGCAAGTGGCAGCACCATGGATTAAAAATTGATGGTGAGCCAGTCCATGAATATGTATTTATTTCATTCATTTCTCTAGGTTTCGGGAAAAGATGTAATTGTACATTGCCCAGCATTTCTGGGTAGCTGCTGTCTGCATTCCAAGTCCCTTATAAAGCACATTTTCACCATGTTAACAGCCAACACTATGATTCCTGTCAGACAGAATGATGGTCAGTGACAGAGGCACAAATTATCAAAGTTATGATTGGTCGGAAAACCTGTCAATCCAGCAAACAGTCAATTGTACATGAGACACCAGCAGAACCCTGCAATACAAACTTTTTTTTTTTTACTGAATTTAAAATAAATAGAGCATCTGTAATTATTCAAACCCCCTTTTTGTGATTTTTTTGTGATAAAGAGTTAATTCCCAGAAATTTGCGAGCAATTTTGCGATAAATAAATCAGGTGTGCAATCTGACACAATGACAATGACACAAATCATAAAAATAAAGCTTCTTTATTTTGGTCTCTTGTCAAGACAAGATCATAAACTAGATCTAGAACGGAAGGGATTAAGTCAAAGGAAGGTTGTAGAACTATTACTTTACTCCCCGGAGCATCTGACATCATGTACCCCACTCAGGACATGCGTTAGGGCTTCCCCTACCGTAATACACCCAAAACACGGATTGCCGTAAAACTCGTCAATAGGAGGAAATCGTTTTCTCTCGTCAACAACAGGGAAAGAGTTAAACGATATCATTTATTGATTAGATGTAAATCATATTAGCCATACATGTAAAGCAAAAATAATGTCCTTTAATCTGGTCATGTCCAACGGCCCTCATCCTTGAACCAATCTCCATCTTTGTAAGCTGCTTTGTTTTTCCTCCGTTCCACTGCTCTGTTTGTTAGATGTTTGCTCCCACTTTCTTTTGCAGTCTGAAGTGCATCAAACGCACAAAACACCCAATTCGCGTCACAGGATGCCTAATACAATTTTTGCATTGACTTCACATGTAAATAACTCGCGCTTCATCCCCGTCTGCTTACTGCACAGGCTGCAAAACATTTCCTCCCACTCTTATGTAATGTAATAATTGTGTGACATGTCATTTTTTGAGAGACACTAAAATACATCACGGGCGCTGCGTAAGCAACATCTATAAGTCATGTAAAACAATAAATTGCAAACTTAAATAAATATAATGTGATTATATGGTTTGGAATTGGATGTTTTATGAGATTATTTACATTTTTTTATTTCACGTTTAATTAAGAATTTTGCAGGATCACTAAAATTTGCTACTTTTTGTGATTTTGCATTGGATTCAGCAATGGCGGAATCGTGAAAAACTAGGGGATCTGATTATTGTATTTCACTTTGTATTTCTTTTAATCAGAAAAGTACTCCAAAATAAACATTAATGAAGTGCAATTTGATCTTCTGCAG
Seq C2 exon
GAAAGAGGCCTCATGAATGCGGGATCTGCAGCAAGGCCTTCAAACACAAGCACCACCTAATAGAGCACCTGCGCTTGCACTCTGGAGAAAAGCCCTATCAGTGTGACAAGTGCGGGAAACGCTTCTCCCACTCTGGTTCCTACTCACAACACATGAATCATAGATATTCCTACTGTAAGAAAGAGGCTCAAGGCCAAGGGCTAGGCCAAGGAGTGGAAGAAGAGGACAATCCTGGTGAGGAGCAGCCTCAGACGGGCAGTACAGCGACCTCGCCTCCATCCCACCTGGACTCAGATGAGCGGGGGAGCAGTACAAGGGACGATGAAAGCGAGGAGGAGGACGAGATGGGCTCAGGGAGCTTAGTTGACGAGGATGAAATTCAGGTAGTCAAGATTGGAGAGGAGGGAGATGAAGACGATCAGGGAGCAGATGAAGACCAGGAGAGGATGGAGGAAGATGGTGATGAGGAAGGTGAGGGTGAGACGCTGAAAGTCGTGGTGATGCAAGATGAATGTGAAGAGGATGAAAACGAAGAGGATGAGCAAACGTCGGAGGATGCCATGGACACCAGTGACCACACGGAGGAAATGACAGAAAGAAAGACCCCAGGGGACAATAAGAACATTGGTGAACATGAAGGAAACACAGCCGCTATGAATGGAGATGTGAAATGAAGATTCCTTACGACGGTGTTTTACAAAGTTACTAATTTGAAGGAACCAACAAAAAGACGTTTTCTTTCAGCAGATGTTTCTCTCTCTTCCTGAGAACTGACTGTGTTAAGAGGAGAATGAGACGAGGAAGAGTGCGTGACGCTCTTGCGCTGCATTTAAACCCACTACTGTGTATAAACCCCCAGGTGTGCCTGAAAAATACAAAAGAGTTACTCTTTTTCCACATAAAGACAATTTTCTGTGTTTGAGTATGGTTTGTACAAATGCAAAGTTTAACACAAAAAAACAAAAACAAAAATGACGCATATATGAACTGAAAGCTATACACGTTTTGGCTAATAATGTTTTATTACTAAAACGCCTTGGGTCAATTTCTTTTATCAGTATTACTAATTTTTTGTCACTCTCGGTTTACCCTCAGAAGCTGTACAGTTGGGAGAGAGAGATTTCTATACGTTTTTATTGCCAATGAACAAAACTCAGTATTTTCTTGCATTTAAAAGAGTATCCTGTGCACTACCATATTCCCAGTTTACCTTCGGAACACCTATGTGGGCCTTGTGTTGTTTAATGTCTACCTTCCAGTATTAGTGCCCCAGACGATATTCCTTAAGCCACGCTAGCGCTCGCTAGCACACCATTTGTCCATCGTCTCATTTCCCAACGAACTGTGAGCCTTAAATGTTAAAAGATTGATGTGGTAATGGTGGGAGGGCTTTCACGAATCCCCTAAAAGAAGCCAAGACATCAAAGAAAAACCTTAGTAATCCTGGACAGCTGGTTTTAGACGGTGATCGCCATCAGCTCCTTCCCCACCCATTATCCACCCTTATGCAAAAACATGCATGTTGGAAGTGCCATTGAACAGTGCTGTGCCGTTGCTGTGACGCCGTTGCGAAGCAGCACATTCGCGTGGGGCTCATGCTGTCTTCGTTTTTTTGGTAGCAAAATTTTGGAACCCTGCACCTAAACCACTAGTCCTAAGTGAAGGACAAGACTGCCTATTTCTTTTTCTTTTTTTAATCAATCCAGTAAGGACTACACTGCATCAAGAATTCAGGAAAGAGGATCGATAAGCAAAAAGGAGAAAAAAAAATACGCTCTTTTTTCAGCCTTGAAGTATTTTCCCCTGTTTGGTGCACTTGTTTCTCTTGTAATCTTTAGCTGCACGACACTTTTTCTTCAGGTAACAAATGTAGGCAGATACGATCAACGAAGAATTCACTTTTAGTTTCTTTTGGGTCAGCCTTTTTACCTGTCAGTATTAATTTTTGTCTCGTTTGTATTGAAGTTTCTTTGTTGCTTGTTTCAGTGAACATTGTGTAAGTTTGTTTGTTTGTTTTGTTTTTCAGTAAAGGCAGTATTATCCCTCCCATCCCTCACCATTATAACTTTACATTTTTAGTTTTAGAGACCTTTTATATTTATGTGTCTTATTTTTGTATTTTCGTTATGGTTATTTATTACACAATGTAGTGTACAATACTGTAGTTTGTATTAATACAATAATATATTTTAGTATGAAGAATAATTTCGAAGATAAATGAATTCAAAGCTGGGGGCGAAACTCCAGCATTTCGAGTGTTTTAAAACTGAAAAAAGTATTATTTTCAAAGTTTCTGAATGCACCGTTTGAAGAACAGAAAAAAACACACACCCCTAAAGTATATCAGAACTGTTACCTTTTACATGTCACTTTCATGTTTCTGTCTCTTACCCCACTATACTTTGAAGCTACTGAACGTCTAACTGTATGCTATACACGCATGAGTCTTTGCTGTTGTATCGAAAGATTGTCCCTCGCCATGAAACTGTGCTGCCCTTTTTAATGAAGCCAAAACATCATCAGTGTGTTGTTTTTATTATTGTTATTATTTCCGGTTGTGCCAATTTGTAACTTTGTCTACATCGAGGCAACAGTCTTTTGTATGTCCCTGTTTTAACCTTTTTTAGTGATAGCTTTTTTGTTTGATCGTTTTTCATTTCTTTGTTTTTTTAATGAATCCCCATCTCACAATAAAATACTTCAAGAATTC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000013207:ENSDART00000047724:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.590 A=NA C2=0.812
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF134651=zf-H2C2_2=PU(38.5=16.4)
A:
NA
C2:
PF134651=zf-H2C2_2=PD(57.7=6.7),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=11.6)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]