Special

DreINT0181671 @ danRer10

Intron Retention

Gene
Description
zinc finger protein 827 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-080728-3]
Coordinates
chr1:35386376-35419350:-
Coord C1 exon
chr1:35419108-35419350
Coord A exon
chr1:35387588-35419107
Coord C2 exon
chr1:35386376-35387587
Length
31520 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CACGTAAGT
5' ss Score
10.16
3' ss Seq
TTTCTTTTTTCATTTTACAGATG
3' ss Score
12.17
Exon sequences
Seq C1 exon
GAGCAGCCATAGTCAAGACACGGCAACAACAACAGCACCTCCTCCTCTACTCTTCCCTGTTCCCAACAATACACTTAACCGAGGACAGCCAGGTGCACGACAAGTCCCTGCCATCAGGCTCCCTCGCAAAATTTCAATGGGAAAAGACCTTTTTTCTTCATATCCCTAAACAAGAAGGAGAATGTGATAAAAGGGGGAAAATGCCAAGGAGGAAACAGGAGCAACCCAAGCGCCTGCCTTCAC
Seq A exon
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Seq C2 exon
ATGTGGACACAGTAGAGGATGGAGGGCCAGAGAGTGGCTCAGTAGAGGAGGACAGCTGGTTTGGGAATACCTCCGACAGCCCCTCGGAATCGTCCTACGGTGATGTGCAAGATGAGCTTCGGGTTTCTCCAGACAACGTTCCCCGACCGGACCACGACACCTCAGCTGAGAGCTCCCTGGGCTGCCCGACGCCAGTTCAGCGGGCCTCTCTGGAGCTTCTGGGCCTGGACAGTGGGGTCCTTTCGACCCAGGACACGCTTTCCTCTGTGGTGTCCTCTCTTTATGGAGACTCTAGCCAGGCTCTGGGTAAGCCACTCAGCAGTAATCTGCGCCGCCTCCTGGAGGCTGGCTCACTGAAGCTTGAGGGAGGGGAGCTGGCTGGACGTGGAACGGGTAGAGGACAAGAGTCACCCCCGGTCAGCCTGGTACTATCTCCGTCTTCACATCACGCACAGCAGCTGAGTGCCCTGGCGAGGAGGTTGGCAAATAGCAGCAACAACAGCGGAAATTCAAACTCTGCGTCACCTGCATCTGTAGCAACTGTCAAGCAGGAGCCCTGTGACCCATACGGCCCCAGCAACGGCCCTAACTCAGGCAGCAGTGGCTTTGTATGGGTAGGCGTCGCAGATAAATGGCCATCGACAAGTTGCTCAGCACCCAGTGGCAGTAGCCTCTCACCAGACTCAGCAATTCAGAAGTTAAAGGCAGCCGCCAACGCCGTGCTCCAAGACAAGAACGCGGTGGCCTCCTCCACCTCGGCATCTTCATCCTCCTCGTCCTCCTCCTCATCCTCTTCAGTCACCTCCTCCTCAATGGCAGCCCTGGGCACTCGCTCTGATGACGCAGTGCGCTTTGAACCATTCGCTTCACCCTTTAGCCCGCAGTCAGCCAGCTCTACGCTTGCTGCCCTCTCAAAGAAAGTGTCTGAAAGAAGTCAGCAGCAGGTGGGCTCATCTGAGCATCAACCCTCAGCTGGCTCCTTTCTCTCTCTGGTTTCCATGACCTCCTCAGCAGCTCTGCTAAAGGAGGTGGCCGCACGAGCAGCAGGGAATCTTCTTGCTGATAAGAAAGAGCCGGCGTTAGTACTGGGAGCCTCCGAAGATGTCAAGCCCCTGTTAGACAGGAACCAGAAGGTGCCCACCCCAACCCAGGCAATGGATCTTCTGCTGCCAACAGTCCCCAAGGGAAGGGCCAAGCCCAGCAGTCAAGCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000076171:ENSDART00000037516:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=1.000 A=NA C2=0.719
Domain overlap (PFAM):

C1:
NO
A:
NA
C2:
NO


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
NA


Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]