HsaINT0188483 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000151612 | ZNF827
Description
zinc finger protein 827 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:27193]
Coordinates
chr4:145902166-145938635:-
Coord C1 exon
chr4:145938365-145938635
Coord A exon
chr4:145903216-145938364
Coord C2 exon
chr4:145902166-145903215
Length
35149 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CACGTAAGT
5' ss Score
10.16
3' ss Seq
ATCTTCTTAATTCTCCCCAGATG
3' ss Score
10.15
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
ATGTTAGTAGGCAGGAAGAGGCGGAGGGAGAGCTCAGTGAAGGAGAACACTGGTATGGAAACTCTTCAGAGACTCCGTCAGAAGCATCCTATGGGGAAGTCCAGGAGAACTATAAGTTGTCTCTGGAGGACCGGATCCAGGAGCAGTCCACGTCCCCGGACACCTCCTTGGGAAGCACGACTCCCAGCAGCCACACGTTGGAGCTGGTGGCACTGGACAGTGAGGTCCTGCGAGACTCACTGCAGTGTCAAGATCACCTTTCCCCGGGAGTGTCTTCTTTGTGTGACGATGACCCAGGCTCCAACAAGCCCCTGAGCAGCAATTTGAGGCGGCTGCTGGAGGCTGGTTCCCTCAAACTCGATGCTGCAGCCACGGCTAATGGCAGAGTGGAGTCCCCCGTAAACGTTGGCTCGAACCTCTCCTTTTCCCCGCCTTCCCACCACGCCCAGCAGCTCAGTGTTCTGGCCAGGAAGTTGGCCGAGAAGCAGGAACAGAATGACCAATACACTCCAAGTAACCGTTTTATATGGAATCAAGGTAAGTGGTTGCCAAACTCAACCACCACCTGCAGCTTGTCTCCGGATTCAGCCATCCTAAAACTGAAAGCTGCAGCCAATGCCGTTCTGCAGGACAAATCTCTCACCAGGACTGAGGAGACCATGCGATTTGAGTCCTTTTCCTCCCCTTTTAGCTCCCAGTCTGCCAGTTCTACCTTGGCCGCTTTGTCCAAGAAGGTCAGTGAAAGAAGTTTGACTCCTGGTCAGGAGCACCCTCCACCGGCCAGCTCCTTCCTTTCCCTGGCTTCTATGACCTCCTCAGCGGCCCTTCTGAAGGAGGTGGCCGCAAGGGCTGCGGGCAGTCTTCTGGCTGAGAAATCATCGCTGCTGCCTGAGGACCCTCTACCGCCCCCGCCTTCAGAGAAGAAACCAGAAAAAGTCACTCCGCCACCTCCACCGCCACCTCCACCACCTCCACCACCACCACCACAATCCCTGGAATTATTATTACTCCCAGTTCCTAAGGGAAGAGTTTCTAAACCCTCCAATTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000151612:ENST00000508784:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=0.727
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains