GgaINT0039027 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000002803 | MTA1
Description
NA
Coordinates
chr8:4057980-4063165:-
Coord C1 exon
chr8:4063107-4063165
Coord A exon
chr8:4058096-4063106
Coord C2 exon
chr8:4057980-4058095
Length
5011 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTAGTAAGT
5' ss Score
8.78
3' ss Seq
TTCTTGCTTTCTGTTTTAAGTAA
3' ss Score
6.8
Exon sequences
Seq C1 exon
AAACGATTGAAAGCAGCAGAAGCAGAAAGCAAGCTAAAACAAGTGTATATACCCAACTA
Seq A exon
GTAAGTATCTTTATTGTTTTGTTCTTTTTTATTTCATTGTGTCTGGAGTAGTAGTTTCCATGGCCTGTCAATGTTATATATTAGCTTTAATTATATAATGAGAGCCACAGTCGAACAAACAATGTCAGAGAATTACTAAATTAGGTTACCAATATAATGAGCCTTCTGCTGACGCTTAAATAGGCTTGAGTTCCTTTTTATTTTAGCTGAGTTAATGCTAAACACCCAGATGCTAATAAACAACTCGGAGCCCTGTGGAAGAGAAGATGATAGCTGTGGTATTTCAAAGCTGGCGAGAACAAAGCAGCGCTCCTCCCAGCGTGCCTGTGCTGCTGCTCTGAGCATACAAAGGGCTGAGCTGTTCCCACGAGCTGACCTCCTGCTTCTGGAGCACAGGGTGTTTCCTCCACGGGTAGCTGAGGGCTTTCCTTCCAGGGCTTTCCTGGTTGTGTTGCTCTGCTGTCACGTTGCTCCTTTTCCTCATATCATATGCTTCCTGAAGCAGCCGTTGCTTGTCTTCTGACTTCTACATTGACTATGCTATTGGGGACTTGCTAGCAGGTCCGTACTGTTATGCACAAATAACAGTAACAATTAATTGCATAATCCCAATGCATCTGTCTTCCTTAATTACTGTTAATATCTCCCATGTGAACTTACCAAAATATAGGTGTAATATTCAGAGTGAAGCCAAAGAGAGCTCTTGTCATGCCATTCTTCAACAGTATTGCCTTTTTCCAGAGGGTGTTGCTGTGTATGGGGACACTGCACATCAAATTAAATGTGGACTCAAAATGGGCTAAGCTTGTAAAGCAAAAGCCATTGCAATTTGGACTGCAAATGCAAAAGGTTATTGCAGATGAGAGGTTGGTAGTATTATGTTGATGTTGGATTGTAATGCATGTAGGTAGGGCTTTGTTTCTGAAAGGTTACGGTGCTTATTCAATAATGACTGTCTGGAGTGGCATCTTGTCCCTCAGCCCTCTATCTCAGCCAGATAATTCTTGTTGCTATCTGGAGAATGCAATCAAATCAGCAACATACCTCTGCTTCAGGACAAGTCTGTCTCTGGTGTCGATTTCCAGTCACAGATCATTTTTATCAGTGTTGTTCCTAAACTTTACATATTAATTGACAAAATGGATTTCAAATTTAGCTCCTCTTTCAATATCCTTTCGTACGTATCAGGAAAAGTATCAGTTGTGTACATGGCAATCCCACCTGAATGCTTCTGCTTTTTTTTTTCTCTATTAATACCTGCAAATATGGCAACATTTTAAGTATTTCTAAAATTTTGGATTATTTCTACTCAAGTTTCATTGCAAGATCTGGCACATGAGGAATATACTGCATCTGCATTGCCTTGTGACCTAGAAGATTATATTCTTGGCTTTTAAAAGCAATACACAGCGTAAGGATCTAGGTATCAACATTATTGATTTGCCCTTATCGTGTTACTGAGCCCATTCCTGTTTCAAGGCTTGAACCATAACGATCTGCTTGTCACCTCCATAATAAATTACTGGATGTAGCCTGTCACAAGACCTATGCTGGAACACATCAGCTGATTGAGTGAAACCTATTCTAGCAATAACTGGAATAAAATTGTTTGCAAGTAGAGGCCCAGAAGGATATCATTTGTCTCTGGCTTACTTCCAGTGATAGGACTTTCATTTGTTCCTGCGATGTTAATAGAAAAATCCAGAGCAAAGGGAAGAAAAATAGCAAGAAAAATAATAGAAGCAGCCTTCAACAGTGATCTGTCATCCTACATGTATGTTATACAGTGAAAGATAAGGGCTCTAAGTGAAGCTTTATAGTTGATATTTTTTAACCTAGGAGTATACTACAAATTTGTAATGTGAGGAAGTGAAGCATGGAGAGACTGCATGCTTTGTGTAGAGTCGTTCGTGTGATTGATGTGGGGTTCTCAAGTCCTCAGGCAACACCCTGGATGCTGGACGTCAGTTTCTGTGCTCCTCCCAAGGAGAGCCCCCTGGTATTGGGCAGACATCTGTAGTTGATGTGTCTGAACGCAGTGCTTGTGTGTGGGTTTGTGAGGCATCTCTGGGGCTTTGTTGGTGGGAGTGGTGTTAAATAAAGCAGTAGCAGAATCTGAATGCACAGAGAGATTTCATATTCTTCTTCTTCTCATATTCTTGTTCATCTTGCCAGTGTGATGGTGGGATTTGCAGAGCGTTCTTCCAGCCTCAGTTGTTCTTCTGTATATGACTTCTGTTAAGCCCTTGTGAGAGTCAGACTCTGGTTTTACAAAATCTTATGGGCATCATACGTCCTTGTTACTTGCTTCTGTATGATGGCAGTCTGTTGAGCTGGTGCTTGTGGGGATTAGGACATCTGCAAATCATGAAGGCTAAGGCATGCAATGTTTTGCAGCTTTTCTCTTTTGCTTTAATCCAAACGATATCAGCAGGGGAACAGCAAGGGGAGAACGAAGTGCTGAACACACTTAGAGTCTCCAGTCTCTAAAATGTACTGATGTAAAATGTAAATTCTAACTATATCTGTAGATGTAAGACATTGCACATAGAATGCATTGATTTATCTTGGAATCTCGAAGCACTTCCATGAGCTGGAAATGCTGCCTCACCAACACTGTAAAATAGGGGAATAATATTTCCCTCTGCCTCTTTTTTAATTTAAGCTAATGGGAAATTGGAGGATTAGGTCAAAGCTTTCAATGACTACAAAGGGAGACTGCTTGGCAAGCTGAAGATAATTCCTTTATCTGTTTCTTTGTTATCCTCTGCCTGAGGTGCAGGGCTCTTCTCTTTTCCTTTTTAACGATGCAGAGGTCCATTGCAGCATGGCAAACTTGGAGGTGTAATGCTCTTCTTTCCTTGTAGCTGTTCTAGTTAAGAATGACCTTCAACACTTAGAAAACGAAGGGCTTTTTTCCACAAAAAGCAGATATTTACAGTAACCCGGAGAGCTGTGATGAGAGCTCACCTCTCTTGTATGGACAAGGAATCCAGACCCTTGAATTAGATGCCTAAAGGTAGATGGCGTAAATGTTCCTTACAAAGGATTCAAAACTGATCCTGTTTCTTATATTTGAGCCTTTATTTCTTAATTATTCTGTTGCATCTGGCACCATTTCCCGAGTAACTGGAGTCATTTAATGACAGCATTCAGTTTGCTGTTACTTTTAACTGCTAAAGTTTTGTGCCTGTGCTGTTCTGCATGGCTCAGGGTTATCTTTTGTCTGATGATTGCCTTCTCTGCACGTGCTTTCTCATCTCCATCTCTTCAGATTACATTGAGCTGCCCTGCACGGCCCCGCAACCTTTGCTTTGTCATCGCTGTTCCCTCGTAATGGTGCTCCATTGCAGCTGAAATCCATCTAGGAGGCTCCCACTCTTGATTTAAGAAGTGGAAATGATAGTTTACCACCTCATCTGCATTTTTCACTTCAGCTTCATTAATTGCCTAATGATTCATCCAGTTATTCATCTGATTCTCTTGTTAATAGCCGGAGCAGGGTTTGGTGATATCAAACAAGTTTAATTAACAAATGGTCAACAATCAAGAACCTTTTGCTTCTCATCTGCTAGAAACAGCTGCCCCGATGTTGTCACATGCTGTGAAGCTGAAGCTCAGCTCTGGGGCAGAGCGCTTTCTGGTGCCTGTTGCAGCTATGTTGACTGTAGGCTTCCAAAACCCCGACGTGTTTGCAGGTGGGGCTTGCTGGTGAACCACTGGCAAAAGTGGTGCTGCAGCAGATTACTATAGAGACAGTTTCTCCTTGCATATGTGGGTTCCAAAACACTGATTTATTAGGTTGAAAATCAAAGAATATGCCCACTCCCTTCATTTTTCAGGTAAGAGGAGAACATGGGTGAGATGTAATTGGTGTTAGAATTCGGGCTTGCATCCAGAAGCCTGCACCACAGGCTGCGTGCTTTTTGTTGCTTCTATAGGCTGAGCTCCTAACAGCAGCTTGGAGTCCTCGTGGTTTTTCTATGCTCTCTGTATGCTTCTCCAAACCTTCTCACTCGTCCCATCTTCCTCCCCTTCCCCGAAGTCTGTCCCTGCAGTATTGATTCTCCCTGCTTCTTGTTGCCCCCCTTCCCCCATGCTGAGGTTCTTTTGAATGTCTCCTTTCCTCTCTCTGGCATCTTCTGCAGAGGTTCTGTACTCTTCCACCTGCCCTCCATGCCAAGGTTTTGCTCGCCCTTCCACTTTCAGCTCCTGCCAGTAACTTTATTTTCCTGAGTCAACATCTTCAGCAGCATATAGGGATGAGCAGAGATGATTCAGATGTTGTTATATCAGAACGTATTGACAGATGTTAATGGATTTCTTGCTGAAAGGATATTAAATATTGGGACTTTTTGCATTTAGAAGAAACCGAAATGCTTCCTGGGAGGAGTGCAGATTATGGATTAAGTCTTGTAAGAAGGTTTATATTCCTTAATGTCTCCGTCTATGTGCTACGTCCAAAGATTTAATTTAAAGTACTGAGTGTTCTCCTGCAAACTGTGCCAACGTGATACAAACTTTTGCAGTAAGACAATGTGGAAATATGTACGTGACAGTTATTTCTAGAGTTATCTTAGCCTCAATAAGGCAAAGGTTGGTCTTTCTCTGCCTACCTCTCCTTCTCCATTCCCTGTGCTGCATCTTGAAGACTTATATAAAATATCTCCACATTGAGGACAGGGAGAGATCTGTAGATAAGGTCTCTCTGCCAGCTGGATTAGAGTGTCTGGGACTGTAATCAGGTTACCTGCCTTGCCCTGGTTGTTTGTAGCTTTTATGTGGTTTGGGTCTCTTAAAAATGGCATCTAACTAATATAATATGGACATTAGAGAGTGTGTGCTCGTGATTGTCGGATTGCTGGTAAGTACAGCTCCTCTTTATTAAAAGCTACATGATGAAACTTAAATCTTCAATTTCAAACATTTTGAGCCACGGTTTTTCTTAAGTCGCACAGGAAATTACATGCCTTGATTAATGTTTGTCTTCCTTCTTGCTTTCTGTTTTAAG
Seq C2 exon
TAACAAGCCAAACCCCAACCAGATCAATGTAAATAATGTCAAACCAGGAGTGGTAAATGGTACTGGAGTACAGGCACAGAACGCGGCAGCAGGACGGGCCTGTGAAAGCTGTTATA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000002803:ENSGALT00000004434:14
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (disopred):
C1=1.000 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0032022=GATA=PU(13.2=12.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]