GgaINT0046057 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000009287 | ATF2_CHICK
Description
NA
Coordinates
chr7:17804827-17810834:+
Coord C1 exon
chr7:17804827-17804955
Coord A exon
chr7:17804956-17810655
Coord C2 exon
chr7:17810656-17810834
Length
5700 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTCAGG
5' ss Score
6.23
3' ss Seq
GATCTTTGGTTTCTCCTCAGGAA
3' ss Score
9.34
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGCCTCTAGATCTGTCTCCTCTTGCAACACCAATTATAAGAAACAAAATTGAAGAACCTTCTGTTGTAGAGACGACTCATCAAGATAGTCCTTTACCTCATCCAGAGTCTACTACCAATGATGAAAAG
Seq A exon
GTCAGGATTGTTTTTTCTTTTTAGAATTCATTATCTGAATCTTCTGGTCTTTAGGTTTCTTGTACACGTTGATACCCACGCTACTTAAATGGTTGAAAGTAAAAGCCTTCGTTAACCACATTTCCTGGATACATGCTTAATTTGTTCAATTCTTTGGTTAGCTTTGCTCAGCACAATTTTCTATTTGCCTCACATCGATAATTCAGTAAAGCTACAAAGGAAATCAGATTTAGTATTGCTGCTATGTTAAAAAAAGTCTTAATTGGGCTCTTTTTTTTATGCATCATCAGGCAGTAGTCATGAAAAAGCAAATGAAGTGTAGCTTGAGACTCTCCACGTGTACATTTTTGTGTTTATCCTGTGTTTTCTCATGGATTGTTGTGCAGCAGCATGGGATGCTTAGTAAAAATGTACAGGGGTTGAATGGGCAGTCTTTCAAAATGAAGCAGGAAAACTTTGTTTCAAAATCCATACTCTTTTCAGCTACATCAATATGTTTAAAAACATAAAAAAATGATCTGGGGCAGGTGCTTGTTTAGTGTTTACCTGAAGGCTGGATTTGTGAGGTGTCGTCTGTCTCAAGAGGATGCTGTAATTATATACATTTCAGAACTACTGCTCTGGTAGCAGTGGAAAGAAATAGTTTGATAATAAGATTGATACTTAACTTGCAGTGTTTTCATCGTATGAAGTTCTCTTGGAGAGCACAAAATTGAGCAAAATTAACAGAATGAATTAATTATTTAATCAAGTAGGAATGGAAATAAAAATATAAGGAGCAGAGTATAGTAAGCAACATGGTTGCTCTAGTCAGGTTTTCTATGTGCGTCATTATTGGGCAGTCTGCATTAGAGGGACTTAAATACCTTATTTCCAAAAATTAGCAGGCTTTTTTGGGATTATAAGATAATTCATATTGAAAGGGACCCTAAGCTGTTTCTATTCCAGTTTCCTGCTCAAAGCAGGGATTAGATCTGAGACCAGACCAAGAAACTCAGGGCTTTGTGCAGTCTAGCCTTGAAACCTCCAGAAAGAGCGAATGCACAATGTCTCTGCTTAATACATTCCAGTGCCAGACTGTTCTTTTGAAGGTAGTGTTTCTTTGTATCCAGTTTACCGTTTCCACTTGCACTGCTTCTCTTATCCTCCCAACAGACGCTGTATGTGACAGAAAGTCAAGGGAGTTTCAGTAGAGAATTGTCTTCAGAAGGCTGTGCTGAGTTTTATAAATTAGCGAAGATGAGTAATCACGGCTTATCAAAACAGTCATGTAGTGAAAAATAGTAAAACTGGTTTAAAAGACTACACGTAAAGAGCTGCTTTGATCAAGCAGATCATAGTCCAAATCTTAAATCTTCTTTATTTCATAGTTTGGAGAAGTTAGTTTGTTTTTGTCTGCAGATAATTATTCTAAGTGCTTGAGTTTTGGCAGGAGAAAATATTAATGTCTTATTTATCAGTAGTGGTTCAGGATCTCATTAGCATCATTGCAAGTGCAAATTGTATCTAAATGCCTGGCAGTGCTTATAAACTTATTCATTATGTAATTCCAGTGTTGTCACTGTAACAGTACTGAAGTGAAAAGCTGCTGCAGCTTAATGTTGTTTTGATGTCTGATTGTAGAGACAAGCTGAGCAAGGATGAGGGTGCTGCTTGGAGTATGCTGCTGCTGAATGTGGCCTGCAGAAGTTGAGAAATGTGAGCAGAGTGTTGCTGTTTTCTCAGTTAGATTTTTATATTCTCCTTCTATAGGTGTGTTGAAGGAGGGAAGGTTTGTTGCTTTTCTTCAGGGCACAGCTGGTTTTAAAATTATATACGCCACTGTAACCATCTCCTTGGCTGAGTATGTTTTAGTAGTCTTAAACGGTCCCAGCCTGTTAATGTACGTGTAAGAAGGTTCTCATTTTCTTTGTAGATGTCAGAGGAATTTCTTAGACACTCTTGAAAATTACATTTCATTCTATTTTTAGTATTCTGGGAGAGTGTTTCCTTAGTTCCACTAAGCTTCAATAACAGTTGTTATTCTACGTAGAATAGACTAAGATACCACTACAAGTACCTAAAGCCTTTTAGCTGTAAAATAATAAGCAAATAAAGCTTAACTTATTATTTGAGGGTTTCCAAGCTCATAGTTTCTTATTAATGATATTTTAAAAGGAGACCCTCAACAGAGTTTCTCAAGTTGTTGTTCTTGTTGCCAGGTAGCTAATTCCCTAAACTAATTATTTCAAAACCATTTGTTTTCTTACAGTGCTAATCAATTACAGCAGTAGTTCTGGCCATCTGCCTTTCTGTATAAAGAATTCCAGGTGTTCATTGATTGCGTTAGGAAGTTATCGCACGATATTTGCTTTTAGATTCAAAATACTTGCAAATATGCAAGTACTGAAAACAAATGTAAAAATATAATTATCTTCTGTAAAATATTTTCTGAACTTCAGTGGTTTTTGGTTTCAAGAATAAAAGGATTGGAGAGGTCCTTTCAATAAATCTTCAATATCTTCGGGTAGACTTAAACTTATTTTTCTTTTATGGGTGGGTAAAATCTCTTAAGGTCATGATTCTGCCTTTTTTTTTGTCCTTGTTCTTTAGCAGAATTTACAAACTGTCCTATTTTAGACAAAATTTACTCTTCATAAGAACAATACTTTGCCCAGTGAGTATCTTTATTGGATTGGTGTGCCTGTGGGTTTTTGTATGTTGATAAAATGACAGTTTCTTGTAGATCCAGTACATCTCCAGCTTACGTTGTTGCAGCATTGTTTAAGTAATTAGCACATGTATGTTTTCCAGATTTTAACTTAACGCGTGTTACTGTGAGAAGAGGAAATTGAAAATACTTTGTTTTCAACTGAATAAACATGTTATTCTTTCAATGTTTGATCATTTCTGTTCTTCTAAACAAAGCGCTGTATTTAAGATAGGCTGTATTTAATAGGAGGAGTTGCGTGCTCGTGAGGTTTCTGTTTTCAGAATTAAGAGATTTTACTAGACTGATCTTCTGATGGTCGCTGAAATACATTTGCCATGGAGTGCTTAGTGTGAAAGGTGCAAATTACCTTTCTCCAGGTAGAGATACAATCTAGGAAGAGATTCAGTTTATAGTCAGTGTTTATTAGGATGCTCAACAGTTAAGCTGTTATCAATAGCCAGTATTCACACAGTGCTGTAGCTTACAGTGTTACATAGTTGAAGCAGAAGTTGGGAGGCCAGTCCTAGCTGCTTGCTCAGAAGTGGAAGGTTGTAGTGGTTGAAGGTTAGGTGGCTGTTTGGGAAGTCCTTTAGGGCGTCCATTCTATCATTGAGTCCATATGTAATCCTGTAGTCTTTGCTTGCACATAGCAGCCACCAAGTTTGTGAATGTTACCTGAATCATACAGCGTGTTGACGTTGATGTCTGCACACACCCCAGTGACCATGTGCAGATTCAACTGCTCTTCTGAGGTTATCCGTTATTACAAATTCAACAGGGCTGTTTTCCTCTGGAGCTTATCAGTCTTTCACATGCTGCCTCTGAGTGCATGCTTCTCTCCTTAGGCTGTTGTATTCTAGCAGCTATTGCCCCATCTGCTCACACAGGTACTTCAAAAACTGCTCCCGCAGACCAATACAGACAAGGGTCTGTTCTAGTACTACTGTTACTGAGAGGGTATGAATATCTGCATGAGTGCATTTTTCTCTTAAAGCTGTAACACACCGTGGCTCTGTGGCTGTAGCTACCTGTTCGGTTTTTTCCACCTTTTTATAGAAAGTAGTATTACTTTGCCATGGGTGTTCATTCTGTGGTGTTCATGTATCTGCATTTATATTTATATGTACATATGTTTGTGGTTGCTGTGTATGAAGATGTTTCTGGTGAAAGAGCGGGGAAAAAAAACCACACCCCTTAAAGCTGTTGGTTCTGCTACATACAACAAAGATGGGTGTTGCTTTGTTGGAGCCCTGCAGTAGAAATAGACTTTCTAGTGACTGCTAAGCTCCTTGGTTGCATTAACAATGCTGGTAGTAGTGGGAAGCATCAGGTAGGAGAAAACGAAGCTGAAACAAGTGAAGAATGGCACAATACTATTTTTTCAGTTCTCTCTTGCTAGATTCAGGGCAAATGTTCTCCCTTTTTGCCTACCTCTAATTTCTTAAAGTCAAGAAGTTCATCTCCTTTATGATTTTTCTGTGGCTCTTCTCACAGAGTTAAGATCTATACATCAAATTCCTCATTTGTGAAGAAGTGTTTAACCCTGTCCTAAGAATATACCTCTTTCTGTTTCTTTTCCTTTTCTGTAATTCCATACTGTACTTCTGTCTTCTTTGACTGGACACTCATCCATAATCTTAGGTACTGTGTTCAAGTGTTATAACACATAATTTTGCTAGATAGATATTAATGCAAAAACAAACAAACAAAAAAAAACCCCAGTATATTCTTGGCTTCATTGCTATAGTTCTGTTGTTCTCCCAAAACTCAGTCACTGTGAATAGGATCTTTCAGGTCCTTTAGGGAAAAAGATGAATGAACTAATGAACCCTGATGTCAAATCTAGCCTGTGAACTTCAGAGTGGAGGAAATTTCATTATCTTTTTTTTTCCAAGCCCACAGTTTGCCAGCCCATATACAGTTGTATAAAGCACTCAGAGGAGTATGCTTATTTTCCAGGGAATGTACACAAAAAACAAACAAACAAAAACCAGAAACCAAGATGGCTAAGACCCCACTACTTTAAGCTTTGTTGATAAATAGTAATAACTTGAGTTGAATTCAGAACAAATGATAATCAGTGTAGCTTATGTGACACCTGTGTGAGAAGTTCTATTTGAAATGCTGTCTAACAGCAGAGCAACTAAAATAAGCTAGTCTCAAGACTGGAGCTTTGTGCCCTTGACTGTAGAGTTAGTGTGAAAATACCAGATAACTTGGAAAAGTCCTATGTAAAGACAGTCTGAAGTCTGATCACATGAAAGGTTTCCTGAGAAGGAAGGCATTGGTTTCGGTAAGGCCTTTCTGG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Seq C2 exon
GAAGTGTCCCTGCAGCAGACTGCACAGCCCACATCAACAATAGTTCGTCCAGCATCGCTACAGGTTCCTAACGTACTACTTACAAGTTCTGACTCAAGTGTTATTATTCAGCAGGCAATACCATCACCAACGTCTAGTACTGTTATTACCCAGGCTCCATCCTCTAACAGACCAATAGT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000009287:ENSGALT00000015107:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.814 A=NA C2=0.567
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]