GgaINT0047750 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000012525 | FMNL2
Description
NA
Coordinates
chr7:37143742-37153138:+
Coord C1 exon
chr7:37143742-37143835
Coord A exon
chr7:37143836-37153063
Coord C2 exon
chr7:37153064-37153138
Length
9228 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTACGT
5' ss Score
10.2
3' ss Seq
AGATGGGGATTCTTTTGTAGGTG
3' ss Score
5.67
Exon sequences
Seq C1 exon
GACAAAGGCCCTTGTCCTAGAGCTCCTGGCTGCTGTTTGTCTCGTCAGAGGAGGGCATGAAATCATTTTGTCTGCGTTTGATAACTTTAAGGAG
Seq A exon
GTACGTGTTCTGCTTCGTCAGAATTTCATGTGCATGTCTGTAGCTGTCCTAGCTCTTGCCTAGAGCTTTCACACTCAGCTCCGTTTCTTATACTAAGGGTTTTCCGTAAGCTGCAGATTTTCCATGCATAGACAGCAGCGGTGTCTGTGCCATCATCTTCTGCACTGTTGTGTTCTAGAGCTGTAGCCCCAGCAGGGTGAATCCTGTCTGCACATTGTTCCCTTTACCTTTGTCCGGTTGAGCTGTGTCCCTGAAGGGGAAAAGTAATAGAGATTTGGAGAGCTTTACTGCAGGTCTAAGTCTGAATGTTTTTGTATGTTCTTAGGTGAAATAACTGGAATTGCTGTGTAGATCCACCATTTTCAGGGCCGTTTACACAAGCCTTTGAGGTGCCAAATCCTGGTTTGATTAGCAGTAATAATTTTTATTTGTAAGGAAATTGGAAAATGAAGTTTCTGTACCCCTGATTGCTGAAATTAACACAAGCATTCTGGTTTGTTCAACTGGTGCAAAACTGTCCTTTGTGTCCGCATACATCCAAGCGTATCACGTTTGCATACAGTGGTTAATGGGACTTGAGAAGGTTGTGTTCAGAATTGCTGGTGTGGGAATGGAGCCCAAGCAAGCTGTGGTTCCAGTTGTTGTGAATATTGGGTATAGGTGTGGATTTATTATCAAAGGGAAAATGAATCTAGTCTTACCAGCTCAAAAATGGTTAAACTTGGTGAGTCCAGGCTGGACTGTGTATGAACATGTAGCAGGTATTTCCTTATTGCCGCTGCTGCCATAGGTGGCTGGTGCAGATGATCAGCAAGCCAAGTTGTTTCTTTTTTTTTTTTTCTTCTTTTTATGTTTTGGGAATTGTTTCTGGCAGAGAAATACCAATCTCTGTTTTACATCTGCTGTGTTTGCCCAGCACACGTCCCCACTGTAGCTGTGGGGCTGGGGGGGATGGCAGCACATGGAGCTGGAGCAGAGGGTCGTCGCCAGGGTGTGCTGGGGTGCAACCTCAGCCTGATGGGACCTGCCCAGCAGGGAGCGTGAAAATCAGGCATTCAGTTTCCAATGGGATAAGGTCTGCAGGGCTGGAGCTTGGAGTTTTAGTTTGTTCCTCCTTTGGTTTATTCAGTGGCAGTCTTGGGCAGAAATTCTTATGTAGTCCAATCAATTTGTCTTCCAGTATTGCTCTGTTCTGTTGCTACTGCTGCCTGGTCGGGCTGTCTGTTGTGGAACTGCTGGATGGAGCAGGAGAAGCAGCTGTGCAAGGAGGGGAATTCCACCTTTCCACTTTCTTCCTTCAGCTCTTCTGCTATTTACCCAATTGTTCTGCCTATTCTCACTGTGTACTGTTGTTTTCCAGTTTCCTCCTGGACATCTTTCAGTAACAGTTTCAAGCATGTCTTTAATTCATTCCCATGGCACCACGGGATGTGGTCAGTGGGCACAGTGGAGGTGGGATGGCAGCTGGACTTAGAGGTCTTTTGCAGCCTTTCTCATTCTGTAGCTGGAATATCAAGGACCTCTGAGCAGCCTGAGCTGGAGGTTGTGTTTGCTGGTTCCCATAAGCCTGTGTTGCAGTGTGCCTTGCTTCCTTCATCCCAGCCACTGGGATTCTCAGACAGGATCTCTACCACCCTATCTCCTTGCCATGAAACAACTTCAAAGGAAGCCAAACTCCTGTCTCATGCGCACCCTGCAATAAAGTCAAGAGGAAAACAGGATACTTCAGACCAAATTCAACTCTCATTTGCATCGGGGTGAACATCAAATATTTCATTAGGCTTTGAGCTTTGCAGTGATGTAAATGAGAACAGAATTTGGTTCTCAGGGTTTGACTGAGCTGGGAAACCACAGCTGATCTGAGTCTTGTTGAGGACTCATTTTGAAAATGGCTTTTCCTTTGAAAATGATTTGATGGGCCTGGTTTTACTGTCTGGGGTCAGGATGTTCACATGGGTGGTTTTTCTTAAGGTGTCTCTTGAAAGGTATTCACTTACTTGAACTGAAATCCTCAGTTCTGGTGTGCAGGGACTCAGCTCTGCGCTGCCCAACGCTCTCCTTCCAGTAAATAATTGGGATAATGTTGGAAGGGTCCCTTCAGGAAATGGAAGCACGTGGATATCTTGGAGCCACCAGGAGTGTGTGACAGCCTAGGAGCTCGAGGGGGTATTTGGTACCCAAGATCTCAATGGGAAAAAATGCAGAACTGTTGTAAGTAATGGGAAACAGGGATCTGGGTGGGAAAGAGTAGTTTGGGGCAGAGGAAGAGGTGGGAGCTGGGTGATGCTTGGCTGAATGCTGCTGCTTTTTTGGGAATGGTGAGGAGTTCTGTGTTGCACATAACGCACGCTGAGGGCCGTCCTGTGCTCTGCTGTGTCTGTGAGCTCCTGGCCCTGTGCCTATGCTGCCTGCAGCCCCTCCTCCCAGCACTGAAGCATAACAGTCTGCATGGCTGTGGCAGTTCGGGCTGCCCGAGCTATTCAGCCCTGCCACCACCCCTGCATTTACCCACTTGCAACTGGGCTTCCTTAGCAATATTTCTGGGTCCTTTGTGCTTGTTTCCATGGATTTGTGAGAACTGGCTACACCGTTTTATCCGAGTTGCCTGGGATTTGTGTCAGAGGATGAGCAAATGCACTTCAGCAGAATGCCTGGGGGAAAATGAGGAGAATTAGCCTCAGGATGGCTTTGCAGGAGCTGTGGGTCACAGAGAAGATGCTGAGAGCCTGAGCCCCATTTAAATTGAAGTGGGCTGAGTGCACTGTTGGAAAACAAGATATATTTTCCTAGTGCTTATTCAGAGGAGTTAACTCATTCTAATAGTGTGAGTGCACGTGTGGTCATACAGAGAATACAGCTGCTGTCTCTTACTGCTGGCTTTGCTTTGCTATTATATCATTACTTGCTGCCCTGCCAGGATGGTGTGGGGCCGCATGGCTGTGGGCATTGGGTGCTATGTTGTCCTGATGAGCCTGCAGTGTCCATCAGGAGCTGTGGGAGCCTCATGGTGCTCATATGCAGCCCTTCATCACCTCTGCTTGCTGCATACTGCTTCGTGCACCACGTGTACCGATCTGAGATGCAGAGAACGCATCATCCCAAAGCTGTCCAGCTATGTGTTATTTCCCTGATCTTTTGCCATCATCAAAATGCCTTTCTTTTCACTGCTACCTTCTCAAGGAAGGATGCTGTCTTATTGATGAGACTGTACAACTTGAGAATGTCATTTAATCTTCGGTGCCATGGAGCAGATTCTACTGAAGCACCTCTATGCAGAGGATAGGTTGCACAGGAAACATCTGGCCGTAGTTGGTGCTTGCTGGAAGATGAAGTCTTCACCAAGCTGGGAATCACAGGACCATAGAGTCATTAAGGCTGGAAAAGACCTCTAAGATCTCCAAGTCACCCCATCACCACCATGCCCACTAAGCCATGACCCTAAGAAGAACAGGAGAGTATCCAACCTACAATTCCCATGTCATGGTTCTGCAGTGAGGTTCAGGTGCCCACCTTCCATTCAGACAGCGCTTCCACACGAGGGGCTGTGGCTGGGGCAGCCTGCATCCTGCCAGGCCTCCATCCAGGGGGTGTGAAGTGAGTGTGGGAATGTGTGGCACTTCATGCAGGGATCCGAGAGGGCTTCTCCAGCCTTTCTGACTCTATGATGCTATGTTCTACATATATCCGTGTATATGTCAGTGGATTTATATCCACCCCTCTGACTTTTGGGTTAGCTTTAAGGACCTTGTGCTTACAGAGGAGTCTGGGAATGAAAAGTGCTAAGAGCAACCAGAAATAGAACTAACAAAAAATTCTCATTAAATGGAACCTACATTCTCAGGCTAAATGAGCCTTAGAAGCTGTTTTCCTACGTATTGTGGCCTTCCTTCCAAATCTTCTTTCAGCATTTCTAATTCACTGTCTTATTTATTTTAGATCTCTACCACTCTTTGATTCCTCCCTTTGCAGTAGGCATAATGGTAGAATGGATCCAACCCAAAGAGGCAGAAGAGTTGTCTGCGATGTGCTGTGAGACAGAAGGGAGACTGAGCAGCCCTGGCTCCCTGCAGGAGGCACTGCCTGCTTTGGCTCTAATCCAGCAAAGCAGCTAAATTGATTATTATGTAAGCATTTACCAAAATAATTGCATTTGGAAAGGTGAGGGTATGCTTGGGTGCTTCTCCTTATGGGAAATAATTTTAGTACATCAAAATAGAATAGAGGTGCTTTTCCTAAGATGGATCATATTTCTCACGAGACCCCTCATTTTGCTGCAAGACAAGAGGAAATGCCAAAAAGACACTTGGAATTCAGATAATCCAGAGGGTTTTAGGGCAGCTCATCCTTTGGTGGTTATCCAACATCTGGACTCTGCCGTGTGCTCTGCACAGAAGAGTCGGCGTCGTTCCTTGGGCAGCAGGGGATCGGCAAGGAGCGGGCCTGGAATGCCCTCTCATTTCACATCATTTTGATTGACCTGTACAGTGCCTGACAGGTGAGAACTCACACTGTCTGCTTCTGGCTCTGACTGTGTGCATACCACGGCAGGTGGGTGTGGGTGGCTGTGCGGTGGGAGGCTGAGGCATGGCGCAGGAGTGCCTTGTTTGCCTCCTCTGTAGTCACTCTGGCCAAGTGAGACCACGTTGTTCAGCCCTAACTTTTCACAAGACCTAATTCAGAGTCACATTTCCCTATTAGAATAATGACTGACAGCAGTGAAAGCAGCAGTTCTCAATTATTCTTGTGGGCCATTGTAATGGCTCAGCGTGAGAAGAAACAGTTTGCAAGTGCTGGAAAATGTAAATACGTTTGTTGTCTTTTTCCCTGCAGCAGTATTTTGAGAGTGCCTTAACCCTGCTGGTAGAGGAGTACGAGGTATTTTAACCTAGTAAGCATGAACAACTGTTTACTTAACCAGTAACTTGGGAGAAAATTGCTTTGTTGTTCTTCAGCACGCTGCAGAAATATCAGCAGCATCAGTCAAAACAAAGTGCTCTGTG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Seq C2 exon
GTGTGTGGAGAGAAACAGCGCTTTGAGAAGCTGATGGAGCACTTCCGAAACGAGGACAACAACATAGACTTCATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000012525:ENSGALT00000020460:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF063718=Drf_GBD=PD(18.7=43.8),PF0636711=Drf_FH3=PU(6.8=43.8)
A:
NA
C2:
PF0636711=Drf_FH3=FE(11.7=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
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R:
No suggested primer sequences
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INCLUSION PATTERN[edit]