HsaINT0065146 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000157827 | FMNL2
Description
formin like 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:18267]
Coordinates
chr2:152580956-152607413:+
Coord C1 exon
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Coord A exon
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Coord C2 exon
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Length
26289 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAGGC
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3' ss Seq
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7.8
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GTTTGTGGAGAAAAACAGCGCTTTGAGAAGTTGATGGAACATTTCAGGAATGAAGACAATAACATAGATTTTATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000157827:ENST00000288670:9
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
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Domain overlap (PFAM):
C1:
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A:
NA
C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development