GgaINT1013371 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000012525 | FMNL2
Description
formin-like 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:18267]
Coordinates
chr7:35014389-35023785:+
Coord C1 exon
chr7:35014389-35014482
Coord A exon
chr7:35014483-35023710
Coord C2 exon
chr7:35023711-35023785
Length
9228 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTACGT
5' ss Score
10.2
3' ss Seq
AGATGGGGATTCTTTTGTAGGTG
3' ss Score
5.67
Exon sequences
Seq C1 exon
GACAAAGGCCCTTGTCCTAGAGCTCCTGGCTGCTGTTTGTCTCGTCAGAGGAGGGCATGAAATCATTTTGTCTGCGTTTGATAACTTTAAGGAG
Seq A exon
GTACGTGTTCTGCTTCGTCAGAATTTCATGTGCATGTCTGTAGCTGTCCTAGCTCTTGCCTAGAGCTTTCACACTCAGCTCCGTTTCTTATACTAAGGGTTTTCCGTAAGCTGCAGATTTTCCATGCATAGACAGCAGCGGTGTCTGTGCCATCATCTTCTGCACTGTTGTGTTCTAGAGCTGTAGCCCCAGCAGGGTGAATCCTGTCTGCACATTGTTCCCTTTACCTTTGTCCGGTTGAGCTGTGTCCCTGAAGGGGAAAAGTAATAGAGATTTGGAGAGCTTTACTGCAGGTCTAAGTCTGAATGTTTTTGTATGTTCTTAGGTGAAATAACTGGAATTGCTGTGTAGATCCACCATTTTCAGGGCCGTTTACACAAGCCTTTGAGGTGCCAAATCCTGGTTTGATTAGCAGTAATAATTTTTATTTGTAAGGAAATTGGAAAATGAAGTTTCTGTACCCCTGATTGCTGAAATTAACACAAGCATTCTGGTTTGTTCAACTGGTGCAAAACTGTCCTTTGTGTCCGCATACATCCAAGCGTATCACGTTTGCATACAGTGGTTAATGGGACTTGAGAAGGTTGTGTTCAGAATTGCTGGTGTGGGAATGGAGCCCAAGCAAGCTGTGGTTCCAGTTGTTGTGAATATTGGGTATAGGTGTGGATTTATTATCAAAGGGAAAATGAATCTAGTCTTACCAGCTCAAAAATGGTTAAACTTGGTGAGTCCAGGCTGGACTGTGTATGAACATGTAGCAGGTATTTCCTTATTGCCGCTGCTGCCATAGGTGGCTGGTGCAGATGATCAGCAAGCCAAGTTGTTTCTTTTTTTTTTTTTCTTCTTTTTATGTTTTGGGAATTGTTTCTGGCAGAGAAATACCAATCTCTGTTTTACATCTGCTGTGTTTGCCCAGCACACGTCCCCACTGTAGCTGTGGGGCTGGGGGGGATGGCAGCACATGGAGCTGGAGCAGAGGGTCGTCGCCAGGGTGTGCTGGGGTGCAACCTCAGCCTGATGGGACCTGCCCAGCAGGGAGCGTGAAAATCAGGCATTCAGTTTCCAATGGGATAAGGTCTGCAGGGCTGGAGCTTGGAGTTTTAGTTTGTTCCTCCTTTGGTTTATTCAGTGGCAGTCTTGGGCAGAAATTCTTATGTAGTCCAATCAATTTGTCTTCCAGTATTGCTCTGTTCTGTTGCTACTGCTGCCTGGTCGGGCTGTCTGTTGTGGAACTGCTGGATGGAGCAGGAGAAGCAGCTGTGCAAGGAGGGGAATTCCACCTTTCCACTTTCTTCCTTCAGCTCTTCTGCTATTTACCCAATTGTTCTGCCTATTCTCACTGTGTACTGTTGTTTTCCAGTTTCCTCCTGGACATCTTTCAGTAACAGTTTCAAGCATGTCTTTAATTCATTCCCATGGCACCACGGGATGTGGTCAGTGGGCACAGTGGAGGTGGGATGGCAGCTGGACTTAGAGGTCTTTTGCAGCCTTTCTCATTCTGTAGCTGGAATATCAAGGACCTCTGAGCAGCCTGAGCTGGAGGTTGTGTTTGCTGGTTCCCATAAGCCTGTGTTGCAGTGTGCCTTGCTTCCTTCATCCCAGCCACTGGGATTCTCAGACAGGATCTCTACCACCCTATCTCCTTGCCATGAAACAACTTCAAAGGAAGCCAAACTCCTGTCTCATGCGCACCCTGCAATAAAGTCAAGAGGAAAACAGGATACTTCAGACCAAATTCAACTCTCATTTGCATCGGGGTGAACATCAAATATTTCATTAGGCTTTGAGCTTTGCAGTGATGTAAATGAGAACAGAATTTGGTTCTCAGGGTTTGACTGAGCTGGGAAACCACAGCTGATCTGAGTCTTGTTGAGGACTCATTTTGAAAATGGCTTTTCCTTTGAAAATGATTTGATGGGCCTGGTTTTACTGTCTGGGGTCAGGATGTTCACATGGGTGGTTTTTCTTAAGGTGTCTCTTGAAAGGTATTCACTTACTTGAACTGAAATCCTCAGTTCTGGTGTGCAGGGACTCAGCTCTGCGCTGCCCAACGCTCTCCTTCCAGTAAATAATTGGGATAATGTTGGAAGGGTCCCTTCAGGAAATGGAAGCACGTGGATATCTTGGAGCCACCAGGAGTGTGTGACAGCCTAGGAGCTCGAGGGGGTATTTGGTACCCAAGATCTCAATGGGAAAAAATGCAGAACTGTTGTAAGTAATGGGAAACAGGGATCTGGGTGGGAAAGAGTAGTTTGGGGCAGAGGAAGAGGTGGGAGCTGGGTGATGCTTGGCTGAATGCTGCTGCTTTTTTGGGAATGGTGAGGAGTTCTGTGTTGCACATAACGCACGCTGAGGGCCGTCCTGTGCTCTGCTGTGTCTGTGAGCTCCTGGCCCTGTGCCTATGCTGCCTGCAGCCCCTCCTCCCAGCACTGAAGCATAACAGTCTGCATGGCTGTGGCAGTTCGGGCTGCCCGAGCTATTCAGCCCTGCCACCACCCCTGCATTTACCCACTTGCAACTGGGCTTCCTTAGCAATATTTCTGGGTCCTTTGTGCTTGTTTCCATGGATTTGTGAGAACTGGCTACACCGTTTTATCCGAGTTGCCTGGGATTTGTGTCAGAGGATGAGCAAATGCACTTCAGCAGAATGCCTGGGGGAAAATGAGGAGAATTAGCCTCAGGATGGCTTTGCAGGAGCTGTGGGTCACAGAGAAGATGCTGAGAGCCTGAGCCCCATTTAAATTGAAGTGGGCTGAGTGCACTGTTGGAAAACAAGATATATTTTCCTAGTGCTTATTCAGAGGAGTTAACTCATTCTAATAGTGTGAGTGCACGTGTGGTCATACAGAGAATACAGCTGCTGTCTCTTACTGCTGGCTTTGCTTTGCTATTATATCATTACTTGCTGCCCTGCCAGGATGGTGTGGGGCCGCATGGCTGTGGGCATTGGGTGCTATGTTGTCCTGATGAGCCTGCAGTGTCCATCAGGAGCTGTGGGAGCCTCATGGTGCTCATATGCAGCCCTTCATCACCTCTGCTTGCTGCATACTGCTTCGTGCACCACGTGTACCGATCTGAGATGCAGAGAACGCATCATCCCAAAGCTGTCCAGCTATGTGTTATTTCCCTGATCTTTTGCCATCATCAAAATGCCTTTCTTTTCACTGCTACCTTCTCAAGGAAGGATGCTGTCTTATTGATGAGACTGTACAACTTGAGAATGTCATTTAATCTTCGGTGCCATGGAGCAGATTCTACTGAAGCACCTCTATGCAGAGGATAGGTTGCACAGGAAACATCTGGCCGTAGTTGGTGCTTGCTGGAAGATGAAGTCTTCACCAAGCTGGGAATCACAGGACCATAGAGTCATTAAGGCTGGAAAAGACCTCTAAGATCTCCAAGTCACCCCATCACCACCATGCCCACTAAGCCATGACCCTAAGAAGAACAGGAGAGTATCCAACCTACAATTCCCATGTCATGGTTCTGCAGTGAGGTTCAGGTGCCCACCTTCCATTCAGACAGCGCTTCCACACGAGGGGCTGTGGCTGGGGCAGCCTGCATCCTGCCAGGCCTCCATCCAGGGGGTGTGAAGTGAGTGTGGGAATGTGTGGCACTTCATGCAGGGATCCGAGAGGGCTTCTCCAGCCTTTCTGACTCTATGATGCTATGTTCTACATATATCCGTGTATATGTCAGTGGATTTATATCCACCCCTCTGACTTTTGGGTTAGCTTTAAGGACCTTGTGCTTACAGAGGAGTCTGGGAATGAAAAGTGCTAAGAGCAACCAGAAATAGAACTAACAAAAAATTCTCATTAAATGGAACCTACATTCTCAGGCTAAATGAGCCTTAGAAGCTGTTTTCCTACGTATTGTGGCCTTCCTTCCAAATCTTCTTTCAGCATTTCTAATTCACTGTCTTATTTATTTTAGATCTCTACCACTCTTTGATTCCTCCCTTTGCAGTAGGCATAATGGTAGAATGGATCCAACCCAAAGAGGCAGAAGAGTTGTCTGCGATGTGCTGTGAGACAGAAGGGAGACTGAGCAGCCCTGGCTCCCTGCAGGAGGCACTGCCTGCTTTGGCTCTAATCCAGCAAAGCAGCTAAATTGATTATTATGTAAGCATTTACCAAAATAATTGCATTTGGAAAGGTGAGGGTATGCTTGGGTGCTTCTCCTTATGGGAAATAATTTTAGTACATCAAAATAGAATAGAGGTGCTTTTCCTAAGATGGATCATATTTCTCACGAGACCCCTCATTTTGCTGCAAGACAAGAGGAAATGCCAAAAAGACACTTGGAATTCAGATAATCCAGAGGGTTTTAGGGCAGCTCATCCTTTGGTGGTTATCCAACATCTGGACTCTGCCGTGTGCTCTGCACAGAAGAGTCGGCGTCGTTCCTTGGGCAGCAGGGGATCGGCAAGGAGCGGGCCTGGAATGCCCTCTCATTTCACATCATTTTGATTGACCTGTACAGTGCCTGACAGGTGAGAACTCACACTGTCTGCTTCTGGCTCTGACTGTGTGCATACCACGGCAGGTGGGTGTGGGTGGCTGTGCGGTGGGAGGCTGAGGCATGGCGCAGGAGTGCCTTGTTTGCCTCCTCTGTAGTCACTCTGGCCAAGTGAGACCACGTTGTTCAGCCCTAACTTTTCACAAGACCTAATTCAGAGTCACATTTCCCTATTAGAATAATGACTGACAGCAGTGAAAGCAGCAGTTCTCAATTATTCTTGTGGGCCATTGTAATGGCTCAGCGTGAGAAGAAACAGTTTGCAAGTGCTGGAAAATGTAAATACGTTTGTTGTCTTTTTCCCTGCAGCAGTATTTTGAGAGTGCCTTAACCCTGCTGGTAGAGGAGTACGAGGTATTTTAACCTAGTAAGCATGAACAACTGTTTACTTAACCAGTAACTTGGGAGAAAATTGCTTTGTTGTTCTTCAGCACGCTGCAGAAATATCAGCAGCATCAGTCAAAACAAAGTGCTCTGTG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Seq C2 exon
GTGTGTGGAGAGAAACAGCGCTTTGAGAAGCTGATGGAGCACTTCCGAAACGAGGACAACAACATAGACTTCATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000012525:ENSGALT00000037752:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF063718=Drf_GBD=PD(18.7=43.8),PF0636711=Drf_FH3=PU(6.8=43.8)
A:
NA
C2:
PF0636711=Drf_FH3=FE(11.7=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]