GgaINT0048085 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000011082 | KCNH7
Description
NA
Coordinates
chr7:22488434-22502321:+
Coord C1 exon
chr7:22488434-22488590
Coord A exon
chr7:22488591-22501892
Coord C2 exon
chr7:22501893-22502321
Length
13302 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATCGTAAGT
5' ss Score
10.44
3' ss Seq
TTTTTTATGCTTACACATAGGCA
3' ss Score
7.18
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000011082:ENSGALT00000018056:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.063 A=NA C2=0.725
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]