HsaINT0084380 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000184611 | KCNH7
Description
potassium voltage-gated channel subfamily H member 7 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:18863]
Coordinates
chr2:162517730-162537080:-
Coord C1 exon
chr2:162536925-162537080
Coord A exon
chr2:162518159-162536924
Coord C2 exon
chr2:162517730-162518158
Length
18766 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACCGTAAGT
5' ss Score
10.43
3' ss Seq
TCTCCTGTCTCCATTTATAGGGA
3' ss Score
11.35
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GGAAATTTTTTGGGTTCAAATTCCCTGGTCTGAGAGTTCTCACTTACAGAAAGCAGTCCTTACCACAAGAAGACCCCGATGTGGTGGTCATCGATTCATCTAAACACAGTGATGATTCAGTAGCCATGAAGCATTTTAAGTCTCCTACAAAAGAAAGCTGCAGCCCCTCTGAAGCAGATGACACAAAAGCTTTGATACAGCCCAGCAAATGTTCTCCCTTGGTGAATATATCCGGACCTCTTGACCATTCCTCTCCCAAAAGGCAATGGGACCGACTCTACCCTGACATGCTGCAGTCAAGTTCCCAGCTGTCCCATTCCAGATCAAGGGAAAGCTTATGTAGTATACGGAGAGCATCTTCGGTCCATGATATAGAAGGATTCGGCGTCCACCCCAAGAACATATTTAGAGACCGACATGCCAGCGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000184611:ENST00000332142:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.094 A=NA C2=0.525
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF134261=PAS_9=PD(29.0=58.5)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development