MmuINT0085534 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000059742 | Kcnh7
Description
potassium voltage-gated channel, subfamily H (eag-related), member 7 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2159566]
Coordinates
chr2:62850350-62877357:-
Coord C1 exon
chr2:62877202-62877357
Coord A exon
chr2:62850779-62877201
Coord C2 exon
chr2:62850350-62850778
Length
26423 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACCGTAAGT
5' ss Score
10.43
3' ss Seq
TTTTCTTTCTTCCTTTGTAGGGA
3' ss Score
12.94
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GGAAACTTTTTGGGTTCAAATTTCCTGGACTGAGAGTTCTAACATACAGAAAACAGTCCTTGCCACAGGAAGACCCGGATGTGGTAGTTATTGATTCTTCTAAACACAGCGATGACTCTGTGGCCATGAAGCACTTTAAGTCTCCCACGAAAGAAAGTTGCAGTCCCTCTGAAGCAGATGATACGAAAGCCTTGATACAGCCTAGCCAGTGTTCTCCCTTAGTGAACATATCAGGACCTCTGGACCATTCCTCTCCCAAAAGACAATGGGACCGCCTCTACCCTGACATGCTGCAGTCAAGTTCCCAACTAACACACTCCAGGTCAAGGGAGAGCCTCTGTAGCATACGGAGGGCATCTTCAGTTCATGATATAGAAGGGTTCAGTGTCCACCCCAAGAACATATTTAGAGATCGACATGCCAGTGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000059742:ENSMUST00000075052:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.094 A=NA C2=0.562
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF134261=PAS_9=PD(29.0=58.5)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types