GgaINT0048479 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000010930 | STK39
Description
NA
Coordinates
chr7:20584102-20603962:+
Coord C1 exon
chr7:20584102-20584167
Coord A exon
chr7:20584168-20603839
Coord C2 exon
chr7:20603840-20603962
Length
19672 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGT
5' ss Score
10.47
3' ss Seq
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3' ss Score
4.08
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GTTAGACGAGTGCCAGGTTCCAGTGGTCACCTCCATAAAACAGAAGATGGAGACTGGGAATGGAGTGATGATGAAATGGATGAAAAGAGTGAAGAAGGCAAAGCTGCTGTTTCTCAGGAGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000010930:ENSGALT00000017779:9
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.273 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]