MmuINT0154237 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000027030 | Stk39
Description
serine/threonine kinase 39 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1858416]
Coordinates
chr2:68314481-68358879:-
Coord C1 exon
chr2:68358814-68358879
Coord A exon
chr2:68314604-68358813
Coord C2 exon
chr2:68314481-68314603
Length
44210 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGC
5' ss Score
10.22
3' ss Seq
TGTGGCTTATTTTGGTGCAGGTA
3' ss Score
8.78
Exon sequences
Seq C1 exon
AACAGAGAGTACCTGATCGAGAAGCTGCTGACAAGAACCCCAGACATAGCCCAAAGAGCCAAGAAG
Seq A exon
GTAAGCGCGACCTGCCGCCATCATCCTCAAGGGTCCTCTCCCCAGCCTGAAGTGAAAACCCTGAAGCAACAGGTAGATGGTTCCTACATACTCTGGCTTGCCGTGCAGAGATGACCTGATCCCATGACTCTGATAAGGCGTTTTCCTTCTGGTTATCTCAGGGCATGGAGAGAGCACGAAGCTTGCAGGGTTTGGATGATGAAAGGAACGCGAGTTTCCTACGTGCGATGTGTAGAATAATAGTCACGAGTGTTTGTTCACATGTGCACATGTGCCTGTGGAGGCCGGGGATCCGTGGCAAGCATCTTCCCTCAGGTTCTCTTCACTCGTTGTCTGAGTACAGTATTTCTCACTGAACCGGAAGCTCACTCCCTTGTCTAGCCTGGGTGGCCAGCTCCCGCTGAGCCAGCTCCAGGGATGGAATTGTCTACATTCTTAGCTCCACTGCAAGCCATCTTCAGGGTTACAGTTGTGCCTGGATTGCCTGGATGTCAGTCCTGACAGTGCGGACTCAGCTCCCCAAATTTTACTGACCAAACCACTTTCCGACCCCAAATTTGATTGTAAAGGTTAGTTGAATATCCTCACAAAAGACTCATGATACTCTTATAGCCTGCTTTATGTTCGCTAAGTTTAGATTACCTACAGTCTTTCGGGTTTTCTAGTCTCAAAATAGCATGTGATTATATCCGTATTTACCTATTACGGATTGTTAGGGGTTTCATTATGATTAGTATGAAATCTAGTGAGCTGTAGCCATCAGTGTGGTTACTTGGTTTTAAATTTAGTGTCATATATTAATTAATTATATATTGTATTATATATTATATTTAATTAATAATAAAAAATGTGTGCCCTGGGGGCTGGAGAGATGGCAGAGATGGAGGTCTTCTAATGGTTGACAGAGAGGGGAACCTGAGTGGGTTCCTTGGGTGGTATTGGAGTCTAGTCTGGGCTCTTTTGATCACAGGTCCAAAATGTCATCCAGAGGTCTCACCTCCTGCCCCAGTCTCTGTACACTGAAGTTACGTGTGGCGCCCACCCCCCTCCTTCCCAGTCTGCTCTGTCTCAAGAGCTTCTCCTAGCTCTCTAACAACCCGACAGCCCTTCCACCTTCCTTTCTTTTCTCCTAATTTTCACTCTTCCTTTCTTGTCTCACTGTGTAGCCGAGACTGGCCACAAATCCATGATTATCCCGCCTTGCCACAAGAGCTTGGACACCAGGCATGCAGCGGTCGTCACTGTACACAGCTCCTCCTCTGTTTTAAAATTGTTTAGGAAATGATTATTTTATGTGTATTGCTGTTTTACCTGCACGTGTGTTTGTGCACCATGTGTGCATGCTTGGTGCCCGTGAAGGCCAGTGGAGGGAAGCTGATGACCTGAAACTAGAGTTATAGGTGACAGGGAACCACCATGTGGGGGCTCGGAATGGAACCTGGGTCCTCTGGAAGAGTAGCCAGTGTTCTTAACTGCTGAGCACCTCTCTGGTCCAGCCTCCTCTGTTTTTTTCCCCCTTTAAAAAAGTTATTTGTTTTACCTCTTGAGACTATAATTTAATATAATATAATTTTCCCTTTTTTCTTTCTTCTTAACCCTCCCATGTACCCCTCCATGTTTTCTTGCAATTTCATGACCTTTTTTTTCATTAATTGTTGTTCTATACATATATGTACATGTATGTACATATATTCCTAAGTATCATCTGTTCAGTCTATATGATGTTACTTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTTTTCAAGACTGACCGTTTGGTATTGGACCACCAACCGGTCTGTTCGTCCTTGGGGAAGACTACTTCTCCAGCTCCCAGCTCTCCTCAGTTGCCCACAGGTAGCGTTGAGGCCCGTGGGCATTCCCACCCACTTTGGCAGGTCTGTTGCTGCTGTCCTTCCTCAGGTTGTGTTTCAGAGGTTGGCGAGACTTTGTGGGTGTAGCCTCTGACATTGCTAGGGACAGGGTCTCACAGCAGACTCCCAGATCACAGGCTTTCACAATCTTTCCACCCCTTCTTCCTCAGTGTTTCCAGTAAGGGAGTGTTTTGTAGATGTGTCCATTGGGACTGGGCTCCACAACTCTGCCTTTGATCTGGTGTGGTTTTCCGTAGTGGTGTCTGTTGCAAGAACTTTCCTTGCTGAGGGGTGGAGACTACACCTGCCATGAGCATAAGGACAGGTGTTAAAGTCCGACGCCCAGGTTTTTAACTGAACATTTGTGGTAGATTTCTAGCTTCCCCTTAATTTCCTCTTCTAGTGTTTCTTAGACCCTGCTTCAAGATTAACTGTCTGACTATGCACAGGAATGCCTTTCAAAATTAAACAAAGACAAACACGAGGGTCGATAATGAAAAAAAAAAAAAGAAAAGAAATAAAATGACTTTCTGCCTAATAAAGGCCGAGGTTCTTAATATTGAATTTCTAACCTTACAGTCTTATCTCCAGAAAAATGAACCATGCTTGGCTCCTTAACACAGTGCAAACTTTCCCTGTGGACTTTGATCAATTTGAGAAAATGAAGACTCTGTTCGGGCTATGACTTTATTTTCTTTCCTTAAAAATATCTTATTACACATAGTGTGCTGTCTATCCCAAATCCCATTTTGCCTTTGTGTTGGGACAGTGAGGAATAGAACTTGGAGAGATGTGAATATCCAACGGTATCTTCTCACGTACCTTAGGTCTTTCTGCATTGTCGTCGTCATCATCATCATCATCGTTGTTGTTCTTGTTTATTGGATTTTATTTTATTTTATTTTGTTTTATTTTGCCTTTTGCTTTTCTGCCTCTGCTTCCCAAGCCTTAGAAGTAAGTGCCGGTATGTACCATTGTACTTACGTGCTGAGGTCTTCATTTTAGGCATTAATGTGCTGTCTGTCTCTCCCACAAAAAGTGGCTTTCTATCTCAGAAGTCTGTAAAGGATTATTAAGTAGTGTGTCACAGCGAGGCTTCCTCACCCACCCAGTTTCCCACTCAATAGACCGCAGTTGTTTGCTGTGTGCATGCATGATACAGAAGAGCAGCCTCCCTGCCTCTCCTCCTGCCTGGCTGGTGGTGAGCAAACATGACTATGTTCACCACTGGGCATCTCTCTTGCTGCCAAGGCCATGGGAAGCAGATGCTACTTGAATCACCACGTGTAGTGAAAACCTTTCCTGTAGGATATTTCCATGTTTCCTGGCTTTTCACAGCACTTTGGTAACTTTTGTTTAAAGCTGGTTTAGGGTTTTTAATGCTTAGGCTTCCTTACACAGAGGTGGATCTCCTCGCTTCTTGCTGTCCTGTTTCTTGTGGGGTTTCCTCAATTTTACGCTTGTTCCAATGATGTGGACTTGCTCCTCAGACATCACTCCTTGATGCTAGGTTACTGGTGATCTCCTCCTCCTCCTCCCCTTCCTCCTCCTCTTCCTCCCCCCTCCTCCTCCCCCTCCTCCTCTTTCTCCTCCCTTTCCATGTCCTCCTCCTCCTCTTCCTCCTCTTTTTTTTTTTTTGGTCCACTCCACTTTGTTGTATTCTAAATAAAGCTATGACCATTTATAACTAGTACGTAAATAACAAATTTGTCTGTTGCAAAAGCTTATGATCATTTTGCAACTCTGTTGATTTTAAGTTTGTCATAAATAGTATTTAATATGATTCCTTCTTGTTAACCCAAATTAACATGTATATTAATATGGATGATTTTCATATTTAAAGGATACACAGGCTCATATGCGATTGTTCTCTGAAAATCCCTTGTAGCCATCACTACTATTCTTTTGTAAGGAACTCTTGTGCATGCATGTGCACACACACATACACACACACACACGCACATGCAAGTACACACATATTCACACAGTTTTCCTTATAAAACTGTTTTTACTCTTCTGCCAACTTTAGGGAATATTCTCACATTTAGGGATCATCTTGATTTTCTTTGGTTCTAATTTTTTGTCTTTGATGTGGAATTTCTGTGCGATCCCTGGTATACAGTGAAAAGTAGTGAGGGACTTGATGCTCCTGGACCCTGAGCTGCTTCCTGTATTCTTAAGCTAACAACAATCTCCAAGAGCTGCATTAAGCACAGCTAAGGACGTTCTTTTCTACTTCTTCACATTTGTTCTTGTTCATGAGCAGGAAGGGTTTCCTGCCATCTCTGCCTTTCACATAGCTTTCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGATGGTTATTTCCATCTCCCTTTGGATGCATGATTGCCAATGGCTTACACTGTTGGAGTGAGAAGGCTGGGAGCACACTGTTGAGTTAAAACTGAACCCAGATGCCAACGGTTGTACACATCCATGTCAGAAATGGCTATCGCCTAAGCTGTGTGCCGGAGGTGTGAAACTTGAATGACCTCATTTGCAGCCAATACTCACTTGCTTTCTGATACCCACACAGGGCAAGGCAGGGGAACAGCGGTCTTAGCCACACAGATGGCTAAATGTCACTGGTCAGCTGGAGATCTTAACTGAGAGGGTCTGGGTTTAGATGTACTGTTCACAGCTCTTCTTACTGTGGTTGCTGAGTTCTGGTGGGAGGCAGGATGTTAGAGGGTCTGTGTTAGCGTGTACTAACCTCACAGATGACAAGTTAGAAGCGGCTAGTAGTTAGCTAGTCAGTATCAGGAGAAAGGGAGCTAGGCATGGTGGTGTGCCTCTTAATCCTAGTACTTGGGCGGCAAAGACAGAGGTAGGCAGACCTCTGAATTTGAGACCAGACTGGTCTACAGTGTGAGTTCAAGGCCAGCCAGGTGACCCTGTCTCCAAAACAAAACAACATAAAACAAAACTAAATAACAAAGAAGGAGAATGGGAAGTCAGCACTGCCAAGGTGGGCACAAACATTACGAATTTCTTTTATCAATCTGCTAAGATTGTTTTTGTAGTTTAAAGACTTAAAACTTTTAGCCCTATTTGCTTCTAGTTTGTGTTTCGAAATCACTAGGTAGAAATAACTACAGTTTGGGGCT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No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.273 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types