RnoINT0145140 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000024808 | Stk39
Description
serine threonine kinase 39 [Source:RGD Symbol;Acc:621643]
Coordinates
chr3:54463321-54510006:-
Coord C1 exon
chr3:54509941-54510006
Coord A exon
chr3:54463444-54509940
Coord C2 exon
chr3:54463321-54463443
Length
46497 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGC
5' ss Score
10.22
3' ss Seq
TGTGGCTTATTTTGATTCAGGTC
3' ss Score
9.69
Exon sequences
Seq C1 exon
AACAGAGAGTACCTGATCGAGAAGTTGCTGACACGAACACCAGACATAGCCCAAAGAGCCAAGAAG
Seq A exon
GTAAGCGCCACCTGTCCCCAACATCCTGAAGGGCCCTCCTCCTAGCCACAAATGAAAACCCTATAGCAGCAGGAAGAGGGTTCCTACACTCTGGCTTGCAGTGCAGAGGTCACCTGGCCCCTGTGACTCTGATAACTGAGTCTTTCTCTGGTTATCACAGGGAGCTGCTCAGCGTTGGGCGTGGAGACAGCATCAGGCCCGCATGGTTTCAGTCTTGCATGCAGCAGCTCCCCCATCCCTGGCCCGCAGATTAGAGGCTATGGGTGCCGACTATGGGTGCCGACAGGGTTTAAGAACGAATTGAGATCACTACATTTCTTTCCTTTAGTTTTTTTTTTTTAAAGTGGAGTAGTCAGTCTTAAAACCTAGTTTGAATGATGAAATGAGAATGTGTTTCATGTGTGTGATGTCTAGAATAATAGCCACGAGTGTTTGTTCTTGTGTGTGCATGTTCCGGTGGAGGCCAGTTATCAGTGGCAAGTATCTTTTCTGTTTCTCTTCACTTGTTTTTTGAGACAGTAATTTTCACTGAACCTGAAGCTCACTCACTTGTCTAGACTGGGTGGCCAGCTCCAGGGATGGAATTGTCAATATTCTTAACTCCACTGCAAGCCAATTAGGGTTATATTTGTGCCTGGATTGTTTTTATGTAAGCACAGACGGCGTGGACTCAGGTCCCCAATATGTACAGACGGAACCATTTTCCCACTCCAAATTTGATTGTAAAGGTTTGTTGAATATCTGTGGGATACAATTCATTTCTCGTAAGACTCATGATCCTTTTGTAGTCTACTTCATGTTCACTGAGTTTAGATTACCTACAATTTTTCAGGTCTTCTAGTCTCAAAATAGCATGTAACTCTATATGTATTTATCTATTACCGGTTGTTTGGGTTTCATTATGATATGTATGAAATCCAATGAGCTGTAGCCATCAGTCTGGGGTTTTAAATTTAGCATCAAATATTAGTAATTAAAAGTACGTACACTGGGGCCTGGAGAGAAGACAGAGATGGAAGTCTTCTAATGGTTGACATGGAGAGAGGAGCCTCAAGCCTATTTGTTGGGTGGTGTTGGAGTCTAGTTTTTTTTTATCACGTGTCTAAAATATCGTCCAGAGGCGAGAGGCGAACAAGTTGCCAGGCTCCACTGGCTTCTGTGGTAGGTATCTGCCGGGGACTGGGCTTCCTAGCTCTGCACCTCGTGTTTCAGTCTTTGCCACACATCTCACTGCTCACCCCAATCTCTGTACACTGGAGTTACCCTTCCTATAGAGTCCGCACCATCTCAAGAGCTTATCCTAGCTCCCTGACAATACCACCACCCCCCGCCTTCCTTCCTTTCCCCCTAATTTTCTCCCTTCCTTTCTTATTTCACTGAGTAGCCCAGGCTAGCCTCAAATTCATGATCCCTCACCTCGCTAAAGTGCTTGGACTCCAGGCCTGCAGCAGTAGTCACTGGACACGGCTCCTCCTCTGTTTTAAAATTTCTTATGAAATGATTATTTTATGTGTATTGGTGTTTTGCCTGCACGCGCATTTGTGCACCATCCTGGTACCCCTGGAGGCCAGTAGAGGGTAGCCGATGACCTGAAACTGGACCACCATGTGGGCACTTGGAGTGGAACCAGGGTCCTCTGGAAGAGTAGCCAGTGCTCTAAACTACTGAGTCGCCTTTCTGGGCCAACCTCCTCTGTTTTTTTTTTTCCCCCTCTTTAAAAAATTATTTGTTTTACTTCTCAAGATTATAATATAATGTAATTCTCTCTTCCCTCTCTTCCCTCTTAACCTTCCCATATACCTCTCTGTGTTTTCTTGCAACTTCGTGGCCTTTTTTCCCATTAATTGTTGTTATGTACATGTATGTATATGCACATACATATATTCCTAATATCATCTGTTCAGTGCATATAATGTTACTTGTATGTAAATGTTTTCAAGACTGACCGTTTGGTAATGGACTACCAACTGGCGTGCTCTTCCTTGGGGAAGCCGTTTCTCCCATTCCCAGGTTTCCTCAGTCACCTGTAGTTCTTCCTATACGGTTGAGGCCTTGCGGTCTTTCCCCATCCACTTCAGCCTTTCTGTCACTGTTGTCCTTGTTCAGCAGTCAGACCGGTGAAGCTTTGTGGGTGTAGCCTCTGACATTCCCAGGGGCATGGTACCCCCTGATCACTGGCTCTCACAATCTTTCCACCCCTTCTTCCTCAATGTTTCCAGAGGCTTGGGTGAGGGAGTGCGTTGCAGATGTGTCCACTGGGACTGGGCTCCACAACTCTGCCTCTGATCCGGCGTGGTTTTCTCTAGTGGTGTCTCTTGCAAGAACTTTCCTCGATGAGAGGCGAAGGCTACTCCTGCTGTGGGCACAAGGACAGATGTTTGGAGTCTAATGCCCGTGTTTTTAACTAGACATTTGTGGTAGATGTCTAGCTTTCCTTCCGTCTCTTCTTCTAATGTTTCTTTGACCCTGCTTCAAGATTAATTACCTGACCATGCTCAGGAGTGCCTTTCAAAATTAAACAAAAACTAACATGAGGATCAATAAATGAAAAAGGGAAAGAAACGAAAGAACCCATTCAGCCTAATAAAGGCCAAGATTGTTAATTGGATCTCTAACCTGACAGTCTAACCTCCAGCCAAATGAACCGTGCTCGGCTCCTTAACATGGTGCAGGCTTTCCCTGTGGACTTTCTTCAATTTGAGAAAATGAAGAATCAGTTCAGGCTATGACTTTATTTTCTTCCCTTGAAGTATTTTATCACATGTGAGTGTGCTGTATCTCCCAGATCCCATTTTACCTTTATCTTGGGTCCGTGAGGAGCAGAACTGTAAGGGAAATGAACTTCCAACCATGTCTTCTCACGTCTCAGCTCTGTCTGCATCATCACTGTCGCCAACATCATTATTACTTATTGGATATTTTTCTTTATGGTTTTCTGCCTCTGCTCCCCAGTACACACCAGTAGTCCTCATGCTTGGGAATCTGTTTAGACTATGGCTTTATTTTCTCCCCTTAAAATATTTTACTACACGCTGACTTCTTCAATTTCGGCATTAGTGTGTCGCCTAATTTTCCCACAAAAAGTAGCCAGCTGTCCATCTCAGAATTCTGCAGAGTAAAAGAGATTACTAAGAAGTTTTTAAGCATCGTCCAGGAAAGACCTGGTAATATTTTTTGAGTATTTCGCATCGTAAAGACGACGGCTCTCCTGTTACATACTCATTTTCAAGTATACTTCCGTTGCTGTCTGTACCACATTTCTCATGTAGAGATTTGCTGACAGGTGCACGGCTGGGATGCCACCACAAGGTCGCATTTGCTTTCCAAAGCATGTGGCTGGGAACATCAATTCTTCTTGAGTGTGACACAGCAGGGCTTCTGATTCCACCCAGCTCCCCACTCCTTTGACTGAAATTGTTTGTTGTGCGCATGCTCCCAAGGTTCCTGTTACTTCACCTTACAGAAGAGCAGCCTCCCTGCCTCTCCTGTCTGGCTGTTGGTAAGCAAACAGGGTGTTCTCCACTGGAAACCTCTCTTGCTGCAGAGGCCATCCGAAGCAAAAGTTACTTTATTGCCATGTGTTGTGAAAACCTTTTCTGTAGTTTATCTCCACATTCCCTGGGTTTTCACAACCCTTAGGTAAATTGTTTAAAGCTGCTGTAGGGGTCTTAGGCTTCCTTACATAGATGCAGATCTTCTCAGCTTCTTGCTCTCCTGCTTACTGTGATGTTTCCTCAATTATACTCTTGTTTTGATGGTGTGGACTTTCTCCTCAGACATCACTCCTTGATGCTAGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTTCTCCTCCCCCCTCCTTCCCTTCCTCCCCGCCTCCTCCTCTTCTTCCTTCTCTTCTCTTCTTCTTCCTCTTCTTTCCTTCTCCTTTTCTCTTTCTCCTCCTTCTCCTTCTCCTCCTTCCCCTTCCCCATTCTCCTTCTCCTTCCTCTCCCCCTTCCCTGTCCTCTTCTTCCTTTTTTCTTTTTTTGTCTGTAGTTTTCTTAATTAAACAATGACCTATTTATAATTACTGCTTAAATAACAAGTTTGTTGTGAAAGCTGATGATCACTTGCAACTCTGTTGACTTTAAATTTGTATAAACAGTATTTAACCTGTTTCCTTCATGTTAACCGAAACGGACACACACACTCATATATTAATATCAATGATTCTCATATTTAAAGGATACACAGGCTCATGTGTAATTGTTCTCTGAATATCCCTTATAACCATCACTACTGTGCACGCACGCACACACGCACACACCCAAACACGTGCACACACACATTCACACATTTTCTCTTATCAAAGTTTTTACCATTCTGCCTTCTTTAGGGAATATTCTGATATTTAGGGATCATCTTGATTTTCTTTGGCCCTGATTTTTTGTCTTTGACTGGGGAATTCTGTGTGATTGGCATATAACAAAAAGTGGTGAGGTACTAGATGCCCCTGGACCCTGAGCTGCTTCCTGTATTCTAAGCTAACAGTGATCTCCAAGGGCTGAGTTAAAGCACAGCTAAGGACATCGTTTTCTGCTTCCCATTTGTCCTGGTTCATGGGCAGAAAGGGCATCGTGTCATCTCTGCCTTTCACAGAGCTTTCTCAGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGACTTTCCAGCTGCCTTTGGATGCATGGTTGTCCATCGCTTACACTGTTGGATTGAAAAGGCAGGGGACACATCAGTGAGTTAAAACTGTCCCAGGTGCTTACGGTCGGACGCACCCTTCTCAGAACTGGCTAGCATCTAAGCTTTATGTCCATGATGTGAACTTGACTGACCTCACTCACAGCTAATGCACACTTGCTTCCTGAAACCCACACAGGGCAAGA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Seq C2 exon
GTCAGGCGAGTTCCTGGGTCAAGCGGTCACCTTCACAAGACTGAAGATGGCGACTGGGAGTGGAGTGATGATGAGATGGATGAGAAGAGTGAGGAGGGGAAAGCGGCTGCCTCTCAAGAGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000024808:ENSRNOT00000037133:10
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.273 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]