GgaINT0048479 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000010930 | STK39
Description
serine threonine kinase 39 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:17717]
Coordinates
chr7:18612854-18633386:+
Coord C1 exon
chr7:18612854-18612919
Coord A exon
chr7:18612920-18633263
Coord C2 exon
chr7:18633264-18633386
Length
20344 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGT
5' ss Score
10.47
3' ss Seq
AACACTTGATATTTTGGTAGGTT
3' ss Score
4.08
Exon sequences
Seq C1 exon
AATAGAGAATACCTGATTGAAAAGCTTCTCACTAGAACACCCAATATAGCCCAAAGAGCAAAAAAG
Seq A exon
GTGAGTGTTTTCATCTCTCTTGACTGGTATGCAAACGAAGGTGGAGACTTTAATTACCTTAGATTTTAGTTGACTTGACTAAGCTGTTTTCTTATGTACTCCTTCATATAAATAGATTATGTTGATGAATAGTTTATGTGGTTTATTGTTCTCCAGGAAGCCTGGGGTCATTTAGAGTTCCTCACCGGAGTTGCCTAAATATATATTATTCGTATCACATGACTTTTTTTCCCCTCTCACTTTTAGAAATATACAGGTGACATGATTATGCAGATGGTGAGAGACAGAACTACACACATGTAAGCTCATAAACTGCAGAACTCATTTTTATTTGATTATCAAAAGAAAGAATGAAGATATTGAAAATGGTATTTATTGGGAAATACCTTTTTCTCTGTATTATTTTAAATGTTGCATCCAAATATATGAAAGTCAAAGTCAAACTTGACAAGAGTTCTTGAGTTACTTGGACCTGTGAAGCCTTACTCCAGAGTCTGTGTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTATATATGAGTTTACCAGGTAAGGTGCAGCAGAACCAAAAAATTCTGAACAGGTAAGTGTTTTAAAACTTAGGTATTGAAGAAAGCAGCTGTTTGTAAGAGCTAATAAACATGAATGAATTTAAACTTCTTCACAGATTACAAATAGAAGCTATACTTAACACTAGTTAAACTGACAGTATTGCTTCAGTATGAGGAACCTCCTGAAACAGCTAGGCCTCTGCAGATAATGGGACCGTGTGCTCAGTCCAGCTTTCAAAAAGCAGTCTTTTTTGAGAAGATGTTTTATGGAGAACATTTCCAGAAAGAAACTGACTAATATGATGCCCATCTTCAAAAAGGGCTGGAAAGATGATTACGGTAGCTACAGACCTATCAGTCTCACCTCGGTGCCAGGGAAGGGTATGGAATGGATAATCTCAGGAGCCATCATAGATCAGTTAAAGGTCAACCAGGGGGTCAGGCCCAGTCAGCATGGATTCATGAATGGTAGATCCTGCTTGACAAACTTGACAAACTACGGTACTGTGGCCACTTCTATTTAACATCTTTATGAACGTTCTTGATGAGGGGATTGTGTGAACTCACAGTAAGCAGACGACACCTTGATCTGCTGGAGGGTAGTAGGGCACTACGGAGGGGGACCTGGATAGACTGGATTGATGGGCCAAAGCAAACTGTGTGTTTCAACAGGGCCAAGTGTTGGGTCCTGTGTTTTGGTCACATCAACCCTAGGCAACCCTACAGGCTTGGGGAGGAGTGGCTGAAAAGCTGCCTGAGACCAAGTGACCTTGGTGAACTGGTGGACAGTCAGCTGAATATGAGCCAGCAGTGTGCCCAGGTGGCCAAGAAGGCCAGTGGCATCCTGGCTTGTATCAGAAATGGTGTGGTGAGCAGGTCTAGGCAAGTAATCCTGTCCCTGTACTCAGCACTGGTGAGGCCTCACTTCAAGTACTGTGTTCAGTTTTGGGCACCTCAGTACAGAAAGGGCACTGAGGTGCTGGAGCAGGCCCGAAGAAGGGCAACAAAGCTTGTGAAGGGCTTGAAGAATATGCCCTACAAGGAGCGTCTGAAGGAACTGGGGCTGTTTAGTCTGGGGAAGAGGAGGCTGAGGGGAAACCTTATTGCTCTCTACTAATATCTGAAAGGTGCTTACAGCTAGAGCAGGGTTGGTCTTTTCTCACTGGTGTCAGGATGAGGGGAAATGATCTCAAGTTGTGCTAGGGGAGGTATAGGTTGAAAATCAGGAAAGACTTCTTCACAGAAAGGGCTGTTAAGCACTGGAATAGGCTCCCCAGGGAGGTGGTTGAGTCACCGTCCCTGAATATGTTTAAAAACTGTTTGGATGTGGTCCTCAGGTTCACGATTTAATGGTGTGCTGTTAGAGTTAGGGGTCATATGGTTTGGTTGTGGTTGAACTTGATGACTGTGAAGGTCTTTTTCAGCCTAAGCAATTCTGTGAACTGTTGCAGCCTTTATTGGTACACCAATTTTAGGGATATTGAATATCTGTAGGACTTTTGTTTTCTTAGCAGTGAACTGGCGCTTTTTTCTATTGCCTTTGTGAATATCTATCGCTGGTGTCCTCGCTAGGAAGAGGCTGTCAGCAGGATCTGAATGCTTTGAGTTCCTTCTAGCTCTTCTTTTAGGTGGAAGCAACTTGGGAAATCAGTGGTGATGTTTCAGCTTTAAGCGGTTGGAATAGAAAGCTGAAAACCAGCTTCTTTTTGGAGAGGTAGTTTACTGAGCAGTGCAGCATCAGCAAAATGGAAAGTACAGCTGATTGGCCATGTGGTGGCAGCAATGCCCACATAAAAATTGACCTACCCAGAGTGGAGAGGAAAAAGCATTGCTCATTTTAGTTCTTAGCTGTTAGGGGAGTAATTTAGACATGCTGTAGTACCAGCTAAGTTTCTAAGAGAGTTTGGATCTCATTAAATTCATCTCCTGCCTGTATGTTCAGATCAGTTGTTGGAACTAGATGATAACTTGTATGTAATTATGTACATATACTTAATTCTTTAACTTAGCATCTAGAATTACAAAATGAGTGCATGATAGCTTCCCCTGCGCCATTAGCAATAGGTTACTGAATGTCCTTTAGGATAATACTTCAAAATTTTGGAAAAGGAGTGATTCTTAGAAGCAAAAGCTGAATGACACTAGAGTGATACATTATAGGTCATTTAATTGCAGCAAAAAATAGAAAAAATATTTTAGATAGTGAAAATGCTAAATTATTTACTTCTTAAAAGAATGCAATATTAATTAGAAATTTAAAATTCACTTAATTTTGCTGTAGCTGCTGTTTTAAGATACTATAAAATATAAATGTATTTTATTATTTAAAACGTTTGTTTTTAAATAAACAAAAAAGCTTTTGTAAGCAGAATTTGGTTGCTCACACACATAACATGTAAAAATGTCTAAGCGGTCATTCTTGGAAGGAGTAACTCCTGCAATGGAAGAAAGAATGCCTCTAGGACAAAAGATAAGGAGCTGGCATTTAGTACAACTGCTAGGGCAGGTATCAGATCTGCTCTGTAGGATTTTAATTTTTCTTGCCTTTAGTGCAAGTATGATTACTTTGCCATGTTGCATAGAACTGCAGCCTCAGTTAAGTTTTAACATTAATTTTTCTTTCTCATGACATAGAATTCTGATGTTTTACTGCTGCCTTTACAGCTTATATTTGCTTACGGTTTTGACTGAAAATGAATTCAGACCTGTTTGGGAAATCCTGAAAGTAGGTATGCGTGGCTTGTATTTGTGAGGAAAGTCTTCAACTCTGTAAAGATGTTTCCTATTACAAATACCAAATTGATAAGATTAAACAACTCCTTACAGTGTGGTTTTAAAGTACTGTGTTGTAAATTATGTATTTGTAATTTGTGCGTATATTCTCTCTGTCTCGGTAGCTCCTTATTTTGATTGCATTAATCTTGAAACGAAGCCTCTTCCTGGTGCTTCAGGTAATGGAGTGTAACACTGAAACTCTTCTAGAACTGGCTTGCATAGGAGGAACACATCTTGCCTGTTCCTGTGCGGAACTTGCTTGAATGCTTATCAGCTCTCATGTACAAATGTGAGCATTAACACTGTGCGACTTACTGACCCTGCTGGGTTTCTTTAATGTGGCTTCTTACTTGGGAGAGCATTGCTGGTGTCTAGAAGAACTGGAGAAGTGGCTGCTGTGAATGCTCTGAGCTCAGTGTAGTCTAACAAGCAGAGGACACTCTCCAAGGTCATTCTTGTGTTGTCAGTAGAGATGTGGGAGGTCAGACTGCAGCCTCCCCCTTGCTGGATGGTGTTATGGTAGAAGAACAGTCTACTTTGTTGTGATTGGGTCAGGGCTGCATTACACCCCTGTTGAGCTAAGTTGTTGTATAGATACGTGCTTTAATGTGTTGAAGTAGTTTTAATTTTGGACTGAATGCTAAGTATTCTTTCATTTGTGACTAGAATTGCTATATTTGAACAGGGGAAAGAAGCAGCTTCCAGAATACCACAGTCTGTTTTGAAATCTGGTTACACTAAAAAATTAATTATAACTGTAAGTATTCTGTATCCCCAGAGGCCACGTGTCAGTTTTGTAGATTTTTTTAATCCTGTTTCTTTAATTTTCAAAATCTCCTGCATGACTGCCACTTCTACAAAGTGAACAGGGAAAAACATGTGTCTGCATTTTGTTTTATAGCTGTCTGAACTGTTACTAGTTTCATTAAAAAAAATCAGTTCTGAGTAATAATGGGTCTCGAATTCTATTTTTTGGAAGGTAATATTGCTCTTCACTGTTAATAGAAGCTCTTCAGGTCTTTGAGTTGTAAGTTACTGGGGAAAAAAAGTCAGCTAGCATAAGGAGATAATTAGTGTGAGTGATAGCAGCTTTTATTAAAATTTCAGTAGAAATACCTTTCCTGATGGGTTGAAACTCTAGCTCTGTGGTACAGCTAATTTAGGGAAATGGTTCTGAATGGCATGTTATCCTGTAGAAGAAATTAACCATCATCTGCATATAGTGGGGGGAATATCATTACATTGTAGATTTCTTTCATAGCTCTAACAGTATGATACCATCTCAGCAAAGCATCATTTGCTCATTTCAGTAATGGTTTTAATCTGATAGAAGTACCTTGCCAAAGGTGGTTGTTAACACAGCTGTGCTTCAGACCTCTTCTAGTGCAGGATGGTGCTGGCTTTACTTGTTTCCTCTCTACTTCATTTCTCTTCTGAGAAATGAAGCCTCAAACTCTTTGTTCATCTGACTTCCCAAACAAGTTGACTCACTTTTTTTTTTTGCCTCTGGATTTGAACTGAGGTCCTGTGTATATAGCAACCACTGATTCAATTCAGTCGCTGTGAAATTTGTCACCTTTCTACAGGACACATCATTATTTTG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Seq C2 exon
GTTAGACGAGTGCCAGGTTCCAGTGGTCACCTCCATAAAACAGAAGATGGAGACTGGGAATGGAGTGATGATGAAATGGATGAAAAGAGTGAAGAAGGCAAAGCTGCTGTTTCTCAGGAGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000010930:ENSGALT00000017779:10
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.182 A=NA C2=0.739
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]