GgaINT0048486 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000010930 | STK39
Description
serine threonine kinase 39 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:17717]
Coordinates
chr7:18664095-18668725:+
Coord C1 exon
chr7:18664095-18664159
Coord A exon
chr7:18664160-18667262
Coord C2 exon
chr7:18667263-18668725
Length
3103 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TTGGTAAGT
5' ss Score
10.47
3' ss Seq
GTTTCTGTTTGTACTTGCAGGCC
3' ss Score
10.01
Exon sequences
Seq C1 exon
TTGCTGCTAACTTACAGAAGATTGTAGATGATCCAAAGGCCTTGAAAACATTAACTTTTAAGTTG
Seq A exon
GTAAGTGAGAGTTGGTAATGAGTCATATGATACATGCAGCTTCTGAAACAGAAATGTTTTCATATTAAAGAGCAGCCTGTTGGTTCTTTCTCAAATAGTTTTAAATGCTGTGCCAACAATTTGGCAAAAACTGAAAAACTTTTTCTGACCACCTCTATATCAGCTAGAAAACATCATAAGAAACTAGTCCTAAAGATTTCAGCTTGTAATGTTTGAACAAAGCTTCCTGCCTGGAACAGTAACTTTTCTGACTACCTGACGGTGAAAGCATCTATATTCTTATGTCCTTTCTCATTCTCTTCTCTCTCTCCTAATATATTTTTAACCGGTTGGATTCCATCATCCAATGCAGTTGTCAAGGTTTATTAATTGTATGTGAATTTAATGAAACTTCTGCCTTTGACAAGGTGGGGAAGGAGAGAACACTTGTTCATCAATTCATAGAATATCCTGAGGTGGAAGGGACAGCCACAGGAATCATCAAGCCCATCTCCTGGCTCCTTGCAGGACTAATCAAACAAGCCATATTTCTGAGGGCTTTGTCCAAACAATTCTTGAACAGCAGCAGGTGTGGTGCTGCAACCGCTGCTCTGGGGAGCCTGTTCCAATGTCTAGTTTGTGCAGTAATTTCCTTACTGAATGTGGGTAGTCCTCAATGAAAGAATTTACCATGTGTAAGGGAAATGGTTTTTAAGCAGTCCAAAAGCCTGAGAGGAAGAAAGAAACTAATTATTGTAACATTAGTGCAGTTTGTGTTTTATCTCATTTTCAGCTATTGTTGAATAAGTGTGTTGACGGATGAGATGATTGAAATTACTGTGTGTGTAAGAGAGAGAGAACCTAAAACCAACTTTGATAGGACATAAGGGATACGTACAGTCATGTAGCTGCTTAACTTTGCAGGGGGAGGAAGTTTCATTCACTTCAGTTCTGAGGACGCATTGTTCCAACTGCACTTCTACCAACACCTGCCAGCATTTCAGTTAAATGCAGGTCACCCTTTCTACTGCTCTCTTGTCCTTAGTTCTTCCCATCAACTTTCTTTTAACTGAGAATCCACAATTAAAAGTTTATCTATATGTCATGGCAAACCACAGGCTTATGCCCCTGACTGTTTTGAGGTGCACATTTTGCCTTGGACCGCGGGTCCCAATTTCGGTTAATTTTGATGCAGTCCTGTTGGATCTAATTTAATATTAATAGCTTAACATTCCAAAGATTTAATTCAGAATAGATGTGCTGTGTTTGCTTCTACATCTTCTAAAATCAAGTTGAAAAATACGGATACCTAAAGCTGTTGAAAGGTTAGCCCTGTAAATACCAAACTCTTGTCAATTAGCTTTCAGCACCCCTTGCTGAGAGTGGCTCAGACACATGTGAAAGACTAGACTGAGTGTCTATTAGGTAAGTAGGTCTCCAGAATCATAGCTTTGTTTATAAAAGCTGCTGCTTCTTATGAGCTGTAGAGAGCCACTTTTAGAGTAAGTGACCTAGTTGATGATAATGTATTAATTCAAGATTGTTCTTCCCATGTCATTTTTTAAATATACATTTGAGTAGTTTTAATGATTAAATAGTTTAGCTTCATTTTTCCTCTACAGCCCAGTAAAGTCACCAGAACGTATGTGTTTCCTTTTAGGAAGGGACGGTGGTGGGACATGTAACTCAAATGGCCCTTACAATCCAAATACAGCCTAAAAGCTGATGCTTCTTTTTTTCCAGATGATGTTCTTGCTGTCTAAACATCTGACTTTGACTTTATTATTCCGTTGATGGCATCTGGGGAAGACCATTTAGATACACAGATATACCAGAGGCTATATAGAAGTCTGGGTCTTTAATTAGAGGCTTTAAAATTCGAAATTTAATATTCCATAGTATCCAGTTAATGTTTGTATATGTTGAAAACAAAAACAAACAAACAAAAATCTAATTTAGGTTGGGATATTTCTGTGTTTCAGCTGGATTTATTACTTAAATGCTGGGGAGCAGTCAGTGTCACATATTTCAGATTCCAGTGAGAGAATACTCCTAGGCTTTACCAAGATCAGAATTAATAGTCAGTTGTAATTCAATGTCTCTTTCCCTTCTTAAGGTAAGTTCTACTGGCTAGGTAACAGTTCCTGAGGTTAATTTTTAATCAAAGTTTCTTCCTGACGTTTTTAACTTACTTCCTGAGAATTGAATATAACCACAAGAAGTATCTTAATTTATTCTTACCTTTGATTTATTTAATTCAAATTCAATTTCTACCTGCTCCTGTGTAGTGGAGTTGCCTAGGAAAACTGTCATTTGTTTTGGCTACCTCTTAGCAAGATTTGAGAGCACTTGTATACTATTTGATTAAAACACATTTTCTTGGTAAATATTTCATGGGGATTCGAAGTCTAAATCGGGCTAATCCTATATCCATTCAGAGAATTCAATTGAAAAGTGTTCTTTAGTCTGGGATTAGTTACTATTTGTGGACAAGAAATCTGGTGTGTATCTCACTACTTGCAGATTGCTTTTCCTGGTGTAGTACTTCTGTACACACAACAAAGCATTTCAATCTTCTGGGAGACAAGAAGAACTTATGTCTTACCCGTATTTGTCTATAATGAACTTATTTATTATTTTGGCAATGATTTAAGTGAGGTGTCTGAGTCTGTTGTTAAGGTTTGATCTCCTTTGTGTGTATTTAAGGGCATCTTTGATCTTAAAATGATGCAGTTCTACAGAACTTATGTAGTATTAAACCTCCTTTAGTTGTCTTGGCTAACACAGAATTATGACTTTTCTGCATGATTCAGCTCTCTGCACTTAGGGAAGGAGGCTGCTGTAACGCACAAGTATTCTTGACAATATGCAATGTTACAACGTTATTATGTAGCATAATTAACATTTTATATAAGGATTTTACAGCTAGCTAGAGTGTAGAATGTTGTAAATAATACTAACTCCTTTTATCATGATAGTTTACATACAAACCTCAAACTTCATTTAGTAAATTTTAGTAATTTAGTAAATTTGGTAAACTGTTTGCTCACCAGGTAGTACAGCTGGACTGTCAAACACTCCTTTTTTAATGTGATACACTAAACGTTTCTGTTTGTACTTGCAG
Seq C2 exon
GCCTCTGGCTGCGATGGCACTGAGATTCCCGATGAAGTGAAGCTGATTGGGTTTGCTCAGTTAAGTGTCAGCTGATGTCTGTCCCTTGACCCCAAGACAAATTGTGAGATTGCGAAGAAGCCAGCTTAGATGCAAAGGAAAATTAATGCACCAAACACTGAGTTCTGCTTCATTCTCTAGCAATTCACAAAGTCAGAACGAGCAAAGCCCACAGCTACACCGCTGCTGCTAACATTCAAAATGCTACTAAATGTCTCTTAGCAGTTGATTTGGATTCCCCCTAAGTGAAAGGCCTGTGGAAGTGCACTCAGGTGGCTGTATTTATTGGTTACAAAAGAAATTTTATATCTTCTTTCCTAAAGTTTTGAGTGATACTATTTTCCTGTACTTGTGGATGATAATACTGCCTCTGTTATGTTATATTTAGAAGTAAACATAAATACAAAAGTTGAGAATTACTAGCTGAACTTGAATTCTAGTTTTAAAACTGACTGTGAGTTTTATTTTTCATATATTTATGCATTACACATCTTAGTAATAAGAAAACTACTGGACTTGATTACATGCTATTTGCAGTTAATCTTTATTTAAAAATGTTTCAGGTATACCTTTGACATATTTGGTAACTTCTAAAGCTTTTTTCTTTTTTTTCCTTCAAGTCAAGTAGGCATTAGCAAGCTTTGATTGTGTCTAAAAACCAGTCCACAAACTGATTGTGAAGAGTGTGGGAGGTGCCTTGAAGACATTAATGTTTTAAGAATGTGCCTGAGGCTGCTAAAATTTAGAATAATCTTAATTTTCTAGAAGTACCATGCATATGGTACTATATATATAATCTGAGCAAGGAGGGGTTATACGGTAGCAAAGGTGTTAAGAGAATTTTGACTGTGCTTTTTTGAGGAGTCTATGAGCTAGAACTACTTTAAACTGTTGTCATTAAGGTAGACTGCTTATTGTCCGTTTCTGATTTGACTTATCCTGAATGATAGAAACTGGTTTCATACAGGTGATGAAAACTTGAAGAACAGAATTGAAGCTTTACTTGAAATTCTGGAAAATACCAACGTGGAGTGAAAATAATAGGGCTTTGTGCAATGATTCAGTAAAACTCTGTTAGAAAGAAAACACTTCTGATCCAAGTAGTTTTATGCTTAACCTGTGGCCTAGATATTATGGAGCTAGTGAACCTTAGGAAGATTATCAAATCTGGAGACAAGTTCCTTGGATGTTACAATTTAAACTACTTCCTAGCTAATCCTAGATAAACGGCAGCTCTTTAATGTACTGAAAACAGCAAATATATATTATTAAGAGAAGTTATTTATAATGCCTTGTCATAATCATTGAGGTGTTCTAGAGCCATTTGCGTACGACTCAGTGTAAGTCCATTCCATCCTCTTGTTTACATGATTACTCCAAGACGACTGCAAAGGATAAAAATAAAAGCATATTGCACAAACACA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000010930:ENSGALT00000017779:16
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]