RnoINT0145147 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000024808 | Stk39
Description
serine threonine kinase 39 [Source:RGD Symbol;Acc:621643]
Coordinates
chr3:54359451-54370924:-
Coord C1 exon
chr3:54370860-54370924
Coord A exon
chr3:54360999-54370859
Coord C2 exon
chr3:54359451-54360998
Length
9861 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TTGGTAAGT
5' ss Score
10.47
3' ss Seq
GGTTTCCTCTTCCCTTTCAGGCT
3' ss Score
10.69
Exon sequences
Seq C1 exon
TGGCTGCTAATTTACAGAAGATTGTAGATGACCCCAAAGCTTTAAAAACGTTGACATTTAAGTTG
Seq A exon
GTAAGTGGGAAGGTGGAAGTGGGCATCGTGTTTCTGTCGGGCCAGCAGCAGGAGGGAGGCATTGTACCTTTGTACATTTATTGAGTGTTGCTGGATTTGGGGAGATCGCAGTTTGTACTCAGTTGCCTCTCTACACTGGGAGCATTGCTTCTGATCATGGCTGTTAACTCTTCCTTCATGAATGTGGGCTATTCTTACCTCATCGGAACTTTGACTGTGAATGGCCCTTTGAGACCCTCAAAGCTCTGGGTACCTTTGTTTTGTTTTTTTCCCTCCAGAACTTTGTTCTGTTGCACATTGACCGTACAGACAAAATTAAACTTGATTCAAAGCAGCGCTCTTACTGAAGCTTTCCTCAGTTGCAGCTTTTAAAAATAGAGGCCGATGGTTGGGTAAATGGTTCGGGTAACTGGAGACGACAGCTCACCAAAGGCTGGCAAGCAAAGACAGCATTTCACCCCTACTCCACAGCCATGCTGCTACACTGTTGTAGAGAACAGATATCTGCAGTTTCTTATGCACTAGCACGTTTTAAATCTACCTATGGGAGACAGAACAGCGAGTATCCCGACGTGACAGTGAAGCAGGAGTTCAAGTCTAGATCACCGGGACTGTTAGGTTTCCAAGAAGTTCTCACAAACTGGGTATTAAGGAAGAATAAATCACTCGTTTTCAAACATAAATTAATCTTACCAAGGGCCAGTCAGAAGCCACAAGCAGTCTAGGATCCAGAGGAGCACAAGACTGTGCACGTGGTACTGAGGACCTGGGTGTTGCCTGTGGGCCGCAGCTGCTACACAAAGAACCAGTAAATGCAAGCCTGGTGTTAGTGAATTTTCTGTGTCTTGCTTCTCATCTCGTTTCAGAGAGCTAGGTCTTGTGATCACATGTAAACCACAAGAACTTCCACAGACTATACCTGGTAACAGTAGAACATTTTCAGTTTAGGGCACTGTAAGACAGAACCGTCTTGTGGGGCTGCCTACTATGTCACCTCAATCGTGCTTGAAATTCACGTGTAATTTTGTGAACATGTTTTATTCATAAGACAGCATGTGGCGAGAGACTGATACCCTGTGTCAGCCTTTTTTAAAAAAGCCTTTATTGGGACAGGGCACTCTCTGAAGAACATTTTCCTCATTTTGGATGAATGCACAGAGACAGTCATCTGGAACCTTCCCATGGATTCATCCTCACCATACATGACGTTACGTTAGTGGCACTGGCCCCTCTCTCAGCACAGTTGTTCTGAAAGCAGCTACTGTGCTGTCTTGAACACAGTAAGAGCAACAGTGCTCTCTACATGTCTTCCTCTGGTGGGGTTTTAGGTCTCCTAGATAGTGTCTCGATTCTCTCTTGCATGCTCACCAAGCACCTCAGTAAGAGACACTGTTCTGCTTCTGAGGCCCATCTTCCTAACAAGTTCCCCAGGACTTGTACAGAACTGTCGCTTTAGCCAGAGTAACCTTTCTGTGGTCCCAAAGTGCTGGAAAGAGGCTCTCTATGTCCGATTCTGAAACCCTCAGCCTGCTCGTGATGCAAAAGCCTTTCTGATCCTGTGCCTTACACATGTCCTGCTGGACTTGCCCTCTGCTGGTGGGACCCTTTACATCTCGGAAGTCTGAGGCCAAGTTGATGTCCAGGATTACACAGTAGATGCTGCAGATTCAACTCTGGTCTAGCTCAGAGCCCAGGCTCACAGTACCATATTGTCTTTCAGAGGAGCCTCCAAACCCATGCTTTCTTAGATTCCTCTGTGGTTTCTTCTTCTATATGTCTGGATGTAGTTCCTTTGCTCGTGACTGGGTCTCCTCTGAACCTTAATGAGTGAGCGGTGCTGCCTAGCTCAGAAGAGTCCTGGAAGCAAATCCATCCACAGGTTCCCCTGCCTCAGATAGACAGGTGTGGGTGTTCTCAAGAAACGGACATTAATAGTGTTTCCTCCAAACACCAGGAGTTAGAAATGTTAACTAAAACCAGTCTCGGGAAAGACCTTCTGTTCCTGTCTGTCGGCTCCTATTAAAGCCTGAGAGGTTTCTTGGTTGTTACCAGCAGCTGGTCAGGTGAAGACCCACGCCATATAGCTAATTTGAGCCAGGGGCAGCCCAGATGAAACTCAAGTATTCCGATGCATTGGCTTTCATTCATCAACGTGGTTACTTTATTTGAAGAATACAAGATCAAAGCATCCCTGAGTAGTGTCCCTCCCAAGCTACTGCTGTGGTTCAAGGTTCCTTTATCTCTCAGCTATTTATCAGATTCTAATCGTAGGGAGGATGTCAGGGGTCTAGAAATGGCCTGGGGAGCAGGGAGATCTTACTATGTGTCTTTACCTTGCCGAGCCATCGCTTCACTCCTGGGACTGTAGGGGTGCTTCTAAAAGTCCCTAATGCCCAGGCCATCGACCAGGTCCTCTGCTTTAATGGCTTGTGCAGTTCCGGCCTTTAGAACTTTGAGGCACCCCTTAGTGATGCTGGCATTTTACTAGAGCTGGAAGCATTCTTCCTGCAGATTGATCAATTGCAACTTCGTCACCACCACTACTGGTTGATTCACCTGTGTCCTTACCTTACGTATCTGATCAGTTACGAAGCCAGTAGCACAAAGGGCCGAGGTTGGCCCAGCACTTAGGACATAAGAGGCAGGCAGAAGTCTGTGAGTTGAAGACCAGTCAAGGCTATATCTTAAATATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAGAGATATACATATTTACACACACACACACACACACATATGAAGTTTGCTTTTACCGTTGCCCAGTAAGATCGTTAGCCTTATTCAAATAAGGCTATGGTCTGGGATCGGTTTCTTCTCTGCTTTTAACAAAGTACCTCAGCCACAGGGCCATTTCAGCTCCAGTATCCTGTGGCTTTGAGCTTCACATAACAGCACTGCGTTGGAATTGTTATTTTTTAAATTAGCCACCCTGCGGTTTTGTAATGTAGGTGAATTTTGCTGCTTTCAGTGCGGAGTTTTAAAAATCGCATTAGTGAAAATGTGAAATAAGATATATTTAATTTGCTTTTGAAAAAAATACAAGCAGGAGTGAATCTAATTAACATCCAGTCGGCACCCATTTGCATGAGCATTGTAGATTTTAGTTGCTGAAATGGAATGACATTACGTACACCACAGACAGAGATTTCATAAGGTTGTTGGTGATTGATAACTGAGGGGCTTGTGCTAAGGTGTGCTTGGAGGTTGCTTGACTGGAGCACATCGTTTCCTGAAACGTGGCTGAAGTCAAACAGGCCAAACCACTTGAGAGTTTTGAGGTGTTGCCCTTATAGCAGGGGGACAAGGGTGAGATCCAAGGCTCTGGGCCTGTTCAGAAGGTCCATGCGGCCGCCCCTGCTTCTCGTTCTTTCAGAAGCAAAGGTTGTCCAAATGTGGAGTGGGGACCACAGAGTTGCCCAGAAACCTGGTAAAATGGAAATGCCAGGGCCCCGTTTCAGGCCCAGATGAGACCTGAGTCACAGGTGTCTACTTAAGTGAGAACTGGAAGTTCTGAGCCTGAAATGTGAGGTCCAAGGCTTCATAGATAGTACAGGGTTTACACTCCAAGGAGCACTGGAATAAAGGGTGGCTCTCAAACTCAGAGCATCCCCGGGCTATCACCAAGCCAGAGCTCAGAGCATCCCCGGGCTATCACCAAGGCAGCTGAATCATCACCATGGAGCAGAAGCTAACGAGTTTTGGCATGATTTCAGATTCTCCCACTGAATTCGGAACATACCCACATTTTGGGTGGAAGGTTGGTGCTAAGCTATCTTCAGCCCTGCACGGGCACAGACAGTGTCTGCAGCCTGCAAGGGAGAACTGGGGAGGACGTTTTAGGAATCCCACTCTCGGCTTGAGTGGAAACACTCGTGCACTGCTAAGCCAATCCCTAGGAATGTGCATATGTTTCTTCTGTATTGGGGCCCAAATTTATGACTTCCTTCTAATTTTGATTAATCCTGAGAATTAAATTGACAGGCCACAAGTATGATGACATATATTTAGAATTCCAGAGCTTGAGAGGCAGTCAGGAGATCCGAGTTTAAGGTCAGAATGGGGTACAGAGCAAGAGTTTTGTCTTTGTCTTTGTTTTTCTTTACTACAGAGGAAGAGAGAAATAAATAAATATATAAAGAGATAAAAGAGAAAGACATACAATTTCAAGGAACAAATACCATTAGAGTTTAACACAACTTGGACAAAAAGCAAGAAAAGTAAACAGCCTTCCCTGTTTGACATCCTGTCCTGGTTTCCTTCAACAGCAGACTGTAGTGAGTGCAAGCCAAATAAAACCTTTACTCCTCAGCTTGCTTTTTGGCATGGTGTTTCATCACAGCAATTAGAAGCCCTCGTTAACAGGAAACCTAGAAAATCCGTAGAGCGCCTTTTACTTACCTACCTACCTACGCCTAGCCAGAGCTTCTGTCATAGGATGGTCCTCCTCCCTTCTTTAAATTAGCATACAAAGCAGTAGTTTTCACTGCAATATTCTAATACACATATGTTTATACAGTTTATTATTATATTATTATTATCATTAATGTTATTAATCACTCTTCTTCACTGCCCTCTACCTTTCTCTTTACCCTCTCTTTTCCGTGTTTTGGTTTTGTGTCTGTATCTCTGTCTGGAACTCTCTCCCACTGCATGCACGCACACACACGCGCACACACACACACACTATACACATGCACACACACACGCACACACCTACACACACACTATACACATGCACGCACGCACACACACACACACTATACACATGCACGCACACACACACACACACTATACACATGCACACACACACACACCTACACACACACTATACACATGCACGCACACACGCACGCACACACACACACACACACACACACACACACACTGCATACCAGAGAAAATGTGGTGTATGACTCTCTGAAACTGACTGATGTGAAGAAGGCTTCAGTGAGCATGGACGGGCAAGCATCTCTGTG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Seq C2 exon
GCTTCTGGCTGTGATGGGGCGGAGATTCCTGACGAAGTGAAGCTGATCGGGTTCGCCCAGTTGAGTGTGAGCTGATGTATGTCCCTTGCTGTCACCCTCATCTGTCGTGCCCTCCCCCCCTTCCAGCCCCCTCTTTGCCTCCTTCCTCTCACCCCCTCACTCCCAAATCCCAGCAAATAAGAAGATTGTGAAGAGGCTGGCTTCGATGAAGTGGGATAAAAAAAATAATAATTTTAAAAAAAAACTCCGAGCACTCTGAGTTCTGCTTTATTCTCCAGCAATCCACAGTGTGAGCACAGGCAAGTGCTGCAATAGTGCATTGCTGATTTCTTTCCAGAGAGCTATTTACTATTCTTAGCAGTCAATTTGGATAGCCCTTAAGTGAGGAGTCTGAAACACACTCAGGTGGTCCTATCTCTTGGCAACAAAAGGAATCTTCTACCAGAAGCCTTTTCTCCTCTTACTGTTGTATTTCTGTTTAATAATTAATAATAATTAATTGTACATCTGACAATACTGCCTCTTTTATGTTGTCTTAGAAATTAATATACTTATAAAATTAAGATTTATTAGCCAGACTTGAATTCTAGTTTTAAAACTGACTGTGAATTTTATTTTTCATATATTTATGCTTTACACACCTTAGCTATGAGGGAAAAAGTTTTGATTATAATGCTTTCCGCGGTTGATCTCTTGTTATTTAAACAAATGGTTTCAGGTCAATCTTTGGAGTATTTGTAGCTTCTAATTTTTGAAATGACTGAATTGAAAATTTGAATGCTTTCTCTTTTGGTTGGTTTGCCTAAAATCCAGTCCACAATCCAGTCGTCTCTTGGGAGAGGGAGGTGCCTTGTAAACTTTCATACTTCGAATGTGCCTGAGACTGCTTAACCCTGGACTAGTCTCAGATCTCAAACCCGCACTACACATGGAGGCATACGTTTGCTTCATCTGGACATTTAGAATACTGTACCTGTGCTGCCGTTCTGTTAGATCGCTGACTACATCCCCGTGTCTGATTCGGCTCTCCTTAGGTGATAGGATTCATTGTTTGTAAGGCGATAAACTTGACCACACCAGAATCTGAGTTTTACTTGAAACTCTGCAGAATACACAGGGGGTATGAAAAACAAAACAAAACAAAACAGAAAGATTTTTTTGTGCAATGGCAAAAGGTAAAAATGCTGTAAACGTTCGAGAATAAATATTTCCAACCCAAGAACCTCCTGCTTGACTATGTATTATGAACCTAACAAACCTTAGGATTTTCAAATTTGGAGTCAAAACCCTCAAGAAGGTGGCTCCGGGGATGGCACCATTGCTCCTTACAAGCTAACCCTAGATGCGGCAGCTCTTTAACGTACTTTAAAAAGCAAATATATATTACTAAGGAAAGAAGTTATTTATAATTGCCTTGTCATAATCGTTAAGGTGTTCTAGAACCATTTGCATACAATTTAATGTAATTCCATTCCATTCTATTGTTTACACAATTACTCAAAGATGGCTGCAAAGGTAAAAGGAAAAATAAAAGCGTCTTGCACAGTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000024808:ENSRNOT00000037133:17
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]