HsaINT0160939 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000198648 | STK39
Description
serine threonine kinase 39 [Source:HGNC Symbol;Acc:17717]
Coordinates
chr2:168810530-168821236:-
Coord C1 exon
chr2:168821172-168821236
Coord A exon
chr2:168812081-168821171
Coord C2 exon
chr2:168810530-168812080
Length
9091 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TTGGTAAGT
5' ss Score
10.47
3' ss Seq
CTTTCTTTTTCCCTTTTCAGGCT
3' ss Score
13.22
Exon sequences
Seq C1 exon
TGGCTGCTAATTTACAGAAGATTGTAGATGATCCCAAAGCTTTAAAAACATTGACATTTAAGTTG
Seq A exon
GTAAGTGGAAAGTTATGGAAAGAAGGAGGTAATATTTTGCCATGCTGTGCCAGCAGGGAATAATAATCTAGTTTAATAACCTACTCTGTAATTTTGCTGTTGTTGTTTTCTTTTAGAATCAATTTTTGCATTTGGAAGCATTTGACTCTGCAGCGTTAGGGAACGTTTTCTGATTGTGACTGGAAGTGTCCTCTTCTATGAGCATAGCTTTTTCTTATCGTCACACCTTTGACTAAGAGCGGCCATATAAGAATCTTGAAGCCTAGATCATTTTGCTTGCAGTTTGTATTGCAACTTGACCATAAAGACAAAATTACACTGAATTCAAAGCAACACTCTTAATAAAGCTTTCCTAAGACAAAAGCCAAGTGGTTCTAACTTTTAAAAATAGAGGCTGATTGTTGTAGAAATGGTTTAGGTAATTGGAAGCAATTGTAGAACAACTCACCAAAGGCTGGCGGACAAAGACACAACAATTTACTTCCACATTTCAAATCAACAGTAACAGATTTTTGTAGAAAGGAGATATTTCAACAGTTATTCTGCACTAGTAGATTGTAAACTTAAGTACTAGGTGGCCACAGAGATACAGAGTGCCGGACATTCTGGGGTCACTGTGAGACCAAGATGGTGGTGGTCAGAAATGGAGAGAAGTCCAGATAGTCAAAAGTGACCGTTTTCCAAAAAATTTTAGCGAACAGTACATTAAGGTACATTTTAAAAATCGTAAGTTAATTTTATCAAAGGCTGGTCAGAATCCCAGAAGCAATTTTAGATCTAGATGACCAACACTTTGCTGTGCACAACATAGATTGATGATCTTTTTTATATTTGTGAAATTAAATGGAAAATGTGGGTGACCAAAAATGCTAAATGATTAGTTACAGTAAATGTGAGCCTGGTGCTAATTAACTTCCTGGGTCTTGCTTCCCATCTAATTTTAGATAGCTAGGCTGTGTGATAAAAGAAAAACACAAAGATTTTCACAGAAAAGATATATCTGAAGGAATTCTTTTTGCTTTGATAAGAAAGTAACATTTTATTCAGATGTAGAGTGCTAGGTTAACAAATAGGAAAATCCCTTTTCTGGTTTGGGATGACACTGTCACCTCTTAATGTGTGTGTTTTTTTTTTTTTTAATGTGAGAGTATATTGATGAGAAAATGGCAGCCTGTGTCAGCATTTCAAGCCAATATATGTCCCTTTATTCATTTTTTTAATACCACCTCAAGAACATTTTCCTAATTTGTAATATGCAAACAGAGATAAGAGTTTGAAACTCTCATGCTGGACTTTTCTCATTTTATTATGAAAGAGGAACAGTAACCCTGGCCCTTTCCTACTACCGAAGATTTTGTGAAAACAGCCGCTGTACAATCTCTAGGTAAACCATAAGAATAATGTAAAACTCTCCCTCATCTCCTAATCAGCTTATATGTTTCTTAAATTCTCTCTGGATTCTGTCCTCTTCCCTGCATCTCCATTTCCTGCACCCAAGCAGGATTCTCTCATCTTCACAAACTAATCTTCCTGCCACCAGTTTGTCAGCTTTTGGCTCTGTTTACCACCCTGTGCCTGTAGCCAGAGTAATCCTCCTACAATCCCAAAATGTGGTAGACACAGTGTTTCCACTGCCCTATTGTAAACCGCACACCCGGGACAGGCTAATGAAGCCTGGTCTGCCCCCACTCCTCCAGCTCTCCTGCTTTACCATTATCTCTGGTAGTAGGCCCATTTCACATCTCGGGAACCTCGGGCTCGCTGGGGTGGATTTGCCCAGGATCACACAGCGATCACACAGATCCTGAGTCTGGAAGCTGCAGACTCCCCCCTGGTCTAGCCTCAGTGCCCACGCTCTCAACAGCCATTCATCTTGGAGGCAGACCCCTGCAGCCTTAGGGCTGTACAGTTTTCTGTCATTTTGTAGATTCCTCATTTTGGATGACTGGGTACATTTACATTGGCTGGGACTGAATCTCCATTGGCTGAGACTGAATCTCCTTTGTACCTTCAGCAGATTGAGTAATAGTGGCCTGTCAGGCACAGGGGAGTTTTGGAAACAAGTCCGTGTTTTCCTTCCCATTACAGCTTGAAAACGTAGTAGTGTGGTGTTCACAGTAAATGGAAATTGATGGCTTATTCTCCCCAAAGATAAAGATGGTTAACGAAAACCAAACTCAGGAGGGACCTTATTTCTGTCACTTAACTTTCTGTCCAGCCCTTGTTAGGCCCCAGGAGGGTTTCTTTGTTGGTATCAGCTGCCAGCCGGTTTGAGATCCACTTGGCAGAGCTAATTTGAACTGGTTTTTGGCCTGATCTTGCATAGGACACTAACATCCCAATAAACTGCAGAGATTCAAATGTATTTACCTTCATTCATCAACTTGGTTATTTTATTCAGGAATAAAAGATCAAAGTATTTCAGCAGCGTTTTTCCTCGTAAGCTGCTGCTGCGCATGGTCCCTTTATCTCTCAGCTTTTTATCATTATTTTCATCTCAGTGCCTTTCATTACTTTTTAAAGGAAAACGTCAGGGGCCTGAAAATTGTCTAAAGAACAGCAGTGTCATGATACTGTGGTTCTTTACCTCCCTGCACAGTGGTTTCACTCAGGGGAGCACTGGGACACTTTAAAAAATTAATGCCTAGGGCCGCAGGGGTGCGCCTCCAGGAATGAATGGTTGTTGAGAGCATGGGCTTTGAGTCTAGACCAGGGGTGAGTCTGCAGCCTCCACTGTGTGATCCTGGGCAAATTAACCCCAGAGAGCCTGGGGTTCCCAAGATGTGAAATGGGTCCTGTTTTAGGACCTAATGTCTGGTCTTACGACAGATATTCTTATTTAACTGCTCTTGGTGCAGCCTGGGCTTTGGGAATGTTAAAAGGACTTCATGGTGGTTCCAGTGTTCAGCAAACCCTGAGAAGCATTCCACAGGGAAGATAATAAGTAGGATTTCCATTGTTGGTATGGCCAGGGGCTGGGAGATCAGATTCTTCTCTTCACTTTTAACAAAGTGGTTCAGGCATAGAGGGCATTTCAGCTCAACTATTATGTGCTTTGAGTTTGATGTATTTTTTTTTAGTAGTGTTTTATTGTTGTAAACCTTGAGACAGGTCTTTATTTTTAAGCCATTTTTGAATGGACTACTTGGCAGTTTTGTAAGTAGGTGAATCTTCCTGCTTTCAATGTGGAATTTTTGAAATTGCATTAGAAAAAACATGAAATAAGATACACTTAATTTGCCTTTGAAGATAGAATACAAATTTTGAGAACATGTAATTAACATCTAATTGGTACACATTAACATGAGCATTATAGACTTTAGTTACTGAAGTTTAATAGCATTATATGTATTGCAGATAGAAATTTCATAAGCATTTTCACAGTGACTAAACGGACTTATTTTTAGAGGTTCTTAGCTTCTGCATAATTGGAGGCTGTATGACTAAGGCAACATTTTGCCAAGTGCAGGTAAAGTCAAGCCTGAAACTGGGTAAAAACTACCTAAGCGTTTTAACTTTCTCCTCCTACTGAAGGGGTAGAAAAGTGAGACAAAGATCTTCAAGGAAACTTCCAGTTCCAGAAGGTCCATGTCTCTGTGCCTCCTACTCCCAGCCTAAAAGAGTGGCTGTCCACATGTGGCCCCCAGACTGACAGTGTCAGCTTCCCTTGGGAACTGGATTACAATGTAAATTCTGAGACCCCATCTCAGGACTAAGGAATGAGAATCTCTTGGGGGCTGGGACACAGGCATCCGTTTTAACAAGCCCTCCAGGTGATTCTGATGCAGGCTGAAGTTTGAGAACCAATGCTTTAAAGGAAACTTGTAGTTTCACACTGGGAAGCACTGGGATAGACGAGTGGTTCTCAGACTCTATGGTGGGGGGGTGGGGGCACCTCACACTCTCCTAGTGATTCCAAAATGCACCCGCATTTGGGGTGGAGGCATTCCTTTTCAGTGACGCCAGGTAACCATAACTTCAGCTCCTCCATGGGGTGCAGGCCACACCTGCTGTCATGGCGGGAGGGGTGAGGAGATGGAGTGTTCAGGAATCAGAATACACCCTGAGTAAGAGCGTGCATGATGTCATACGCTGTCACATTAGGTCCCTGATAATGTATACATTTTCCTTTGGCAGGGGAGGCAAACTGTTATCTCTGCCTTCTTAGGGTTTTTTGGCTGGGCCTGGAAGTAAACCGACATAAACAGATTAACAGGAGAAAAGCATACATATTTATTTAATCTAAGTTTTACATGACATGAGAGGCCTCATAAAGAAATGAAGACCCAAAGAAGCTGTTAGAATTTAGCACATATATTGAGTTGGATGAAGCAATAAATGATGAAAGGGGGCAAGGCAGTGGGGGGCTGGGACGAGGGTTCATCGTGGAGAAGTGACTAGGAACACGAGGATGAGTTTAACAAGGTTTGTTTGTGTAGATGTCTGTCAGGGGCTTCAGCTCCCCATCTCTGGTGATCAGAATAGCTTTCTTCTTCCAGGTGCAGGGAGGAAACCTTCCACTTGGGAGTTTTAACTCCTGCTTTTAGGAAAGTCAGAGGGCCCTTCCTGCATCTGCTGCTGTTGTTTTTTAAAGTGTCTTTAACGCAAAACCATGAAATAGAAGAGTGGCATATTTTGGGGTAGCGTGTTCTGAACTTCTCCTTCACTTTGAAATTGAGGCTCACAAAGCGTGGGCCTCAAACTTCTGAGTTTCCCTGAGACCCTTCTAGGGGATCCTGGATGTCAAAACTCTTTGTGACTTGCCTTTTCCACTGTGTTGACGTTGGTGTAAAGCCGTGGTGGGTAAAACTGGTAATGTCGGCACACATGCAGCAACATCAGACTGCACTAATAGTCACTGTGTTCCTCAGAGCCAGGCACTGTCACTCACTGTAAAAAAGCAAAGCCAATTTCACTTGAGAATTTTCCTAACAAGGCAGGAAACATTATTGACTTTATTGAATTTCAGCTACAGGACACATCTTTTGAGTGTTCAGTGC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Seq C2 exon
GCTTCTGGCTGTGATGGGTCGGAGATTCCTGATGAAGTGAAGCTGATTGGGTTTGCTCAGTTGAGTGTCAGCTGATGTATGTCCCTTGATGTCACCCTGATCTGTCATGCCCCACCGCCACCCCTACTCCCTTCAACCCTCCCTCTTTCTGCCCATTTCCTCCCACCCCCTCACTCCCATTTCCTAGCAAAATCAGAAGATTGTGAAGAGGCCGGCTTCAACAAAATGGGATAAAAAAATAATTTTTTAAAACTTACAACACTCCGAGTTCTGCTTTATTCTCTAGCAATCCACAGTACAAGAACAAGCAAATGCCACAGCTGCACGACTGTTGCTCATTTTTCCAAAAGCTATTTAATATTCTTAGCAATCAATTTGGATATCCCTTAAGTGAAAAGAATCTGAAATACACTCAGGTGGTCTTATTTATTGGCAACAAAAGGAATTTTCTATCCAGAAGCCTATTTCTCCTTTCATTGTTGTTATTTCTGTTATAATACTTTAATTGTACATCTGACAATACTGCCTCTTTTATGTTGTATTTAGAAATTAATATACTTATAAAATTAAGATTTATTAGCCAAACTTGAATTCTAGTTTTAAAACTGACTGTGAATTTTATTTTTCATATATTTATGCATTACACACCTTAGCTATAAGAAAAAAAGGGTTTTGATTATATGCTTCTTGCAGTTAATCTCGTTATTTAAACAAAAAGTTTTGGGTCTGTCTTTGGAGTATTTGTAACTTCTAAATTTTGAAATGACTGAATTAGGAATTTGGATGCTTATTCTTTTAGTCTGTTTGCCTAAAAACCAATTTACAATCTGACTGTCTCTTGGGAGAGGGAGGTGCCTTGCAAACTTTCACATTAAGAATGTGCCTGAGGCTGCTTTACTCTGGAATAGTCTCAGATCTAAAATTTCCTCTATATAAGGTGGCATATGTTAAGTTTTGCTTCATTGGACCGTTTAGAATGCTATGTAAAATGTTGCCATTCTGTTAGATTGCTAACTATATACCCATCTCTGATTTGGCTCTCCTTAAGTGATAGGATTTGTTATTCTAAAGGTGATAAACTTGAAAATATCAGAATCTGAGTTTTACTTGAAATTTTGCAGAATACCCAGGTGGAGTGAAAATTGGAAGGGTTTTGTGCAATGACTAAAAGGTAAAACGCTGTTAAGGTTCAAGAATCAATACTTTCAACCCAAGTAGCCCTCTGCTTGACTGTATATTATGGAACTAGTAAACCTTAGGATTTTGAAAATTGGAGTCTAATCTTTCAAGGAGGTGGGCTCCCAGGATGGTACCATTGCTCTTTCCTAGCTAACCCTAGATATGGCAGCTCTTTAATGTACTTCAAAAAGCAAATATATATTACTAAGGAAAAAAAGTTATTTATAATTGCCTTGTCATAATTGTTAAGGTGTTCTAGAGCCATTTGCATACAATTTAATGTAATTTCATTCCATTCTATTGTTTACACAACGATTACTCGAAGATGACTGCAAAGGTAAAAGGAAAATAAAAGTGTATTGCACAATGAGA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000198648-STK39:NM_013233:17
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.023 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)