MmuINT0154244 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000027030 | Stk39
Description
serine/threonine kinase 39, STE20/SPS1 homolog (yeast) [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1858416]
Coordinates
chr2:68048504-68059025:-
Coord C1 exon
chr2:68058961-68059025
Coord A exon
chr2:68050051-68058960
Coord C2 exon
chr2:68048504-68050050
Length
8910 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TTGGTAAGT
5' ss Score
10.47
3' ss Seq
CTTCCTCCCTTCCCTTCCAGGCT
3' ss Score
12.77
Exon sequences
Seq C1 exon
TGGCTGCTAATTTACAGAAGATTGTAGATGACCCCAAAGCTTTAAAAACGTTGACATTTAAGTTG
Seq A exon
GTAAGTGGGAAGGTAGAAGGAGACGTCACGTTTCTGTCGGGCCGGCCCCGGGAGGGAGGTATTGCACCTTTGCACGCTTAGCGTTCTTGCTGGATTGCGGGAGAATCACATTTTGTACTCAGTAGTTGCCTCGGCCACACTGGGAGCATTGCTTCTCATCATGGCTGGAACCTCTTCCTTTGTGAATGTAGCCCATCCTTGCCTCATCAGAACTATGACTGTGATGGCCCTTTGAGACCCTCAAAGCTCTGGGTACCACTTTTTTTTTCCTCTAGAACTCCTTTCTTTTGCACCTTGACCGTACAGACAAAATTAAATGTAACTCAAAGCAGCGCTCTGACTGAAGCTTTCCTCAGTGGAAGCCAGGTGGATGCAGCTTTTAAAAATAGAGGCCGATCGTTGTGTAAATGGTTCAGGTAATTGGAGACGACGGCGGCAGGACAGCTCACTGAAGGCTGGTGAGCAAAGACGACAGCATTTCACCCCCTACTCTGAAACCATGCCACCACACTGCTGCAGAGGATAGCTGTCCTAACAGTTTTCTATGCGCTAGCACATTTTACACCTAAGACAGAACAGCGAGCATCCTGAAGAGACAGGGAAGTGGTAGTTCAAGTCCACATCATTAACATTGATGGTTTTCCAAGCAGTTCTCACAAGCAGGATATTAAGGAAGAGTAAATAACTCATTTTCAAAACATGAATTAATCTTATCAAGGGCCAATCAGAAGCCACAAGCAGTTTAAGATCCAGAGGGCCAACACATGGCTGTGCACACGATACTGATGACCTGCCGCCCTGGCTGTTCCTAGAAAATCAAACGGAAATTGCCTGTGGGCTGCAACTGCTGCATGAGGAGCCACAGTGAAGACAAGCCTGGTGGTCATGAATCTTCTGTGGCTTGCTTCTCCTCTCATTTCAGAGAGCTGGGCTGTGTAAGCACATGTAAACCACAAGAACTTCCACAGCCTCTACCCAGGAACAGTAGAACATTTTCCTCGGTCTAGAGCACTGTAAGACCCAGAGCTCTCTGTGGGGCTGTCTACTATCTCTCCCCAACCATGTTGGAAATTCACATGTGATTTTGGGAACATATTTTATTCATATGAGAGCATGTAGTGAGAGCATGTTTCCTCATTTTGGCTGTGTGCACTGAGGCAGTCATTTGGAACTTTCATGCTGATTCATTCCTACTATGTGTGAACTTACGTTAGTGACCCTAGCCCCTCTTTCAGCAAAGTTGTTCTGAAAGCAGCTACTACACCGTCTTGAACACAGTAGGAGCAACAACACTCTCCACATGTCTTCCTCGGGTCAGGTTTTAGGTTTCCTGGATTATGTCTTGATTCTCTCTTGCACGCTCAGCACCTCAGTAAGAGACACTGCTCTGCTCCTGAGACCCATCTTCCTAACGACAGGTGCTCAGTGCTCAGCAGAACTGTGGCTCTCACCAGAGTAACCTCTCTGTGGTCCCAGAGTGCTGGAAAGAGTGGCTCTCTACTGTCCTCTTCTGAAACCCCCAGCCTGCTCTTGATGCAGAAGCCTTCCCTGATCATCTTCTCTTCTACATCTCCTGCTGCACTTCCCCTCTGATGGTGGGGCCCTTTACATCTCGAAGTCTGAGGCCAACCTGATGTCCAGGATTACACAGTAGATCCTAAAGATTCAACTCTGGTCCAGCTCAGAGCCCATGCTTACAGTGCCATGTTGTCTTTCAAAGGCAGCCTCCAAGCCCGTGCTTTCTTAGAGTCCTCTGTGGTTTTCTTTTATATGCCTGGATGTAGTCACTTTGCTTGAGACGGGGTCTCCTCTGTACCTTAACCAGTGAGCAGTGCTGCCACATACAGAAGAGTCCTGTTAGCAGATCCATCTGTATGTTCCCCTGCCTCAACTAGACAGCTAGCAGTGTGAGTGGTCTCAAGAAATGGACATTGGTAGTCTTTCTTCCAAGCCCCAGGAGTTAGAAATGTTAAACCAGTCTCGGGAATGACCTTCTGTTCCTGTCTGTCGAGCCCCTGTTACAGCCTCAGAGGTTTCTTTGTTGTTATCAGCAACCAGCAGGTTAAGGCCCACTCCACACAGCTAATTTGAGCCATGGGCAGCCAGCTGAAACTCAAAGATCCCAATGCATTGGCTTTCATTCATCAACTTGGTTATGTTATTTGAAGAATAAAAGATCAAAGCGTTCCAGCAGTGGTATCCTTCCCAAGCGGCTGCTGTGGTTCAGGGTCCTTTCATCTCTCAGCTGTTTATCCTGATTCTAATTGTAGGGAGAACATGGGGGTCTGGAAATCACCTGGGAAACAGGGAGGTCTTACTACTGTGTTTCTCTCCTTGCTGAACTCTTGAACCTTGTCTCACTCCTGGGACTGTAGCTGGGGCGTCTAAAAATCCCTAATGCCCAGGCCGTTGGCCCGGTTCTCCTCTTTAATGGCTTGTGCAGTCTGGGCTTTTAGAACTTTGAAGGCACCCCCCCCCCCCTTAATGATGCTAGAGCTGGAAGCATTCCTCCTGTAGATTGATGACTTGAAACTTCACCACCACCAGTCAGTTCACCTGTGTCCTTACCTTATGTATCTGATCAGTTATGAAACCAATAGTACAAAGGGCCAAGGTTGGTGTGTCCATTTTATCCCAGCTCTCAGGAGGTAGAGGCAAGGAGACCTGTGAGTTGAAGGCCAGATAGAACTATAGTAAGACTTTTATCTCGTGTGTGTGTGTGTCTGTGTGCCTGTGTGTGTGTTTGTGTGTGTCTGTGTCTCTCTGTGTGAATATGTGTATAAATATATGCCTACATACACAGACACACACAGAGACACATAAGGACACAAACAGACAAATACACACACGCACAGTTTGCTTGTACCGTTGCCCACGAGGATCCTCAGCCTTCCTTGACAAGTACATTTCTACGACCATGGCTGGGGATGGGCCTCTTCTCTACTTTTAGCACAGTGCCTCAGCCATGGGGCCATTTCAGCCCAGTATCCTGTGGCTTTGAGCTTGACACAGCGGCAGACACTGCTTTGGGATTGTTATTTTTTAAACTAGCTACCCTGCCGTTTTGTAATGTAGGTGAGTTTTGCTGCTTTCGGTGTGGAATTTTAAAAATTGCATTAGTGACAATGTGAAATAAGATATATTTAATTTGCTTTTGAAAAAAGTACAAATGGGAGTGAGTCTAATTAACATCCAGTTGGCCCCCATTGCAGGAGCAGTATATATTTTAGTTGCCGAAGTGGAATGCCATTATGTACGCACAGATAAAGATTTCATAAGGGTGTTGATGATTGATAACTGAGTGCTAATGTCGTCTTGGAGGCTGCTTGACTGGACCACATCTTTTCTTGAAATGTGGGTGAAGTCAAAACAGACAAAACTACTTGAGAGTTTTGAGGTTTTTGCCTTATTGTAGGGGACAAGAGTAAAATCTAAGGCTCTTGGCTTGTTCTGAAGGATCAAGTGGCCACCCCAGCTTCTTGTTCTGTCAGAAGCAAAGGCTGTCCAAATGTGAGACAGAGACCACAGAGTTGGCCAAAACCCTGGTAAAATGGTAATGCCAGGGTCAGGGTGCTGGCACAGATGGGACCTGAGTCACAGGGTCTACCTATGTGAGAACTGAAGTTGTGAGCCTGAAGCTTAAGGACCAAGGCTTCATAGGTCATACAGTGTACCCAATACATGGAGCACTGGAGTAAAGTACGGTTCTCAAAGTCCATGGTTCCTTGTAATTTCCTGGGGAGCTCAGAGGATCCCCAGGCTATACCCAAGCCAGCTAAATCATCACCATGGAGCAGAAGCTAACGGGTTTTATAGTATGTTTTCAAACTCTCCCACTACAGCTGAAACATAGCTACCTTTTGGTAGAGATGTGTCACGGGGATGAACCTCAAGCAGCCCACAATTTCTAGACTATTTCTCTGCCCCTTGATTGCTGATCAAGATGTGAACTCTCAGCTGTCCCTGCATTATGGACTCTGTCTGAAACTATAAGCCCAATTAAACAGTTTTTTAGTAAGTGGGCTTACTCATGGTATTTTGCCACAGCAGTGGAAAGACAAAGACTTCCATCCTGAGGTCTGTGGTGACAGGACACGTTGTCATTCCAGTGTATAAGTGTTTTTCATACCCTGTATCCTTACCCACGTTTATTGTTGTTTGTTTCCTTAACGATGGCCGTTCTGACTCTGGTGAGATAAAACCTCAGAGTTTTAATTAGCATTTTCTTAGTGGCCAAGGATGTTGAACACCTTTCCAGATATTTATTGACTTCTTCTATTAATTTTTTCTTGTAAAAGCCATCTCTCCAGTTCATTAAGCATTTATTGGTCGCATGTTTTAGCACGTGGTTATTTACCTGTCACAGTTGTTTGCATATTCTTGAATGGATGAATCCTTGTCTGATACATAATTAGCAAAGTTTGGTTTTGTTCTTATTCTGTGTGCTGTCTCTTCGATCTGGTGATTGCTTGCTGTGGACAAATTAATTTTCTAGAATCCCATTTGTCCGTTCTTTAAGCTTCATTTTGAGGCTGAGCTATACAAGGTGTAGGTAGGTCATGGGCCTCTGAGGTTCCCTGTGACCCTTCTAGAAGATTCTGGGTGTCATAACATGTCCAGTCCTACTAAGACGGAGTTGTATTGCCTTTTCCACTATGTTGACCTTGGTCCAAAGGTCATGGTGGGTAAATCTCACCATGTTGCCGTAAAGCAAGGCAGGAGCTTCAGTCCATCCTCCTGGTTACACTTCATCCCTGTAAACCGTCATGGCGGCTTCACTGAAAACTGTTCCTAATGAGACAGGGAACACTTCCAGTTTTATTAATTTCAACTAGAGGACATGCCCATGTAATAATGTAATAAAATGTAATAAGATGGGGTTTGATCTTTCCTTTGGTATGCAATGGAAATACAGTGAGGGGCTTCAGGGAAAGCCACCATGAAGAGTGGATTGTCAGCTAAGATTCTCTTTACCCTGCGTTCCCCTCCCCCAGGAAACC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Seq C2 exon
GCTTCTGGCTGCGATGGGTCGGAGATTCCTGATGAAGTGAAGCTGATCGGGTTCGCCCAGTTGAGTGTGAGCTGATGTACGCCCCTTGCTGTCACCCTCATCTGTCGTGACCCTTCCCTCTCCCAGCTCCCCCTTTGCCTCCTTCCTCTCACCCCCTCACTCCCAAATCCCAACAAATAAGAAGATTGTGAAGAGGCTGGCTTCGATGAAGTGCGATCAAAAAAAAATAATAATAATAATTTAAAAAAAAAAAACTGTGAGCACTCCGAGTTCTGCTTTATTGTCCAGCAACCCACAGTGTGAGCACAGGCAAGCCCTACAGCTGCGCAACTGTTGCTGATTCCTTTCCAGAGAGCTATTTACTATTCTTAGCAGTCAATTTGGCTAGCCCGTAAGTGAGGCGTCGGAAACACACTCAGGTGGTCCTATCTCTTGGCAGCAAAAGGAATCTTCTACCAGAAGCCTTTTCTCCTCTTACTGTTGTATTTCTGTTTAAGACTTTAATTGTACATCTGACAATACTGCCTCTTTTATGTTGTACTTAGAAATTAATATACTTATAAAATTAAGATTTATTAGCCAAACTTGAATTCTAGTTTTAAAACTGACTGTGAATTTTATTTTTCATATATTTATGCTTTACACACCGTAGCTCCGAGGGGGAAAGTTTTGATTACGCGCTTTCTGCAATTGATCTCTTGTTATTTAAACCAACGGTTTCAGGTCAATCTTTGGAGTATTTGTAGCTTCTAATTTTTGAAATGACTGAATTAAGAATTTGGATGCTTGCTCTTTTGGTTGGTTTGCCTAAAATCCAGCCCACAATCCAGTCGTCTCTTGGGAGAGGGAGGTGCCTTGCAAACTTTCATATAACGAATGTGCCTGAGGCTGCTTAACTCTGGACTAGTCTCAGATCTCAAACCTGCACTACACGAGGAGGCATACTTTTGCTTCATCTGGACATTTAGAATACTGTAACCTTGCTGCCGTTCTGTTAGATTGCTAACTACGTCCCCCGTCTCCAATTTGGCTCTCCTTAGGCGATAGGATTTGTTGTTTTTAAGGCAATAAACTTGACAACACCAGAATCCAAGTTTTACTTGAAAAGCTCGGCAGAATACACAGTGGTGTGAAAAAAACAACAGAAAGGGTTTTTTTGTGCAATGACAAACGGTAAAAATGCTGTAAACGTTGAAGAATAAATATTTCCAACGCAAGAACCTCCTGCTTGACTGTGTATTATGAACCCAGGAAACCTTAGAAGTTTCAAATTTGGAGTCAAGACCTTCAAGAAGGTGGGCTCCGGGGATGGTACCATTGCTCTTTCCTAGCTAACCCTAGATACGGCAGCTCTTTAATGTACTTTAAAAAGCAAATATATATTACTAAGGAAAGAAGTTATTTATAATTGCCTTGTCATAATCGTTAAGGTGTTCTAGAACCATTTGCATACAATTTAATGTAATTCCATTCCATTCTGTTGTTTACACAATTACTCAAAGATGACTGCAAAGGTAAACGGAAAAATAAAAGTGTATTGCACAGTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000027030-Stk39:NM_016866:17
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: