HsaINT0160939 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000198648 | STK39
Description
serine/threonine kinase 39 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:17717]
Coordinates
chr2:167954020-167964726:-
Coord C1 exon
chr2:167964662-167964726
Coord A exon
chr2:167955571-167964661
Coord C2 exon
chr2:167954020-167955570
Length
9091 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TTGGTAAGT
5' ss Score
10.47
3' ss Seq
CTTTCTTTTTCCCTTTTCAGGCT
3' ss Score
13.22
Exon sequences
Seq C1 exon
TGGCTGCTAATTTACAGAAGATTGTAGATGATCCCAAAGCTTTAAAAACATTGACATTTAAGTTG
Seq A exon
GTAAGTGGAAAGTTATGGAAAGAAGGAGGTAATATTTTGCCATGCTGTGCCAGCAGGGAATAATAATCTAGTTTAATAACCTACTCTGTAATTTTGCTGTTGTTGTTTTCTTTTAGAATCAATTTTTGCATTTGGAAGCATTTGACTCTGCAGCGTTAGGGAACGTTTTCTGATTGTGACTGGAAGTGTCCTCTTCTATGAGCATAGCTTTTTCTTATCGTCACACCTTTGACTAAGAGCGGCCATATAAGAATCTTGAAGCCTAGATCATTTTGCTTGCAGTTTGTATTGCAACTTGACCATAAAGACAAAATTACACTGAATTCAAAGCAACACTCTTAATAAAGCTTTCCTAAGACAAAAGCCAAGTGGTTCTAACTTTTAAAAATAGAGGCTGATTGTTGTAGAAATGGTTTAGGTAATTGGAAGCAATTGTAGAACAACTCACCAAAGGCTGGCGGACAAAGACACAACAATTTACTTCCACATTTCAAATCAACAGTAACAGATTTTTGTAGAAAGGAGATATTTCAACAGTTATTCTGCACTAGTAGATTGTAAACTTAAGTACTAGGTGGCCACAGAGATACAGAGTGCCGGACATTCTGGGGTCACTGTGAGACCAAGATGGTGGTGGTCAGAAATGGAGAGAAGTCCAGATAGTCAAAAGTGACCGTTTTCCAAAAAATTTTAGCGAACAGTACATTAAGGTACATTTTAAAAATCGTAAGTTAATTTTATCAAAGGCTGGTCAGAATCCCAGAAGCAATTTTAGATCTAGATGACCAACACTTTGCTGTGCACAACATAGATTGATGATCTTTTTTATATTTGTGAAATTAAATGGAAAATGTGGGTGACCAAAAATGCTAAATGATTAGTTACAGTAAATGTGAGCCTGGTGCTAATTAACTTCCTGGGTCTTGCTTCCCATCTAATTTTAGATAGCTAGGCTGTGTGATAAAAGAAAAACACAAAGATTTTCACAGAAAAGATATATCTGAAGGAATTCTTTTTGCTTTGATAAGAAAGTAACATTTTATTCAGATGTAGAGTGCTAGGTTAACAAATAGGAAAATCCCTTTTCTGGTTTGGGATGACACTGTCACCTCTTAATGTGTGTGTTTTTTTTTTTTTTAATGTGAGAGTATATTGATGAGAAAATGGCAGCCTGTGTCAGCATTTCAAGCCAATATATGTCCCTTTATTCATTTTTTTAATACCACCTCAAGAACATTTTCCTAATTTGTAATATGCAAACAGAGATAAGAGTTTGAAACTCTCATGCTGGACTTTTCTCATTTTATTATGAAAGAGGAACAGTAACCCTGGCCCTTTCCTACTACCGAAGATTTTGTGAAAACAGCCGCTGTACAATCTCTAGGTAAACCATAAGAATAATGTAAAACTCTCCCTCATCTCCTAATCAGCTTATATGTTTCTTAAATTCTCTCTGGATTCTGTCCTCTTCCCTGCATCTCCATTTCCTGCACCCAAGCAGGATTCTCTCATCTTCACAAACTAATCTTCCTGCCACCAGTTTGTCAGCTTTTGGCTCTGTTTACCACCCTGTGCCTGTAGCCAGAGTAATCCTCCTACAATCCCAAAATGTGGTAGACACAGTGTTTCCACTGCCCTATTGTAAACCGCACACCCGGGACAGGCTAATGAAGCCTGGTCTGCCCCCACTCCTCCAGCTCTCCTGCTTTACCATTATCTCTGGTAGTAGGCCCATTTCACATCTCGGGAACCTCGGGCTCGCTGGGGTGGATTTGCCCAGGATCACACAGCGATCACACAGATCCTGAGTCTGGAAGCTGCAGACTCCCCCCTGGTCTAGCCTCAGTGCCCACGCTCTCAACAGCCATTCATCTTGGAGGCAGACCCCTGCAGCCTTAGGGCTGTACAGTTTTCTGTCATTTTGTAGATTCCTCATTTTGGATGACTGGGTACATTTACATTGGCTGGGACTGAATCTCCATTGGCTGAGACTGAATCTCCTTTGTACCTTCAGCAGATTGAGTAATAGTGGCCTGTCAGGCACAGGGGAGTTTTGGAAACAAGTCCGTGTTTTCCTTCCCATTACAGCTTGAAAACGTAGTAGTGTGGTGTTCACAGTAAATGGAAATTGATGGCTTATTCTCCCCAAAGATAAAGATGGTTAACGAAAACCAAACTCAGGAGGGACCTTATTTCTGTCACTTAACTTTCTGTCCAGCCCTTGTTAGGCCCCAGGAGGGTTTCTTTGTTGGTATCAGCTGCCAGCCGGTTTGAGATCCACTTGGCAGAGCTAATTTGAACTGGTTTTTGGCCTGATCTTGCATAGGACACTAACATCCCAATAAACTGCAGAGATTCAAATGTATTTACCTTCATTCATCAACTTGGTTATTTTATTCAGGAATAAAAGATCAAAGTATTTCAGCAGCGTTTTTCCTCGTAAGCTGCTGCTGCGCATGGTCCCTTTATCTCTCAGCTTTTTATCATTATTTTCATCTCAGTGCCTTTCATTACTTTTTAAAGGAAAACGTCAGGGGCCTGAAAATTGTCTAAAGAACAGCAGTGTCATGATACTGTGGTTCTTTACCTCCCTGCACAGTGGTTTCACTCAGGGGAGCACTGGGACACTTTAAAAAATTAATGCCTAGGGCCGCAGGGGTGCGCCTCCAGGAATGAATGGTTGTTGAGAGCATGGGCTTTGAGTCTAGACCAGGGGTGAGTCTGCAGCCTCCACTGTGTGATCCTGGGCAAATTAACCCCAGAGAGCCTGGGGTTCCCAAGATGTGAAATGGGTCCTGTTTTAGGACCTAATGTCTGGTCTTACGACAGATATTCTTATTTAACTGCTCTTGGTGCAGCCTGGGCTTTGGGAATGTTAAAAGGACTTCATGGTGGTTCCAGTGTTCAGCAAACCCTGAGAAGCATTCCACAGGGAAGATAATAAGTAGGATTTCCATTGTTGGTATGGCCAGGGGCTGGGAGATCAGATTCTTCTCTTCACTTTTAACAAAGTGGTTCAGGCATAGAGGGCATTTCAGCTCAACTATTATGTGCTTTGAGTTTGATGTATTTTTTTTTAGTAGTGTTTTATTGTTGTAAACCTTGAGACAGGTCTTTATTTTTAAGCCATTTTTGAATGGACTACTTGGCAGTTTTGTAAGTAGGTGAATCTTCCTGCTTTCAATGTGGAATTTTTGAAATTGCATTAGAAAAAACATGAAATAAGATACACTTAATTTGCCTTTGAAGATAGAATACAAATTTTGAGAACATGTAATTAACATCTAATTGGTACACATTAACATGAGCATTATAGACTTTAGTTACTGAAGTTTAATAGCATTATATGTATTGCAGATAGAAATTTCATAAGCATTTTCACAGTGACTAAACGGACTTATTTTTAGAGGTTCTTAGCTTCTGCATAATTGGAGGCTGTATGACTAAGGCAACATTTTGCCAAGTGCAGGTAAAGTCAAGCCTGAAACTGGGTAAAAACTACCTAAGCGTTTTAACTTTCTCCTCCTACTGAAGGGGTAGAAAAGTGAGACAAAGATCTTCAAGGAAACTTCCAGTTCCAGAAGGTCCATGTCTCTGTGCCTCCTACTCCCAGCCTAAAAGAGTGGCTGTCCACATGTGGCCCCCAGACTGACAGTGTCAGCTTCCCTTGGGAACTGGATTACAATGTAAATTCTGAGACCCCATCTCAGGACTAAGGAATGAGAATCTCTTGGGGGCTGGGACACAGGCATCCGTTTTAACAAGCCCTCCAGGTGATTCTGATGCAGGCTGAAGTTTGAGAACCAATGCTTTAAAGGAAACTTGTAGTTTCACACTGGGAAGCACTGGGATAGACGAGTGGTTCTCAGACTCTATGGTGGGGGGGTGGGGGCACCTCACACTCTCCTAGTGATTCCAAAATGCACCCGCATTTGGGGTGGAGGCATTCCTTTTCAGTGACGCCAGGTAACCATAACTTCAGCTCCTCCATGGGGTGCAGGCCACACCTGCTGTCATGGCGGGAGGGGTGAGGAGATGGAGTGTTCAGGAATCAGAATACACCCTGAGTAAGAGCGTGCATGATGTCATACGCTGTCACATTAGGTCCCTGATAATGTATACATTTTCCTTTGGCAGGGGAGGCAAACTGTTATCTCTGCCTTCTTAGGGTTTTTTGGCTGGGCCTGGAAGTAAACCGACATAAACAGATTAACAGGAGAAAAGCATACATATTTATTTAATCTAAGTTTTACATGACATGAGAGGCCTCATAAAGAAATGAAGACCCAAAGAAGCTGTTAGAATTTAGCACATATATTGAGTTGGATGAAGCAATAAATGATGAAAGGGGGCAAGGCAGTGGGGGGCTGGGACGAGGGTTCATCGTGGAGAAGTGACTAGGAACACGAGGATGAGTTTAACAAGGTTTGTTTGTGTAGATGTCTGTCAGGGGCTTCAGCTCCCCATCTCTGGTGATCAGAATAGCTTTCTTCTTCCAGGTGCAGGGAGGAAACCTTCCACTTGGGAGTTTTAACTCCTGCTTTTAGGAAAGTCAGAGGGCCCTTCCTGCATCTGCTGCTGTTGTTTTTTAAAGTGTCTTTAACGCAAAACCATGAAATAGAAGAGTGGCATATTTTGGGGTAGCGTGTTCTGAACTTCTCCTTCACTTTGAAATTGAGGCTCACAAAGCGTGGGCCTCAAACTTCTGAGTTTCCCTGAGACCCTTCTAGGGGATCCTGGATGTCAAAACTCTTTGTGACTTGCCTTTTCCACTGTGTTGACGTTGGTGTAAAGCCGTGGTGGGTAAAACTGGTAATGTCGGCACACATGCAGCAACATCAGACTGCACTAATAGTCACTGTGTTCCTCAGAGCCAGGCACTGTCACTCACTGTAAAAAAGCAAAGCCAATTTCACTTGAGAATTTTCCTAACAAGGCAGGAAACATTATTGACTTTATTGAATTTCAGCTACAGGACACATCTTTTGAGTGTTCAGTGC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Seq C2 exon
GCTTCTGGCTGTGATGGGTCGGAGATTCCTGATGAAGTGAAGCTGATTGGGTTTGCTCAGTTGAGTGTCAGCTGATGTATGTCCCTTGATGTCACCCTGATCTGTCATGCCCCACCGCCACCCCTACTCCCTTCAACCCTCCCTCTTTCTGCCCATTTCCTCCCACCCCCTCACTCCCATTTCCTAGCAAAATCAGAAGATTGTGAAGAGGCCGGCTTCAACAAAATGGGATAAAAAAATAATTTTTTAAAACTTACAACACTCCGAGTTCTGCTTTATTCTCTAGCAATCCACAGTACAAGAACAAGCAAATGCCACAGCTGCACGACTGTTGCTCATTTTTCCAAAAGCTATTTAATATTCTTAGCAATCAATTTGGATATCCCTTAAGTGAAAAGAATCTGAAATACACTCAGGTGGTCTTATTTATTGGCAACAAAAGGAATTTTCTATCCAGAAGCCTATTTCTCCTTTCATTGTTGTTATTTCTGTTATAATACTTTAATTGTACATCTGACAATACTGCCTCTTTTATGTTGTATTTAGAAATTAATATACTTATAAAATTAAGATTTATTAGCCAAACTTGAATTCTAGTTTTAAAACTGACTGTGAATTTTATTTTTCATATATTTATGCATTACACACCTTAGCTATAAGAAAAAAAGGGTTTTGATTATATGCTTCTTGCAGTTAATCTCGTTATTTAAACAAAAAGTTTTGGGTCTGTCTTTGGAGTATTTGTAACTTCTAAATTTTGAAATGACTGAATTAGGAATTTGGATGCTTATTCTTTTAGTCTGTTTGCCTAAAAACCAATTTACAATCTGACTGTCTCTTGGGAGAGGGAGGTGCCTTGCAAACTTTCACATTAAGAATGTGCCTGAGGCTGCTTTACTCTGGAATAGTCTCAGATCTAAAATTTCCTCTATATAAGGTGGCATATGTTAAGTTTTGCTTCATTGGACCGTTTAGAATGCTATGTAAAATGTTGCCATTCTGTTAGATTGCTAACTATATACCCATCTCTGATTTGGCTCTCCTTAAGTGATAGGATTTGTTATTCTAAAGGTGATAAACTTGAAAATATCAGAATCTGAGTTTTACTTGAAATTTTGCAGAATACCCAGGTGGAGTGAAAATTGGAAGGGTTTTGTGCAATGACTAAAAGGTAAAACGCTGTTAAGGTTCAAGAATCAATACTTTCAACCCAAGTAGCCCTCTGCTTGACTGTATATTATGGAACTAGTAAACCTTAGGATTTTGAAAATTGGAGTCTAATCTTTCAAGGAGGTGGGCTCCCAGGATGGTACCATTGCTCTTTCCTAGCTAACCCTAGATATGGCAGCTCTTTAATGTACTTCAAAAAGCAAATATATATTACTAAGGAAAAAAAGTTATTTATAATTGCCTTGTCATAATTGTTAAGGTGTTCTAGAGCCATTTGCATACAATTTAATGTAATTTCATTCCATTCTATTGTTTACACAACGATTACTCGAAGATGACTGCAAAGGTAAAAGGAAAATAAAAGTGTATTGCACAATGAGA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000198648:ENST00000355999:17
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains