GgaINT0048676 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000011104 | GLUC_CHICK
Description
NA
Coordinates
chr7:22692909-22700546:+
Coord C1 exon
chr7:22692909-22693003
Coord A exon
chr7:22693004-22700445
Coord C2 exon
chr7:22700446-22700546
Length
7442 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGA
5' ss Score
10.57
3' ss Seq
CCTTATTTCTGTTTCGACAGGCA
3' ss Score
8.13
Exon sequences
Seq C1 exon
GGCAGATCTCAGGATCCTCAAGGCTTTCCATAGTTCCAGAAGAGAGAGTAGCAGATCTTTCTCCAACTGCTACATATCACTTCAAAATATAAAAG
Seq A exon
GTAAGATTTATGTGAAGTAGTAGTACAATTCATCTGAGAAAGCTGAATGCATTTTCTGAATTGTATTTTCCAAAGATTGCAACAGNNNNNNNNNNTGGGAAATGCAACAAAATAAATGGCTCCATATGGACACTGTTTAAAAACTGTCCAAAACAGCTTGTCACCCCATCACCCTACAGGTGACCACTCCGTTGCCTTACTTTCCAATTAGTCCACCTCAAAAAAACTGTTATTTTCATATCACTGTAAGATCTCAGTGGGAAATTTTATAGCATTAAAAAAAAAAAAACAAAAAAAACCTTTCAATGGTTATTGTGTTTATTATATAAAATTTAATTTAGTTTTCTGGTCTGGACTTTCTTAGGCCAGAATGATTGATTGTTTTTTTATAGAACTCTCCACATTGCTGCAGATAAATAGACACAAAGCACATCTATCCAAAACAGTAATACACTGATAACTAGAAATAATTGTTATCTGCAATTGTTGCTTCAGAAGGAATCTACTTTATTAATTCTTAAATTTTCATATATAATATTCCTTTTTTTTACTGATGTCGTTCCATGCTTTTTATTTTTAAACTGGAAAAGGATACAAATCTGACTTTTGAAAGAATTTTTTTAAAAAACTCAATAACATTAAGTTAGTTTAACTCGCACACAGTGTGCAAAAGATAACTACAGCAAAATATATGGGAAAACCAGAAAAATCAGATTGATAACAAAATAATATTCATTTCATATTTTCTCANNNNNNNNNNACCCTTTTATCACCATCTGGTGTTGTATCAGCGTACTGCAGAGCCAGGGAGCATGCTTGCATGCAGGAGATGTAAAGTTAACCAACTTCATGGACAGAGTGCCTTGTAATATTTAGTTATGGAATTACAGCACGATTTTGCAGTGTTAAATTGCAAGTAAAAATAATGTTGAGATGAAGACAAAGTATCGCAGTGAAACTGGCATCTCAGAAAGGCAATTAGATTTATGAGCTTAAGATAGTTTCCAGGTTTATTTTGGCATTGTAGGCATTATGTCTTCAATATTACACTGTTGTTTGCCTAGGGAAGGTTGGAGATGGTAATTCAGGGCTATCTTTTCATTTCAAACCAGACTAGGTCATTTCAAACTAATAAGTCTGAAAATCCAAATTTAGTAGATATATATGCAACTTTGTATATGCTAGTCAATGACTGCAATTCCATGACTTCGAATGGCTTGGAAGGAAGACTACAGTAACAAGCAGGAGGAAAGAGGACATGGGGAAGAGAACATGGAAAATAGAGAAAAGGAAGTAGTATTTAAAAAAGAAAACTGACAAAAAGGGAAAGTAAGGCTTTCAGAAATGACTGAAGGAAGTGACTGAAGGTAATGGTGAGAGGGCCAGAAACTGTGGTCTTTACTTTTCAGCAGTGTCATTAGTAGTCACTTGCATTCTAGACAGAAATTTTAAAAAGGGACTATGAATATCAGTAGATGGATCCAAGAGCAGAGAAAAAAAATTATAAACACCCCCAAAAACTCGACATTTATTTTGTGGACTGTGTAAGTGAGACTTAGTGTTTCCCTACATATTTACTATGGTACCACAGCATGATCTTCAGGGCAGAGCTCTAGGAAGCATCTTTTTAGTTTTGTTTTCCACTCTAAGTTTATTCAGTTTATAGACTGTCTCAGTTATGTAATATTGGCTATGCCAATATGACTCTGGTCAACTAGCAGAAAATTACCATTTCTGGCTTCAAGGAGCAGTGGTAGGGGAAATAAAAGAGTGTCTTGTAATATGCATGATTTGTGCCAAAATTAAGTGATGATCATTCTACACTGGAATATAGGCTGTCATTTATGTTCAGTGAGATATCAGCTGTAAATCCAGACCCTTCTTCCTCCTGAGCAGAACTGAAACTGAAAGTGAAGTCCTTAATATTTAATATCTCTGCTTGATGCACAATATTCTATATATATAATAATCATGTTTTATTTCTAGTGCACCTTTCATTTTTAAAAGAATTATCATATGTCAAAAAATCCATAAGGGAAGCTCTGTAGGAATTCCTTGACAGAGGATATCTCAGTTGTTGCTTCACTGACCCGTATTCCTTACTGGTGGGCTTTTTTTCAGCTGTCAGGAACACTGACAAGATTTGTCATTTTCTCCTACTGTTGTCACAAGATGGCTAAACACAGTTTATGTCACTGCTGCCCCATCACAGGCATGAATTTTCCCCCCATCTATTAGTGAATAGTTTAGGACTTTGGCAATATGTGTACAGAACATACACAGGTATGAAACTCACACCTATATTTTTGTTGTAATTGTTTCCTTGTAGGGAACAGAGATGTGAGCAAAAGGCTTATCTTGTATAAACTTGTAGACCATGGTGTGAAACCCAATTTACAATGGAAGTCTGGCATACAGATCTCCAGTGAGTATGAGTTATCATTCAGTAGAGTTGGCGTAATGCATCTAAGAATAATCAAGTCTTTTGTGTTGTTAAATTTGACCTGAGGTAGGCTTTGCATAGTGAGTAGCTATTGCTGTAGTGCTTCAAAGTAGAAGTGCTTCTTTATGTTCGTAATATTGGCATAAGGCTACCTGAAAAAATAACCAAGCACTTTGGGGGGATAGTGCTGGTTATTGTTAATAGTGTATTAAATTTATAAATTTAGACTTGAAATTGATAGGTTTTGTTGATGCTACTAATGTCGACAGGTTCAGCATTTTACTTAATACTAAGTGCTTTGCTTAATACTAATGTGACAATTCAGAATTTGGAGAAACTGCTGCCTTAATCCTAAGCACCTCTAGCCAACTGTTTATCATCCTAATGCCCTTCTGTTTGATATTTACTTCTTTGAACATTGCTACCTTACTCTTTTCGTAAATCCATGTTAGCATTGATGTCATAAAGTAAGCAGAATGAATGTGTGAAATTGCTTGTAAAATTATCAAATGAAATGAATAGCAAATACGATGACTTTTTTTTTAAAGTTGGATAAGGAAACTGTCAGCAATGATGCACTCTGGTAATGCTTACTAGAGCTGAACAGTATATATATAAGTCTGTGCAAAAGAGGCAGCTAGGCAGATCTCAGGATCCTCAAGGCTTTCCATAGTTCCAGAAGAGAGAGTAGCAGATCTTTCTCCAACTGCTACATATCACTTCAAAATATAAAAGGTAAGATTTATGTGAAGTAGTAGTACAATTCATCTGAGAAAGCTGAATGCATTTTCTGAATTGTATTTTCCAAAGATTGCAACAGAGATGCAGGATCTTTCAACAAATTGTTGTTTTCTTCTGTGGTTATACTCCTTAATGTTTGGAATTAATTACATCACCATTTAATTTTTTTTAATCTATTGAGTTAATTTAACAGAATAATCCCAAAATGGAACATCAACTACTAGGATTGCAGAAGCAATTGAAAGAAGGAAGGCATGTAAAGATGAAAAACAGGCATTGTAGTAAGAATTTAAATGTGAAATACAAAACTATTGATACTTATGTTTTTATCTACTTCAGGGATATTTAATGAATGTTATTTCAAAAATATTCATTCCTTACAGCTGCTTCCTAAATATGAATCACTATAGATTAACTTGGGAAAATGCAAACAAAATAAATGGCTCCATATGGACACTGACTAAAAACTGTCCAAAACAGCTTGTCACCCCATCACCCTACAGGTGACCACTCCGTTGCCTTACTTTCCAATTAGTCCACCTCAAAAAACTGTTATTTTCATATCACTGTAAGATCTCAGTGGGAAATTTTATAGCATTAAAAAAAAAAAAAACAAAAAAAACCTTTCAATGGTTATAGTGTTTATTATATAAAATTTAATTTAGTTTTCTGGTCTGGACTTTCTTAGGCCAGAATGATTGATTGTTTTTTTATAGAACTCTCCACATTGCTGCAGATAAATAGACACAAAGCACATCTATCCAAAACAGTAATACACTGATAACTAGAAATAATTGTTATCTGCAATTGTTGCTTCAGAAGGAATCTACTTTATTAATTCTTAAATTTTCATATATAATATTCCTTTTTTTTACTGATGTCGTTCCATGCTTTTTATTTTTAAACTGGAAAAGGATACAAATCTGACTTTTGAAAGAATTTTTTAAAAAAACTCAATAACATTAAGTTAGTTTAACTCGCACACAGTGTGCAAAAGATAACTACAGCAAAATATATGGGAAAACCAGAAAAATCAGATTGATAAGAAAATAATATTCATTTCATATTTTCTCACAGCTCAAAGTGAGATCTTTTTGATTAGAAATGTTTTTCATAAGCACTTTCTAAGTGAAGTTAGCTTTAGTTTTCCTGCACCCTAACAGTAGAATCCCTGTCTTTTTCTTTTTATAATAGAAATTTGTTCTTTAAATACTATAATTTCTTTTACTTGTAGAAAACTGCTGATGCTGGTTTGGGTTAGAAATGACAAGTGCTAAACTCTAAACAAACTAAGCAGATTCTAAACTTTTAGGAAAATATGTTTGACAGAGGTTTAACAGCCAGTCAGTACATTTTAAAATGTTTATTCTATTGATGGCCAGGTTTCTTTTACTTGAAAATGTGATTAATTTCCAAAACTGCATTTATACATCTTTCTTTTTATTAATCTCCTCAGAATTTGATTCTTAAAAATTTAGAAAGAAGTTCAATGTACATTTAAATTTAAACATGTTTTTAATGCATAAAGTAGCTAGTGGGACTGTTCATATCTGAAAGCTCTATAGGACTGAGACCCAGGAGTTAGCTCAAGATATTATTAAATCACTGAAAATCTGTTTGTCAGTTACAATGGGCTTTAAATATTTATTTTCAAGTTTTATGCATCAGAATAGCTTTTTTGTCTGATACTATTATAAACAGATTAGATTAATGATGAGGCTATTTCTTTCACTCCATTTCAGTGACTTAGGTTTATGTCTAAACCGTATCATGATTTAACAGTGGTACAGGCAGTAGTAAAGTATAGATCCTGTTC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Seq C2 exon
GCAATGAAAATGAAAAGTATTTATTTTATTGCTGGACTCCTTTTAATGATAGTTCAAGGCAGCTGGCAAAATCCTCTTCAGGATACAGAGGAGAAATCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000011104:ENSGALT00000038393:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.273
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]