GgaINT0048676 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000011104 | GCG
Description
Glucagon Glicentin-related polypeptide Glucagon Glucagon-like peptide 1 Glucagon-like peptide 1(7-37) Glucagon-like peptide 1(7-36) Glucagon-like peptide 2 [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:P68259]
Coordinates
chr7:20619539-20624751:+
Coord C1 exon
chr7:20619539-20619634
Coord A exon
chr7:20619635-20624650
Coord C2 exon
chr7:20624651-20624751
Length
5016 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CCAGTGAGT
5' ss Score
8.28
3' ss Seq
CCTTATTTCTGTTTCGACAGGCA
3' ss Score
8.13
Exon sequences
Seq C1 exon
GGAACAGAGATGTGAGCAAAAGGCTTATCTTGTATAAACTTGTAGACCATGGTGTGAAACCCAATTTACAATGGAAGTCTGGCATACAGATCTCCA
Seq A exon
GTGAGTATGAGTTATCATTCAGTAGAGTTGGCGTAATGCATCTAAGAATAATCAAGTCTTTTGTGTTGTTAAATTTGACCTGAGGTAGGCTTTGCATAGTGAGTAGCTATTGCTGTAGTGCTTCAAAGTAGAAGTGCTTCTTTATGTTCGTAATATTGGCATAAGGCTACCTGAAAAAATAACCAAGCACTTTGGGGGGATAGTGCTGGTTATTGTTAATAGTGTATTAAATTTATAAATTTAGACTTGAAATTGATAGGTTTTGTTGATGCTACTAATGTCGACAGGTTCAGCATTTTACTTAATACTAAGTGCTTTGCTTAATACTAATGTGACAATTCAGAATTTGGAGAAACTGCTGCCTTAATCCTAAGCACCTCTAGCCAACTGTTTATCATCCTAATGCCCTTCTGTTTGATATTTACTTCTTTGAACATTGCTACCTTACTCTTTTCGTAAATCCATGTTAGCATTGATGTCATAAAGTAAGCAGAATGAATGTGTGAAATTGCTTGTAAAATTATCAAATGAAATGAATAGCAAATACGATGACTTTTTTTTTAAAGTTGGATAAGGAAACTGTCAGCAATGATGCACTCTGGTAATGCTTACTAGAGCTGAACAGTATATATATAAGTCTGTGCAAAAGAGGCAGCTAGGCAGATCTCAGGATCCTCAAGGCTTTCCATAGTTCCAGAAGAGAGAGTAGCAGATCTTTCTCCAACTGCTACATATCACTTCAAAATATAAAAGGTAAGATTTATGTGAAGTAGTAGTACAATTCATCTGAGAAAGCTGAATGCATTTTCTGAATTGTATTTTCCAAAGATTGCAACAGAGATGCAGGATCTTTCAACAAATTGTTGTTTTCTTCTGTGGTTATACTCCTTAATGTTTGGAATTAATTACATCACCATTTAATTTTTTTTAATCTATTGAGTTAATTTAACAGAATAATCCCAAAATGGAACATCAACTACTAGGATTGCAGAAGCAATTGAAAGAAGGAAGGCATGTAAAGATGAAAAACAGGCATTGTAGTAAGAATTTAAATGTGAAATACAAAACTATTGATACTTATGTTTTTATCTACTTCAGGGATATTTAATGAATGTTATTTCAAAAATATTCATTCCTTACAGCTGCTTCCTAAATATGAATCACTATAGATTAACTTGGGAAAATGCAAACAAAATAAATGGCTCCATATGGACACTGACTAAAAACTGTCCAAAACAGCTTGTCACCCCATCACCCTACAGGTGACCACTCCGTTGCCTTACTTTCCAATTAGTCCACCTCAAAAAACTGTTATTTTCATATCACTGTAAGATCTCAGTGGGAAATTTTATAGCATTAAAAAAAAAAAAAACAAAAAAAACCTTTCAATGGTTATAGTGTTTATTATATAAAATTTAATTTAGTTTTCTGGTCTGGACTTTCTTAGGCCAGAATGATTGATTGTTTTTTTATAGAACTCTCCACATTGCTGCAGATAAATAGACACAAAGCACATCTATCCAAAACAGTAATACACTGATAACTAGAAATAATTGTTATCTGCAATTGTTGCTTCAGAAGGAATCTACTTTATTAATTCTTAAATTTTCATATATAATATTCCTTTTTTTTACTGATGTCGTTCCATGCTTTTTATTTTTAAACTGGAAAAGGATACAAATCTGACTTTTGAAAGAATTTTTTTAAAAAAACTCAATAACATTAAGTTAGTTTAACTCGCACACAGTGTGCAAAAGATAACTACAGCAAAATATATGGGAAAACCAGAAAAATCAGATTGATAAGAAAATAATATTCATTTCATATTTTCTCACAGCTCAAAGTGAGATCTTTTTGATTAGAAATGTTTTTCATAAGCACTTTCTAAGTGAAGTTAGCTTTAGTTTTCCTGCACCCTAACAGTAGAATCCCTGTCTTTTTCTTTTTATAATAGAAATTTGTTCTTTAAATACTATAATTTCTTTTACTTGTAGAAAACTGCTGATGCTGGTTTGGGTTAGAAATGACAAGTGCTAAACTCTAAACAAACTAAGCAGATTCTAAACTTTTAGGAAAATATGTTTGACAGAGGTTTAACAGCCAGTCAGTACATTTTAAAATGTTTATTCTATTGATGGCCAGGTTTCTTTTACTTGAAAATGTGATTAATTTCCAAAACTGCATTTATACATCTTTCTTTTTATTAATCTCCTCAGAATTTGATTCTTAAAAATTTAGAAAGAAGTTCAATGTACATTTAAATTTAAACATGTTTTTAATGCATAAAGTAGCTAGTGGGACTGTTCATATCTGAAAGCTCTATAGGACTGAGACCCAGGAGTTAGCTCAAGATATTATTAAATCACTGAAAATCTGTTTGTCAGTTACAATGGGCTTTAAATATTTATTTTCAAGTTTTATGCATCAGAATAGCTTTTTTGTCTGATACTATTATAAACAGATTAGATTAATGATGAGGCTATTTCTTTCACTCCATTTCAGTGACTTAGGTTTATGTCTAAACCGTATCATGATTTAACAGTGGTACAGGCAGTAGTAAAGTATAGATCCTGTTCTAGTTTTTCAACTTAAGTAAATGTATACTAGTTTGTTTGTATACCATCACACATGAGAAAATTACTTACGTATAGTGCAATACCAGGAGTCTATTTGGTGTCTGGGCTAACTCATTTATAGCTATGTCAGCTAGCATGAGGGTCACTACACAGAACTCAAGCCAGTTTTGTGATCATAGCAATCTCCCTAAGAATAAGGCAGCGCCTTTGTTGTGTCACTGAAAGCCTATGAAATGTGAAATTATGCATTCTTTAGGACTAACATTGGATGTCAGTGTTGCACCACTAAATTACAGCTCCAAGTGAAATAGCAAAAAGAGAGTTTGATATTATAGTTAAGATTATAACAGGACTGAATGATTACATAGCCACTGCATTATTTGTTGTTACTACAGGTATGTTTTATGGAGATGTAGGAATCAAATCTCATATATGAGAGCATTACAAAAGGCAGAAAACACATTATACACAGTGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAACAGTACTGTCAGTCGCTCCCGGTAGAGACAAGGAAATTGACTCCATTGTTTGATATAATAAAATCCACCAAGAAGTCTTATATTTTTCATTTTCCCATTTTTTAATAAGATTTTGAATGACTAAATATTTTGATATTTTGATATTTTGAGGTATTGAAGCAAAATAGCATTCTATGGATTCCTCCAGGCCATTGTATATTTAAATCCAGCCTATTATGACAAGGCAGACAGAGAATATATATGTTTTCTTTCAAATTGCTTTATTTCATAAATTGAATTTATATATCAAATTATTGGAGAAGTTTAGTGCAGATTACATATAGTGTTTGGTGTTTATAGCTGGGTCCTATTATACCACCTATGACTTTACTTCAGTGCATTCATCTTTCCTATTTCACTTTGTTTTTCAGACTTTAACATAAAATTCTATAGGAAAATTCCATGGATGGCAGAAGGGCTCCATCAAATAGTCAAGTATCAGTCCAAGTTCATGATAATGATGAAATTATTTCCAGTGACATTTTGAACATGTAAACTCATGAACATTTACTATTCATTATTCAATGATTTAGCATTTACTTGTTGAATGAATTGTGTATTCAATTTCTTTGTCAAGCTCAAAAGCACCTAGCGACATTTTAAATCAATTTCCTTGTCTATTCAGTCATTCCACAAATTTAAGTGATCAAAACATCAATGAACAATAAACAATACCAATGGATTTTGTAAGCAGATTTCTTTTCATTTCCTGCTTACACAGACGACCTCAGTGCTTTTCAGACTATTAGCTATCATCGTCCATTTTGCATAGGGTTTTGTAAGACCCAAATGAAAAGCATTCATTTTATCAACAGTTTGCCCTACACAGGATTATGTGTCAACAGAGCAATTAATACACTAAATAATGAAAATCGTGGCACTTAATTAGGAAATAGGATTATCCTTTTTTTGCACTGGTGACAATTCAATAAAAGTTGCAACTGAACTATTTACCTGAGTAAACCAGTCATTTACTCAAATAAGACACTCACAGATTGGCTGTAAATCACCCGTACATTTGTACATAAAGAGATATTATAAATTACATTGTATAATCTCACAGTAAAGTCAGTGAGTCTTGATATTATTAAAGTGCGTGTGATAATAATGTACCCATTTCTTCTGTGTGACTAAAGTCAATAGAATGACCCAAACCAGTAAGAATTATACCTGGAAGACAATATTTTCTTCTTTGGTTTGTTAATTTTAAGACAAAGTATATACACTATATCTTGTATATCCTGTGAAATGCCATAGTGGAAGTGCTTAAGCAAAACAGAATATTGTGTTAAAAGTGCAAGAAGCACAGCTTGGAATATCCTGCCATAAATTGTTAAGTCATTGTGAGGCTTAATGTTTTTTCTAAGTGTTCACCTAATAATATGCCATTTACTCAAGAGGCCTACTGCTACAATATGTGTTATTTCCAAAAAGTAACAAAATTAAAGGAGTGTTGCAGGTCAGAAAGAAAGAACAAGGAGCTGCTGATGTGACAGCATTCCTGACAGAAATTTGCTTTTCTTTGTCCCTAGCAAATGAAAAAGTAGAAGCCATACCAGTGCCCTAGTTTTGCAGTAAAACAATGTTATGGAAACAGATACAACAGTTGCCATCAGCAAAACTTAGAGCAAAGGACATAAGGACCTTTTACAAAAGAAACTGAGGATACAGCTACTCTCAGCTCACCTTACAATTGTGAATATAGAATAAAACTTAAAGACTGGAGCAGAAACTACATTTTTTGAATGTCTTCCCAAGGCACTGTAGAATCCATTCATTACACAGGATCTCAATTTCTTCAAGTTTAGATCAGCACTGATGATGTTTCTTTCTGATGTAGTTGATTCGGTGATATGTAAAGATTATTACAGTTTTCTCTGTTGCCTTATTTCTGTTTCGACAG
Seq C2 exon
GCAATGAAAATGAAAAGTATTTATTTTATTGCTGGACTCCTTTTAATGATAGTTCAAGGCAGCTGGCAAAATCCTCTTCAGGATACAGAGGAGAAATCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000011104:ENSGALT00000018090:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.273
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]