GgaINT0049507 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000012424 | GTDC1
Description
glycosyltransferase-like domain-containing protein 1 [Source:RefSeq peptide;Acc:NP_001012939]
Coordinates
chr7:32617757-32626014:-
Coord C1 exon
chr7:32625923-32626014
Coord A exon
chr7:32618892-32625922
Coord C2 exon
chr7:32617757-32618891
Length
7031 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAGTT
5' ss Score
6.44
3' ss Seq
ATGTGCTCTCTTCCTCGTAGGGC
3' ss Score
10.76
Exon sequences
Seq C1 exon
CTGAATATCTGTATTCTACACCTGAACAGCTTTTTAAAAGGCTTCAGAATTTCTGCAAGAGACCAGATATTGTAAGGAAACATCTCTATAAG
Seq A exon
GTAGTTGTTGGGAAGAGTTTTACATGATATAATGCCATATTGAAGTACAAAGGCAAAAAAAAAAAAAAAAAACCCTTAAAACAACAACATTTAATTAACATACTAATGTTTAAAGGAAACATGCTAGGGAGGGATATTAGTCGTTACACTAACAAGGATTAATTAAACTAGATGCCGGTTGTATTAACCTAGGTCTTATGAAATACGTGCACTTAATGCATGCTACATGCTTTTTTTTTTTTTAATTTATTGTTTTCTAAAATGACTGTCCTTTACATTGGGACCCAGGAGGCTTATAAAAATGAACCTGGATTAATGTAACTCATTAGTCTAAAAGGAAAATAAAAGAAAGATCCTACAATTATACTAATGAGGATAAACCTACCTTCCTATCCTAATTTAATCTTCGGTCCTCCAAACATGCAGGTGCTGGGTATCAGGTAAGGTTTCTCTGCCTTTTGGAAATACCAGAATTCTTTTGATGACTGTGATTATTTTAGGTCTTTTTTTTTTTAAGTTATGATGAACGTAAACGTTTATGAGTAGCGTGATGTCCTGGTGTTTATCATGTCCTGTTCTTTGCCCTTATTTATCTGGAGAAAATACATGTTCATTGGTAGATGTTCTGTTCCAGTTTTGATCAAGTGTTCCATGCTGGACTGACTTTCCCAGTTTTAAGGTGCGGATTGATATTGCTAGGAGTCACACTCATCTCAAATTACATAGAGCACTAAATTGTACATTATTTCGGTAAAAACATATTGTTACACTATGCTGCTGTTAGAAAACAGCTGCTATTGTCTGCATGCTAATATGTAAGCTTGCAGCATTTTTTGCTCAGTTGCAGATGTAAAGGCTGGACATGCTGTGATCAGGGCAGATACAAGTCGTGACAAAGGTGCTTCAGGTGGAATCTGTAACAATCTGCATTCAGCCCTTCAAGGGAGCTCATGGGTTACCTGTGCAGTGCAAAAGCACGCTCTCCTGCAGCAGTGTAGCCACCCAGCGTGCTGTTACTGAGCAAGTCGAGTCATCTCCTTCCCCATGCTGCCAGCACACCTCACCTCTCTGCATTCCTCTGAGGACCAGAAGCTGTGGTCTCGCTGTGTCTCATCTGCCTCCCCACCCTTCTGCACGCACATGGAGCAGGAGTGAGAGTTTAGCCCCAGTTTGACTCCTTTTGTGACCTAAAAATAGACATTTACATAATGATACATCAAAGATGATGTCGTTTCTGCAGGAAACAGTTAAACTTCAAGAAAAAAGGAGAGAACCAAAAATGCAATTTAACACCCAATTTCAAGCTCATTATCTTTCATTGTCTATTAACTTGGCAATGGTTCAGAAGGTAGCTCATAATAGTTTAAAATGCTGACTGAACACTTCCAGTGCTCAGCATTACTTCTGGAGTCAATAGTGTTGTGTAGTTATACATGGTGGCTTCAAAGGGTAAACAGTCCTTAAACGTCTGCCTTGACATTTTCCCGTGCCTCCAGTCCAGCAAATAGTTTTGGATCTTCTCTGCACGTGTGCAGACCCAGCTCCTAAAGAAAACCAAAGCTGGCACACCAAAAATGGGAATAGCAGCAGAACAAATACCGATACGAAGTAGCATGGGTTTCAGATGTGGTGCGGGGAATGGTGTGCACGTGAGCCCCGTGAGCAAAATAACTAATCTGCTTTAAGGATGCTCTTCAAGAATAAAAACCCGCAAACATCCCTTGGAATTGTTGGCAGGCAGGGTGTCCATGGAAGCATTATCCCATGGGTGCCGATCTTGTCCCTTGTAGGCAGATGGAGGCAGACCCTCCATCGTGCCCTGGGTGCGACAGGTAGCGACTGCATTGAGTGGGGATCGTTTTAAATTGAGTCAAGGGACTAATCCAATACCTGTGAATACCAGGGGAGGGATCCTGTTGTCTTTAATAGGCTTTGGATCAGCTCTGAGAATGCTGTTAGAGTTGTCTTTTGTACCTACACCCACGTATACTAAGTCTGTATTTTGCCCTGAAACTGTCCCTGAAACCTTCTAGAGAAGTGCTAGCTTAGGTACGTGCTGCTAATGGAATTAGAGGTGGAATTATGCTTCTTTTAAGGAAGCTGGAGAGAGTGAAATCAAGAAGGGTACGCAGCACTTCCACTTTCTTTAGATTGGTATAATGTTTTGTGCTGTACAGCAATATATGCCAACTGGCTGCTTCTCTTCCAGAAACCTTCCTGCCGTGCTCCCTGCCTAAGTCCATACAGTAGCTGTGCAGTCGTGACAAAAAAGCAAATAATGCTGTTCTTTATTGCTTGGAGATTCTGCTTTATAGATCAGAAAGCAATCATCATCAGAAGTACTTTGAGTTATCTTTTTACGTACTGTTGTTGTTTTATTACTGAGGATATCCATAATAATTAGACAGCGGTCTCATTAAGCAGGCAGTAATTCCTCTGGTTGTCCTCAGTGCTTGTGCAGCAAAGTTTGGGGCAAAAGGAAGATGAATGGCAGTGGGGCAGCCAGGTTAGGGAGCCAGACACAGCGAATATCCCTGTGACAGTGCACAGACCCACGTATTAAACTGTAATAGCTTAATTCCGTTCATGCTGGCAGACTTTTAAAAATGTCCATAATGTAAGCACCTATGAAAGGCTTTCCAAATGACACATTGCTTACTCTGTGTATTCTCACAGCACCAGGGCTGGTTCATTTGCATTTCCACACTGCCTTCTACCAGTCGTTAAGAGAAAGTCGAGATTTGGGGAAAGCAAACTGCATTTGTTATCAATTATTTGTTCTAGTTTTCAGGGATCAAAAGTTCCTCTTTGGTTCTGGGTATTTGTGGTTGCTAAATTAAGTGCCAAAGTGAAGCCAATATGAACAACAGGGCATCAGTTTCCACTGAAGCACACCACAAGACCTGTCAGTATTTGCAAGCTCCCTTGCAAGAAAATATATATATATATATATATATATATATAGGGCAAAGCATTTGTTTCTGCATTATTTTCTTTGAGTTTACCTTTCAGTTCCCTCACTTCAGTTTCTTAATTTAAAACAGCATGTATAAAGATTATACAGTGGAAAGGGACAAGAAGAGTTGCCAAAAGCCAGGCATGGAAGGAGCTGACAACTTTAAATAATCTCTCCCAGCCCTCCCAGCTGAATGAGTGCTGGTTGACATGCTGTCAGCTTCAGTTCCTGAAGAAAAATCCTACTCTCACTCATGCTTGTTTAACAGAGAAAAGAATTTGGCCCACTTTCTGACATTCATCTTCTCATTTCCATCACACTACAGAAGCTCACCTGCCTATGAAAAGACACATGGTGTGATTTTTTTTCCTTCTTACACCACTGTAGAAGATAAAGAACCATGCTGAATTCAAAGGGATTAAACTGCTGTAAAATCAAATTAAGATCCCAGTTAGACCTTAGACATCTGAATTGTTCCAGTCTCAAGATTTGCCTGAATAGGGCAGTTCTAACAAACCTTTCTTCTTTTTTCTTCTTTTCTTTTTTTTTCCTTTTTTTTTTTTTTCATCCTTCTCTTTTTGCTCCAGTCGACATAAAGCATTTTCTTCAGTCTTTCAGGCAAACAGGTGGAAGTTCCCTTCTGGTCCAGCTCTGATATCTGGTCACAGCTAGGTGGCAAAAGGCATCCCCAGCAACTTGTTGCACCTGCATGCAGCTGCCCTCAGCCAGCTCAGTGAGGTTAGTGTGGGCTGACCCTGTTGCATGGAGCAGTTGTTCTTTGTAGTTCTTGCACAGGCCATATAAGAGCCAGGAATGATGAATCTGCCCTTGTGCTTCCCCACTCCCCAGCAGAACTCTACTAAAATGCATTTTTCTGTAGGGATGCTAGCTGCCACTCTGGATCAGCATGTCATGTGCTTAGTTTAATATCATGTTTCCATGATTTTGGAGAGAAGGCTGACATAGGTAGAAATAGGGTATTAAAGGTCTTCTCTTGGTCTTTTAGAATTAAAGATTGGTCTTAACCCTGGAGTTGGAGATGTTATAATCTTTCATAATCTTCTTTTAAGTATTTCCATGCTACATAATAGTCTCCATTCGACATTCAGGCCCTGGGAGACCTCTGTCCTTGACTTTTCTTGGCTCTCTGCAGCAAGGCAAGTGTGTGTTTGCAGACAGCATCCCAAGCTTTGCCTACCCCTGCTCCACACCTTCACATGCATTGAGTGTCTCCTTGTTCTAGAGCTGTTTGCCTGGAAGCAGAAGCTCTCACTCCATCTTTTCCATATCATTCATTATTGTGTAAACATTTGTCAAACACTTACAGTATCCTGGTCTTTTCAGTCTCCCCTCGTGAATGTTATTCCATGTTTATATTCTTATCTGCCCTCATTCAAGCCATTCTGATGCTTGAGAGCTGTTTTTGTGCTGGTGTGATCATTACTTTGCAGAGTATTCTAGGCCATGCCATCAATTTATGTGATGTGTTGTACTCTGTGATAATTTTCAACCTGCTCCTTATGGAGCCAAACACACTGTTTACTTTTTAACCATGAATGTATATTGAGCAGATGTTTGCTTACAGTGTTCTCCAGATCTTTTGTCCTGAGCTGATAAAGTTAATTTGGAGCTCTACAGGCTGCATGAATAGTACAAATATTTCCATCCATCAAGCTGACTTTCCATTCAGCTGCAGAGCAAGTTTGCAGAGACAAAAAGAGGCATCTACCTGGTTGGTATTAGGTGCAGGCTGGCAGGTTGGAAGCCCAAGTGTACAACAGGTACGTTCATAGAATGGTAGAATCATAAAATTATTTGAGTTGGAAGAGACCTTTAAAGGCCATCTGGTCCAACCCCCCTCAGGTGCTCGGAGCCCCATCCAGCCTCACCTTGGATGTCTCCAGGAACAGGACATCCACCACCTCTCTGGACAACCTCTCATGATGCTCCATTTCCAGCAAGTGTGATTTAAAGTGGTTTCAGAGATGGTCTAGCTCTGCTTTTCACAGCCTGTAGGGGAAGGTTACAGCAGCTAGGAACTCTGGAGCACAGTGTGCTGCATCATCCATCTCTTTGACATTGCTGGGAAGAGCAGCTTAAGAATGGGTTCCCAAGTAGGATATATCTAAGATTCTAAGTAAAATGTATGAGATCAGGACTTTTTATGTGGAAGAAGACGTTGATTACTTACTTAGATTAGCGGACCACAGAGTAATTTAGGAAGGGACCTCTGGAAATCATCTGGTCCAGCCTCTGCTCAAAGCAGGGCCAGCTTCAAAGTAGGATGGATTAAGTTGCTCAGACTTGTATCCAGGCTAGACTGAACTCTTCACATTTTTCATTCCTATATGTAATGGTGTCATAGTCAAAGATCCAGGTAGCTTAGGAGGTAGAAATCTCTTCTGGACCAGGGGGCCCATTTTATGTGTTCTGGGACAACCTAAGGTCCACAAGCTGTATGTGAGTCCAGAAAGAGCTTCGGTAGAACGAGTTCTGCTAGCTTGTGTGGCTGTTCGCAGTAGAAGCAATGGTCTGTCAGGGACTGTGAGAGTTGCCTGCTAGGTCATTCTGGGTCCCAGCATATGTTGAGTATCTCCTTCTTGAGTTGTTTGCCAGGAAGCAGAAGTGCCCACTCCACCTATTCCCAAGGCTTGCTTTGCTCTTCCTCTCTGAGATATAGATGTGGGAGCTTTCAGCTCTCTGAAGATTCTGGCCTACAGTTCATAGAAGTTGGCCACGCTTGTGGAGCAGGAAAAAAGCATTCAAGAAGAAAGCAGTTGTGTACGCATCTTTCAGCATAAGCAGCAGGACTTTGAACTTTGTATTATAACCATATTAGATAGCTTCCAGTTTAGTTTTAGAAAGTAAATGAAAGCTGGCAGACGAACCATAGCCGCTGCGAAAGGGTAGATGGAGAAATGAGTCAAAGGAAATGCGAATGGCTTTGAAAGAAGAGTTGCAAAAAGCATGAAAACTTTTCGGTTTTCAGTAAAGTGTATCCAAACTGCCTACAGAAAGAAAGCCTGAAACTGCTCTTCTCGTGTTGTGGATGATCAGTGTGTTCTGAACCTTCCCAATGGAAGGGTGTCTTGCATAAATTCACATCCAACATTTATGGTTTTGTTTAAAGATAGAAGAAATGAATTTCAAAAGGCCAATAATAGAAACTACAGTTTGTTCACAGAGAGGTTCGTTCAGGGAAATACTCTTCTGAGGAGTATTGTATAGCTCTGACTCGGCCCTCACAGCACACCCAGTTTGTGTAAACCAGTGCTGTCTTTTGATGGTGGCTTACAAAGGTGGTTGGAGTCTGAAAGTTGAGCCCCCAAAGTAATTACTACAAGCTGCTTTCCACCTTGATTCTTCCCTAATACTAACAGAGAAAAGGAGCTGGTCGCAGAGTAAAGCTGACCCGATACAATTTGGCTCTGTAAGTTGCTCTGCCTTCTTGCACACCAAGTCTCAGGTTTTGTGCTGAAAAATAATTTTTAATTCTTAATTTTATTAAGGTAAGTTTAAGAACATGCATAAAATGTGTGCTTGATCAGTACTGTGAGCTTGAGCTGCAGTTATCCTGAACCAGCAGGTCTGAATGGATTAACTGTCCTCACTGAATCCTAAAGGTTAACCCTGAAGTCTAATGATGGCAGCGTAAACGATTATTTCTGTTGTGCTCATAGGGCACAAGAAACAAAGAAGTTTGTTATATCGTAGCAGATACTGCAGTGCTACTGACACCTCTCTTCATGCAAAGATCTTGCTTTATGTGAAAACTTTGCTACTCATTGTGATTTTTGTCTCTGCATATTTAGGAACTGTTGACTGAATCACGTTCTATTCTTGAAAATACGAAAGCCCAGACTTTTGCAGAGTTATCACTCATACACCTCCCCAGAAAATGAGCTGCATCTTTCTTTAGGGTACGGGGCCGTGCTGGGACAGCTCTGGGACAAGCCTGAGCACGCGGCAGTGGGGTCAGCGCGGAGGAAGAGTGGCTCTGGGTGCTGCCGAGGGTGGAGAGGTCCCTTCTGTGTTCCAGCAGCTCACGTTTCTCCATGTGCTCTCTTCCTCGTAG
Seq C2 exon
GGCGAGATGGCTGGCTTTTCCTGGGCAGCGCTCCGTGGTAAATTCAGGTCTCTGCTCGCAGCAGAACCGAGGGAAGATTTGTGACAGATGGGGCTAAGTCACAAACTTGCAGCCTCAGGCAGAATTGTGGAAGTTTCCAGAGTGTGCCCATATTTACCTGATCAGAGAGAAAAGAAAATCTGCAGAGGAAGCCGAGCCTGGCTGCTTGTCATAGCTGACACAGAGCCATCTGCCACAAACCTGTGGCGGCTTCAGATCTCCAATCCCTGCCACCACCCCAGCTCAAATTAAATACAGATTCTTAGAGACGTTATGATGGTTACACATGTCCTCGGCATCACATGCAGGAGACTGTTCAAAAAAAATATGTGGCCTGTTGTATAACCGCACTCATGTATCCCATATGTGGTGCCACATTGAATTTCCGGTTGAATCTGTTTTTATCCTTTGTACTGGATGACATGGTGCCTGAATTCTTTCTTTTCGCCGACACGGTGGCAGCCAAGCTGCAGCTTCAAACGCTCACACTTGGCTGGGTTTCTACCTAGGTTGCCAGGTTATCATTGGAGCCTTATTGTGTCCTCAAAGGGCCACAGGGCCTGAAAGGAGGATCCGAGTGCTACCGGACTAATTGGGCAGCCATCTCGGAATTGTTTGTAGGCAAAGGGCTGCTTTAGCACTTTTCTTTTTGCAAATTAATGACTCTCTGGCACAGGGGTTTTTAAGTGAAGGTATTAATAAGGGGTCTGGCAGGTAATCCCATGATTCACGGAGTTACATTTGCATTTAATTAATCTTAAAGAAAGCTGAAAGATAAACAGCTGTAATTCAAACTAGCATGGGAAATATGCTACGTGGTGCCATCTATCCGATAAAATGAAAGCTGAGACACTTGTTTTATTTCTCTCAAGGATGGAGAACAAACAGATAACAGCCAAAATACTTCCAATAAAAAGTAGTAGTTGGAATATAACGGCCGTTCATCAAGCATCTTTGCATCCCGTTACGAATACAGTCTTTTAAAGATAAATCACTTATGATTCCAGCAGTCGAGCTTCTATATTTGTTGATGTAAAATGTTTTGAAGATGGAGATTGTACAATAAATTTTTAATAAAGTGCCCACTGCAATTTTT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000012424:ENSGALT00000020306:9
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
3' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.008 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0053415=Glycos_transf_1=PD(15.8=71.0)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
ENSGALT00000020306fB2233
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]