HsaINT0073147 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000121964 | GTDC1
Description
glycosyltransferase like domain containing 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:20887]
Coordinates
chr2:143938068-143952073:-
Coord C1 exon
chr2:143951982-143952073
Coord A exon
chr2:143947136-143951981
Coord C2 exon
chr2:143938068-143947135
Length
4846 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAGTT
5' ss Score
6.44
3' ss Seq
CTCCCTCCTCCTCGTTGCAGGGT
3' ss Score
11.28
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
GTAGTTATTGAGAAGAGATTTACATGGTATAAATGCCATATTGAAGTACAAAGAAAAATCTTAAAAAAAAACATTTAATTAACATACTAATGTTTAAAGGAAACATGCTAGGGAGGGATATTAGTTGTTACACTAACAAGGATTAATTAAACTGGATGCCAGTTGTATTAACCTAGGTCTTATGAAATACGTGCACTTAATGCACAGTACATGCTTTTTTAAAATTTACTGTTTTCTAAGATGACTGTCCTTTACATTTAGCCCCTAGAGGCTTATAAAAATGAACCTGAATTAATGTAACTCATTAGTTTAAAAGGAAGTAAAGGAAAGATTCTACAATTATACTAATGAGGATAAGCCTTTCTTCCCATCATAATGAAATCTTTAGTCCTCAAAAATTCAGGTGAATGACATTAGTGAAGTTTGGTGTTCATTTTTGAACTACTTGAAAGGTGATTTTTAAGAATTGAATATTTCTCGCGTCCAGTTTAATAAAAATGACATAAAAAATCCTCAGTTTCTTTAGAATAAGAATGTCAGTCTCATCTCTGAATGGCAAAGGGAAAATAGTGTAAACAGCATCATCATTCACTACCCTCATTCGTTATCTTCTTTTCTTTATTTGAATCAAGAATTTTACATTGTTGAAATAACAACACAAAGAGGCCCTACTAAAAGTCTAAGTAATTGAACTAGGATAAATCTGCTTTATGAGTTTTGAAGGTGGCTCTAGGCCATAAGTAATATACCTTTTTATATTCTTCGAATGTAGCATCTTCATTTTACATAACTCCAGTATAGTTTACATCTAGCAGTTTTATAATCTAACATATTTTAATTTTCCTATGTTAATATATAACCTTCTACATGAAATACAGTTCTCTGCCTTTTTTTTTCTCCCTTCCCTGTTCGTAGCCTAAAATACATATTTACATAGTGATACATCAAAACATGACTTTGTTTCTACAGGAAACAGTTAAACTTCAAGAAAAAGAGAGAGAACCAAAAATGCAATTTAACACCCAATTTCAAGCTCATTATCTTTCATTGTCTATTAACTTGGCAATGGTTCAGAAGGTAGCTCATAATAGTTTAAAATGCTGACTGAACAGTTCCAGCTTCAGTATTACTCCTTGAGTCAATAGTATTGTATTGTATACATGGGAAGCTCCACAGAGAAAACAGTCGTTCAAGATTTACCTCAATATTTCCTAATTTTTAAAGTTCAGTAGTAGTTTTGTTTGTATGAAATATCAATCAAATAGTTTCCCATGTGATAGACTGTCAAAATATGCAGATAATGAAAATTGAGGAAATATAAGTATTAGTACAAATGAATTAATTTTTTATATATGACACAAAGCTATTTTCAGTGAGTTCTCTGTCAGATTATTGATTTTTTCCCTCTTTGGATGAATTTTTGGTAAAGTATTTGTAAATGTGTTTCCACCATCAAAATTTATCAGTTTGTAACATTGCTTAACCCTGTTATTCTGCATCTGCAAATTTTAAACCTCTGCAAATTTTTAACCATTTCAAAAGTCACTGCAAAAAGTTGCCTCTAGTAAGAAAAGAAAGCAGATGTCCAGTTGAAATATTTTCATTCAGCTACTGCCATAACATAGCTATAATTATTTATTTTACAAACAGCTTCTGAAAAAAAGAATGGCAGCTTAGTGGTATGTTGTTAATATACCAAATTGTTCCTCACACAGTTTAAATGATAACCTATATCTTAAATGTTATTTCATTGAGCTGTTACATGTTAGTACTTAAATATATTTTAGTTCATACACCATAAAAACCTGCATCTCAAAGTTTTATAAATTAGTAATTCATGCAAAAGCATTTATAAGAGCTTATTTATATAATTCATTTTTAAGCATCGTCTACCATGGATTTTTCTCTTATAAATCTGTAACACATTTTCACATTTGCCTTCATCCATAGTGCTTAGTGATATTGTCTAAAAATTAATTTCAAAAATTAATAAATTAGTCAAATTTTAAGTAATCAAGAGCTTTATGATACAATTATTAGGAAAAACTGGCATGTTGCAAGGTATAGAGTTAAAAGCACAGGAAGGACCACAGATTTAGTTTGTGTGTTGTTATAGGATTTAAAGCTAAAACAGAAAAAAAAATGCCTTCTAAACCTTTATAATAATGATACAACAAGTTATTGTAATTTTTTATCTTGTGTTTTATAAATAGACACATTTTCAGGTAACATTTGCTTTTACTAAATACTAGAGAATTAGCATTTTAGCTTTTACCTACTTTTCTTATGCAGTCGGAGAGGATCTTTTGTGAGTACTGTGAAAAGAATGTTGGGAGTTATTTTTAGATTTATTTCATTGGACAGTGCTGTTTTGCTTTTATAAAACATATGCTTCTAAGATCTAAAAGGATAGAATGTCACTGAATTCTTTAATTTGTTCCTTTTACATTTTTACACCTTACTCTTTTTTTGTTGTTAAAAGTTTACATTTTAAAATCATTTCAACTTCTTATCATATAGAGTTCACTTTAGGATAGGATTTTTCATATGGATTCACACTTAGAAATTTAATGACTAGAATAAGGCTACTAACACTTGGCTTTCTTCTCACATCAGACATTATACTTTCAATATGAGTGAGAGTTTGGGGTATAACTTGAAGCAGGATTTGAAACAGAATGCTAGTAAGTGAAAAGCAGAAACAGAATTTACTTTTTTTCTTAAAGTGACTCCTTCTATCGCAGAACACTTGTGTCCATGACTTCCCACCTGAAATAGTTTCAGACCTGAAATGTTTAAATTCCTCATTTGCATGTATGTGTGTACTCGCTCAGTCTCTTTCTCTCTTATACACACACACACACACACGTACACTTGGCTTAGGATTGTTAGAGAAATCCAATACATGCAAAAATTAAATGTTTCTTAATAATTTTAAAAAACCTAAAACCATTTTTCTTAATTTAAGGAAATATAAAATCACTTCTTACAAAGTTTATGTCTACAGTTGAGTCATTGACTATAAACTTGTATTGTCGAGACATGTACTTTTTCAGGTCAGGCAGATGCACTGGACACATACTTCTCACAGAGATAAAACAGGGAGCTCTTCGATGACTCCTAAGCCTAACTTGAACACAAGTTTCTAGAAGTAATCATAAAAGAATCAGCTAAGGATTGACTCCTTAAACTAACAATAGTTCTTCCTTTCTAACCCAAGCAAGTCTAATACTGTGAAGTTGTATTTTTTTGGCCTCACTTTTATTATATTATGTGAATTTACTTATGGAAAATTCTCAACAATTATTTGAGATTAGTATTTCATGCTTTTAGAGAACCCTGATCATTATATTTTTAAATGCTGTTGAAAGACATTTTATAGCTATTCCCTCATTACCAGTATAGAAATGAATATAAGAGTACAAATAGGGCAGTTGTGTAAGGTAGACATTATCCAGACTGACAGAAGAGATTTTCATTCCCATCCTATTTTTCATTTAGTTTTATTTATAAATTGAATGGTATTCTCTGGTTTAAAAAGAGAGAGAGATGCCATTCTTGCTTTTTGAGAGTGACTTGTAGTTTCTTAAGATTTTTCAGGTGATAGCTCCTGATTTTTTTGTTTTCCTCTTCAAGTTCTTCAACATTGACAAAACTTTTATAATCTTCTATTATTTGGAAGGGAGAAGAATTTTAGAGTTCTGCCGGAAACTAATTCCAAACAATAATTAAGCTTACAATTCACACTCATTGCCCAGAAAAGCCATTTGTGGTTATCTTGATTATGTCAAGCTATATGTACCTGAACCACAGACAAGCTACTTTGTTTCCTTCAAGAAACTGGTCACCTTATAGTCCCCTTTTAATTTGAGCTTAAACTCTAGATTTGAATAAGGTGTTGCTCACTAGTTTTAATACTGCTCCAGAGTCCTTACTTTTTCCTTAAACATGAAATGTTTGTGATGTTCTAAGAACTTCTAAAAGCTCTCAACTGCACCAGCACAATTAAGGCAAATTCTCAGTCTCAGTCTCAGTCTCTCACTCTTTCTCTCTCTCCCTCCTCTGCCTTTCCCTCCCTTCCCTTTCTTCTTCCCTCTCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCTTCACCTCCTCCTGCAATTTTATTTGGTCTGGCTTTCCTCTGATTTGTCTAAATAAAATAAAAGGAAAAAACCTTTTAGCATCACAGATATGCTTTGGCTGATTAAGATCAGTTAGAGGTTTTGTCCTTCTCTGCTACTCATTTGCAACCTGATTCTAGGTGATCTTCTTGGCCTCTATGTGATTCATCTGTAAACCTGGAAGAATATTTTTTTAAATATCAATGTACCCCTGAAGTACTGGTATAATGAAATAATGAATATAAACCTGTTATAAATATGAAGCACTTTTTAAATTTCACATAATAGTAATGGCATTTATCTTTGTGTCTTCATCATTTAAAAGTAAAATTCACGGCAGAAACTTGTATGTACAGTGTTACGTGTCTTGTGTTTATATAAGTTAAAAGTTGGATGATGAACTTTCATCATCCAACTATGAATGGTTGTCATTCATAACATAAACCAAGAAATATGTGTGCAGCAGAATATACCCATTTGCAGAAAACAGTAGCCTTCTTCTCTGGTTGGAAATACAACGACACTTTAGACCAATCAGAAACTGAGATTTCCTGAGGTGATGAAACTCAAGAACCATTTACTTGGTGGCTTTTTGAAATGTAATTGACGTAAGTGATGCAAATTTGCAATATAAATTTTCAGCATACTTTCATCTTTTAGTCATTAATGCTCTTCACTTCTTTCTCTTCTCTCCCTCCTCCTCGTTGCAG
Seq C2 exon
GGTGAAATCGCTCCGTTTTCTTGGGCAGCCCTACATGGTAAATTCAGGTCTCTGCTTACAACAGAACCTAGGGAAGATTTGTGACAGATGGGGCTAAGTCACAAACTTGCAGCCTAAGGCAGAATCTGAAGAACTTTCCAGAGTGTGCCCATATTTACCTGATCAGAGAGAAAAGAAAATCTGCAGAGGAAGCTGAGCCTGGCTGCTTGTCATAGCTGACACAGAGCCATCTGCCACAAACCTGTGGCGGCTTCAGATCTCCAATCCCTGCCACCACCCCAACTCAAATTAAATACAGATTCCTAGAGACGTTATGATGGTTACACATGTCCTCGGCATCACATGTAGGAGACTGTTCAAAAAAAATATGTGGCCTGTTGTATAACCGCACTCATGTATCCCATATGTGGTGCCACATTGAATTTCCGGTTGAATCCGTTTTTATCCTTTGTACTGGATGACATGGTGCCTGAATTCTTTCTTTTCGCCGACACGATGGCAGCCAAACTGCAGCTTCAAACGCTCACACTTGGCTGGGTTTCTACCTAGGTTGCCAGGTTATCATCGGAGCCTTCTTGTGTCCTCAAAGGGCCACGAGGCCTGAAAGGAGGATCAGAATGCTTTGGGATTAATTGGGCAGCCATCGCAGAATTGTTTGTGGGCAAAGGGCTGCTTTAGCACTTTTCTTTTAGCAAATTAATGACTCTCAGGCACAGGGGGTTTTAAGTGAAGGTATTAATAAGAGGTCTGGCAGGTATTCCCATGATTCACAGAGTTACATTTGCATTTAATTAATCTTAAAGTTGCAAGATAAACAGCTGTAATTCGGACAAACATGACAAACACAGTGAAGCCAACTATCCCATAAAATGAACACTGACATACTTGTTTTAATTTTTTTCCCAGCGTAAAAATAGAAAAATCAAAATACTCCTAACAAAACCAGTGATTTTGATAGAAATATTTCTCCAATATACTTGCATCCACCTACAAATATAACCTTTTCAAGATAAATCGCTTATGATTTCAATAGTCAAACTGCTGTGTTTGTTGATGTAAAGATGTTTTGAATGGCTAGATGGTAAAATAAATTCTTAATAAAGTACCCACTGCAATTTTTAATTAGCATATTCATTTACATATAGATGTATACATCTACCTATGTGTTTCTCACTGAACGTTTTCCTTGTGACAGAGACAACAAATACAATTGTTTCTTTTCCGGATGAACAAGGATCTGTTTTGCAAATGTTTGTAAGATATTATGACATTTCCAAGATTTTCTTTGCATTCTGGAAAGCAGGAGGTAAACATTTGTAGTCATTAAGGTAAAGTCTGTTGATAAACCATCTTCTGTTTACTGACAGGTAAATTGTAACTTTCCCTAGCTTTTGAAATGAGTAACTTCTATACACCACAAAGTGAGGCACAGCCTGGGAAAGGTGGCTAGACAAGGGGCAAGCCAGGCTTTCTAGCTTCTGGAAGGATCGAGTGGCCTAGCAGGCATCTAAGATAAAGAAAGCAATGATTCGGAAGTCCAGTAGGGCCCATTTGACCGGTAGCAAAATCGAAAGCACGAAATAGATCAAGGTTAGGGAGCCAGACAAAGCCCTTGGAAGAGAGGCAGTATTGCAGATCGAAGCAAGCAGTTCAGAGTCTATGAGGCCTGGGAATTTAAAAGCAGGAAGAGTAAGAAGCAGAAACAAGAAGCTCCATCTGAACAGACTCCTCTCTCCAACCTTCATGAGACCCACAGTGTGTGATGGGCCACCACAGCACTGGCTTCTAGACTTTTACAGGGAAGCCAGTGAACAAATTACCTCGTCACCCAGAAAACAAAGAGCTCAGGAACTATTTTGGAAGTTCCTTCCAGTCTAAGACTATGGAACTCAGAATCTAGCAGGTGTGTTCCTTTGGATAGCAAAACTAAAGATATAAATATGAATAAGAAATTCTTTGCCACTTCTCCTGGGCAAGGTTATACTTTATGCCATCTACTGAGATAAACCAGATGAGTCAGTTTGCTTCTGTCAGTTGCTGTGTCACAGATGACATCTTCTCAAAATAATATTATCTCACAGCCAAGAAATAGCGCTTCGTTTACTGTGTTTTTCTATCCTGAAACTAAATGGGCTTACGCTTCATAGTGGCTAAGATACTCCACACACAACTAGTACCCATAGATCTTTTCTCACTGATAGGAAAAAAAAAAAAAAAGCATTAAACACCTTTCAGAGAGTACATCTGAAACATTTACGTATTTTCCTGATTTAGGCAAATATAATATTGAAAGTTACCTGTATGTGGGCATTTTTTTCTACACTCATAAATGCAAATCAAATTTTGCCATTAGCTGTGGCCAACATTCCTTCCAGGACAAAAGCTTACATTAGGCCGGGTGCGGTGGCGCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGACGGGTGGATCATGAGGTCAGGAGATCGAGACCATCCTGGCTAACACGGTGAAACCCCATCTCTACTAAAAATACAAAAAAAATTAGCCAGGCATGGTGGCGGGTGCCTGTAGTCCCAGCTACTGGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATGGCGTGAACCCAGGAGGCGGAGCTTGCAGTGAGCCGAGATCGTGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCTGTCTCAAAAAATAAATAAATAAATAAATTTAAAATAAATTTTAAAAAAATTACATTAAAGGTGTCACTTATTTGCATGATACCGAGATTTGGAGTTTAAAGAAAAACCTTATAAAGACTGTAATGTCAGAGTTGCTACTAGTTCACATAAGCAATAAAAAGTTTTGTAAATGTGTAATTCTTAACATTTAAAAATATGTAGGAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCACACGCACATTCATGCTTCTCAACACCCACGACCTAGTGGAATGGAGTGTTATTAAATAAGTTAATCAGTATTTTGTTGAAATCTCAGCAGATAATTAGTACTACACGTTGACTCATTAATTCAGTTTCCCTTATCAACCACCCCCATCATTTATTGTTTTGAGTATGTTTGATGGAAAACTTAGTCTTCCTCTTTTTTTTTAACACTCGATTGTTTTTTTCTTTTAAAATAAAGTCAATTTTAATTTTAAATGTCTTTAAAAGTCCATCCATTATCAAGACTTTGACACAGTGTCTTGAAATACAGCTTGCCCTAAACTTAATCTATGCTTCTGGCTAGGTGTTTCTATAACAAATATCAGGGCACCTGGTTCTTAACCTTCTCATTTATACTGTGTTGACAGAAATAGATGCAAATACCTTTTTAAAAATGCTCCTGGTTTAATAAGCATCCTTCAAATACAGTTAAGTTTAAATGCCCTGCTCCTGTTCTCAGTCCTTCAGACATCAATATGGCAGGCAGAATCCATAAGTCAATGGAAACTCTTAGCCATAGAGGGCTGCAGAGATTAATTTCAACACCTTGAAATGCATCTGGAAGCAAAGATTTCATTTTATGTTGAAGGTGTTAATTATATTTGATATTTTTAAAAGTAAAATCTGTTTTTGAGAAAGCATCTGCTACCCAGAAATATTATGAGCCACAAAAGAAATTTTACTGAAGTCTCAAGATACTTTCTGTGGATGATAGAATCAGTTTTCAAATGATAGTCCATGCTGTCTTTTAATGCTGACATACACTGTGGGTCTTATTCTTCTATTGACTATTGACCCAACTGCCTTTCTTTTTCAGTGGAAAATTTGGGACTATTTAATATTAGATCTTATGTTTAACAATGAAGAGAGTATATTATAAACCACTGACTTGAACATGTTTCATTTTAAAATTTGAGTTGTGATACAGACAACTAATGCTCCTATCCTATGCCCTCTCTTCAAAGCTATTCATTAAAATATAACTGGGGAAGTTTGAAAAACATGCGAGCAATTCTACATGCTGCTCAAAGATACAGACATGTGTGATTAAAGTACAGTATTACAGAAAACCTGGGAATTAACCAAACTTACAATAATGGTTATGTCAGAGGGGCCATGGTAGAGAAAAAAAAGGACATAGAAGTAGGGAAAGGTGCATTCGTTGCATGATGAGAAGTCTGTTTCTTAAGCTGAGTCGTGATACACAAAGGCTTCTTGCCACTCTTTGTGACATTTCATGTGTCTTCAGTGTATTTATTGCATATATCTTTTGATAGGAGATATAAATACTTCAGGAAGCATGTTACTAGTTTTGCTATCAGGCTATCCTTAACATTTCTTGGTTTTCTCAATTATTGATTGAGTCAGAAAACTGCTTGCCTCAGACAGTGATACAAACTACTCTACTGCCAATGTTGCTTGAGAAGACTTTCCTCTGCTTAACAGGAGCCAGGGGCTTCACCTCAACCCTCATGCTGTGGAGAAAGTCAGACTCAACTGGCCACAGGTTCCTGTTTCTTGGGGCTGCTAATCACCATTTCTAACAGATGCCTGTGGCATTGCAAACACAAGATGGAAAACTATAGCTCTAAACTCCCTTCTGAAGGGTAAGGAAAGGAAGAGGAAGGCAGATGTTAAATGAGCCCAGTCTTTCTCATCTCAAAAAATTCAGAGCTGCCTGTTAGAGCACAAGAGCTCTCAGAGCTCCCAACCACACTGCCCACTCCCCATAGTGTTGCCTCTCCCCTTTCCTCTTTAAGACGCAGGAGCGAATCGTGGTCTTTGTGCTTTCACTGCAATCTATCCCAGGGGAAGAGTTCTCCCGGGTATCTGTGGGATGCCCTTGCTGCATGTGAGGCACAAATGGCTTCAGGGACCAGGATCCTCACTCACTCTGCAGTCCATTTTTCTAAATTGGAATTTGCGATCGGTTTCTTCAGGTGTCCCACCATCATCTATCATTATCTGAGTTATTCCTTATCCTCTCCCAACCCCAAGGAGAGGATCTTAATTGTTTTTATAAACTGACAGAAGGAATTGGTGATTCTTGGAAGATAATTTTAAATG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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000121964:ENST00000392869:10
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0053415=Glycos_transf_1=FE(19.6=100)
A:
NA
C2:
PF0053415=Glycos_transf_1=PD(0.7=3.6)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development