Special

GgaINT0050075 @ galGal3

Intron Retention

Gene
Description
NA
Coordinates
chr7:36297124-36311164:+
Coord C1 exon
chr7:36297124-36299262
Coord A exon
chr7:36299263-36310135
Coord C2 exon
chr7:36310136-36311164
Length
10873 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATGT
5' ss Score
9.8
3' ss Seq
TCTGTTCTTTTGCATTGCAGGGG
3' ss Score
10.15
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGCAACTCCGGTAGTTCCTACTCGAGCAGCAACTCCAAGATCAATGAGGAATAAATCACATGAAGGAATTACAAATTCTGTGATGCCAGAATGTAAGACTCCTTTCAAGTTGATGATAGGGGCATCTAATGCCATGGGTAGGCTTTATGTGCAAGAAATGGCTGGAAGCCAGCAACAAGAACTTCATTCTGTCTATCCTAGGCAGAGATTGGGTAGTAATGAACTTGGACAGAAGTCTCCATATCGTGGCAGTCATGGTGGGATGCCCAGTCCAGCTTCATCAGGATCACAGATATATGGAGACGGCTCAATCTCTCCTAGGACTGACCCACTTGGAAGCCCTGATGTTTTCACAAGGAACAATCCCAGTTTTCATGGAGCACCCAACTCAAGTCCTATTCATATGAACAGGACACCTCTGTCTCCGCCATCAGTAATGCTACATGGTTCTCCCATACAGTCATCCTGTGCAATGGCTGGAAGGACTAATATACCTCTTTCCCCAACCTTGACCACAAAAAGCCCTGTAATGAAAAAACCCATGTGTAATTTTTCAGCTGGTATGGAAATACCACGAGCAATGTTTCACCATAAACCACCCCAAGGTCCACCTCCACCTCCTCCACCGCCTTCTTGTGCTCTTCAGAAAAAGCCATTAACATCAGAAAAGGATCCACTTGGCATACTTGACCCTATTCCTAGCAAACCAGTCAATCAGAATCCTGTTATCATTAACCCAACTACTTTCCATTCAAATGTCCACTCTCAGGTACCCGTGATGAATGTAAGCATGCCTCCTGCTGTCGTCCCTTTGCCAAGTAATCTTCCTTTGCCAACTGTAAAACCTGGTCACGTGAACCATGGAAGTCATGTTCAAAGAGTTCAGCATTCAGCTTCTACTTCCCTATCTCCTTCACCAGTGACATCCCCAGTTCATATGATGGGATCCGGGATTGGAAGGATAGAGGCTTCTCCCCAAAGATCACGTTCTTCTTCCACATCATCAGATCATGGAAATTTCCTGCTGCCTCCAGTAGGACCGCAGTCATCTTGTACTGGTATTAAAGTTCCTCCCAGGTCCCCACGGTCAACAATAGGGTCGCCAAGACCGTCTATGCCATCTAGCCCCTCCACCAAGCATGATGGACTTAATCAATACAAGGACATCCCTAACCCATTAATTGCTGGAATGAGTAATGTATTAAATCCTCCAAACAATGCAGTTTTTTCTACTGCATCGGCTGGAAGTGGTTCTTTGAAGAGTCAGCCTGGTTTGCTGGGAATGCCTTTAAATCAGATCTTGAACCAGCACAATGCTGCCTCTTTTCCAGCAAGTAGTTTACTCTCAGCAGCAGCCAAAGCACAGCTAGCAAATCAAAATAAACTTGCTGGTAACAACAATAACAGCAGTAGCAATTCTGGACCTGTTGCCAGCGGTGGCAACAACGAAGGACATAGCACTTTAAATACCATGTTCCCTCCTGCTGCCAATGTGCTTCTACCAACGACTGAAGGGCAAAGTGGTCGAGCAGCACTGAGAGATAAACTGATGTCTCAGCAAAAAGATCCTCTGAGAAAAAGAAAGCAGCCAACCACCACAGTGTTGAGTTTGCTGAGGCAGTCTCAGTTGGAGAGTTCTGGAGTTTCCAAAGCTGGATCTGATTTAGTAAGAAAGCAAAGTCAAAGCTCTTTTCCCATCAGCTCTATGTCCCAATTACTTCAGTCCATGAGTTGTCAAAGCTCTCACATGAGCAGCAATAGTACTACCAGCTGTGGGAGCTCAAACACTGTTTTACCTTGCTCTGGTAACCAGATGCATTTTGCAGACACCAGTATGAACTCTGGCACTCTTCAGAACTCACTGGCACAGAGTTTACCATTACGAGGGGAAGGTATGCACTGCCAGAACACAAACACTAACTTTGTCCATGGTACTAGCCCTGCCACCACCAACCATCTCGCGGGTTTAATAAATCAGATGCAGGCTAGTGGGAACTGTGGGATGCTCAGTCAGTCAGGAATGGCTTTAGGAAATTCATTACATCCGAACCCACCTCAGCCAAGAATCCAGGCATCCTCCACTCCAGTGATACCAAACAGCATTGCTAGCAGCTGTAATCAAACAAGTCCTGAAGCAG
Seq A exon
GTATGTTTCCTTTTAAAAGGATACCCCTATGTTTGACTGTTTGGAAATAATATGATGACTGTTTTTAAATGGGTTCCTATTACTTATCTACTTTCTAAATTTGAGCTTACCAGTCTGAAAAGTATGCCTATTTCATGCTAATATCCAGATACTCAAAAATAAACCAAATAAGAAAAAACAGTGGTAGATTAAAATATATCTCCCTTTTTCTAAACCAAATCATCTTGACCACCTTCCTGTTACAACTCTTCCCGACTTCCATACACTCTTCACAAATAAAATCCATGCACGTTTGTACACACCTAGACTTCAGTTTTCGTCTCTTGCCCAAATACGTTTTTCTGCATCATGCTGAGCTACTTCAACCCTGGAAGGCTATAGCTAACCTGGTAGTTGGTGTCTAGGCCGTACACGTGTTCCTTACTGCTTCCATTAAATAGTTGAGTGTTGTCAGAGATTGGAGCAGATACTAGAAATATAAAAGTTTTCAAAATAACCTTTTTTGGAGGCAGAAAGGAGGCTGCCAAGTCTGTGTTTGCCTTTGTCATGGTAATTTTGCTATGCTGGTAATTAAATGGTTGAAGAAATTGTATGTGCAGTTGGAAGAGTGTAGCGAGATTTCCTGATTTATTCATCAGTGAAGACTTTGAGAGGAAGCAAGTCTGCCACTGTTACTAACTTCATCCTCTTTAATGGTGAAAGGGAGACAGCTCAAAAATGTTGATTGCGTTTAACTATTATTGACTGAACAAAGCATGAATTTTTGAAGGATGGTTCTATGTTAATTTCTTAAGCAGGAAAGAAAAACTATTTGATACTTCAGTATTTCAGCTTGGTTAACTGTCAGAGTGTGGGTTTGATGCAATCACAGCTAAACTACATCAGGTCAAATTAAACTGATGGTAAGCATGCAAGCTGTCTGTCTCGTTAACCCAAGAAAGCCTGATGTGTATTCCTGGTTTTCCTCTAAGAGAGCCACTTATTCTTTAAAATACAGAATGGAATTAAATATATAAACATTACTTTTAAAAACCATGCTAATTACAGTTTCTAATGACTTTGGAGGGTTTCTCTCCATTCCTGAGGAGATAAGGCATTTTTTTCCACAGCTATATCAGTGGTTTGTGTTGCAAGCAAGTATCCATTAATCCTTGCATGGCTGTTTTGCCTTGTCATGCTGACAAAGAAGGTTTCCTTGTATGCTGTCTGTTCCAAGACCTTGTACTCTTGCCAACAGAACAGAAGTCTCATTTTGCCCTAAGAGCTTTGCTCTGTGTCCCACTCAGCATTCCAGAAACTCCCTTTTCCAAGAACTCCTTGAGTTTCCACGTCTTTGATGGTCAGTGGGAATCAGCAGTATGGGTTTTCCTGCATTGTCACTGTCCACGCAGCTGAAGAAAGCTATGAGGTTGTTGCAACATTGGACTGCATTGCCTTACAGAGAACAGAAGACACTGTTATGTGAGATAAGAGTCTGTGTGCCAACAGTTACCATCAAGAAGCTGAGCTGTAGTAATTTGTCTCCTGGGAAAGGATTGAAATAGTTCAAGGTTCCTGAAGGAAATTCAGACTGGAACTGATCAACAGAAGTTTTGCACTGTATAAAAGTTACCAATAAAATGTTGTACAAAGGCTATTAATGTAGGCTTTCAGGCATCTAAATTCATCCCCATGTGGGATCTTGTTCCTACTCCACTGCTGCGACCCCAGCCCTGTGCCACAGCCTTGCCCCGCTAGGTATGGTAGTGGCAGGCACCACTCATGATAGCTGTCTTCGGGCTGATGACACATCAGCAGCAGCTAATCTGAGCCTTTCTTTGTCTTGCCAGTCTTGGTCCTCAGGCAGGCTGAATTCCTCCCAAGAAGACAGATGCTCTTGTGTCAGGAAAAACAATAGTAGTGTCTGCTCGCAAACTTCTGTGGGACAACAGCAACAGAACAAATCTGTGCAAGTGTCCTGAGCTGCACACTGCTTTTAGAGAGCTTGGGGCAAACCCCCATGAAAAAAGAGGCTTCAGCTTAAGCAGCTAATTCAGTTCTCATCTATAATATATAGAATTGTAGAATCATTAAGGTTGGAAAAGACCTCTAGGATCATCTAGTCCAACTGTCTACCTATCACCAATATTACCCACTAACCCATGTTCCTTAGTACCACGTTACACCTTTCTTGAGCACCTTCAGGGATGATGATCAGTAATAAATAGATAACTCCATGTGTGAACTTCAGATTTACGTGAAACCTTTCAAACTACCAAACTTGAATGAGAAAAGGATGATATTTCTAATACTTTAGGGATAACTGTTAGATTTCTAGCAGAATAATTATAAGGGCTTAAACTGACCCTTTTTTTCTAATCCAAATGGTAAATGGTAACCCTGCTTAGGCAAAGACTGCAGTTCTGTTCCTCACTGCTGACTGGTTTTGTTTCCTTAGTTTTGATGCTTGGGAAATACATACAACCTGCAGTTGTTTATGTGTTGTTATTGGTATCTGTGATGGCTAGAAACCTTGACAGCCTTTTTCTTTTTAAAGATGAAATTTCAGGATCTGGTGCCTTTGCATTATTCCCAGAGGCAGTGCCCTGAATCTGTACAGTCCTTCCACCCAGCCTCCTGCCTGAGTCATCGCAGAAGCATGTGGCTCAGATGTTAGATCTGAATGCAATCCATAGCCAGTGAAAATCCAGATAGGGGCATTTTGCTGTATTTGCAGTAGAATGGAAGTGTTCTTGCCTTGAAATGAGCATGAAACGTTGAGAATTTTGCGTTAATAGTAACCTTTAAAAATAGGAGTTTGTTTCCAGGCTGCTGTTTCAGTTACATAGAATGTGACAAAAATGGCAAGAGGTATAGTATGAATTATTCTGTATGAAGCTGTAGCAAGCTGATAATTGTGGTGTATGGAGTCGAACAGTGTCAAGCATGCAGAAGGAGCCATGTGTACAAGCTGAGTTTAGCTGTGTATGATGTCTTCAGGAAATTCATACATTCATCTTTTGAGTTTGTGGGTTGGTTTTTGTTGGTTTTTTTGTTGGGTTTTCTTTGCTTTATTTCTACATATTTTAATTGCTGGATCTGTTTTCTGTTTCTGTGCCAGTATTCAGAATAGCTACTAATCAGTTAATGGTTCCTGAGAGAAAATACCGAGAATCACCACAATTAAATCTCTGACTATTGCCCAAGCTTTTAGTTAGACTTTAATCACATGGACCAAATTTCATTATTTTGCCTTTTGTCAGCTTCTTCCAGAGGTAATACCCGTAGTTTCCAGGTTTCAGTATGAGTGTGATTGAATTAAAAATGAATAGGTATAAAAATGAACATTTTCATTTACACAGTGGAAAGATTTTTTACATTTCTAATTTTGAACCCTTAAAGCCTATTATACTTGTTTTTATTGACAACTTCCGTATCGCTTCTATAGTATTTAGGTTGCAAACATTTTATTTTAAAACAGTGGTCTTACATGAGGAGCTAGCATCAAATCCATGCGGATTGTTTACAGCTATTAATTCTGGAAGAAGTCTCCTTTTTTTGCCAAGAGTCGTGGTTCTGGACTCACTCTCTCTGCTGAGTGCTGTTAGTACTTCTGTTAACCTTTGACGCTGAATTTCTCATTATGAATCAAGCCCTCAGACTTCAGATGCAAACTGAAGGTAGTATCCAATTTGCTAATTTGGCAGCTTTACGGATTTATTCGTTAAGCCACTTTGCCTCCCAGAAGCAGTCTTTGTGTTTGTCTGTATTTTTGTAAAAAGAGCTGCATCACTGTGTCATAGATCTTATTGTAGAGTCTGCTTCATTTCTTATTTTCTTGCTGTTAGTCCAGGAGTTCAGTGGGTAGGAAATCTCTGTGCAAAGCATTGAATGTTTAGCATTGCAAATCCTGCTAAGAATGCCACTTGTATTACGGGATGCAGGAAAACAAGTGAAAAAATACCTGGAAGTAAAACCTACGTACGGCTGATAAGGGAGTGAACCGTAGCTAATAGGAATAAAGATAATAAGGTATCTGAAATATCAGAAATATGAGAAACTTCTAGAAGTTTACCAGTGACAATTAAAGGATAGGTTTGGCAAAAAAAAAATACTGAGACTATATCCCTTCCTTAGATGAAGAATAGTAAAATTTTACTGGTGAAATTTGCAGAACAGAAAATAGACAGATATAATTAATTGAAGAGGAGCACGCAAGACCAATGCCAATCAGTTAGGAGCTTCTATCCCACTCAAACAGAATTTATTTTAATGCAGTCAAGTCTGGTGTAATATAATTGGGAATGGAACATTGCCTTGGAAAACAGTGACTCAAAGATTTAATAGACTTAATGCAAGCTGTCAGATCAGTGATGTTGCGAAACAAAAAGAAGAAAAGAGAAGCTGGGGAGGTCCTTGGATGCATAAAAGAGCAATGCCCATGGAGCTTGGGCTGCTCCTGGCTCTGTGCATAGCTTGAGAAAACCAGAGCTTGGCTGTGGCATTCTGGTTAGTGGCCACTTCTCATGAAAGGTAAAGAAGTACTGGATTTCAGAGAACCACAAAACTGTGGTGGTGGTGGGTCAGACCTCAGGCTGTGAGCCTAGTGGTACCATTTCTGCTGTACCTGACAGGAGGTCATGGAGCCAGGCTCAGCCCATGCCGAGAACAGGTCAGCAGGTCAGGGAGTCAAGCTGGATGGTTTTCCAGCTGTTGGGAATGGCCTGCCATCTGCTTTTTTAAAAAATATGGGCATAGCCAAGGAATTGTATCGCTTGCTATAGGTATTCATACTTGGCAATATCTGGAAGGTGGAGAGCTGAATTGTTCAGGTGAGGGTGATGGTTGGACTCAATGATGTTGATGGACTTTTCCAGGTTGGATGATTCTGTGGCTCTCTGGTTTTTACTTTGTTAATAGATGTTCAATGACAACATCCAATGGCAAAATGCTGGTAAATTCAGCATCAAAGAAATAAATGGCTTCATTTTTTGAGGCTACTAAACGAGCTTGCAGAGGCC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Seq C2 exon
GGGGTTCAGGACCATCATCATCAATAGCCATAGCTGGCACCAGCCAACCTGCCATCACAAAGACAACATCTGTTCTTCAAGATGGTGTTATAGTCACTACTGCAGCTGGAAACCCTCTTCAGAGCCAGCTGCCCATTGGGGGTGATTTCCCTTTCGCTGGCCACGAACACTCGCTTCATTTCCCGCAGAACAGCTCTTCAAACAACAATCTTCCACCTTCTTTGAATCAAAACCTCCTCAGTTCTCTACCTATCTCTTTGCCAGTGAATCAGCAACATCTCCTAAGCCAGAATCTATTAAATATACTGCAGCCTTCAGCAGGAGAAGGCAAGTCTGAGGTCAACCTCAACCCTTTAGGTTTTCTCAACCCGAATGTAAATGCTGCTTTAGCTTTTCTCTCCAGTGACGTGGATGGGCAGGTATTACAGCCTGTTCATTTTCAGCTTCTAGCAACCCTCCTCCAGAACCAAGCCCAAGCAGCTGCCATGCTTCCCCTACCATCTTTCAATCTGACCATCTCAGATTTGTTGCAACAGCAAAATAACCCTTTGCCCTCAGTAACACAGATGACAGCCCCACCTGACCATTTGCCAAGCAATCAGTCAGAAAGCAACAGGGTTGAGACCCTTTTAAGCAACCCCCTGGGGAACCCTTTACCAAGCTTTTCAGGCACTGACACTACTTCTAACCCCCTGCTCCTCCCAGCTGTCTCTGGGGCCTCAGCATTAATGGCCTTGAATCCCCAGCTGGTGGGAGGTGTCCTGAACTCTGCGTCGGGCAACACCGCTAATCATCCAGAGGTTTCCATAGCCACCTCCTCCCAAGCAACCACTACCACAACCACTACATCATCAGCAGTGGCAGCACTGTCTGTCTCTACCCTGGGTGGTGGGACAGCAGTGGTGTCAATGGCAGAAACATTGCTGAACATATCTAATAATGCTGGGAATACATCTGGTCCAGCTAAACTCAACAGTAACTCTGTGGTGCCACAGCTACTTAACCCTCTACTGGGGACAGGTCTGCTTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000012449:ENSGALT00000020351:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

ORF disruption upon sequence inclusion

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=0.909 A=NA C2=0.424
Domain overlap (PFAM):

C1:
NO
A:
NA
C2:
NO


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
NA


Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]