HsaINT0100401 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000204406 | MBD5
Description
methyl-CpG binding domain protein 5 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:20444]
Coordinates
chr2:148468341-148483436:+
Coord C1 exon
chr2:148468341-148470461
Coord A exon
chr2:148470462-148483109
Coord C2 exon
chr2:148483110-148483436
Length
12648 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATGG
5' ss Score
9.99
3' ss Seq
TTTTTTTTTTTTCATTTTAGGCG
3' ss Score
11.52
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGCAACTCCAGTAGTACCTTCTCGGGCAGCAACTCCAAGATCAGTAAGAAATAAGTCTCATGAAGGAATTACAAATTCTGTAATGCCTGAATGTAAGAATCCTTTCAAGTTAATGATTGGATCATCAAATGCCATGGGAAGGCTATATGTACAAGAACTGCCTGGAAGCCAACAACAAGAACTCCACCCTGTCTACCCCCGACAGAGATTGGGCAGCAGTGAACATGGACAGAAATCTCCATTCCGTGGCAGCCATGGAGGCCTGCCCAGCCCAGCGTCATCAGGTTCCCAGATATATGGAGATGGTTCAATCTCTCCAAGGACTGACCCACTTGGAAGTCCTGATGTTTTCACAAGAAGTAATCCTGGTTTTCATGGAGCTCCCAATTCTAGTCCTATTCACCTGAATAGGACTCCTCTTTCTCCACCTTCAGTAATGCTACATGGTTCTCCTGTACAGTCATCCTGTGCAATGGCTGGAAGGACTAATATACCTCTTTCCCCAACCTTGACTACAAAGAGTCCAGTAATGAAAAAACCAATGTGTAATTTTTCAACTAATATGGAAATACCACGAGCAATGTTCCACCACAAACCACCCCAAGGCCCACCTCCCCCTCCTCCACCTTCTTGTGCTCTTCAGAAAAAGCCATTAACATCTGAGAAAGATCCACTTGGCATTCTTGACCCTATTCCTAGTAAACCAGTGAATCAGAACCCTGTTATCATTAATCCAACCAGTTTCCATTCAAATGTCCACTCTCAGGTACCTATGATGAATGTAAGCATGCCTCCTGCTGTTGTTCCTTTGCCAAGTAATCTCCCATTGCCAACTGTAAAACCTGGTCACATGAATCATGGGAGTCATGTACAAAGAGTTCAGCATTCAGCTTCAACCTCCCTGTCCCCTTCTCCAGTGACATCCCCCGTGCACATGATGGGGACTGGAATTGGAAGGATTGAGGCATCGCCCCAAAGATCACGCTCATCTTCCACATCATCAGATCATGGAAATTTCATGATGCCACCTGTAGGACCCCAGGCCACTTCTAGTGGTATTAAGGTTCCACCCAGGTCACCAAGGTCAACAATAGGGTCCCCAAGGCCATCAATGCCATCAAGCCCTTCTACCAAGTCCGATGGACATCATCAGTACAAGGATATCCCTAACCCATTAATTGCTGGAATAAGTAATGTACTAAATACCCCAAGCAGTGCAGCTTTTCCTACTGCATCTGCCGGAAGTAGTTCTGTAAAGAGTCAGCCTGGTTTGCTGGGAATGCCTTTAAATCAGATCTTGAACCAGCACAATGCTGCCTCCTTTCCAGCAAGTAGTTTACTCTCAGCAGCAGCCAAAGCACAGCTAGCAAATCAAAACAAACTTGCTGGTAACAACAGTAGCAGCAGTAGCAATTCTGGAGCTGTTGCCGGCAGTGGCAACACTGAAGGACATAGCACTTTAAACACCATGTTCCCTCCTACTGCCAACATGCTTCTCCCAACAGGTGAAGGGCAAAGTGGTCGAGCAGCACTAAGAGATAAGCTGATGTCTCAGCAAAAAGACGCATTGCGGAAAAGAAAACAACCACCTACGACAGTGTTGAGTTTGCTCAGACAGTCTCAAATGGATAGTTCTGCAGTTCCTAAACCTGGACCTGACTTGCTAAGGAAGCAGGGTCAGGGTTCATTTCCCATCAGTTCAATGTCTCAGTTACTACAGTCTATGAGTTGTCAAAGCTCTCACTTGAGTAGCAATAGTACCCCGGGTTGTGGGGCCTCAAATACTGCTTTGCCTTGCTCTGCTAACCAGCTGCATTTTACAGATCCCAGTATGAACTCTAGTGTTCTTCAGAACATACCTTTAAGAGGGGAAGCCGTGCACTGCCACAATGCAAACACTAACTTTGTTCACAGTAACAGTCCAGTCCCCAACCACCATCTTGCAGGTTTAATAAATCAGATTCAGGCTAGCGGGAACTGTGGGATGCTCAGTCAGTCGGGCATGGCTTTAGGAAATTCCTTACATCCCAATCCACCTCAGTCAAGAATTTCAACGTCCTCCACTCCAGTGATACCAAACAGCATTGTTAGCAGCTATAATCAAACAAGTTCTGAAGCAG
Seq A exon
GTATGGTTTTATTAGAAAAAAGTACCCAAAGGTACTAAACTTTTCTACTTTTTTAAAAAATTTGTACCAAAATATTTATTATGATAAGAAATGATCCTTTCCCCATTGTGAAATTCTCTTCATTTCTTTAGTATTTATAATTTTATTTACAGAATGCTAGGGATTTGTCTATTGGGAAGATTAACAGCTAAGAGGATTTCATGTGTTTCCATTATTTGTTGTCAATCTGTGTCATTTTGAATATTGTTCGACTTTCACTTGGTTTTATAACCATTGGACTCCAAACTGCAAAATAAGCCATACGAGGCAGGGTTTCCTGGTTTGTGAGACATGTCCTTGGTCTATGCCAATATAAAAGCCATCTCCCTAGCTTTTGTTTGTATTCAGGTAAATGAAGTTTATCTTGGAAAAATCCAAAAAGGCAAAAATAAATGGATTTTTTTTCTTGCTGCTGAACAGAAGTAGGTGAATGGATAGGAAAAGGTAACTAGAAGTTGTACGAAGTAGAAGGCTGTCTTCTAATGTGTTTTCTTATCCTAGTTTGCTATCCTTATTATTTGTTTGAGAAAACTCAAAAATGGATATTGGCTACTCCCTTTTAAAAAAAAAGCTAATAATTTAAGCTTTCTAATAAAAAAAAGGCTTGAAAACCTGATTTCCAGAATTTTTAATCTTGAAATTGTTTTTTGAGTTTCTTGTAGAACTAAACCATTTTTATCATTGACATTAAGGTTTTGAACCCAAATCTATTGTATCTCTTCAGCCACCATTAAGGAAACAAATTTATTTAAAAGTAGGCATATTAGAAAAAGACCTGTATTTTGTGCAATAGAGTCCTCAGAAATTGTTATAAAAACTGTACAGAAGCACCTAAGAGGTAAATGTGTTGAGGCATCAGAAAATTTGACTATGAAAACATTATTCAACACTAATGATTTATGAGAAATGACAAGGAGGAAATAAAAGATGGTTGTAAAGACATTATTGTTCACTATGAAAACAGTGTGCTATGAAAACCAGATTGCTACTGGGAATGAGAAAACTGCTGAGGTTTTTAATAATAAGCTAGTGTGTAGGTATAATACCGTCATGCTGGAGAAGCATTCTAACCCACATGTCTTTGTTGCTGATAGTAAAAGCGTTTTCCTTCCTAGTGTTGCCATTTACACCTGCCATCCTTCACATCTTGTGTTATGTGTTATGTTTTGATGTCACTATTTAATGAAGAACTATTCAATGATCTCTTATGTTAAATATATATATGGTTTAGAAGATATTTGAAATTATTAGTGCCTTCTTGATATTCTTAGTTTAAAGAATCTCATAAAACTTTATGTTTTATGTGTCTAACAGTATACTTATCCCATAGGGGGCTTCCAGCTTTTCACTCACTCATCATATTTCTTTTTAGATAACTCGACACAAATGAAAATTTTATTTTATCTATTTAGCAGAAAAGTCACACAAAGTTCATAACTATTTAAAAGTACACCATATTTATTGAGCATACCTTAAATAATTTTGATGGGACATTTTTAGTCTCATTGCATTATACAGTTTTGATATCCCCTACCTCAGTTTACTTCATTTCAGGTCTGAGTTCATGTGCAAAGTGTATGTATTTCATTGATGTATTTCAATTCATCTATAATGGAAAAGACCAACATTTACTTATATTCTTGTTTCTTCTGATGGTCAAGTTTAGACTTATTTAATACTGTTTTGGTCATTTATTTTTTTTGTTTCATGTATCTTTGTAATACATCTGACCTGTACTGTTACTGCTGGGGGTGTCAAAGCATATAGGTTAAAAATTTATTAGTGTCAGAAAAGTGTGAGCATATAAATAGCTAAAAAGGATAAGGATACATGTCTAGAAATGATATGAATATGACCAACTAGTGTAAACTAACAGGAAGTATGTGCTTAATAAAAATCTAAGTAGAATTTTTAAAGTATTAAACCTAATAAAATTAAATACTAATTAACGTGCATAGGTCTGATGTGCAGCTGGTTATGAAAACGGATTGATTCACTAATGAACATAACTCTTTCGATGAGCTAAATATTGAAGCAGTCTCTAATGCCATGTTTCTTTTTGCCATGTAGTGAACTGTGTCAACTCAATGTACCATCACTGTAATTGCCTAGCCTAAATATCTGTTTACACTGACATTTATTCATTCATCAAATAACCGTTGAGCCTTAAAGGTAGGCATTCAGAATGAGACAGTAAATGATAGTCACAGCTTTTCCTCTAGGAGTGTTACTGAGTATTTCTATGATACCAGAAAGACATTAGAAGAAAACCACATTTTATTCTTAAAATGTTGCTATAGCTATCTATCGTCAAGTACCTTTTATGTACCAGGTGATTTCCCTATATTATTTCTAATCTGTGCAGTTTTCTAAAGTATAAAGTATTATTGTTCAATTTTACAGATCAGGAGCCTGAGGCTAAAAAAACTTAAGTAACTGTTCCGTATCATACATAACTGAATCAGGATTTGAACTGAGGTTCATCTGATTCTAAAATCCATTTTCCTCCCAGCTGCATAAATTCTTCATCTGAAACATTTAGTGCTCAAAAGTATTGTGTTCCCTTTCAAAATCTTTTAAAATGTTCAATAGATAATAAATTAAATCACATTAATGCATGTTAAAAGCCACATTTGTTAACTATTGATATACTTCAGATGAAAGTCAGTTATTTTTGCCAATATTATAGCAAATAATGACTAGAATTTTTACGTCAGTGCAGAAGAAGAAATACCCAAAATGTCAAGAAAACTGCCCCTTATTAGTGAATCACATTTGGTGACCTTTCTTTTAATTAATTATCACCTCACTCAAATTAGAATGGGTTTCCTAGTAGGTGACGTGTCAGTAGGCCTTTAAAAGAGATGTAGATGCTAGTCATGTCATTCCAAGCATGGTAGCACAGTGAGGATGAAAAAAACCAACAGGTAACATGGTCCAACTGTACTCTGTGGTTACAGAGCTTAGATACAACTCAGGTGACCTCTTGCTCAATCCAGTGCCTTTTTCCACTCTTCTAAGTAAAAGTTCAAAAATATTACATTAAGACATTAACAAGATAAGAAATAACTTTCTCTGAAAAATGCTTAGTTCCATTGGTAATCTATTTTTAAATCTTCTTTTAAGGAGAGTCTTCCTATGCAAAACAATCCAAATATTGATTTTTAGGCCTATATGTGAATTCTATGGGAGGCATTTAAAACATACAACTTAAGCATGGGAATTGAAGGCAAAGATAGTAGCAAAATCAGATAAAAGATATTAAATACTTTGAAGAATTTCTAAAGCTTATGAATATACAAGGCTTTATTAATTCTACTTTGTGTTTTCAAGTTGCCTTTCCACTAAAGCTTCAAAATACTTTGCATTTTAAAGTTTACAGTTTTCCACTGGCTTTTTCAATATCAAATTACAGATAAAGTTTAATATTTCCATGTAACAGATTTAGAAACTGACCAGTAGGATACTTGGTGACATTCCTCAAGTTGTAAAGCAAATCTCTGTTGGATCTGGCAGCCAAATCCCAAAGTTCCCAATTCTCAGTCCAAACACTCAAACTGCCAAATGCAGGTATGTTCTGGAAATCCATCAGTAGTAGACATTTAAAGCAACTTTCCATTTTTAAAGAGAGATGCATTTCAGCATGTGAGTAGCTATAGCACATGTCCTATAATATTATGACTTAAGGAAGACTCCAAAATCAAGTGCCCTTGCCTGGCAAACTTCAAAATGCCCAGGCCTCTTTAATCCTCTGACTACTGCACACCTGCTTACCAGATAACAAAAACACATGCCAGTAACCCAAGCCTCTGCAGAGGACTTAGCCCTGTTAGTATCCACACAATGACCCATCCATTCCTTTGCCCTGCAGTTTTTCACGATTTTCAAAGAAGGAAAAAGATTTAGATTATTCTGCCAACATGCTTATTAGCAACCCTACCTTCTTCCAATATGATAAAGTCACTAAGTCATTCAACACAACATAACTTTTTTCACTTTAAAATGACTTTTATGTTCTCTTATTTTTTCCTAAAAAAAAACCAAAACATTTAATCAGCTCTTTTAAACACATGAAAATTTAATCCTCTGAGGGGACACGGTATGGGTTTGTGCCAGAAGAGAAAATAATTCAAACATTTATTTGCCTTAACTCTTAAAGATATACATGACAAGAATATAAATAAGCCTACAAATAAATAAATGTTCTTGAGTATTTATATACTTATATTTTTTTAACTGCAAAAGAAAGTTTTCTTTCAGCACAAAATACATTTGATTGAAACTCAGGACAGCCATTAATATGGTAGGTATAAGACAATGGAATAGTGAGACCACAAAAGAACACTTTGGGTAAAAGACTACAAAGTAATGAGTTTGGTTTTTATGTCCTGTTTGTTCATTTGTTCTTGGAACATAGCAGTAAAGAAAATAAAGGGAGTTGTCATCCCTGTTTTTTCTAGATGAAGCTACAGGGGCAGAAAGATTAAGGGATAAAAATGCTCAAGGGTGGATTATACTATAAAGTATCCTTCTCAGGAGATGAGAGATTTGTATAGAAATAATTCAGTGTTATATAGATTAATGTAGACTGAAGAAAGAGGAAGAGCCTCCTTGAAGGCTGTGACTGAATAAATATGAGTTGCTAGTGAAAGTATTTTCACTCAAATTTTTAAATGCTTCGATTTTATCCCCCAATCAGATGCACAAAGTTTGTAGTTTAAAAATTGTCCTCTGCACTTGTTTTTTAACCAAACAACAGAACTATACTAAATTCTGGATTGTGTGATTAAAAATCTATGTCTATTATTTTAGTAAATTTTTGCAAAATGAGCCATTTATTCTTTGCTGTAAGACATTCTTAATATAGTCAATGTCTTGTTGTTTAAGAAGGTCTCCTAATATCAGGGTTTCACCACTTATTTTGTTTACTTATTCCAGGTTTAACGTTTCCTTGTATTAAA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Seq C2 exon
GCGGTTCAGGACCATCATCCTCCATAGCCATAGCGGGCACCAACCACCCTGCCATCACAAAGACAACATCTGTTCTTCAAGATGGCGTCATAGTCACCACTGCAGCTGGAAACCCACTGCAGAGTCAGCTACCCATTGGGAGTGATTTTCCTTTTGTTGGCCAGGAGCACGCACTTCATTTTCCATCCAACAGCACTTCAAACAACCATCTTCCACACCCCTTGAACCCCAGCCTCCTCAGTTCTCTACCTATCTCTTTGCCAGTGAATCAACAGCATCTCCTAAACCAGAATCTATTAAATATCCTCCAGCCTTCAGCAGGAGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000204406:ENST00000407073:9
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.876 A=NA C2=0.444
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development