MmuINT0096249 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000036792 | Mbd5
Description
methyl-CpG binding domain protein 5 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2138934]
Coordinates
chr2:49111697-49128577:+
Coord C1 exon
chr2:49111697-49113832
Coord A exon
chr2:49113833-49127560
Coord C2 exon
chr2:49127561-49128577
Length
13728 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATGA
5' ss Score
9.46
3' ss Seq
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Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GTGGTTCAAGCCTGCCGTCCTCCATAGCTATAGCTGGCAGCAACCACCCTGCCATCACAAAGACAACATCTGTTCTCCAAGATGGTGTCATAGTCACCACCGCAGCTGGAAACCCACTGCAGAGTCAGCTGCCCATTGGGAGTGACTTTCCTTTTGTTGGCCAAGAGCATGCCCTTCATTTTCCATCCAACAGCACCGCAAACAACCATCTTCCACACCCCTTGAACCCCAGCCTCCTCAGCTCTCTACCTATCTCTTTGCCAGTGAATCAACAGCATCTCCTAAACCAGAATCTATTAAATATCCTCCAGCCTTCAGCAGGAGAAGGCAAGTCTGAGATCAACCTCCACCCTTTAGGTTTTCTCAACCCGAATGTAAACGCTGCTTTAGCTTTCCTCTCCGGTGACGTGGATGGGCAGGTATTACAGCCTGTCCACTTTCAGCTCTTAGCAGCCCTGCTTCAGAACCAAGCCCAAGCAGCTGCCATGCTTCCCCTGCCGTCTTTCAATCTGACCATCTCAGATCTTTTGCAACCGCAAAATACCCCTTTACCCTTATTAACACAGATGACAGCCCCACCAGACCGTTTGCCAAGCAATCAGTCAGACAACAGCCGAGCTGATACCCTTTTAGGCAGCCCCCTGGGAAACCCTTTAGCAGGCAGTGACACTACTTTTAACCCCCTGCTCCTCCCAGCTGTCACTGGGGCCTCAGGATTAATGGCCTTGAATCCCCAGCTGTTGGGGGGTGTCCTGAACTCGGCATCGGCCAACACCGCTATTCATCCAGAGGTTTCCATAGCAACCTCCTCCCAGGCAACCACTACCACAACCACTACATCATCAGCAGTGGCAGCACTGACTGTCTCAACACTTGGTGGGACAGCAGTGGTGTCAATGGCAGAAACATTGCTGAATATATCTAATAATGCTGGGAATCCACCTGGTCCAGCTAAACTCAACAGTAACTCTATGGTGCCACAGCTACTTAACCCTCTACTGGGGACAGGTCTGCTTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000036792-Mbd5:NM_029924:11
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.905 A=NA C2=0.305
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: