RnoINT0090108 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000027596 | Mbd5
Description
methyl-CpG binding domain protein 5 [Source:RGD Symbol;Acc:1562961]
Coordinates
chr3:33450203-33465546:+
Coord C1 exon
chr3:33450203-33452338
Coord A exon
chr3:33452339-33465219
Coord C2 exon
chr3:33465220-33465546
Length
12881 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATGA
5' ss Score
9.46
3' ss Seq
TTTCTGTTTTCTCATTGTAGGTG
3' ss Score
12.03
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGCAGCCCCAGCAGTACCTTCCCGGGCGGCAACTCCAAGATCAGCGAGAAACAAGGCTCATGAAGGAATTACAAATTCCATAATGCCAGAGTGTAAGAATCCTTTCAAGCTAGTGGCTGGATCATCGAATGCCATGGGAAGGTTATACATGCAGGACCTGCCTGGAAGCCAGCAGCAGGAACTCCACACTGTCTACCCCCGCCAGAGATTGGGCAGTAGTGAGCACGGACAGAAATCTCCATTTCGTGGCAGCCATGGAGGCCTGCCCAGCCCAGCGTCATCAGGGTCCCAGATCTATGGAGATGGCTCAATCTCTCCAAGGACTGACCCTCTTGGAAGCCCTGATGTCTTCACAAGAAATAACCCTGGTTTTCATGGAGCTCCCAATTCCAGTCCTATTCACCTGAATAGGACTCCTCTTTCTCCACCTTCAGTAATGCTACATGGTTCTCCCGTACAGTCATCCTGTGCAATGGCTGGAAGAACTAATATACCTCTTTCCCCAACCTTGACTACAAAGAGTCCAGTAATGAAAAAACCAATGTGTAATTTTTCAGCTAATATGGAAATACCACGAGCAATGTTCCACCACAAAACACCCCAAGGCCCACCTCCCCCTCCTCCACCTTCTTGTGCTCTTCAGAAAAAGCCATTAACATCTGAGAAAGATCCACTTGGCATTCTTGACCCTATTCCTAGTAAACCAGTGAATCAGAACCCAATTATCATTAATCCAACCAGTTTCCATTCAAACGTCCACTCTCAGGTACCTGTGATGAATGTAAGCATGCCTCCTGCTGTTGTTCCTTTGCCAAGTAATCTCCCTTTGCCAACTGTAAAACCTGGTCATATGAATCACGGGAGTCATGTACAAAGAATTCAGCATTCAACTTCAACCTCCCTGTCCCCTTCTCCAGTGACATCCCCAGTGCACATGATGGGGACTGGAATTGGAAGGATTGAGGCATCGCCCCAAAGATCACGCTCATCTTCCACATCATCAGATCATGGAAATTTCATGATGCCACCTGTAGGACCCCAGGCCTCTTGTAGTGGCATAAAGGTTCCACCTAGGTCACCAAGGTCAACAATAGGTTCCCCAAGGCCATCAATGCCATCAAGCCCTTCCACCAAGTCTGATGGACATCATCAGTACAAGGATATCCCTAACCCATTAATTGCTGGAATGAGTAATGTACTCAATACCCCAAGCAGTGCAGCCTTTCCTACTGCACCTGCCGGAAATGGTTCTGTAAAGAGTCAGCCTGGTTTGCTGGGAATGCCTTTAAATCAGATTTTGAACCAGCACAATGCTGCCTCCTTTCCAGCAAGTAGTTTACTCTCAGCAGCAGCCAAAGCACAGCTAGCAAATCAAAACAAACTTGCTGGTAACAACAGTAGCAGCAGTAACAGTTCTGGAGCTGTTGCCAGCAGCGGCAACACTGAAGGACACAGCACTTTAAACACCATGTTCCCTCCGACTGCCAACATGCTTCTCCCAACAGGTGAAGGTCAAAGTGGTCGAGCAGCACTAAGAGATAAGTTGATGTCTCAGCAAAAAGACTCATTACGGAAAAGAAAGCAGCCACCTACCACAGTGTTGAGTTTGCTCAGACAGTCTCAAATGGATAGTTCTGCAGCTCCTAAACCTGCACCTGACTTGCTAAGGAAGCATGGGCAGGGGTCATTTCCCATCAGTTCAATGTCTCAGTTACTACAGTCTATGAGTTGTCAAAGCTCTCACTTGAGTAGCAATAGTACCCCGGGTTGTGGGGGATCAAATACTGCTTTGCCTTGCTCTGCTAACCAGCTGCATTTTCCAGATCCTAATATGAATTCCACTGTTCTTCAGAATTCACTGACACAGAGCATACCTTTAAGAGGGGAAGCCGTGCACTGCCACAATGCAAACACTAACTTTGTTCACAGTAACAGTCCAGTTCCCAACCACCATCTTGCAGGTTTAATAAATCAGATTCAGGCTAGCGGGAACTGTGGGATGCTCAGTCAGTCGGGCATGGCTTTAGGAAACTCATTACATCCCAATCCACCTCAGTCAAGAATTTCAACGTCCTCCACTCCAGTGATACCAAACAGCATTGTTAGCAGCTATAATCAAACAAGTTCTGAAGCAG
Seq A exon
GTATGATTTTATTAGAAAAAAGTACCCAAAGGTACTAAAGTTTTCTACAGTTTTTAAATTTTTGTACCGAAATATTTATTATGATAAGAGATGTTCCTTTCCCCATTGTGAAAATTCTCTTCATTTCTTTAGTATTTATAATTTTATTTACGGAATGATGGGGACTCGTCTTTTAGAAAGAATACCAACTAAGGGTATTCCATGTGTTTTGTTATTTGTTGTCCATCTATGTCATTTTGAATATTGTTTGACTTTCGATTGATTTCATAACCATTGGACTGTACATTGCAAAGGAAGCCGCCGAAGGCAAGGTGTCCTGGGTCATGACATGCGTCCTTGGTTTTCACCAACATAGAAGTTATTTATCTAGCTTCGGTTTGTACACAGGTAAATGAAGCTCATCTTTGAAAATCCAGAAAGGCAAAAAGAAGTGGATTTCTTTTTTTTCTTGCTGCTCAACAGAAATAGGTCACTGGGTAGGAAAGGGTCACTAGAGGCTGTGTGAAGTAGGAGGTCATCTTCTAATGTGTTTCTTACCCTAGTTTGCTGTCCTTTACTACTTGTTCAAGAAAATTCAAACATGGATATTGGCTACTTCCTTTTTTAAAAAAAATAATAATTTAAATTTTCTAATAAAATGAGGCTTGAAAACCTGATTTCCAGAATTTTTTATCATGGAATTGCTTTAAAGTTTCTCATAGAGCTGAGCTATATTTTTAGCATCCCTATTACGGTTTTGGACCCAAATTATTATAAATCTTCATGCACAATTAACAGAGACAAGTTTATACAAAAATAACACATTAGAAAAACTGTGTTTTGTACAATAAAATCTTTAGAAAAATGATATAAAAAACTGTCCTGGAACACCAGAGAGGTAAATCATTCAAGCAACAGAAAAGTGGATCATGGAAATACCAGAGAATATACTCAAAACGTGGCACTAATGATTTCAGACTCCTAGGAAGCAACAAGGAGGAAATGAGAGACGATGGCAGGGAACTAGTATTCATATTTAAAATGAGCAGGATTTAAAAACTAAACCATCTGAGGTTGGGGCTAGCTCAATGGGAGAGCCCTTGTCCAGCATACACAAGACCCTGAGGTCAATCCTAGCACCGCAAAATAAATAACCAGATCGCTAGTCCTGATGAGAAAACTGCTGACACTTTGCTAATATGCTACCATGTAGATGTATGTAGGCTTCATAGACCACTGTGCAAGAAGTGTTCCCATCCACATGTCTGTTAAAGGTAAAGTCACATGTTTTCTTTCCTCGTGTTGCCACCTTATACTGCCATCTTTCACAGTTTGTGTTTTGTGTTGTTTGGATGTCAGTATTCTATGAAGAACTGCACAAGGATCTCCTGTGTTTAAAAAAAAGAATGCAGGCTTAAAATGATTCGAAATGACTTAGTGCCTTCTTAATATTCTTAGTTTAAGGACTCTTGTGAAACTTTATGTGTTTAAAGGGTGCATAGTGGGCTTCCAACTTCTCTCTGACTCACGTTGTTTTAGCTAATACTGTACAAATAAAAGTTTAATATATGCACGTAGAAATTAAAACAAAAGTAAGTTCGTAAGTGTGTTAAGACGTCCCATATTTATTGAACATGCCTTCAGTCATTTTGATAAAGCATTGTTAGTCGCATTTATTATTCAGCTTTTATACCCTTTATCATAGCTTCATGTCAGGTCTACACTCATATGTGCAAATGTATGTGTTTCAATAATGATGTATTTCTATGTTCCTATTGTGGTAAAGACATTTATTTATATTCTTGTTTCTTCTGATTGTCGAGTTTAGACCTATTTTATATAGTCTTGGTCATTTATTTTCTTGTTTCATTTATCCATATAGACATATAACCTATATTTAATTCTAGGGTATCAAGGCACATGGGCTGAAAGTTTATTAATATAAGAAAAGCTTTAGCATATGAATACCTAGAAGACTAATAACAAATGTTGAGCAGTGTGGTGCATATGGCTGAGCATGTGTAGGCTAACATCTAGGTCAGTTAAAATTTTGAAAATTTAGACCTAATAAAAAAGACTAATTGTTGTGTAGAGGTCAGCTGGTTATGAAAATGGGTTGATTTACTGATGAACGCTTTTGGTAAGGTTAATAGTGAGAAGGATTTTAATTCCATAATTTTTTGTTAGGAAGTGAATTGTGTCAACTGAATGTACTATCATAATTGCCTAGCATAAATACCTGTTTACACTGGTGTTTGTCCTTTCATTAATACTCATGGATCAGTGATGTTGGGCATTCAGAATGAAGCAAGATAGGACAGTACAACTTTCTTTGTAAGAATAGAGAAAAGCACCTTTTGGTCTTTTTCTAATATTTTGAGGTAAGGTAAATAGCTCATGCTGAACTCAAACTCATGATCTTCCTGTCTTGACCTTCTGAGTGCTGGGATTGAAAGCATGTGCTACCATATTTTATTTGTAAAATGCTGCAAATAGCAATTGTGGATATCGATTATGTGCCAAGTGGGCCACTCATCATTCAGGACCTGTATAGTTGCCCATAGTATATAAAATGTTGTTTTCATTTAACAGATGAGAAACTTGAACTTCAGACAACCTCACTAACCAAAATCTTCTAACTTAGCCAGGATTAGAACTCAGGTTTCTCTTATCCTGAAATACCACCTTCTCAGCTACATAAGTTCATCTGAATTGTTTAATCTCCAGAATTACTGTTTTCCTTTTCAAATAGCACATTAAGTCATGTGACAATCCACAGATGTAAATTCTTAATATACTTTTAGATAAAAGCCAGTTCTTTTTGCCTTCTTTCTTTGAAGTCTGGTATCATAGCACACATGATTAGGATGTTTCTGTCAGTGCACATGAGCTGTTCAGAGTATCAAGAGAATTCCCTGAATATGTGAACTATACTTGGTAACCTTTCTCACTGACACAGGAACGGGTCCCGTGGGTGATGTTTCTGTAGACCTTCGAAGCAGGATGATGTCAGCTCTTTGAGTCTTGCATGGCATGATGGTACAGTGGCAGACTGATAGGAAGCATGGTCCAATTCTACTTTCCCAGCAAAGTCTCACCACAGGTGACCTTCTCACTCCAGTGCCTTACCCAATCTTTTATATATAATTCAGAAATACCACACAAGGACATTAAGAAATGATTTGCTCTTCAATCGGTAACTAATTTTTAAAATACTTTTTTAAATACTTTTTTTATTATGAGCATGTGCCACAGCACACATGTGACCATCAGAAGCAACTCTGTGAAGTCCACTCTCACCTCCTGCCACTTCAGTGGGCGCAAGGGTTTGACCTCGGGTGGCTAAGCCTGCATGGCAGATGCCTTTGCCCACTAACCACCCCTCTAGCACCTCAGAATGATGTCCTTTAAGGAGAATCATTCTGTCTTAAACTCTAAAGATGCAAGCCTATATGTGAATTCTATATTCACATTTTTAAGCGTTCAGTTCAGTTAGGAATTGGAGGCAAAAACAGATTATATAAAAAATACTAAATTTCTTTATTCCAAAAACTTCAGACTGTGTGTTTTTTTAATTGTTACTGAACAAAATTAATATATTAAGTTTTGTTATCTTTCCATGAATGTTTCTGAATATTCTATATTGAACTGTGTGCAAGTATCTCTTAACCTTTTGAGTATCAGTTTGCAAGGCAAGCCTAGTATTCCCACTTAGTACGTAACATTAAGGTCCTCGCAATGTTCTAGTGGATCTAGATCCTAGACCTCAAAGTCCCTCCCCCAGTCCAGACACAGTGCCATCACAGTGCTCTGGGAATGTATAAGTAGTGGGCATTTAAACGTCGGGCCTGGAAGATGGCTTGGTCGGTATAGTGTTTATTGACTTTAGAGCCCCAACACCCATGAGAGAAGCCATGCACAGTGGCACAGTCCTATAAGCCTAGAGTTAGAAGGCAGAGAGACAGACCCCTTGGGATAATCTTACCAAATCAGTGACCTTCAGGTCTACTAAGGGACACCCATTTTAGGAAGTACAATGAAGAACAGGTTAAGGAAAACACCTCACACTGACCTCCAAAGCCCACATGTGCTCCCCTGCATGCACACAAACTCATACCCACACACATAACACATGTAAACAGAATTTTCAGGTTTTTGAGAAACAAAGTTAAGCACCTAAATATGGTGCTCTGGTTTAGAGGGGAGTTTAAAAATCAAGTGTTCTTGACCAGCAAACATCAGTAGGCCTACCAGTCTGCTTCAGTCTGCTTACCAAAGAGCAAAAGCACCCGTGCCATTACCCAGGTCCTGCTTTCATCCGTACAACTAGTCCCTCTTTAGATCCTGTGACCTTTCACAGAGTACAAACAGAAGGGTTTAAATTATTACATGAAGATACTTAGTAACAACCATGCTGCTCTCCATATAAGTCCTTAAAATAGTTCTACTATAAAATACCTTTTTTCCTATTAAAAACAATCATCTCTGCTTAAGCACAGGAAATTATAATTCTCTGAGGGGCAGGAGTATGGGTTTGTGACAGAAGAGAAACATAGAAACATTTATTTGCCTTAACTATGCATTAACTCATCAAGATATAAATAAACCTATGAATAAGTATATGTTCATGAGTATGTACATATATATGTGTGTATTATATAAATTCTTACTGCAAACAAAAATGGTTTCATTCAGCACAAAATACATTTGAAACTCAGGACAGCTAATGAAATGGTAGGTATAAGACCATGAAATAGTGAGACCACAGAAAGCTGCTTAGCTCAGTGTGTCTATTGTCATACCACGACAGTAAAAAAGCAAAGGGAAGTTATGCGCTGCCCTTCCCAATGGAGATTGCACATGCAGACAGGTAGAGATGACCATGTTGAAGAGCAGCTGTGGGGCATTTGTTAGCCTGAAGAAGGCAGCAGGGTACCTTGACAGTTGTGACTGAACTGATGCTGGTTTCTAGTGAAAACATTTCAACCGAAGTTTTTTAAAGCCTAGAGTCTCTTTCCCTT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Seq C2 exon
GTGGTTCAAGCCTGCCGTCCTCCATAGCTATAGCTGGCAGCAGCCACCCTGCCATCACAAAGACAACATCTGTTCTCCAAGATGGTGTCATAGTCACCACCGCAGCCGGAAACCCACTGCAGAGTCAGCTGCCCATTGGGAGTGACTTTCCTTTTGTTGGCCAAGAGCATGCCCTTCATTTTCCATCCAACAGCACTTCAAACAACCATCTTCCACACCCCTTGAACCCCAGCCTCCTCAGTTCTCTACCTATCTCTTTGCCAGTGAATCAACAGCATCTCCTAAACCAGAATCTATTAAATATCCTCCAGCCTTCAGCAGGAGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000027596:ENSRNOT00000034632:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.891 A=NA C2=0.344
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]