GgaINT0051006 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000006228 | DIP2A
Description
NA
Coordinates
chr7:6991467-7011823:-
Coord C1 exon
chr7:7011762-7011823
Coord A exon
chr7:6991539-7011761
Coord C2 exon
chr7:6991467-6991538
Length
20223 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGA
5' ss Score
8.68
3' ss Seq
TTATTTCTTTGTTTCTTTAGGTG
3' ss Score
11.66
Exon sequences
Seq C1 exon
GGTGCCGCTGCCGCCCGAGGTGCGCGAGAGCCTGGCGGAACTGGAGCTGGAGTTGTCGGAAG
Seq A exon
GTGAGAGCGGAGTCGTGGCGGCCGAGCTCCGGGGCGGCGCGGTGCCGGGGCGCGGTGCCTTCGCCGCGGCGCCCGGAGAGGGGCGCGGGAGCCGCTCCGGCCTCGTCCCGCTTCTCGCGGCCGTACCCGGGGAGCGCTGGGGGCTTCGGCCCCGCCGTCTGGCTCTGAGCGCCGCGAGGCCGTGCCGCGGAGCTGTGCCTGAGTGCGGCCCTGCAGCGCCGCTCCCTTTCTCCGCCTCCGCTCGGCGTTGGGCGGTGGTTCGGCGGTGGCCCCGCGCTCCCGGTTGCGCCGCTCCGCTGCCGCTCGGACGCCCCGCGCTGCCCGCCCCGCGGCCCGAAGGATCGGCGTTGGGGGCTGCTTTTACTGTCCGACCGCAGCCGTTGGACACCGCTGAGGTCTGAGATCCGAAGCGATTTGCTTTTCGCCTCGGTGTAGTTCTGTACAGAACTCTTCAACGTGAGAAAGAACTGCCGCGAGGGTGGCAGAGCCCTGGCTGTTCGAGCCCGCCGCTGCCCAGAGGGATGGGGGAATCTCCTTCTCTGGAGGTGTTCGGGACTCTCCGGGACGCTTCGTGTGCCGGTAGGGCATCTGCTGCAGCACGGGTTTGGAGGGGGGGGATCTCCGGAGATCCTTTCCAGCCCCCGCGGCCTCGTGCTGCTGTGTGTCAGCTCGCTGTGACCGCCTGACGTCCGCAGGCGCTGCTCGGACAGACGCGCTGCCCTTGGTGCGCAGCGCTCACGTGCTCGGGTGGGAAGGAGCAGTGATTCCAGGTCATGTGTTTGCAGTTCAATCTATGGAGGATGGATACAAATTGTGGTGCCCTGTTTCTGGAAGAAGTAAATTGATCCTTGCAGACCGTTGGTTGTTTCCCTCTTTCAGAGGCAGGTGAGTGTCCTCTTTCGAGTGTGCTGCGTGGCCTCTGGGATCCGCCATGCTGCACGGGGGTGATGGGCGTGCTGAGTTTAGCAGCTCCGGGGCTGCTGCTGGCTGCGGTCTGCTGAAGGTGCCCTCGTCTCCTTCCTGCGGGAGGAAGGAAGGGAACTTCAAATCGTTTTCCTCTATAAATAAATCGGGAAGGTGGTTAAAAATTTCCTCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTGCTCTAGATGGTCATAGCAAAACTTGAGGGAAATAAAGGTTGGAATCGCTTTTTTCTCAAAATTCAGCCTGCAGTGGATATGCTGTAGGGCAAAGTGGTGTAGGGCCCATATGTTGTTTCAGAGTTTGTGTCTTTATGACAGTGTATTGCACATCTGTGTGTGTTTTAATGTGAATAGGTGAAGTATTTGTGTAGTGCTTTCCGTCGATGTTTGATAATTTTCAAGAGCAGTCCTTGTTTAGACACAAATGCTACTTGTGTAATTTATCCGTTCATTAAAACCATGCTTTATTTGAGAACTGTGCCTGGAACACTCTCTGTGGTGTGGCTTGTGTTTGGCTGTCCCCTTGTCCTTCCCATCTCTTGGCTTTCGCTTTCTCCATAGCATGTTTCTACAGGCAGGCTAATCTGGGGGCTGTGCTGAAACTTAGCCAAGATTCTCTCTGCTATAGAGAGTTTCTTTTGTTTGTTTGTCTTTCCATTTCAGATATATTCAGCTGCATTGCTGCTTGTTACGTTGGAAGTTCATCTCTGGATGACTTCTGACCAATAGGATCCTCCTAGAGACAGAGGCACGTTTGCATGGAGTTTACTGTCTTAATTATAACCTTATTTTAACGCTTATTTGGGATGTTACGTTTTCCAGCCCTTAATACATTCCTCCAGAGCTTCCTCTGTACCTGGTCAAGTTTTAGAGGAGTTGGAGGAAAGTTTTGGTTCTGATGTGTGGATTTTGGTTCTGATGTGTGGATTAAGGCACTTAAGGCGCAGGTTGCTGTGGTTCCCATGGAAGGCCTGTGTCCGCCTGGGCAGAAAGCTCACTCGTACAGTGTTGATCCCATTGATTATTTCTCATTCAGGGGAAAAAAAAAAAAACAAAACCAAAAACAAAACCAAGAAACAACAGTGTGTAACCAGGAGGCTTTCCCTGGTTTTTGTTGCTTGAGATCTTGCAGTTGGTGTGATGCTCACACCTGACTGGGAAGAGGTGCCAGCTGATGAAGCAGTGCAGTGTGCTGAGTGTCTGGCTGTTGTGGCTGTGCTCTGGTGTCTGCAGGTAGGTTTAGCAATGAGCACTGGGCAGTGTGCGCCTGTGCTGACTGGGAAGAGGTGCTGGCACTTTGGTGTTGTTTCCTTGCAGTGATGTGTGGTATTGGACAGTGAAGGCGTTCCTGCACCTTTCTGTTATGGAAGTTCTGAGGACATATGTCTGTAAGCTGCATTTGCTCATGCAATCATTTAATACCTGAAAACAAATACAATCTGCAGAGCTGTTAGAATTGGCAAGACAAATCCTTTGCAAGTGACCATCAGTGGAACTTGACCTTGACCTGCAGCGTCTTCGATGCTTAATTTCAGAGCCTCTCCAATAGAAGATTTTGTGTCACTGTGTGATAACACCTGAAGATTGCCAGCTGCTGCTGGGACCAAGTGAGCCTGTGAACCAGGGAGAGACTGCTGTTGAGCCCATGGGGCATGCAGTGCCCTTCATCTGGTTTGCAGCTGGAAGAGGTCACAGTGTTTCAGTAGTGTGTCCCTACACACACGGACAACTTTGGTCATGCTTGTGTTTCTGCTGTCTGATGCATGTGTTACGGGGCTATTGTTAGGAGAGATTCCATTACCATAAGGAGATGCTTGACTGGGAGGCAGGGAAAATGGAGCTTTGCTCAGCTGGGTAGAGGATTTCCTTTGCTGCTGGTGAGGTGAAGACAAGTGTGCACCTGGAACTGCAGTCACAGCTGCCTATAAACATGTCCTCCAGGAGGAGAGCTGCGCCTTCACAGTTGCAGACCTTTGTTCCCAGGCCTGTCTGGTTTTGTGCCCAAGCGGAGGCCTGCCTGCTCTAAAAGCCTTATTTCAGTATTCTGGGGCTGTGTTCTGGTTACAACCAGACTTCCTACAACAGCAGGAAACTAGATTGCTGGAAAATGGGGGCTTTAAGAGCCTTTGTGTTTAAGAGAACACAAACAGATTTGTTTAATAATGTGGTGGTTGGAATGAAGATTTTCCCTTGCTGGACAGTTAGTTATGATGTCTTTAATGATACTGTGGCTCTTAAACTATGAAAAGGAGCTAGCATCCTTACTTTGTATGGTCCGGAGTGGACTTTTCTTCCTAGAATCCTAGGGGTTGGAAGGGACCTTTAGAGGTCCCCCTCTCCAACTTCCTGCTAAGTCAGGTTCCATAGAGTAGGTTGCACAGGAAAGCATCCGGCCGGGTAAGTTTTGTATATCTCCAAAGATGGAGACTGCACAACCTCTCTGGGCAGCCTGTTCTATTGTTCTAACACCCTCAAAGTAAAGAATTTCTTTCTCGTGGTTTTGTGGAACTTCCTGTGTTCCTCTTTGTGCTTATTGGTCTGACCTCCACAATCAGAGTGGAATTTAGGGTTGGTTTTTTTTTTTTTTCCTCTGTTTTGGAGGATAATTAGAAATGGTTTTAGCAACTTCCAGTATGGAGTCTCAGGTTGGTGTTAGAGATGAGCAGCAGCCATGTTGGAAAGCTCTACCAGAGCAGCAGCGTAGCATGGTTGGCTGTGGGTTTTGTCTGTAGCGCTCCATCCCTTTCCCACAGATTCCCAGTTCCTCCGTCAAATTCACTGTGTATTGAATAACACTATCAATGTTAATCCTGCTCCCCTTGCTTTTTCTCCAATCTTCTGGGACACAGGAGGATGAACAAGATGTCTGTCTCGGTGGGGAGCATCCTTACACTTTGTATCTTTTGCTGCTCCTGCCCAAAGCAGTCTTGTGTACCACAGCCTCCTTGAAATGTGCAGAAGATCTAAGGACACCCATCTTATTTTGAAGTCTGTGGTTTCCAACTTGGGAGTACTAAGGATGCACTGTAGGGCTTGCAATAATAATTAAATCTACAGTCCTGTTGTCTTGATCGCTTTAAGGAAGAGAAGTATAACAGCAACTTCTGCTTTAGGAGAACTGAAGGAAATACGTTTTCTTCCAGATGTTCCAGTGCAAACATAGCTTCTCCTTGAAATATACTTGCATATATCATCAAACCAAAGAGATCCTTTTATAAAATCAATGAATCCTTTCCTGAATTCTGCCTCCCTATCTTCCCCTGCTCCCCTTTCCCATGCCCCAACTCAGGCTGGTCTTGGAGTTTTCTCATTTGTGGGTTGTATTGGTTTCTGTAAGAATGTTTTTCCTTTTCGTTGAAGGAAGAAACTTGTTGTGAAACATGATTTCCTTGATGAAAGGCTATGGAGCATGAAGCAATGACTCAAGACTTCAGCTTGCTGACATTTTATAGCACTGAGTTACAAACATAGCCCTGAGTGTGTCATTGGAAGAAAGATCCTTTGATTACAGCTGTATACAAATACAAAAGCAAAATATTTGGTCATCTCTCTGATTACATGATTGGCATTTGTGTGAGGTATTTAACCGTTTCTTGGCACAAGATTTGTAGCTCTCAAGATGCGTAACTTCTGGGGCTGTCCTCAGTTTCTTGAAGTGATGATGGCAGTACTGAAAGACTATCAGAAGATGGATGGAGGATGTTTGTATGGATCTCCAGCACCAATTGGTGAATGAGGTCAAAGAAATTCTGCAATGCAGAATTCAGGTGGCAAAGCTGAAATATATGGCTGAATCATTAAAGCCTCTGAGTCATCCTAGTATCCTTCTGCCATCTTTGCTGTTTCCTTGAGTTGTTTCCTCAGCAATCCTCAACGGGACATAAAGTTAACTTTCCAGTATTTCAACTCTTTCCCTAAGGCACTGTTGGAAGAGACAGCATTGCTTAGCTTACCTTTTAAAGGTCAAGATGTTTCTATTTTATTACCTCTACATATAGCAAAGATTTGAATAGACCTCACATAGCTGGTTCAGAAATGGATCTTAACTCTTGCTGACCAGTG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Seq C2 exon
GTGATATCACTCAGAAAGGCTATGAAAAGAAAAGAGCAAAGCTGTTAGCACGTTACATACCACTAATTCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000006228:ENSGALT00000010067:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]