RnoINT0047693 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000043212 | Dip2a
Description
disco-interacting protein 2 homolog A [Source:RGD Symbol;Acc:1582897]
Coordinates
chr20:13044104-13060892:+
Coord C1 exon
chr20:13044104-13044194
Coord A exon
chr20:13044195-13060820
Coord C2 exon
chr20:13060821-13060892
Length
16626 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGA
5' ss Score
8.68
3' ss Seq
TTTTCCCACTGTTGTTGTAGGTG
3' ss Score
9.93
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GTGACATCACTCAGAAAGGATATGAGAAGAAGAGGGCGAAGCTGCTGGCTCGTTATATCCCCCTCATTCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000043212:ENSRNOT00000066017:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.129 A=NA C2=0.160
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF064646=DMAP_binding=PU(19.8=71.0),PF051207=GvpG=PU(44.7=67.7)
A:
NA
C2:
PF064646=DMAP_binding=FE(21.6=100),PF051207=GvpG=FE(51.1=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]