MmuINT0049531 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000020231 | Dip2a
Description
disco interacting protein 2 homolog A [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2385920]
Coordinates
chr10:76327702-76345291:-
Coord C1 exon
chr10:76345107-76345291
Coord A exon
chr10:76327774-76345106
Coord C2 exon
chr10:76327702-76327773
Length
17333 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGC
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9.6
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3' ss Score
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Exon sequences
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Seq C2 exon
GTGACATCACTCAGAAAGGATATGAGAAGAAGAGGGCGAAGCTGCTGGCTCGGTACATCCCCCTCATTCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000020231:ENSMUST00000160048:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.155 A=NA C2=0.011
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF064646=DMAP_binding=PU(19.3=71.0),PF051207=GvpG=PU(45.7=67.7)
A:
NA
C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types