HsaINT1011082 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000160305 | DIP2A
Description
disco interacting protein 2 homolog A [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:17217]
Coordinates
chr21:46458899-46484828:+
Coord C1 exon
chr21:46458899-46459222
Coord A exon
chr21:46459223-46484756
Coord C2 exon
chr21:46484757-46484828
Length
25534 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGC
5' ss Score
9.6
3' ss Seq
TTTTTCCATTGTTGTTTTAGGTG
3' ss Score
11.78
Exon sequences
Seq C1 exon
CCGGCCGGGCGCTCAGGAGCGCGCGGGGCAGCGGCGGCGCGGCGGAGCCATCCGCGCTCGTGCCCGCGCGGGTGCGTTGCTGTCCTGGCCGCGCCCCTGTCCCGCCGCCTCCCGCTCCTCGCCTGGCGGATGTAGGTTGTTGGCCTGAGGGGAGCTACGTAGCCGAGGTTTGCGCTGCCGCCGCCAGGCCCGGTCCGGTTCCAGCCTCTGCCCGGACGCTAGCCGGCCTGGCCATGGCTGACCGCGGGTGCCCGCTGGAGGCGGCGCCGCTGCCTGCCGAGGTGCGGGAGAGCCTGGCTGAGCTGGAGCTGGAGCTGTCGGAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GTGACATCACTCAAAAAGGATATGAAAAGAAAAGGGCAAAGCTGCTTGCACGTTATATACCGCTTATTCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000160305:ENST00000400274:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.510 A=NA C2=0.167
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF064646=DMAP_binding=PU(19.1=71.0),PF051207=GvpG=PU(40.4=67.7)
A:
NA
C2:
PF064646=DMAP_binding=FE(20.9=100),PF051207=GvpG=FE(46.2=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains