Special

MmuINT0049531 @ mm9

Intron Retention

Gene
Description
DIP2 disco-interacting protein 2 homolog A (Drosophila) [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2385920]
Coordinates
chr10:75790447-75808007:-
Coord C1 exon
chr10:75807852-75808007
Coord A exon
chr10:75790519-75807851
Coord C2 exon
chr10:75790447-75790518
Length
17333 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGC
5' ss Score
9.6
3' ss Seq
CTCTTTTCCCATTGTTGTAGGTG
3' ss Score
10.76
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GTGACATCACTCAGAAAGGATATGAGAAGAAGAGGGCGAAGCTGCTGGCTCGGTACATCCCCCTCATTCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000020231-Dip2a:NM_001081419:1
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=0.145 A=NA C2=0.020
Domain overlap (PFAM):

C1:
PF064646=DMAP_binding=PU(19.3=71.0),PF051207=GvpG=PU(45.7=67.7)
A:
NA
C2:
PF064646=DMAP_binding=FE(51.1=100),PF051207=GvpG=FE(44.4=100),PF064646=DMAP_binding=PU(12.1=16.0)


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]


SPECIAL DATASETS

  • Pre-implantation embryo development
  • Muscular differentiation time course
  • Spermatogenesis cell types
  • Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
  • Hematopoietic precursors and cell types