HsaINT0048100 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000160305 | DIP2A
Description
DIP2 disco-interacting protein 2 homolog A (Drosophila) [Source:HGNC Symbol;Acc:17217]
Coordinates
chr21:47878862-47904741:+
Coord C1 exon
chr21:47878862-47879135
Coord A exon
chr21:47879136-47904669
Coord C2 exon
chr21:47904670-47904741
Length
25534 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGC
5' ss Score
9.6
3' ss Seq
TTTTTCCATTGTTGTTTTAGGTG
3' ss Score
11.78
Exon sequences
Seq C1 exon
TCCGCGCTCGTGCCCGCGCGGGTGCGTTGCTGTCCTGGCCGCGCCCCTGTCCCGCCGCCTCCCGCTCCTCGCCTGGCGGATGTAGGTTGTTGGCCTGAGGGGAGCTACGTAGCCGAGGTTTGCGCTGCCGCCGCCAGGCCCGGTCCGGTTCCAGCCTCTGCCCGGACGCTAGCCGGCCTGGCCATGGCTGACCGCGGGTGCCCGCTGGAGGCGGCGCCGCTGCCTGCCGAGGTGCGGGAGAGCCTGGCTGAGCTGGAGCTGGAGCTGTCGGAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000160305-DIP2A:NM_001146116:1
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
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Domain overlap (PFAM):
C1:
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A:
NA
C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
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R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)