GgaINT1011296 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000006139 | DIP2B
Description
disco-interacting protein 2 homolog B [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:29284]
Coordinates
chrLGE22C19W28_E50C23:185647-213469:-
Coord C1 exon
chrLGE22C19W28_E50C23:213382-213469
Coord A exon
chrLGE22C19W28_E50C23:185719-213381
Coord C2 exon
chrLGE22C19W28_E50C23:185647-185718
Length
27663 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGG
5' ss Score
9.16
3' ss Seq
TTTTCTTTTCTTGATTTTAGGGG
3' ss Score
10.91
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGGCCGAGCCGGCGGCCGCGGGTATCTCCTCGCTGCCTCGCGAGGTCCGCGAGCAGCTGGCCGAGCTGGAGCTGGAGCTCTCTGAAG
Seq A exon
GTGAGGAGCACCGGGATCCCTCCCGCCCCGCCCTGCCCTGCCCTGCCCTGCCCTCGGGGCGCCGCGGCTCGACCTCGAGGCTGGGGGGCGCTCCGTGTGGGAGGGCTGAGGAGTGGGAGCGAGTGGGGCTGAATGTGGGGCTGTGCGAGAGGAGGCCCGGGCCCTGGAGGGGCCCTTTACGTCTGTGCGTGTGAGGGGGGGAGGACAGGGGAGAAATACCTCAGTGTGTGAGGAGAGAAAGAGCTGAGGGTCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAGGGAGGGGGGTCCTCTGCGTGCCAGGAGAAGGGTAGAGGGGCCATTCGTGTGCGTGGAAAAAGGGGAGGGGAGTTGGAGGGTGGGGAGAAGAGGACCCCTGTGAGGAAACGGGGGCGGCCCCCGCGCGGGTGGGCCGGGGGGGGGTCCGGGATCGCGGGGCTGTGCGGGGCTCTGTGCGTGAGGGGGGGCTGCGCGGAGCTCTGCGGGCCGCTCTTCTTCCGTGGCCTCAATTCTGTGCCGTGTGGGCTATGGATGTGGGCTGGGAGGGACTGACAGCGGTGCGGGGGCTCGAAGGGCCCTCGGGTGAATAGCAGCGCGCAGCCGGATGTGCTTTCAGCCTCTGAGTTCTTTTCCGTAGCTGTTATCAGGGCGACGCGCACACTTTTTGCTGAGAACAAAACCCACCGAGTTTGTTTCCCTTTCTGTGTCTTTGTTTCCTGGAGCTCACAGTGCTGCAGAGCTCTGGGTGCGCATTGCCAGGTGCCCATCGGCGCTGAGCTCAGTGCCACAGCGCTGCCTCGTCAGGAGAGACCACAGGGGTGCAATAATCCCCCCATCATTAACAAACTGACACAGATCGAGCTGCAGTACCACCTTTGCTCTGTTGCTTTGTCCCAGAACATACAGAACATAAAGGAGACTGTTTACAGCTGTGAAGGTTTGAGTTCCTCTCTGAGCCTCCCATGTTGGTATGCAGTGCTCGATGTACTGCCGGATGGAAAGGCAGTGGTAGTGCTTTTTAACACTGCTTGTCTGTGGTTGGACTTAATGCTGCCTGTTTGCTTTTGTGAGTGTGTGTGTGATTCTTTTATCCAACTTTTCCCAGGTAGTGCTTTCTGCAAACACCTAATGAAATAACCCTACCTGGCGTTTGCCTTGGGGTACTCCACACCAACAGAGAATTGGAGAACATCCTCTTTGCTCACTAGAAATATGATGAGAAGTAATTGGTGGGCTTTGGAAGAATTGGCTGAATGTTTTTAAGCGTTTGCTTCTATTTTCTGCAAGTTGTTCCATGCGATACTGAAAGACTGTTCTAGTTTGAGCCGCTGGCATAAAGCACTGCAAGCTGTGCTTGTTAAAGTCCTTTTGGTAGAAGGGCTAGCTGTGACATCATGATAATCTTTACAAAGCTCCTAACAGCTTAAACTTCCATGCTTTGGAGCGAAGTTTCCTGTGTTATGTAATTCTGTGCACACTAAATCCATTACCACCTCATGGATTTAATACCCCACGTTTTAACGTGTGTATTGTGGGTCTCTGTGCCAGTCTCTTCCTATCAGAGAGCTCTGAGTGCAGCTGATGGTGTGTGGCCTGAGAGAACCGAGGGGACCTGTGGGGGTGGGGGTGGCATCAGTGGGGTAATGCCATTGAAAAATACACCCTGGTTTGGGACTTCAGCATAAAGAGTTGGAGGTGAATGGGTGCGCTGTTAACTGGGCACAACTGCGGGGCTGTTTGTAGTAAACAATATTGAATGGAAGCGTTCTATTAAAAATGGCGGCGGCGCTTGCTGTGTAACTGATCAGCTCTCGCTCAGATAATAGCACTTGATCCTTCCTCCCCTCCTAACTGCGGCTTTATTTTCTCAGATTGTCTCTTGTGTGCTCTGTGAATGTTTCACTTGGGGTTTCTACACATGTCTTTAGGAGCGGGAGAGGAGCTGTACCTGCAGGGGACCCACATTCAGCCCTCCTAACACGGGGCTTGGGAGCTGGCCATGCCTTGATGGGTGATCCCGTATGGGGAGTGCTGAGCAGACAGCGTGAAGGAGGGCTGCCCTGCAGGTGGGCTGGGAGCACAGGCACTGTGGGCTTCGTGTGGTGCTGTGTCCTCACTCACCTTCATGGCTTGCAGAATCGGTAACAGCATGGGGGAGAGAGAGTATTAAAATCTTATCTGACGTTATGCTTGTGGAAGATGCTGTATCTGCACGTAGGACGGAGAATGGAACAGAAGGACTGATTTTAATATATGCTTAAAGTAGAAGTCATAGTTTGCCATGATCTGCTGTGAGACTTCCTTCAGAAACAGTCTGTGGACAGAACAGCGCTAATTGTGCTAACTGTAACTGTGCCATCTCTGCACTGTTCGTCCACTGCGCCTCGTGGTCGGCGTGGAAGTAACAGCAGTGCCATTGCTGAGGAACTTGAAGTGTTCCAGCAGCAGAGTGGGACACGTTGCAGGAAGCAGTAATTCTTTTTCCATTAACTGAAATTGCTTTCATTTCTTTCTTTCAGTCTTTCGCTGTGTGTCCTTATTTGGCCTCAGTGATTGATTTGCGTTTAACTCGTTTATTTCTAAATGAGTTTAGATAAGAATTCAGTTGTCTTCTATAATGCGTTACATCCAAACCTCGAACAGCACATTTTACAGAGCGATTCTTTACAGGAGGGATCAGTGTCATTGCCTCTAATGAGAATGATTAACTGTATGTAAGCAATGAATTAAGTCATGGAGCTACGTGGAACCTGGAACCTACTGATTACTCATGCTTTCCTTCTTTTCTTACTCGAGTTTTTATTCCTTTCTTGTGCTTTTTCTTCATCTGTCAGTAACACCCACATTATGCATTGGTAATGATGGGAAGGGCTGGCTGTGTGTTTGCATCTGCTGCTGCTTGATGAGGAGAAGCGCCAGGGATACGAACTTTACAGAGGACTTACCCAAACTGTTGATAAGGCTCAAAGAAACGAACAGTCCCACATTTCTCTGAGTGCAGGAGCTCAGTTTTACACCTTTGGGGCTGAGCCACAGCTGTGTGTGATGGTGGCTGTGGATGCTCTCAGAGCTCGGTGACCGCATGAGATCCTCCATGTCCAATCTGAGATGTTGGCCATGGAGTGCAGCAGCGCTCAGCATGGAGGTGTCCGGGTGATTTGTGCTTTGGGGACAGTTCTCAAGAAGCTCTTCTCACATCAACCTCATTGCAGCTGTGTTAAATAGCACTTGCAATAATAAATAATAGCAAACTTGGGTATTGCCGGTGGTCCGAGGTTTGTGCTGCCTGCACAGTGAAGGTTGTTCCCTTGGTACGGTGTGGGTGGTGGTGGCCCTGGAGCTGCTGCACTGGAAGTAGGACAGCTTAGTGCTCTCCTGGAGGGCTGATTTGGCTGCTGGCTTTTGTTTGACTGCGGTTTCTGTCTGTTTTTAAGCAGTAAAGGGATGTGAGCGGAATGAACTTCAGCTCGTGACATCTGTGAAAGTATGAGGTAAGGGGAGAGGGAAAACCCCGCCTAGTAATAATGAGGAATTCCTGTGATTGCAGTTCAGGCTCTGAGCATGATTTGCCCTTTCTGGGTTATGTGACAGCGTTATCATATCACTGCTCTTACTTCATGTACAGAAGGAGGTGGTTTCTGTTGACTTTTCTGGTTAAACATCCATTTGGCTGTCTGGTTTGTGATTCGGTGTGGGTGTTTCTGTGAATGGCTCCGCACACCTGTGTTTGTTCCTTCTCTGCTGATTGTCTCTTGCTGGAGAAGCCAGGCAGAAGGAAGCTGTGCATAAGGACTTCCAGAAGCAGAAGGGATGGTGGCTGGTGTGGAAAACGTGGTATCAGCAGAACAGCTGAAACCCAGGGCTGAAGGCCAGCCAAATAGGATAGAACCTTACTGGAAGAAAACATGTTGACTCAAGCAATTGGGTCAAGTCTTTGTTTTGTTTGGCTTGAAAAATTCCTGAGGAATCCGGGTGTTTTTCTCTTCCCTCAAAAGCTGTGCTTTTCAGTTTTCATTCTTTGATTGCCAGGCACCCATCAAAGTAGGAGAGGATCTTTTTAATAGATGGAGTAGATGAATTATGGAATCTAAATAGATTAGGGAAGAACCAAAGAAAGTAATTGACAGAGGAAGATTTGCTGACGTGGAGTTTGCTGAGTGGGCAGAGAGGTTTCACTTCAGTTTTCTCCCTATTGTTCAGAGGGGAACTGTGACTGTAGCAGAGAAGAGGCTGGAGGAAGCCTATGAGCGTAAGCAAGTCAGATCTGATTGTCTTGTAGCTAGCAGGACTCACAGGTGGTTTTTGTGCTTTTATGCAGCACTGCACCCACAAGTCCTGCATTAGGCAAAACTGGTAATGGGAAAGCTTTTATGTTGCTTCTTTAATTTACCTGCAGGACTGCCAGCAGATGGGTACCAAATCTGCTGAGAAATCTGTGTATGGCTTTGACACAGCCTCTCCATACTCAGCCAACAAAGCTACAGTTCCGAGGCAGTGCTTTGAAATGCAGAAAAATCCTTTTGGAGCACGTCATGGAGAGTTGTACACACAAATTCAGAGGTGCTCATCCCTGCTTCATTTGGCTCTACCGAGATCCTGATAAGAGCCTTCATTTCTAATGGTATTGTGTTAAGCGTTATGGCAGGGAAAGAAGTGTGAGCGTGGTAGCCAGAAGGAAATACAGCTCAAGTCATCGTCAGCAGAGGAGCAGGGCAGCAGAACTGTCCCCAGTCCATCAAACAGAAGGTCCGTGAGGACATCACATCTATCCTGTGCAGATGCTCAGAGCAGAGTGCTGAGTGATGAATGGTTTGGAGAAAGTTAAATGCTATGATTGTGACTGGGAGTAGGTTATACTGTGCAAGAAAAGTATTTGGAGCATCCAGGTTAGTATAACAAAGAACAGTCAGGAGATTTTAAGAATGTGCATCTGGTTGCATTGTTGCTCCTATTCTTAGGAAATGAGGTGCAGGTTCGGGGCTATTTTTAAAAGCTGCAGCTCTGAC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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
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Domain overlap (PFAM):
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C2:
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Main Inclusion Isoform:
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Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]