GgaINT0051008 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000006228 | DIP2A
Description
NA
Coordinates
chr7:6956265-6962216:-
Coord C1 exon
chr7:6962097-6962216
Coord A exon
chr7:6956385-6962096
Coord C2 exon
chr7:6956265-6956384
Length
5712 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTAGGT
5' ss Score
8.37
3' ss Seq
TGTGTTTGTTTTCTATACAGATG
3' ss Score
10.28
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGTGGATCCATCCCTGCAAGCAGAAAACAGAGTCCCAGGCACCTCACAAGCCACTGCTGTTGTGTCTAAACAGCAGAAATCGCATTCCACAAACTCAAGGGATGAGCGTTTCCGATCTG
Seq A exon
GTAGGTAAAAGATGAGTAGCTAAAACATGGGGTGTCTGAACTGAAAAGAATTACCAGCACAGTGGTACAGATATCTAATGAGGAAGCTGGGAGTATTTTGGAAGAAGGAGAGAGCTAATTAATATTTTTCAAGGAGTTTTGTGTGAGAGGAAGAAATTGTAGCTATGCTTTGTGACTTCTTTATTACTGTGAATTTACCCCATGCTTAAAATTTTCTCTTGTTTACTGATCTGTAGAGCAGTTATTGAAACAATCAGAAGACTATAGCATGCAGGCTCTGTTTTTTTCAGGGTTTGTTGTTGTTGTTTGTTTGACTGGGATGCTTCGTAAAGGAAGGTTGTAGGACTATATTTACTGCAGCTCACTTTCAAATATTTCCTGGTTTAAAACAAGTGCACAAAAAAAGGAAATGTCACAATGGATATTCTACATTAATTTTAAAAGGACACCACTGTGACTAACCTGTTTTGGAAACTTCTGTGAAAATATTGTTATCACCATCACATCCTGTACCTATTGTTGCTTTTCAGGTGGTCAAAATACACTGTTTCCCTGTGAAATCCCTAGTCACAATAGTGAGAAGAAGCAGGTGTTTGGAAGCTTTTCTCTGATAAATGCATTTGACCTCATAACTAACTTTTCCTTTTGCTTGCCACAGTCATTACACATCTCAGCTTTAGTGATAGAGAGTGCAAGTAATGTCATGAACTGTGCATCCTTAATATGCTGCTATTCTTGGGTTACCTTGCTTTGTAACTACTGGTTACAGTAGCATATCAGATCATATTTACATTGTTGGCATTTAAAAAAAACCTGCATTGGAAATGGAGTTGATGTATCTGAATAGATTCTTTATGAATAAAAGAAGGATAAATGAGACACCTTAAATATTCTGAGGATAAGGATTCCTGGGGAAGATTCGTGAAGTATTTCTATGAAGTATGACTGAGGTAGTTGGGTTTATTCAGCCTGGAGCAAAGAACACTTCAGGGAGACCTTGTTGTGGCCTTCCTGGACTTAAGGAGAGTTTAAAATTATTATGGAGAGTGATTTTTTTATGTAGTCTGATAATAACAGGACAAGGGGGAACAGTTTTCCACTGAAAGACAGGAGACTAGGTGTTAGGAGGAAATTCTTCACTCAGAGGGCAGTGAGGCACTGGCACCGCTGACCAGAGCTGTAGGTGCCCCATCTCTGGGGGTGCTTGAGACCAGGCTATATAGGGCCCTGGGCAGCCTGAGCTCGTGGGGGCAGCCAGTCCGTGGCACAGGGGTTGGAAATGGATGGGCTTTTAGGTTACTTCTAACCTACGCTGTTCTGTGAATCTGTCATTTTACTTATGTTCTTTAAACATGAGATATAACAATCACCATGGATCAAGTTTACTGGTGTTTTGTTTTTTTTTTAATCTGTCTCTATAGATCTCTTTCAACCCAAGTTGTTTCATAATTCTACATCAATTACTCTTAAAGTAATGCTTCCTATTTATTTTCATGAAAACTACAAATGATACAAAGAGCACAATAGCTCTATTTGATAGAGCAAATTCTCAGTGTACAATTAACAAACATACAGTTAGCAGAGTGGCGTGGCTAGGATGATATTTTACAGGTTTTATAGATAGAAAGATTATAGTGGTAGAAAGAGACAATTAAAAATAAATGAAACACTCACCTATGTCCTAGGCTTACAATAGAAAACTCCAAAAGGAGCAATCTCCAAAAAGAGATCCTCCCCTGCTGGCAGTCAGCCCTTAAATTGGATCTAAGAGAGATGCAGCCTGGCTCCACCCCTTCTGGTCACACATGTGAATTGCCTTCACCTGTGCTCCCAGGGCTGACTCAGTGCTCGTCTCAGGTGATTAACCAGTGGTTCAGGCTGTGATTCAACAGTTCCCATACGCTCAGCTACAAAATATGATTTTTCATCATAGTTACTATGATTAGCTATTCATTTTTGCCAGTGATGAGCAAGAGCTTTCATGCTGTGCTTGTAAAGAGGTGTAGAGGTGACTGTTCTCACTCCAGAAATGCAGCATCTGCCCCAAACTGTGCTCATGTCCGCTGTTTGGTCTGTGTATGTGTTCAGGAAGCATTGATGCCTGTCAACGGGTACAATTTTTACTGTGTGGGGGAACTGCCACTCTACTGCCACCTGTCACATGGCAACAAAATGTAACAGAATATGGTGGGAATGTTCAATCTTTACTGCCACACCACCACCATCTGCCTCTGACATCGTGGGCCAACATCATAAAATGGGAGGCACTACTTTCTGAGCAACCCTCATATTTATATTGCTGGTTGTACAAGGAAGGTCCTGAATTTCAGAGAAGATTACGTAGTATCAAAGTTAACGAAAGGAGATATTTGATTAATGCAAAAATTAGTCATGTATATTTAAGTCTGCATTTTAATATACCTTCAATGTAATTTTACTGCTGAATATATACTAAGAAAGTAGATTTAGTGTTTGAATTACAGCCATGATGAGCAATTTTGTTCCAGGCATTGTGAACAACTAGCTTCCAGGTAAATTACAAGATGAGTCATGAACCTGATAGAAAGTAACTAATTAGGTTGATTGTGTTAAGCTAACAGAAATGAAATTTGCAAGAAGAGCACAATTACAAACAGAGAATACTTGGGAACTATTTAGCCAAGAGAGCTGGGAGGATCCATAGAGATATGTTGTATACATTGCTACTTTTCTTGTCTTACAGCTTCAAGTATCTTACTTAGTTTGCGCCAAAGATGGGACACAAACTCAAAACAAGCAAACAGAAAGCAAGCAAACAACCCTGCTATATTACTAGTATTGTCTGGGGGAAATTTAGCATAGGACTCTTCAGCCTTTCAGTGATGCAGTAGTAGGTGGTTATTAAACAACTTCAGCTAGATACTTGCTTATTAATAGGTGTGGCTTTTAAATATTAGCCTATCATTGCTAATTATCAGTGCTGCTTCTTTTCCTGATGTTTCTACGGTATTGTTGATTTAAATCTATTTAAAGTGACTTTGGGTAACTCTGAAATACTGCTCTCAGACTCACTGGTCTTGAGTGAAGCCAATATTTTTGCACTCCATTAACAGTTTTTTTCTGAATGATCATTAAGTGTTCAGGCAGTCCTGTTAATGGGCAGCTATTTGAGATAAAGCCTGAATGATGTCTTTTTAGATAATTTTTTTGCAATGAAAAATCCCGTAAATGTTCCTTTTTCCTCTTTAAAATTTTTGTCCATGTTGATCTCTTCATTTTGAAGTTTAAACTCTTGGGCAGAAAAAGTTCATGTTAACATATGTGTAATCGGATTTCTTTTTCCCTTTTGTGATGTATGGCAAGGCTTAATGCGCTCAGGTGATATCCAAATGAAATAATGAAGCATTTGCTTGATTTAATTTATGTTTAGCTTATTGCCTATCCAAATAAATGTAAGTAGAGATGCCAGTAGACTAGATTGTTTTCACTTTTTCCTCTAACTTTTAACTGAAGAAATTGTTCTGGTTTATTGAAGTAGTGGTTGTCTTTTGTCTTTGAATGAAGAGATAAACTAAAAGAAAAACACAAGGATTTTTAAGTATTTGTGCTCTGACTCTAACAGATATTGAATCATCTAGCTGATTATAATCTTTGAATGCTTTACATCACTGCTGATGCTGTTTTCTTTGGCTATTCCTACCGTGAGATTTATGCATATGTAGAGTATGAATAGAAATGTTGACAACACGTCTCAGAAAACACAAGTTACTGCTTAAATAGCTTCACTCTGTTCCCCCAAATACTTTGGCATAAAGAGTCACTGTTGTGCTTCTCAAAGTAGTCTCAGTTTATCATGGAGGTTTTAGCTATGCCGAAAGTACTTTCTGCAAAAAGATGTTGTCCACCACCAGCAGCAATCTGAAATGTTACCTTTTAAATTTCACTCTGTTGGCACATGTTAAAGCTGCTTGTCTTTCACAACATTTAGGCAGTAATTTTGGCCAATACTGCTGCTTCTATCAGTTGCATGCCTTATTTGTTCTTTGGACTTATGGGGGCAGAGTCTTATTTCTTTATTTCCTTTCAGCCTTCTTTTTACCTGTCTTTTCTTTCTTTGCATCTTAACAGTTCTTCTATGTCTTTGCAAGAGTAACTGGTGAGAGTGGAATGCAGTTGTTTGTAGAACAGGCTCTCTTTTTGCAGCAATTATAAAAATTTGCTGCAAACAGTTTTTTGTAGTTTTCCAGAGTTGCCTTCCATTTAAATTAACAATAATCTTTGTCAGACACAGATTTTATCTCCAAACAGTAAATATTAACTGAAAATTTCCATCAGTGGAATACCGTTGATAAATGTAGGCGATAAATGATGTAAGTGTTCCCCGAACAGCACTTAACATTTCAGAGTTTAATGATGACAGTGTGATAGACAAGGTGAGAAGTGCTGAGGCTTTGCAGACATTTTTACAGGCTGACAACCCTACATGCCATGTATCCCACAGTTCAGAGGACACTTTAATCCAGCATGTTGCTGTTATTGCTGGTTTTTCCTCCTATGAGGATGTGCAGATTCTACGTAGACTCCTGTTCCTTCTCTCCTCTTCAGACTCTCTGCTGCCTATTTTTGGCCTTTAGGGCGTCTGAAGATGCTTTCCTGGCAACTCTGCTTTCCCTTTCCACTATTTCACTTTATCCTTGTAACTGTTCTTCAGCCTGTAACAGCTAGCTCTGTACTGCTGTGCCCTTCTGAGTGTCCTGCAGTACACAACCTGCACTGAATGTACAATATACTGAACAGGCTACAAGATGTCTGCTCCAGCTGATGAGAAACTGTTTGGTGTGCAGGTGTGACACCTTTATGGCAGTCACAGAATATTGTGTTTACTTGTTGTGTAAGAGAGCTTGATCCCACACCAGTCAATCCTCCATGCTTTATTGGCCTTGCTATGGTCACACTTGCTTTCTTAACATGGGAAGTAACATTTCAGTAGTGAATGCAAAACTGGAGTAGCAAAATGCAAC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Seq C2 exon
ATGTCCACACTGAAGCAGTTCAGGCAGCTCTTGCAAAATACAAAGAGAGAAAAATGCCTATGCCTTCAAAGAGACGGTCTGTTCTTGTGCACTCTTCAGTAGAAACATACACACCTCCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000006228:ENSGALT00000010067:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF064646=DMAP_binding=PU(57.4=97.5)
A:
NA
C2:
PF064646=DMAP_binding=PD(41.2=68.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]