GgaINT0054021 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000011858 | KCNH5
Description
NA
Coordinates
chr5:56139245-56151010:+
Coord C1 exon
chr5:56139245-56139444
Coord A exon
chr5:56139445-56150757
Coord C2 exon
chr5:56150758-56151010
Length
11313 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTATGA
5' ss Score
9.11
3' ss Seq
TTTGTCTTTCTTTCATTCAGGTT
3' ss Score
11.93
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000011858:ENSGALT00000019345:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0052026=Ion_trans=PD(4.5=14.9)
A:
NA
C2:
PF0002724=cNMP_binding=PU(45.5=47.1),PF078836=Cupin_2=PU(65.1=48.2)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]