RnoINT0077774 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000009542 | Kcnh5
Description
potassium voltage-gated channel subfamily H member 5 [Source:RGD Symbol;Acc:621417]
Coordinates
chr6:97938096-97977520:-
Coord C1 exon
chr6:97977321-97977520
Coord A exon
chr6:97938349-97977320
Coord C2 exon
chr6:97938096-97938348
Length
38972 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAGAG
5' ss Score
6.38
3' ss Seq
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3' ss Score
11.52
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0052026=Ion_trans=PD(4.6=14.9)
A:
NA
C2:
PF0002724=cNMP_binding=PU(45.5=47.1)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]