HsaINT0084355 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000140015 | KCNH5
Description
potassium voltage-gated channel subfamily H member 5 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:6254]
Coordinates
chr14:62802329-62849852:-
Coord C1 exon
chr14:62849653-62849852
Coord A exon
chr14:62802582-62849652
Coord C2 exon
chr14:62802329-62802581
Length
47071 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTATGG
5' ss Score
9.26
3' ss Seq
TCATCTCTCACCTTCTTTAGGTC
3' ss Score
10.54
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
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Domain overlap (PFAM):
C1:
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A:
NA
C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development